Published June 1, 2018 | Version v1
Publication Open

Cholera epidemic in Yemen, 2016–18: an analysis of surveillance data

Creators

  • 1. London School of Hygiene & Tropical Medicine
  • 2. Sana'a University
  • 3. Yemenia University
  • 4. World Health Organization - Egypt
  • 5. Médecins Sans Frontières
  • 6. World Health Organization
  • 7. Johns Hopkins University
  • 8. Institut Pasteur

Description

BackgroundIn war-torn Yemen, reports of confirmed cholera started in late September, 2016. The disease continues to plague Yemen today in what has become the largest documented cholera epidemic of modern times. We aimed to describe the key epidemiological features of this epidemic, including the drivers of cholera transmission during the outbreak.MethodsThe Yemen Health Authorities set up a national cholera surveillance system to collect information on suspected cholera cases presenting at health facilities. Individual variables included symptom onset date, age, severity of dehydration, and rapid diagnostic test result. Suspected cholera cases were confirmed by culture, and a subset of samples had additional phenotypic and genotypic analysis. We first conducted descriptive analyses at national and governorate levels. We divided the epidemic into three time periods: the first wave (Sept 28, 2016, to April 23, 2017), the increasing phase of the second wave (April 24, 2017, to July 2, 2017), and the decreasing phase of the second wave (July 3, 2017, to March 12, 2018). We reconstructed the changes in cholera transmission over time by estimating the instantaneous reproduction number, Rt. Finally, we estimated the association between rainfall and the daily cholera incidence during the increasing phase of the second epidemic wave by fitting a spatiotemporal regression model.FindingsFrom Sept 28, 2016, to March 12, 2018, 1 103 683 suspected cholera cases (attack rate 3·69%) and 2385 deaths (case fatality risk 0·22%) were reported countrywide. The epidemic consisted of two distinct waves with a surge in transmission in May, 2017, corresponding to a median Rt of more than 2 in 13 of 23 governorates. Microbiological analyses suggested that the same Vibrio cholerae O1 Ogawa strain circulated in both waves. We found a positive, non-linear, association between weekly rainfall and suspected cholera incidence in the following 10 days; the relative risk of cholera after a weekly rainfall of 25 mm was 1·42 (95% CI 1·31–1·55) compared with a week without rain.InterpretationOur analysis suggests that the small first cholera epidemic wave seeded cholera across Yemen during the dry season. When the rains returned in April, 2017, they triggered widespread cholera transmission that led to the large second wave. These results suggest that cholera could resurge during the ongoing 2018 rainy season if transmission remains active. Therefore, health authorities and partners should immediately enhance current control efforts to mitigate the risk of a new cholera epidemic wave in Yemen.FundingHealth Authorities of Yemen, WHO, and Médecins Sans Frontières.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

خلفية في اليمن الذي مزقته الحرب، بدأت التقارير عن الكوليرا المؤكدة في أواخر سبتمبر 2016. لا يزال المرض يصيب اليمن اليوم فيما أصبح أكبر وباء كوليرا موثق في العصر الحديث. كنا نهدف إلى وصف السمات الوبائية الرئيسية لهذا الوباء، بما في ذلك دوافع انتقال الكوليرا أثناء تفشي المرض .الطرق أنشأت السلطات الصحية اليمنية نظامًا وطنيًا لمراقبة الكوليرا لجمع المعلومات عن حالات الكوليرا المشتبه بها التي تظهر في المرافق الصحية. تضمنت المتغيرات الفردية تاريخ ظهور الأعراض والعمر وشدة الجفاف ونتائج اختبار التشخيص السريع. تم تأكيد حالات الكوليرا المشتبه بها من خلال الثقافة، وكان لدى مجموعة فرعية من العينات تحليل إضافي للنمط الظاهري والنمط الجيني. أجرينا أولاً تحليلات وصفية على المستوى الوطني ومستوى المحافظات. قسمنا الوباء إلى ثلاث فترات زمنية: الموجة الأولى (28 سبتمبر 2016، إلى 23 أبريل 2017)، والمرحلة المتزايدة من الموجة الثانية (24 أبريل 2017، إلى 2 يوليو 2017)، والمرحلة المتناقصة من الموجة الثانية (3 يوليو 2017، إلى 12 مارس 2018). لقد أعدنا بناء التغييرات في انتقال الكوليرا بمرور الوقت من خلال تقدير عدد التكاثر الفوري، Rt. أخيرًا، قدرنا الارتباط بين هطول الأمطار وحدوث الكوليرا اليومي خلال المرحلة المتزايدة من الموجة الوبائية الثانية من خلال ملاءمة نموذج الانحدار الزماني المكاني. من 28 سبتمبر 2016 إلى 12 مارس 2018، تم الإبلاغ عن 1 103 683 حالة كوليرا مشتبه بها (معدل الهجوم 3·69 ٪) و 2385 حالة وفاة (خطر وفاة الحالة 0·22 ٪) في جميع أنحاء البلاد. تألف الوباء من موجتين متميزتين مع زيادة في انتقال العدوى في مايو 2017، المقابلة لمتوسط أكثر من 2 في 13 من 23 محافظة. أشارت التحليلات الميكروبيولوجية إلى أن نفس سلالة ضمة الكوليرا O1 أوغاوا انتشرت في كلتا الموجتين. وجدنا ارتباطًا إيجابيًا وغير خطي بين هطول الأمطار الأسبوعي وحدوث الكوليرا المشتبه به في الأيام العشرة التالية ؛ كان الخطر النسبي للإصابة بالكوليرا بعد هطول أمطار أسبوعية تبلغ 25 مم 1 42 (95 ٪ CI 1 31–1 55) مقارنة بأسبوع بدون أمطار. التفسير يشير تحليلنا إلى أن موجة وباء الكوليرا الأولى الصغيرة زرعت الكوليرا في جميع أنحاء اليمن خلال موسم الجفاف. عندما عادت الأمطار في أبريل 2017، تسببت في انتقال الكوليرا على نطاق واسع مما أدى إلى الموجة الثانية الكبيرة. تشير هذه النتائج إلى أن الكوليرا يمكن أن تعود إلى الظهور خلال موسم الأمطار المستمر لعام 2018 إذا ظل انتقال العدوى نشطًا. لذلك، يجب على السلطات الصحية والشركاء تعزيز جهود المكافحة الحالية على الفور للتخفيف من خطر موجة وباء الكوليرا الجديدة في اليمن. تمويل السلطات الصحية في اليمن ومنظمة الصحة العالمية ومنظمة أطباء بلا حدود.

Translated Description (French)

ContexteDans le Yémen déchiré par la guerre, des cas confirmés de choléra ont été signalés fin septembre 2016. La maladie continue de sévir au Yémen aujourd'hui dans ce qui est devenu la plus grande épidémie de choléra documentée des temps modernes. Nous avons cherché à décrire les principales caractéristiques épidémiologiques de cette épidémie, y compris les facteurs de transmission du choléra pendant l'épidémie. MéthodesLes autorités sanitaires du Yémen ont mis en place un système national de surveillance du choléra pour collecter des informations sur les cas suspects de choléra se présentant dans les établissements de santé. Les variables individuelles comprenaient la date d'apparition des symptômes, l'âge, la gravité de la déshydratation et le résultat du test de diagnostic rapide. Les cas suspects de choléra ont été confirmés par culture, et un sous-ensemble d'échantillons a fait l'objet d'une analyse phénotypique et génotypique supplémentaire. Nous avons d'abord mené des analyses descriptives au niveau national et au niveau des gouvernorats. Nous avons divisé l'épidémie en trois périodes : la première vague (du 28 septembre 2016 au 23 avril 2017), la phase croissante de la deuxième vague (du 24 avril 2017 au 2 juillet 2017) et la phase décroissante de la deuxième vague (du 3 juillet 2017 au 12 mars 2018). Nous avons reconstruit les changements dans la transmission du choléra au fil du temps en estimant le nombre de reproduction instantanée, Rt. Enfin, nous avons estimé l'association entre les précipitations et l'incidence quotidienne du choléra pendant la phase croissante de la deuxième vague épidémique en adaptant un modèle de régression spatio-temporelle. ConclusionsDu 28 septembre 2016 au 12 mars 2018, 1 103 683 cas suspects de choléra (taux d'attaque de 3·69 %) et 2 385 décès (risque de létalité de 0,22 %) ont été signalés dans tout le pays. L'épidémie a consisté en deux vagues distinctes avec une poussée de transmission en mai 2017, correspondant à un Rt médian de plus de 2 dans 13 des 23 gouvernorats. Les analyses microbiologiques ont suggéré que la même souche de Vibrio cholerae O1 Ogawa circulait dans les deux vagues. Nous avons trouvé une association positive, non linéaire, entre les précipitations hebdomadaires et l'incidence présumée du choléra dans les 10 jours suivants ; le risque relatif de choléra après une pluie hebdomadaire de 25 mm était de 1·42 (IC à 95 % 1·31–1·55) par rapport à une semaine sans pluie. InterprétationNotre analyse suggère que la petite première vague épidémique de choléra a ensemencé le choléra à travers le Yémen pendant la saison sèche. Lorsque les pluies sont revenues en avril 2017, elles ont déclenché une transmission généralisée du choléra qui a conduit à la grande deuxième vague. Ces résultats suggèrent que le choléra pourrait réapparaître pendant la saison des pluies 2018 en cours si la transmission reste active. Par conséquent, les autorités sanitaires et les partenaires devraient immédiatement renforcer les efforts de lutte actuels pour atténuer le risque d'une nouvelle vague d'épidémie de choléra au Yémen. Financement des autorités sanitaires du Yémen, de l'OMS et de Médecins Sans Frontières.

Translated Description (Spanish)

AntecedentesEn Yemen, devastado por la guerra, los informes de cólera confirmados comenzaron a finales de septiembre de 2016. La enfermedad continúa afectando a Yemen hoy en día en lo que se ha convertido en la mayor epidemia de cólera documentada de los tiempos modernos. Nuestro objetivo era describir las características epidemiológicas clave de esta epidemia, incluidos los impulsores de la transmisión del cólera durante el brote. Métodos Las autoridades sanitarias de Yemen establecieron un sistema nacional de vigilancia del cólera para recopilar información sobre presuntos casos de cólera que se presentan en los centros de salud. Las variables individuales incluyeron la fecha de inicio de los síntomas, la edad, la gravedad de la deshidratación y el resultado de la prueba de diagnóstico rápido. Los casos sospechosos de cólera fueron confirmados por cultivo, y un subconjunto de muestras tuvo análisis fenotípicos y genotípicos adicionales. Primero realizamos análisis descriptivos a nivel nacional y provincial. Dividimos la epidemia en tres períodos de tiempo: la primera ola (28 de septiembre de 2016 al 23 de abril de 2017), la fase creciente de la segunda ola (24 de abril de 2017 al 2 de julio de 2017) y la fase decreciente de la segunda ola (3 de julio de 2017 al 12 de marzo de 2018). Reconstruimos los cambios en la transmisión del cólera a lo largo del tiempo mediante la estimación del número de reproducción instantánea, RT. Finalmente, estimamos la asociación entre las precipitaciones y la incidencia diaria de cólera durante la fase creciente de la segunda ola epidémica mediante el ajuste de un modelo de regresión espaciotemporal. HallazgosDesde el 28 de septiembre de 2016 hasta el 12 de marzo de 2018, se informaron 1 103 683 casos sospechosos de cólera (tasa de ataque 3·69%) y 2385 muertes (riesgo de letalidad 0·22%) en todo el país. La epidemia consistió en dos olas distintas con un aumento en la transmisión en mayo de 2017, lo que corresponde a una mediana de Rt de más de 2 en 13 de 23 gobernaciones. Los análisis microbiológicos sugirieron que la misma cepa de Vibrio cholerae O1 Ogawa circulaba en ambas ondas. Encontramos una asociación positiva, no lineal, entre la precipitación semanal y la sospecha de incidencia de cólera en los siguientes 10 días; el riesgo relativo de cólera después de una precipitación semanal de 25 mm fue de 1,42 (IC del 95%: 1,31-1,55) en comparación con una semana sin lluvia. Interpretación Nuestro análisis sugiere que la pequeña primera ola epidémica de cólera sembró el cólera en todo Yemen durante la estación seca. Cuando las lluvias regresaron en abril de 2017, desencadenaron una transmisión generalizada del cólera que condujo a la gran segunda ola. Estos resultados sugieren que el cólera podría resurgir durante la actual temporada de lluvias de 2018 si la transmisión permanece activa. Por lo tanto, las autoridades sanitarias y los socios deben mejorar inmediatamente los esfuerzos actuales de control para mitigar el riesgo de una nueva ola epidémica de cólera en Yemen. FinanciaciónAutoridades sanitarias de Yemen, la OMS y Médicos Sin Fronteras.

Files

pdf.pdf

Files (16.2 kB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:30632e173dcb841beaf54260ff43f0a1
16.2 kB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
وباء الكوليرا في اليمن، 2016–18: تحليل بيانات الترصد
Translated title (French)
Épidémie de choléra au Yémen, 2016–18 : une analyse des données de surveillance
Translated title (Spanish)
Epidemia de cólera en Yemen, 2016–18: un análisis de los datos de vigilancia

Identifiers

Other
https://openalex.org/W2799902886
DOI
10.1016/s2214-109x(18)30230-4

Is supplement to
https://openalex.org/W4254991728 (Other)
https://openalex.org/W4366372159 (Other)
https://openalex.org/W2312158452 (Other)
https://openalex.org/W4247103150 (Other)
https://openalex.org/W2008019436 (Other)
https://openalex.org/W2412000071 (Other)
https://openalex.org/W1972012687 (Other)
https://openalex.org/W2063979677 (Other)
https://openalex.org/W2141579433 (Other)
https://openalex.org/W3029771599 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Yemen

References

  • https://openalex.org/W1966116088
  • https://openalex.org/W1978810747
  • https://openalex.org/W1981578663
  • https://openalex.org/W1986818348
  • https://openalex.org/W2039890760
  • https://openalex.org/W2097446414
  • https://openalex.org/W2103305567
  • https://openalex.org/W2111499050
  • https://openalex.org/W2128848335
  • https://openalex.org/W2166299739
  • https://openalex.org/W2261645655
  • https://openalex.org/W2279574027
  • https://openalex.org/W2337358764
  • https://openalex.org/W2521607002
  • https://openalex.org/W2582643776
  • https://openalex.org/W2736003652
  • https://openalex.org/W2768607637
  • https://openalex.org/W4211099692