Published December 2, 2021
| Version v1
Publication
Open
Genomic Uniqueness of Local Sheep Breeds From Morocco
Creators
- 1. Institut National de Recherche pour l'Agriculture, l'Alimentation et l'Environnement
- 2. Université Sultan Moulay Slimane
- 3. Centre de Biologie et de Gestion des Populations
- 4. Laboratoire d'Écologie Alpine
- 5. Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage
- 6. Université de Limoges
Description
Sheep farming is a major source of meat in Morocco and plays a key role in the country's agriculture. This study aims at characterizing the whole-genome diversity and demographic history of the main Moroccan sheep breeds, as well as to identify selection signatures within and between breeds. Whole genome data from 87 individuals representing the five predominant local breeds were used to estimate their level of neutral genetic diversity and to infer the variation of their effective population size over time. In addition, we used two methods to detect selection signatures: either for detecting selective sweeps within each breed separately or by detecting differentially selected regions by contrasting different breeds. We identified hundreds of genomic regions putatively under selection, which related to several biological terms involved in local adaptation or the expression of zootechnical performances such as Growth, UV protection, Cell maturation or Feeding behavior. The results of this study revealed selection signatures in genes that have an important role in traits of interest and increased our understanding of how genetic diversity is distributed in these local breeds. Thus, Moroccan local sheep breeds exhibit both a high genetic diversity and a large set of adaptive variations, and therefore, represent a valuable genetic resource for the conservation of sheep in the context of climate change.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
تعد تربية الأغنام مصدرًا رئيسيًا للحوم في المغرب وتلعب دورًا رئيسيًا في الزراعة في البلاد. تهدف هذه الدراسة إلى توصيف تنوع الجينوم الكامل والتاريخ الديموغرافي لسلالات الأغنام المغربية الرئيسية، وكذلك تحديد توقيعات الاختيار داخل السلالات وفيما بينها. تم استخدام بيانات الجينوم الكاملة من 87 فردًا يمثلون السلالات المحلية الخمسة السائدة لتقدير مستوى تنوعهم الجيني المحايد واستنتاج تباين حجمهم السكاني الفعال بمرور الوقت. بالإضافة إلى ذلك، استخدمنا طريقتين للكشف عن علامات الاختيار: إما للكشف عن عمليات المسح الانتقائية داخل كل سلالة على حدة أو عن طريق الكشف عن المناطق المختارة بشكل تفاضلي عن طريق تباين السلالات المختلفة. حددنا المئات من المناطق الجينية التي يُفترض أنها قيد الانتقاء، والتي تتعلق بالعديد من المصطلحات البيولوجية المشاركة في التكيف المحلي أو التعبير عن الأداء الفني الحيواني مثل النمو أو الحماية من الأشعة فوق البنفسجية أو نضج الخلايا أو سلوك التغذية. كشفت نتائج هذه الدراسة عن تواقيع انتقاء في الجينات التي لها دور مهم في السمات محل الاهتمام وزادت من فهمنا لكيفية توزيع التنوع الجيني في هذه السلالات المحلية. وبالتالي، فإن سلالات الأغنام المحلية المغربية تظهر تنوعًا وراثيًا مرتفعًا ومجموعة كبيرة من الاختلافات التكيفية، وبالتالي تمثل موردًا وراثيًا قيمًا للحفاظ على الأغنام في سياق تغير المناخ.Translated Description (French)
L'élevage ovin est une source majeure de viande au Maroc et joue un rôle clé dans l'agriculture du pays. Cette étude vise à caractériser la diversité du génome entier et l'histoire démographique des principales races ovines marocaines, ainsi qu'à identifier les signatures de sélection au sein et entre les races. Les données du génome entier de 87 individus représentant les cinq races locales prédominantes ont été utilisées pour estimer leur niveau de diversité génétique neutre et pour déduire la variation de la taille effective de leur population au fil du temps. De plus, nous avons utilisé deux méthodes pour détecter les signatures de sélection : soit pour détecter des balayages sélectifs au sein de chaque race séparément, soit en détectant des régions sélectionnées différemment en contrastant différentes races. Nous avons identifié des centaines de régions génomiques putativement en cours de sélection, qui étaient liées à plusieurs termes biologiques impliqués dans l'adaptation locale ou l'expression de performances zootechniques telles que la croissance, la protection UV, la maturation cellulaire ou le comportement alimentaire. Les résultats de cette étude ont révélé des signatures de sélection dans les gènes qui jouent un rôle important dans les traits d'intérêt et ont amélioré notre compréhension de la façon dont la diversité génétique est distribuée chez ces races locales. Ainsi, les races ovines locales marocaines présentent à la fois une grande diversité génétique et un large ensemble de variations adaptatives, et représentent donc une ressource génétique précieuse pour la conservation des moutons dans le contexte du changement climatique.Translated Description (Spanish)
La cría de ovejas es una fuente importante de carne en Marruecos y desempeña un papel clave en la agricultura del país. Este estudio tiene como objetivo caracterizar la diversidad de todo el genoma y la historia demográfica de las principales razas ovinas marroquíes, así como identificar las firmas de selección dentro y entre las razas. Los datos del genoma completo de 87 individuos que representan las cinco razas locales predominantes se utilizaron para estimar su nivel de diversidad genética neutra e inferir la variación de su tamaño de población efectivo a lo largo del tiempo. Además, utilizamos dos métodos para detectar firmas de selección: ya sea para detectar barridos selectivos dentro de cada raza por separado o mediante la detección de regiones seleccionadas diferencialmente mediante el contraste de diferentes razas. Identificamos cientos de regiones genómicas putativamente bajo selección, que se relacionaban con varios términos biológicos involucrados en la adaptación local o la expresión de comportamientos zootécnicos como el crecimiento, la protección UV, la maduración celular o el comportamiento de alimentación. Los resultados de este estudio revelaron firmas de selección en genes que tienen un papel importante en los rasgos de interés y aumentaron nuestra comprensión de cómo se distribuye la diversidad genética en estas razas locales. Por lo tanto, las razas ovinas locales marroquíes exhiben tanto una alta diversidad genética como un gran conjunto de variaciones adaptativas y, por lo tanto, representan un valioso recurso genético para la protección de las ovejas en el contexto del cambio climático.Files
pdf.pdf
Files
(2.1 MB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:bdf5735d31db34b05788e9d8facc54e4
|
2.1 MB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- التفرد الجيني لسلالات الأغنام المحلية من المغرب
- Translated title (French)
- Unicité génomique des races ovines locales du Maroc
- Translated title (Spanish)
- Unicidad genómica de las razas ovinas locales de Marruecos
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W3215299915
- DOI
- 10.3389/fgene.2021.723599
References
- https://openalex.org/W117050856
- https://openalex.org/W1518580566
- https://openalex.org/W1534741107
- https://openalex.org/W1539118047
- https://openalex.org/W1555498510
- https://openalex.org/W1559477917
- https://openalex.org/W1596062789
- https://openalex.org/W1908286966
- https://openalex.org/W1942388476
- https://openalex.org/W1964895626
- https://openalex.org/W1969353942
- https://openalex.org/W1980051172
- https://openalex.org/W2031545914
- https://openalex.org/W2033703991
- https://openalex.org/W2034099337
- https://openalex.org/W2034869568
- https://openalex.org/W2041784630
- https://openalex.org/W2045294397
- https://openalex.org/W2047453840
- https://openalex.org/W2047900220
- https://openalex.org/W2054497677
- https://openalex.org/W2058474497
- https://openalex.org/W2059727164
- https://openalex.org/W2062290915
- https://openalex.org/W2063287758
- https://openalex.org/W2065278544
- https://openalex.org/W2074154736
- https://openalex.org/W2081480402
- https://openalex.org/W2085287237
- https://openalex.org/W2089800438
- https://openalex.org/W2094341813
- https://openalex.org/W2102304447
- https://openalex.org/W2103755322
- https://openalex.org/W2103877091
- https://openalex.org/W2108234281
- https://openalex.org/W2113604200
- https://openalex.org/W2114404218
- https://openalex.org/W2116148939
- https://openalex.org/W2116948221
- https://openalex.org/W2117025246
- https://openalex.org/W2118484872
- https://openalex.org/W2119180969
- https://openalex.org/W2129642860
- https://openalex.org/W2134599124
- https://openalex.org/W2136943381
- https://openalex.org/W2137493586
- https://openalex.org/W2139852278
- https://openalex.org/W2149992227
- https://openalex.org/W2151836846
- https://openalex.org/W2154910006
- https://openalex.org/W2156697481
- https://openalex.org/W2160385640
- https://openalex.org/W2164878692
- https://openalex.org/W2165927812
- https://openalex.org/W2235953257
- https://openalex.org/W2292463482
- https://openalex.org/W2306376779
- https://openalex.org/W2462824842
- https://openalex.org/W2502452833
- https://openalex.org/W2545220506
- https://openalex.org/W2605248062
- https://openalex.org/W2615429766
- https://openalex.org/W2784722431
- https://openalex.org/W2793925946
- https://openalex.org/W2801232303
- https://openalex.org/W2803115894
- https://openalex.org/W2806673384
- https://openalex.org/W2884076343
- https://openalex.org/W2911640182
- https://openalex.org/W2925188014
- https://openalex.org/W2946871236
- https://openalex.org/W2966328939
- https://openalex.org/W2985960963
- https://openalex.org/W3000219635
- https://openalex.org/W3009329134
- https://openalex.org/W3036938734
- https://openalex.org/W3103622750
- https://openalex.org/W3125102616
- https://openalex.org/W3128665611
- https://openalex.org/W3216062666