Published January 1, 2023 | Version v1
Publication Open

A dataset of tumour-infiltrating lymphocytes in colorectal cancer patients using limited resources

Creators

  • 1. Tunis El Manar University
  • 2. National Engineering School of Tunis
  • 3. Habib hospital Thameur

Description

Abstract In the realm of cancer research, specifically focusing on colorectal carcinomas (CRCs), a novel diagnostic test referred to as 'Immunoscore' (IS) has emerged. This test relies on assessing the density of tumour-infiltrating lymphocytes, specifically CD3 and CD8, in both the centre of the tumour (CT) and its invasive margin (IM). IS holds promise as a potential prognostic factor. A retrospective descriptive study was conducted within the Pathology Department of Habib Thameur Hospital in Tunis, Tunisia. The study's aim was to evaluate the prognostic efficacy of IS for patients with CRC by means of a comprehensive survival analysis. This publication introduces the immunoscore in colorectal cancer (ISCRC) dataset, which was meticulously compiled during the aforementioned study. The ISCRC dataset comprises digital slide images sourced from biopsies of 104 patients diagnosed with CRC. Using the tissue microarray technique, an immunohistochemical investigation involving anti-CD3 and anti-CD8 markers was performed in regions designated as 'Hot Spots' within the CT and IM. The images were captured using a smartphone camera. Each marker's percentage presence within its respective region was quantified. The IS was estimated utilizing a semi-quantitative method. The ISCRC dataset encompasses anonymized personal data, along with macroscopic and microscopic attributes. The captured images, acquired through manual efforts using smartphones, stand as a valuable asset for the advancement of predictive algorithms Importantly, the potential applications of these models extend beyond mere prediction capabilities. They lay the groundwork for innovative mobile applications that could potentially revolutionize the practices of pathologists, particularly in healthcare settings constrained by resources and the absence of specialized scanning equipment. Database URL: https://figshare.com/s/5b4fa3e58c247a4851d4

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

نبذة مختصرة في مجال أبحاث السرطان، مع التركيز بشكل خاص على سرطان القولون والمستقيم (CRCS)، ظهر اختبار تشخيصي جديد يشار إليه باسم "المناعي" (IS). يعتمد هذا الاختبار على تقييم كثافة الخلايا الليمفاوية المتسللة للورم، وتحديدًا CD3 و CD8، في كل من مركز الورم (CT) وحافته الغازية (IM). يبشر IS بالخير كعامل تنبؤي محتمل. تم إجراء دراسة وصفية بأثر رجعي داخل قسم علم الأمراض في مستشفى حبيب ثامر في تونس العاصمة، تونس. كان الهدف من الدراسة هو تقييم الفعالية التنبؤية لـ IS للمرضى الذين يعانون من CRC عن طريق تحليل شامل للبقاء على قيد الحياة. يقدم هذا المنشور المناعي في مجموعة بيانات سرطان القولون والمستقيم (ISCRC)، والتي تم تجميعها بدقة خلال الدراسة المذكورة أعلاه. تتكون مجموعة بيانات ISCRC من صور شرائح رقمية تم الحصول عليها من خزعات 104 مرضى تم تشخيص إصابتهم بـ CRC. باستخدام تقنية المصفوفة الدقيقة للأنسجة، تم إجراء فحص كيميائي هيستولوجي مناعي يتضمن علامات مضادة لـ CD3 و CD8 في المناطق المصنفة على أنها "نقاط ساخنة" داخل التصوير المقطعي المحوسب والعضلي. تم التقاط الصور باستخدام كاميرا الهاتف الذكي. تم تحديد النسبة المئوية لوجود كل علامة داخل منطقتها. تم تقدير IS باستخدام طريقة شبه كمية. تتضمن مجموعة بيانات ISCRC بيانات شخصية مجهولة المصدر، إلى جانب السمات العيانية والمجهرية. تمثل الصور الملتقطة، التي تم الحصول عليها من خلال الجهود اليدوية باستخدام الهواتف الذكية، رصيدًا قيمًا للنهوض بالخوارزميات التنبؤية. الأهم من ذلك، أن التطبيقات المحتملة لهذه النماذج تتجاوز مجرد قدرات التنبؤ. وهي تضع الأساس لتطبيقات الهاتف المحمول المبتكرة التي يمكن أن تحدث ثورة في ممارسات أخصائيي علم الأمراض، لا سيما في أماكن الرعاية الصحية المقيدة بالموارد وغياب معدات المسح المتخصصة. رابط قاعدة البيانات: https://figshare.com/s/5b4fa3e58c247a4851d4

Translated Description (French)

Résumé Dans le domaine de la recherche sur le cancer, en se concentrant spécifiquement sur les carcinomes colorectaux (CCR), un nouveau test de diagnostic appelé « Immunoscore » (IS) a émergé. Ce test repose sur l'évaluation de la densité des lymphocytes infiltrant la tumeur, en particulier CD3 et CD8, à la fois au centre de la tumeur (CT) et dans sa marge invasive (IM). IS est prometteur en tant que facteur pronostique potentiel. Une étude descriptive rétrospective a été menée au sein du service de pathologie de l'hôpital Habib Thameur à Tunis, en Tunisie. L'objectif de l'étude était d'évaluer l'efficacité pronostique de la SI chez les patients atteints de CCR au moyen d'une analyse complète de la survie. Cette publication présente l'ensemble de données sur l'immunoscore dans le cancer colorectal (ISCRC), qui a été méticuleusement compilé au cours de l'étude susmentionnée. L'ensemble de données ISCRC comprend des images de diapositives numériques provenant de biopsies de 104 patients diagnostiqués avec un CCR. À l'aide de la technique des microréseaux tissulaires, une investigation immunohistochimique impliquant des marqueurs anti-CD3 et anti-CD8 a été réalisée dans des régions désignées comme des « points chauds » au sein du CT et du IM. Les images ont été capturées à l'aide d'une caméra de smartphone. Le pourcentage de présence de chaque marqueur dans sa région respective a été quantifié. L'IS a été estimé à l'aide d'une méthode semi-quantitative. L'ensemble de données ISCRC comprend des données personnelles anonymisées, ainsi que des attributs macroscopiques et microscopiques. Les images capturées, acquises par des efforts manuels à l'aide de smartphones, constituent un atout précieux pour l'avancement des algorithmes prédictifs. Il est important de noter que les applications potentielles de ces modèles vont au-delà des simples capacités de prédiction. Ils jettent les bases d'applications mobiles innovantes qui pourraient potentiellement révolutionner les pratiques des pathologistes, en particulier dans les milieux de soins de santé contraints par les ressources et l'absence d'équipements de numérisation spécialisés. URL de la base de données : https://figshare.com/s/5b4fa3e58c247a4851d4

Translated Description (Spanish)

Resumen En el ámbito de la investigación del cáncer, centrándose específicamente en los carcinomas colorrectales (CCR), ha surgido una nueva prueba de diagnóstico denominada ' Immunoscore' (IS). Esta prueba se basa en la evaluación de la densidad de linfocitos infiltrantes de tumores, específicamente CD3 y CD8, tanto en el centro del tumor (TC) como en su margen invasivo (MI). IS es prometedor como posible factor pronóstico. Se realizó un estudio descriptivo retrospectivo en el Departamento de Patología del Hospital Habib Thameur en Túnez, Túnez. El objetivo del estudio fue evaluar la eficacia pronóstica de la IS para pacientes con CCR mediante un análisis de supervivencia integral. Esta publicación presenta el conjunto de datos Immunoscore in colorectal cancer (ISCRC), que se compiló meticulosamente durante el estudio mencionado anteriormente. El conjunto de datos del ISCRC comprende imágenes de diapositivas digitales procedentes de biopsias de 104 pacientes diagnosticados con CCR. Utilizando la técnica de micromatrices de tejidos, se realizó una investigación inmunohistoquímica con marcadores anti-CD3 y anti-CD8 en regiones designadas como "puntos calientes" dentro de la TC y la MI. Las imágenes se capturaron con la cámara de un teléfono inteligente. Se cuantificó el porcentaje de presencia de cada marcador dentro de su respectiva región. El IS se estimó utilizando un método semicuantitativo. El conjunto de datos del ISCRC abarca datos personales anónimos, junto con atributos macroscópicos y microscópicos. Las imágenes capturadas, adquiridas a través de esfuerzos manuales utilizando teléfonos inteligentes, son un activo valioso para el avance de los algoritmos predictivos. Es importante destacar que las aplicaciones potenciales de estos modelos se extienden más allá de las meras capacidades de predicción. Sientan las bases para aplicaciones móviles innovadoras que podrían revolucionar las prácticas de los patólogos, particularmente en entornos de atención médica limitados por los recursos y la ausencia de equipos de escaneo especializados. URL de la base de datos: https://figshare.com/s/5b4fa3e58c247a4851d4

Files

baad089.pdf.pdf

Files (93 Bytes)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:b0d506893d4802090edf1644f5f082cd
93 Bytes
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
مجموعة بيانات من الخلايا الليمفاوية المتسللة للورم في مرضى سرطان القولون والمستقيم باستخدام موارد محدودة
Translated title (French)
Un ensemble de données sur les lymphocytes infiltrant les tumeurs chez les patients atteints de cancer colorectal utilisant des ressources limitées
Translated title (Spanish)
Un conjunto de datos de linfocitos infiltrantes de tumores en pacientes con cáncer colorrectal que utilizan recursos limitados

Identifiers

Other
https://openalex.org/W4389827305
DOI
10.1093/database/baad089

Is supplement to
https://openalex.org/W4294043804 (Other)
https://openalex.org/W2540537496 (Other)
https://openalex.org/W2386812150 (Other)
https://openalex.org/W2381590519 (Other)
https://openalex.org/W2361557085 (Other)
https://openalex.org/W2359098452 (Other)
https://openalex.org/W2256368028 (Other)
https://openalex.org/W2126179258 (Other)
https://openalex.org/W1969023321 (Other)
https://openalex.org/W1578411543 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Tunisia

References

  • https://openalex.org/W1980474981
  • https://openalex.org/W2049299149
  • https://openalex.org/W2069087118
  • https://openalex.org/W2070583523
  • https://openalex.org/W2087810003
  • https://openalex.org/W2119301589
  • https://openalex.org/W2765914354
  • https://openalex.org/W2802206159
  • https://openalex.org/W2889646458
  • https://openalex.org/W2899076905
  • https://openalex.org/W2980903476
  • https://openalex.org/W4366982192