Secuencia parcial del genoma del maxicírculo de Leishmania braziliensis, comparación con otros tripanosomátidos

Translated Description (Arabic)

الهدف. بهدف تقديم رؤى جديدة للتنميط الوراثي والدراسات الوراثية لجنس الليشمانيا ، في هذه الدراسة، تم تحديد تسلسل الدائرة العليا في الليشمانيا البرازيلية ، سلالة MHOM - BR -75 - M2904، ومقارنتها مع تلك المبلغ عنها في الأنواع الأخرى من المثقبيات. المواد والأساليب. تم إجراء عمليات البحث عن تسلسلات الدائرة القصوى في التسلسلات غير المجمعة لقاعدة بيانات GeneDB الإصدار 2.1، وكذلك في بنك الجينات، باستخدام < em> ND8 و < em> RPS12 جينات L. braziliensis كمسابير أولية. تم تجميع هذه التسلسلات ومقارنتها مع التسلسلات المتماثلة للمثقبيات باستخدام أدوات المعلوماتية الحيوية LALIGN و ClustalW2. تم تحديد حجم الدائرة العليا من خلال مقايسات اللطخة الجنوبية. النتائج. تم تجميع شظايا دائرة قصوى من 6535 و 4257 نيوكليوتيد. أظهرت تسلسلات هذه الجينات درجة عالية من التوليف والتشابه مع التسلسلات في الأنواع الأخرى من الليشمانيا. وقد امتد هذا التشابه إلى أنماط تحرير هذه الجزيئات. الاستنتاجات. على الرغم من أن L. braziliensis هي الأنواع الأكثر تباينًا من جنس الليشمانيا في جينومها النووي، إلا أن الدائرة العليا تتمتع بحفظ عالٍ. تشير هذه النتيجة إلى أن نمط التحرير الموجود في الأنواع المختلفة من الليشمانيا التي تمت دراستها قد تم حفظه أيضًا في الجنس الفرعي Viannia. تشير هذه النتائج إلى حفظ كبير في تحرير نصوص الميتوكوندريا على مستوى الجنس. < p> الكلمات الرئيسية: الحمض النووي الحركي (kDNA)، تحرير الحمض النووي الريبي، الليشمانيا (فيانيا) البرازيلية، الدائرة القصوى.

Translated Description (English)

Objective. With the aim to provide new insights for genotyping and phylogenetic studies of the Leishmania genus, in this study the sequence of the maxicircle in Leishmania braziliensis, strain MHOM-BR-75-M2904, was determined and compared with those reported in other trypanosomatids species. Materials and methods. Searches for maxicircle sequences were performed in the unassembled sequences of GeneDB database version 2.1, as well as in the GenBank, using the ND8 and RPS12 genes of L. braziliensis as the initial probes. These sequences were assembled and compared with the homologous sequences of trypanosomatids using the bioinformatics tools LALIGN and ClustalW2. The size of maxicircle was determined by Southern blot assays. Results. Two maxicircle fragments of 6535 and 4257 nucleotides were assembled. The sequences of these genes showed high synteny and similarity with the sequences in other Leishmania species. This similarity was even extended to the editing patterns of these molecules. Conclusions. Although L. braziliensis is the most divergent species of the Leishmania genus in their nuclear genome, the maxicicircle has a high conservation. This result suggests that the pattern of editing present in the different Leishmania species studied has also been conserved in the subgenus Viannia. These results indicate a high conservation in the editing of mitochondrial transcripts at the genus level.

Key words: kinetoplast DNA (kDNA), RNA editing, Leishmania (Viannia) braziliensis, maxicircle.

Translated Description (French)

Objective. With the aim to provide new insights for genotyping and phylogenetic studies of the Leishmania genus, in this study the sequence of the maxicircle in Leishmania braziliensis, strain MHOM-BR-75-M2904, was determined and compared with those reported in other trypanosomatids species. Materials and methods. Searches for maxicircle sequences were performed in the unasembled sequences of GeneDB database version 2.1, as well as in the GenBank, using the ND8 and RPS12 genes of L. braziliensis as the initial probes. These sequences were assembled and compared with the homologous sequences of trypanosomatids using the bioinformatics tools LALIGN and ClustalW2. The size of maxicircle was determined by Southern blot assays. Results. Two maxicircle fragments of 6535 and 4257 nucleotides were assembled. The sequences of these genes showed high synteny and similarity with the sequences in other Leishmania species. This similarity even was extended to the editing patterns of these molecules. Conclusions. Although L. braziliensis is the most divergent species of the Leishmania genus in their nuclear genome, the maxicicircle has a high conservation. This result suggests that the pattern of editing present in the different Leishmania species studied has been conserved also in the subgenus Viannia. These results indicate a high conservation in the editing of mitochondrial transcripts at the genus level.

Key words : kinetoplast DNA (kDNA), RNA editing, Leishmania (Viannia) braziliensis, maxicircle.