Published January 2, 2024
| Version v1
Publication
Open
A protocol and a data-based prediction to investigate virus spillover at the wildlife interface in human-dominated and protected habitats in Thailand: The Spillover Interface project
Creators
- 1. Kasetsart University
- 2. Prince of Songkla University
- 3. Institut d'écologie et des sciences de l'environnement de Paris
- 4. Institut de Recherche pour le Développement
- 5. Centre National de la Recherche Scientifique
- 6. Maladies Infectieuses et Vecteurs: Écologie, Génétique, Évolution et Contrôle
- 7. Mahidol University
- 8. Université de Montpellier
Description
The Spillover Interface Project aims at assessing the encounter of wildlife, domestic animals, and humans along a landscape gradient from a protected area to a residential community, through areas of reforestation and agricultural land. Here, we present the protocols of the project that combine virus screening in humans, bats, rodents and dogs with camera trapping, land-use characterization, and network analyses. The project is taking place in the sub-district of Saen Thong (Nan Province, Thailand) in collaboration with local communities, the District Public Health Office, and Nanthaburi National Park. To formulate a predictive hypothesis for the Spillover Interface Project, we assess the wildlife diversity and their viral diversity that could be observed in Saen Thong through a data science analysis approach. Potential mammalian species are estimated using data from the International Union for Conservation of Nature (IUCN) and their associated viral diversity from a published open database. A network analysis approach is used to represent and quantify the transmission of the potential viruses hosted by the mammals present in Saen Thong, according to the IUCN. A total of 57 viruses are expected to be found and shared between 43 host species, including the domestic dog and the human species. By following the protocols presented here, the Spillover Interface Project will collect the data and samples needed to test this data-driven prediction.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
يهدف مشروع واجهة الانتشار إلى تقييم لقاء الحياة البرية والحيوانات الأليفة والبشر على طول تدرج المناظر الطبيعية من منطقة محمية إلى مجتمع سكني، من خلال مناطق إعادة التحريج والأراضي الزراعية. هنا، نقدم بروتوكولات المشروع التي تجمع بين فحص الفيروسات لدى البشر والخفافيش والقوارض والكلاب مع محاصرة الكاميرا وتوصيف استخدام الأراضي وتحليلات الشبكة. يتم تنفيذ المشروع في منطقة ساين ثونغ الفرعية (مقاطعة نان، تايلاند) بالتعاون مع المجتمعات المحلية ومكتب الصحة العامة في المقاطعة ومنتزه نانثابوري الوطني. لصياغة فرضية تنبؤية لمشروع واجهة التداعيات، نقوم بتقييم تنوع الحياة البرية وتنوعها الفيروسي الذي يمكن ملاحظته في ساين ثونغ من خلال نهج تحليل علم البيانات. يتم تقدير أنواع الثدييات المحتملة باستخدام بيانات من الاتحاد الدولي لحفظ الطبيعة (IUCN) والتنوع الفيروسي المرتبط بها من قاعدة بيانات مفتوحة منشورة. يتم استخدام نهج تحليل الشبكة لتمثيل وقياس انتقال الفيروسات المحتملة التي تستضيفها الثدييات الموجودة في ساين ثونغ، وفقًا للاتحاد الدولي لحفظ الطبيعة. من المتوقع العثور على ما مجموعه 57 فيروسًا ومشاركتها بين 43 نوعًا مضيفًا، بما في ذلك الكلاب الأليفة والجنس البشري. باتباع البروتوكولات المقدمة هنا، سيجمع مشروع واجهة الانتشار البيانات والعينات اللازمة لاختبار هذا التنبؤ القائم على البيانات.Translated Description (French)
Le projet Spillover Interface vise à évaluer la rencontre de la faune, des animaux domestiques et des humains le long d'un gradient de paysage allant d'une zone protégée à une communauté résidentielle, en passant par des zones de reboisement et des terres agricoles. Ici, nous présentons les protocoles du projet qui combinent le dépistage du virus chez les humains, les chauves-souris, les rongeurs et les chiens avec le piégeage par caméra, la caractérisation de l'utilisation des terres et les analyses de réseau. Le projet se déroule dans le sous-district de Saen Thong (province de Nan, Thaïlande) en collaboration avec les communautés locales, le bureau de santé publique du district et le parc national de Nanthaburi. Pour formuler une hypothèse prédictive pour le projet Spillover Interface, nous évaluons la diversité de la faune et sa diversité virale qui pourrait être observée à Saen Thong grâce à une approche d'analyse scientifique des données. Les espèces potentielles de mammifères sont estimées à l'aide des données de l'Union internationale pour la conservation de la nature (UICN) et de leur diversité virale associée à partir d'une base de données ouverte publiée. Une approche d'analyse en réseau est utilisée pour représenter et quantifier la transmission des virus potentiels hébergés par les mammifères présents à Saen Thong, selon l'UICN. Un total de 57 virus devraient être trouvés et partagés entre 43 espèces hôtes, y compris le chien domestique et l'espèce humaine. En suivant les protocoles présentés ici, le projet Spillover Interface recueillera les données et les échantillons nécessaires pour tester cette prédiction basée sur les données.Translated Description (Spanish)
El Proyecto de Interfaz de Derrame tiene como objetivo evaluar el encuentro de la vida silvestre, los animales domésticos y los humanos a lo largo de un gradiente de paisaje de un área protegida a una comunidad residencial, a través de áreas de reforestación y tierras agrícolas. A continuación, presentamos los protocolos del proyecto que combinan la detección de virus en humanos, murciélagos, roedores y perros con captura con cámara, caracterización del uso del suelo y análisis de redes. El proyecto se está llevando a cabo en el subdistrito de Saen Thong (provincia de Nan, Tailandia) en colaboración con las comunidades locales, la Oficina de Salud Pública del Distrito y el Parque Nacional Nanthaburi. Para formular una hipótesis predictiva para el Proyecto de Interfaz de Derrame, evaluamos la diversidad de vida silvestre y su diversidad viral que se pudo observar en Saen Thong a través de un enfoque de análisis de ciencia de datos. Las posibles especies de mamíferos se estiman utilizando datos de la Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza (UICN) y su diversidad viral asociada a partir de una base de datos abierta publicada. Se utiliza un enfoque de análisis de red para representar y cuantificar la transmisión de los virus potenciales alojados por los mamíferos presentes en Saen Thong, según la UICN. Se espera encontrar un total de 57 virus y compartirlos entre 43 especies huésped, incluyendo el perro doméstico y la especie humana. Al seguir los protocolos presentados aquí, el Proyecto de Interfaz de Derrame recopilará los datos y las muestras necesarias para probar esta predicción basada en datos.Files
journal.pone.0294397&type=printable.pdf
Files
(2.8 MB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:adbc8871964712d72242bd946daf3467
|
2.8 MB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- بروتوكول وتنبؤ قائم على البيانات للتحقيق في انتشار الفيروس في واجهة الحياة البرية في الموائل التي يهيمن عليها الإنسان والمحمية في تايلاند: مشروع واجهة انتشار الفيروس
- Translated title (French)
- Un protocole et une prédiction basée sur les données pour enquêter sur le débordement du virus à l'interface de la faune dans les habitats à prédominance humaine et protégés en Thaïlande : le projet Spillover Interface
- Translated title (Spanish)
- Un protocolo y una predicción basada en datos para investigar la propagación del virus en la interfaz de la vida silvestre en hábitats protegidos y dominados por el ser humano en Tailandia: el proyecto Spillover Interface
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W4390495894
- DOI
- 10.1371/journal.pone.0294397
References
- https://openalex.org/W1917173555
- https://openalex.org/W1972776194
- https://openalex.org/W1980517850
- https://openalex.org/W2025210927
- https://openalex.org/W2027644864
- https://openalex.org/W2029262537
- https://openalex.org/W2077218648
- https://openalex.org/W2103503670
- https://openalex.org/W2115230740
- https://openalex.org/W2127435093
- https://openalex.org/W2131681506
- https://openalex.org/W2137718395
- https://openalex.org/W2139153938
- https://openalex.org/W2150891147
- https://openalex.org/W2152311252
- https://openalex.org/W2156239678
- https://openalex.org/W2163910610
- https://openalex.org/W2169286391
- https://openalex.org/W2412282488
- https://openalex.org/W2433056695
- https://openalex.org/W2546199681
- https://openalex.org/W2609942500
- https://openalex.org/W2618653913
- https://openalex.org/W2700382303
- https://openalex.org/W2793008036
- https://openalex.org/W2793088337
- https://openalex.org/W2807251817
- https://openalex.org/W2908717375
- https://openalex.org/W2940171105
- https://openalex.org/W2955335902
- https://openalex.org/W2968578161
- https://openalex.org/W2968698091
- https://openalex.org/W2974235524
- https://openalex.org/W2995189706
- https://openalex.org/W3016074853
- https://openalex.org/W3017999767
- https://openalex.org/W3044037590
- https://openalex.org/W3047617722
- https://openalex.org/W3048666322
- https://openalex.org/W3120632188
- https://openalex.org/W3134149785
- https://openalex.org/W3137692426
- https://openalex.org/W3161128666
- https://openalex.org/W3167786342
- https://openalex.org/W3177354535
- https://openalex.org/W3206706536
- https://openalex.org/W3208821277
- https://openalex.org/W4200539441
- https://openalex.org/W4221072144
- https://openalex.org/W4221133000
- https://openalex.org/W4281255422
- https://openalex.org/W4313433768