Published March 2, 2016
| Version v1
Publication
Open
Serotype and genetic diversity of human rhinovirus strains that circulated in Kenya in 2008
Creators
- 1. Jomo Kenyatta University of Agriculture and Technology
- 2. Kenyatta University
- 3. United States Army Medical Research Directorate - Africa
- 4. Walter Reed Army Institute of Research
- 5. University of Nairobi
Description
Background Human rhinoviruses ( HRV s) are a well‐established cause of the common cold and recent studies indicated that they may be associated with severe acute respiratory illnesses ( SARI s) like pneumonia, asthma, and bronchiolitis. Despite global studies on the genetic diversity of the virus, the serotype diversity of these viruses across diverse geographic regions in Kenya has not been characterized. Objectives This study sought to characterize the serotype diversity of HRV strains that circulated in Kenya in 2008. Methods A total of 517 archived nasopharyngeal samples collected in a previous respiratory virus surveillance program across Kenya in 2008 were selected. Participants enrolled were outpatients who presented with influenza‐like ( ILI ) symptoms. Real‐time RT ‐ PCR was employed for preliminary HRV detection. HRV ‐positive samples were amplified using RT ‐ PCR and thereafter the nucleotide sequences of the amplicons were determined followed by phylogenetic analysis. Results Twenty‐five percent of the samples tested positive for HRV . Phylogenetic analysis revealed that the Kenyan HRV s clustered into three main species comprising HRV ‐A (54%), HRV ‐B (12%), and HRV ‐C (35%). Overall, 20 different serotypes were identified. Intrastrain sequence homology among the Kenyan strains ranged from 58% to 100% at the nucleotide level and 55% to 100% at the amino acid level. Conclusion These results show that a wide range of HRV serotypes with different levels of nucleotide variation were present in Kenya. Furthermore, our data show that HRV s contributed substantially to influenza‐like illness in Kenya in 2008.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
خلفية فيروسات الأنف البشرية (HRVs) هي سبب راسخ لنزلات البرد، وأشارت الدراسات الحديثة إلى أنها قد تكون مرتبطة بأمراض الجهاز التنفسي الحادة الوخيمة ( SARIs) مثل الالتهاب الرئوي والربو والتهاب الشعب الهوائية. على الرغم من الدراسات العالمية حول التنوع الجيني للفيروس، لم يتم تمييز تنوع النمط المصلي لهذه الفيروسات عبر مناطق جغرافية متنوعة في كينيا. الأهداف سعت هذه الدراسة إلى وصف تنوع النمط المصلي لسلالات فيروس الورم الحليمي البشري التي انتشرت في كينيا في عام 2008. الأساليب تم اختيار ما مجموعه 517 عينة مؤرشفة من البلعوم الأنفي تم جمعها في برنامج سابق لمراقبة الفيروسات التنفسية في جميع أنحاء كينيا في عام 2008. كان المشاركون المسجلون من المرضى الخارجيين الذين ظهرت عليهم أعراض شبيهة بالإنفلونزا ( ILI ). تم استخدام RT - PCR في الوقت الفعلي للكشف الأولي عن فيروس الورم الحليمي البشري. تم تضخيم عينات HRV -الموجبة باستخدام RT - PCR وبعد ذلك تم تحديد تسلسلات النيوكليوتيدات للأمبيليكون متبوعة بتحليل تطور السلالات. النتائج خمسة وعشرون في المئة من العينات التي تم اختبارها إيجابية لفيروس الورم الحليمي البشري. وكشف التحليل الوراثي أن فيروس الورم الحليمي البشري الكيني يتجمع في ثلاثة أنواع رئيسية تشمل فيروس الورم الحليمي البشري أ (54 ٪)، وفيروس الورم الحليمي البشري ب (12 ٪)، وفيروس الورم الحليمي البشري ج (35 ٪). بشكل عام، تم تحديد 20 نمطًا مصليًا مختلفًا. تراوح تماثل تسلسل الإجهاد الداخلي بين السلالات الكينية من 58 ٪ إلى 100 ٪ على مستوى النيوكليوتيدات و 55 ٪ إلى 100 ٪ على مستوى الأحماض الأمينية. تظهر هذه النتائج أن مجموعة واسعة من الأنماط المصلية لفيروس الورم الحليمي البشري مع مستويات مختلفة من تباين النيوكليوتيدات كانت موجودة في كينيا. علاوة على ذلك، تُظهر بياناتنا أن فيروس نقص المناعة البشرية ساهم بشكل كبير في المرض الشبيه بالإنفلونزا في كينيا في عام 2008.Translated Description (French)
Contexte Les rhinovirus humains ( HRV) sont une cause bien établie du rhume et des études récentes ont indiqué qu'ils peuvent être associés à des maladies respiratoires aiguës graves ( SARI) comme la pneumonie, l'asthme et la bronchiolite. Malgré des études mondiales sur la diversité génétique du virus, la diversité sérotypique de ces virus dans diverses régions géographiques du Kenya n'a pas été caractérisée. Objectifs Cette étude a cherché à caractériser la diversité sérotypique des souches de HRV qui ont circulé au Kenya en 2008. Méthodes Un total de 517 échantillons nasopharyngés archivés collectés dans le cadre d'un précédent programme de surveillance des virus respiratoires à travers le Kenya en 2008 ont été sélectionnés. Les participants inscrits étaient des patients externes qui présentaient des symptômes pseudo-grippaux ( SG ). La RT ‐ PCR en temps réel a été utilisée pour la détection préliminaire du HRV. Les échantillons positifs au HRV ont été amplifiés à l'aide de la RT ‐ PCR, puis les séquences nucléotidiques des amplicons ont été déterminées, suivies d'une analyse phylogénétique. Résultats Vingt-cinq pour cent des échantillons ont été testés positifs pour la VRC . L'analyse phylogénétique a révélé que le VRC kenyan s se regroupait en trois espèces principales comprenant le VRC ‐A (54 %), le VRC ‐B (12 %) et le VRC ‐C (35 %). Au total, 20 sérotypes différents ont été identifiés. L'homologie de la séquence intrastrain chez les souches kenyanes variait de 58 % à 100 % au niveau des nucléotides et de 55 % à 100 % au niveau des acides aminés. Conclusion Ces résultats montrent qu'un large éventail de sérotypes de HRV avec différents niveaux de variation nucléotidique étaient présents au Kenya. En outre, nos données montrent que les VRC ont contribué de manière substantielle aux maladies pseudo-grippales au Kenya en 2008.Translated Description (Spanish)
Antecedentes Los rinovirus humanos ( HRV) son una causa bien establecida del resfriado común y estudios recientes indicaron que pueden estar asociados con enfermedades respiratorias agudas graves ( SARI) como neumonía, asma y bronquiolitis. A pesar de los estudios globales sobre la diversidad genética del virus, la diversidad de serotipos de estos virus en diversas regiones geográficas de Kenia no se ha caracterizado. Objetivos Este estudio buscó caracterizar la diversidad de serotipos de las cepas de HRV que circularon en Kenia en 2008. Métodos Se seleccionaron un total de 517 muestras nasofaríngeas archivadas recolectadas en un programa anterior de vigilancia del virus respiratorio en Kenia en 2008. Los participantes inscritos eran pacientes ambulatorios que presentaban síntomas similares a la gripe ( ili ). Se empleó RT ‐ PCR en tiempo real para la detección preliminar de HRV. Las muestras positivas para HRV se amplificaron utilizando RT ‐ PCR y posteriormente se determinaron las secuencias de nucleótidos de los amplicones, seguido de un análisis filogenético. Resultados El veinticinco por ciento de las muestras dieron positivo para VFC . El análisis filogenético reveló que las HRV de Kenia se agruparon en tres especies principales que comprenden HRV-A (54%), HRV-B (12%) y HRV-C(35%). En total, se identificaron 20 serotipos diferentes. La homología de secuencia dentro de la cepa entre las cepas kenianas varió del 58% al 100% a nivel de nucleótidos y del 55% al 100% a nivel de aminoácidos. Conclusión Estos resultados muestran que una amplia gama de serotipos de HRV con diferentes niveles de variación de nucleótidos estaban presentes en Kenia. Además, nuestros datos muestran que las VFC contribuyeron sustancialmente a la enfermedad similar a lainfluenza en Kenia en 2008.Files
irv.12373.pdf
Files
(16.0 kB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:b8ac2ee9cc063af8ac77b65dbc2d7826
|
16.0 kB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- النمط المصلي والتنوع الوراثي لسلالات فيروس الأنف البشري التي انتشرت في كينيا في عام 2008
- Translated title (French)
- Sérotype et diversité génétique des souches de rhinovirus humain qui ont circulé au Kenya en 2008
- Translated title (Spanish)
- Serotipo y diversidad genética de cepas de rinovirus humanos que circularon en Kenia en 2008
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W2261015733
- DOI
- 10.1111/irv.12373
References
- https://openalex.org/W1578673851
- https://openalex.org/W1861776684
- https://openalex.org/W1975117713
- https://openalex.org/W1980556522
- https://openalex.org/W1986742054
- https://openalex.org/W1989955101
- https://openalex.org/W1993156653
- https://openalex.org/W1993289630
- https://openalex.org/W2016838569
- https://openalex.org/W2041501280
- https://openalex.org/W2049375682
- https://openalex.org/W2085496026
- https://openalex.org/W2105558135
- https://openalex.org/W2107533173
- https://openalex.org/W2110093951
- https://openalex.org/W2111804848
- https://openalex.org/W2114191153
- https://openalex.org/W2115112600
- https://openalex.org/W2118962872
- https://openalex.org/W2133634041
- https://openalex.org/W2137110666
- https://openalex.org/W2147528916
- https://openalex.org/W2147710356
- https://openalex.org/W2148698435
- https://openalex.org/W2165026014
- https://openalex.org/W2165889294
- https://openalex.org/W2169391021
- https://openalex.org/W2169895729
- https://openalex.org/W4205623122
- https://openalex.org/W4236333462
- https://openalex.org/W4297851555