Published June 19, 2017 | Version v1
Publication Open

Cytogenetic maps of homoeologous chromosomes A h01 and D h01 and their integration with the genome assembly in Gossypium hirsutum

Creators

  • 1. Anyang Institute of Technology
  • 2. Cotton Research Institute

Description

Cytogenetic maps of Gossypium hirsutum (Linnaeus, 1753) homoeologous chromosomes Ah01 and Dh01 were constructed by fluorescence in situ hybridization (FISH), using eleven homoeologous-chromosomes-shared bacterial artificial chromosomes (BACs) clones and one chromosome-specific BAC clone respectively. We compared the cytogenetic maps with the genetic linkage and draft genome assembly maps based on a standardized map unit, relative map position (RMP), which allowed a global view of the relationship of genetic and physical distances along each chromosome, and assembly quality of the draft genome assembly map. By integration of cytogenetic maps with sequence maps of the two chromosomes (Ah01 and Dh01), we inferred the locations of two scaffolds and speculated that some homologous sequences belonging to homoeologous chromosomes were removed as repetitiveness during the sequence assembly. The result offers molecular tools for cotton genomics research and also provides valuable information for the improvement of the draft genome assembly.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

تم إنشاء خرائط وراثية خلوية لكروموسومات جوسيبيوم هيرسوتوم (لينيوس، 1753) الكروموسومات المتماثلة Ah01 و Dh01 بواسطة التهجين الفلوري في الموقع (FISH)، باستخدام أحد عشر كروموسومًا اصطناعيًا بكتيريًا مشتركًا متماثلًا (BACs) ونسخة واحدة خاصة بالكروموسوم (BACs) على التوالي. قارنا الخرائط الوراثية الخلوية مع الربط الجيني ومسودة خرائط تجميع الجينوم بناءً على وحدة خريطة موحدة، وموقع الخريطة النسبية (RMP)، مما سمح برؤية عالمية لعلاقة المسافات الجينية والجسدية على طول كل كروموسوم، وجودة تجميع مسودة خريطة تجميع الجينوم. من خلال دمج الخرائط الوراثية الخلوية مع خرائط تسلسل الكروموسومين (Ah01 و Dh01)، استنتجنا موقعي سقالة وتكهننا بأن بعض التسلسلات المتماثلة التي تنتمي إلى الكروموسومات المتماثلة تمت إزالتها كتكرار أثناء تجميع التسلسل. تقدم النتيجة أدوات جزيئية لأبحاث جينوم القطن وتوفر أيضًا معلومات قيمة لتحسين مسودة تجميع الجينوم.

Translated Description (French)

Les cartes cytogénétiques des chromosomes homéologues Ah01 et Dh01 de Gossypium hirsutum (Linnaeus, 1753) ont été construites par hybridation in situ par fluorescence (FISH), en utilisant respectivement onze clones de chromosomes artificiels bactériens (BAC) homéologues-chromosomes partagés et un clone de BAC chromosomique spécifique. Nous avons comparé les cartes cytogénétiques avec les cartes de liaison génétique et d'assemblage du génome basées sur une unité de carte standardisée, la position relative de la carte (RMP), qui a permis une vision globale de la relation entre les distances génétiques et physiques le long de chaque chromosome, et la qualité d'assemblage de la carte d'assemblage du génome. Par intégration de cartes cytogénétiques avec des cartes de séquences des deux chromosomes (Ah01 et Dh01), nous avons déduit les emplacements de deux échafaudages et spéculé que certaines séquences homologues appartenant à des chromosomes homéologues ont été retirées comme répétitivité lors de l'assemblage des séquences. Le résultat offre des outils moléculaires pour la recherche en génomique du coton et fournit également des informations précieuses pour l'amélioration du projet d'assemblage du génome.

Translated Description (Spanish)

Los mapas citogenéticos de los cromosomas homoeólogos Ah01 y Dh01 de Gossypium hirsutum (Linnaeus, 1753) se construyeron mediante hibridación fluorescente in situ (FISH), utilizando once clones de cromosomas artificiales bacterianos (BAC) compartidos con cromosomas homoeólogos y un clon de BAC específico de cromosoma, respectivamente. Comparamos los mapas citogenéticos con el enlace genético y los mapas de ensamblaje del genoma preliminares basados en una unidad de mapa estandarizada, la posición relativa del mapa (RMP), que permitió una visión global de la relación de las distancias genéticas y físicas a lo largo de cada cromosoma, y la calidad del ensamblaje del borrador del mapa de ensamblaje del genoma. Mediante la integración de mapas citogenéticos con mapas de secuencia de los dos cromosomas (Ah01 y Dh01), inferimos las ubicaciones de dos andamios y especulamos que algunas secuencias homólogas pertenecientes a cromosomas homólogos se eliminaron como repetitividad durante el ensamblaje de la secuencia. El resultado ofrece herramientas moleculares para la investigación genómica del algodón y también proporciona información valiosa para la mejora del proyecto de ensamblaje del genoma.

Files

Files (992.3 kB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:72aa333110dbd9af9ffbba337211540c
992.3 kB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
الخرائط الوراثية الخلوية للكروموسومات المتماثلة A h01 و D h01 وتكاملها مع مجموعة الجينوم في غوسيبيوم هيرسوتوم
Translated title (French)
Cartes cytogénétiques des chromosomes homéologues A h01 et D h01 et leur intégration avec l'assemblage du génome chez Gossypium hirsutum
Translated title (Spanish)
Mapas citogenéticos de los cromosomas homólogos A h01 y D h01 y su integración con el ensamblaje del genoma en Gossypium hirsutum

Identifiers

Other
https://openalex.org/W2666653938
DOI
10.3897/compcytogen.v11i2.12824

Is supplement to
https://openalex.org/W4322485180 (Other)
https://openalex.org/W2804133153 (Other)
https://openalex.org/W2397144916 (Other)
https://openalex.org/W2135211338 (Other)
https://openalex.org/W2079822103 (Other)
https://openalex.org/W2028058356 (Other)
https://openalex.org/W1976632230 (Other)
https://openalex.org/W1976180333 (Other)
https://openalex.org/W182106900 (Other)
https://openalex.org/W1541330714 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
China

References

  • https://openalex.org/W1824450759
  • https://openalex.org/W1832554097
  • https://openalex.org/W1969056051
  • https://openalex.org/W1973048207
  • https://openalex.org/W1975063965
  • https://openalex.org/W1976182511
  • https://openalex.org/W1996143549
  • https://openalex.org/W1997928813
  • https://openalex.org/W1998553352
  • https://openalex.org/W2000525795
  • https://openalex.org/W2012920814
  • https://openalex.org/W2013762844
  • https://openalex.org/W2021701303
  • https://openalex.org/W2029426084
  • https://openalex.org/W2033611197
  • https://openalex.org/W2045043944
  • https://openalex.org/W2053962456
  • https://openalex.org/W2061338306
  • https://openalex.org/W2061616850
  • https://openalex.org/W2061649512
  • https://openalex.org/W2071868311
  • https://openalex.org/W2073163969
  • https://openalex.org/W2073512111
  • https://openalex.org/W2075960038
  • https://openalex.org/W2080491819
  • https://openalex.org/W2090693636
  • https://openalex.org/W2093776734
  • https://openalex.org/W2097816769
  • https://openalex.org/W2101851879
  • https://openalex.org/W2102707425
  • https://openalex.org/W2106656600
  • https://openalex.org/W2112868831
  • https://openalex.org/W2113331842
  • https://openalex.org/W2119116567
  • https://openalex.org/W2120107466
  • https://openalex.org/W2125512764
  • https://openalex.org/W2127615349
  • https://openalex.org/W2132846992
  • https://openalex.org/W2135318558
  • https://openalex.org/W2143063275
  • https://openalex.org/W2144430955
  • https://openalex.org/W2167737093
  • https://openalex.org/W2170613743
  • https://openalex.org/W2172029885
  • https://openalex.org/W2182016599
  • https://openalex.org/W2244364036
  • https://openalex.org/W2317646682
  • https://openalex.org/W67729012