Published November 20, 2012 | Version v1
Publication Open

1H, 13C and 15N chemical shift assignments of Na-FAR-1, a helix-rich fatty acid and retinol binding protein of the parasitic nematode Necator americanus

Creators

  • 1. Instituto de Biotecnología y Biología Molecular
  • 2. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
  • 3. University of Glasgow

Description

The fatty acid and retinol-binding (FAR) proteins are a family of unusual helix-rich lipid binding proteins found exclusively in nematodes, and are secreted by a range of parasites of humans, animals and plants. Na-FAR-1 is from the parasitic nematode Necator americanus, an intestinal blood-feeding parasite of humans. Sequence-specific 1H, 13C and 15N resonance assignments have been obtained for the recombinant 170 amino acid protein, using three-dimensional triple-resonance heteronuclear magnetic resonance experiments. Backbone assignments have been obtained for 99.3 % of the non-proline HN/N pairs (146 out of 147). The amide resonance of T45 was not observed, probably due to rapid exchange with solvent water. A total of 96.9 % of backbone resonances were identified, while 97.7 % assignment of amino acid sidechain protons is complete. All Hα(166), Hβ(250) and Hγ(160) and 98.4 % of the Hδ (126 out of 128) atoms were assigned. In addition, 99.4 % Cα (154 out of 155) and 99.3 % Cβ (143 out of 144) resonances have been assigned. No resonances were observed for the NHn groups of R93 NεHε, arginine, Nη1H2, Nη2H2, histidine Nδ1Hδ1, Nε1Hε1 and lysine Nζ3H3. Na-FAR-1 has a similar overall arrangement of α-helices to Ce-FAR-7 of the free-living Caeorhabditis elegans, but with an extra C-terminal helix.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

البروتينات المرتبطة بالأحماض الدهنية والريتينول (FAR) هي عائلة من البروتينات غير العادية الغنية بالدهون اللولبية الموجودة حصريًا في الديدان الخيطية، وتفرزها مجموعة من طفيليات البشر والحيوانات والنباتات. Na - FAR -1 هو من الديدان الخيطية الطفيلية Necator americanus، وهو طفيلي معوي يتغذى على الدم لدى البشر. تم الحصول على تعيينات رنين خاصة بالتسلسل 1H و 13C و 15N لبروتين الأحماض الأمينية 170 المؤتلف، باستخدام تجارب رنين مغناطيسي ثلاثي الأبعاد ثلاثي الأبعاد. تم الحصول على تعيينات العمود الفقري لـ 99.3 ٪ من أزواج HN/N غير البرولاين (146 من أصل 147). لم يلاحظ رنين أميد T45، ربما بسبب التبادل السريع مع الماء المذيب. تم تحديد ما مجموعه 96.9 ٪ من رنين العمود الفقري، في حين اكتمل تخصيص 97.7 ٪ من بروتونات السلسلة الجانبية للأحماض الأمينية. تم تعيين جميع ذرات Hα (166) و Hβ (250) و Hγ (160) و 98.4 ٪ من Hδ (126 من أصل 128). بالإضافة إلى ذلك، تم تعيين 99.4 ٪ Cα (154 من أصل 155) و 99.3 ٪ Cβ (143 من أصل 144) رنين. لم يلاحظ أي رنين لمجموعات NHn من R93 NεHε، والأرجينين، و Nη 1H2، و Nη 2H2، والهستيدين Nδ 1Hδ 1، و Nε 1Hε 1، والليسين Nḳ 3H3. يحتوي Na - FAR -1 على ترتيب عام مشابه لـ α - helices لـ Ce - FAR -7 من Caeorhabditis elegans الذي يعيش بحرية، ولكن مع لولب طرفي C إضافي.

Translated Description (French)

Les protéines de liaison aux acides gras et au rétinol (FAR) sont une famille de protéines de liaison aux lipides riches en hélices que l'on trouve exclusivement chez les nématodes et qui sont sécrétées par une gamme de parasites humains, animaux et végétaux. Na-FAR-1 provient du nématode parasitaire Necator americanus, un parasite qui se nourrit de sang intestinal chez l'homme. Des assignations de résonance 1H, 13C et 15N spécifiques à la séquence ont été obtenues pour la protéine recombinante de 170 acides aminés, en utilisant des expériences de résonance magnétique hétéronucléaire tridimensionnelle à triple résonance. Des assignations dorsales ont été obtenues pour 99,3 % des paires HN/N non proline (146 sur 147). La résonance amide de la T45 n'a pas été observée, probablement en raison d'un échange rapide avec l'eau de solvant. Au total, 96,9 % des résonances du squelette ont été identifiées, tandis que 97,7 % de l'attribution des protons de la chaîne latérale des acides aminés est terminée. Tous les atomes Hα(166), Hβ(250) et Hγ(160) et 98,4 % des atomes Hδ (126 sur 128) ont été attribués. De plus, 99,4 % des résonances Cα (154 sur 155) et 99,3 % des résonances Cβ (143 sur 144) ont été attribuées. Aucune résonance n'a été observée pour les groupes NHn de R93 NεHε, arginine, Nη1H2, Nη2H2, histidine Nδ1Hδ1, Nε1Hε1 et lysine Nζ3H3. Na-FAR-1 a un arrangement global d'hélices α similaire à Ce-FAR-7 des Caeorhabditis elegans libres, mais avec une hélice C-terminale supplémentaire.

Translated Description (Spanish)

Las proteínas de unión a ácidos grasos y retinol (FAR) son una familia de proteínas de unión a lípidos ricas en hélice inusuales que se encuentran exclusivamente en los nematodos y son secretadas por una variedad de parásitos de humanos, animales y plantas. Na-FAR-1 es del nematodo parásito Necator americanus, un parásito intestinal que se alimenta de sangre de los humanos. Se han obtenido asignaciones de resonancia 1H, 13C y 15N específicas de secuencia para la proteína recombinante de 170 aminoácidos, utilizando experimentos de resonancia magnética heteronuclear de triple resonancia tridimensional. Se han obtenido asignaciones de columna vertebral para el 99,3 % de los pares HN/N sin prolina (146 de 147). No se observó la resonancia de amida de T45, probablemente debido al rápido intercambio con agua solvente. Se identificó un total de 96.9 % de resonancias de la cadena principal, mientras que se completó la asignación de 97.7 % de protones de la cadena lateral de aminoácidos. Se asignaron todos los átomos Hα(166), Hβ (250) y Hγ (160) y el 98,4 % de los Hδ (126 de 128). Además, se han asignado resonancias del 99,4 % de Cα (154 de 155) y del 99,3 % de Cβ (143 de 144). No se observaron resonancias para los grupos NHn de R93 NεHε, arginina, Nη1H2, Nη2H2, histidina Nδ1Hδ1, Nε1Hε1 y lisina Nζ3H3. Na-FAR-1 tiene una disposición general similar de hélices α a Ce-FAR-7 de la Caeorhabditis elegans de vida libre, pero con una hélice C-terminal adicional.

Files

s12104-012-9444-4.pdf.pdf

Files (643.7 kB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:2f85d8f49d4d5b5bc354d2207bf9c644
643.7 kB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
مهام التحول الكيميائي 1H و 13C و 15N لـ Na - FAR -1، وهو حمض دهني غني بالحلزون وبروتين مرتبط بالريتينول للديدان الخيطية الطفيلية Necator americanus
Translated title (French)
Affectations de déplacement chimique 1H, 13C et 15N de Na-FAR-1, une protéine de liaison aux acides gras et au rétinol riche en hélices du nématode parasite Necator americanus
Translated title (Spanish)
Asignaciones de desplazamiento químico 1H, 13C y 15N de Na-FAR-1, un ácido graso rico en hélice y una proteína de unión a retinol del nematodo parásito Necator americanus

Identifiers

Other
https://openalex.org/W2016696400
DOI
10.1007/s12104-012-9444-4

Is supplement to
https://openalex.org/W47012444 (Other)
https://openalex.org/W2950674560 (Other)
https://openalex.org/W2320102411 (Other)
https://openalex.org/W2316998207 (Other)
https://openalex.org/W2046649749 (Other)
https://openalex.org/W2008990369 (Other)
https://openalex.org/W1981731321 (Other)
https://openalex.org/W1972649478 (Other)
https://openalex.org/W1964162877 (Other)
https://openalex.org/W1833283710 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Argentina

References

  • https://openalex.org/W1968729993
  • https://openalex.org/W1978203540
  • https://openalex.org/W1980804006
  • https://openalex.org/W2001147303
  • https://openalex.org/W2007823692
  • https://openalex.org/W2011737660
  • https://openalex.org/W2046825058
  • https://openalex.org/W2069673822
  • https://openalex.org/W2070534813
  • https://openalex.org/W2073012949
  • https://openalex.org/W2090693744
  • https://openalex.org/W2144335413
  • https://openalex.org/W2148521301
  • https://openalex.org/W2158998808
  • https://openalex.org/W2162326332
  • https://openalex.org/W2169707043
  • https://openalex.org/W4234297355