Published January 1, 2016 | Version v1
Publication Open

Novel Altered Region for Biomarker Discovery in Hepatocellular Carcinoma (HCC) Using Whole Genome SNP Array

Creators

  • 1. Misr University for Science and Technology
  • 2. Cairo University

Description

cancer represents one of the greatest medical causes of mortality.The majority of Hepatocellular carcinoma arises from the accumulation of genetic abnormalities, and possibly induced by exterior etiological factors especially HCV and HBV infections.There is a need for new tools to analysis the large sum of data to present relevant genetic changes that may be critical for both understanding how cancers develop and determining how they could ultimately be treated.Gene expression profiling may lead to new biomarkers that may help develop diagnostic accuracy for detecting Hepatocellular carcinoma.In this work, statistical technique (discrete stationary wavelet transform) for detection of copy number alternations to analysis high-density single-nucleotide polymorphism array of 30 cell lines on specific chromosomes, which are frequently detected in Hepatocellular carcinoma have been proposed.The results demonstrate the feasibility of whole-genome fine mapping of copy number alternations via high-density single-nucleotide polymorphism genotyping, Results revealed that a novel altered chromosomal region is discovered; region amplification (4q22.1)have been detected in 22 out of 30-Hepatocellular carcinoma cell lines (73%).This region strike, AFF1 and DSPP, tumor suppressor genes.This finding has not previously reported to be involved in liver carcinogenesis; it can be used to discover a new HCC biomarker, which helps in a better understanding of hepatocellular carcinoma.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

يمثل السرطان أحد أكبر الأسباب الطبية للوفيات. تنشأ غالبية سرطانات الخلايا الكبدية من تراكم التشوهات الجينية، وربما الناجمة عن العوامل المسببة الخارجية وخاصة عدوى فيروس التهاب الكبد الوبائي (سي) وفيروس التهاب الكبد الوبائي (بي). هناك حاجة إلى أدوات جديدة لتحليل الكم الكبير من البيانات لتقديم التغيرات الجينية ذات الصلة التي قد تكون حاسمة لكل من فهم كيفية تطور السرطانات وتحديد كيفية علاجها في نهاية المطاف. قد يؤدي تنميط التعبير الجيني إلى مؤشرات حيوية جديدة قد تساعد في تطوير دقة التشخيص للكشف عن سرطان الخلايا الكبدية. في هذا العمل، تقنية (تحويل الموجة الثابتة المنفصلة) للكشف عن تناوب عدد النسخ لتحليل مصفوفة تعدد الأشكال أحادية النوكليوتيد عالية الكثافة المكونة من 30 خطًا خلويًا على كروموسومات محددة، والتي يتم اكتشافها بشكل متكرر في سرطان الخلايا الكبدية. وقد تم اقتراح النتائج. وتوضح النتائج جدوى رسم الخرائط الدقيقة للجينوم الكامل لتناوب عدد النسخ عبر التنميط الجيني لتعدد الأشكال أحادية النوكليوتيد عالية الكثافة، وكشفت النتائج عن اكتشاف منطقة كروموسومية متغيرة جديدة ؛ تم اكتشاف تضخيم المنطقة (4q22.1) في 22 من أصل 30 خطًا خلويًا خلويًا خلويًا (73 ٪). هذه المنطقة تضرب، AFF1 و DSPP، الجينات الكابتة للورم. لم يتم الإبلاغ سابقًا عن هذه النتيجة في التسبب في سرطان الكبد ؛ يمكن استخدامه لاكتشاف علامة حيوية جديدة لـ HCC، مما يساعد في فهم أفضل لسرطان الخلايا الكبدية.

Translated Description (French)

le cancer représente l'une des plus grandes causes médicales de mortalité.La majorité du carcinome hépatocellulaire provient de l'accumulation d'anomalies génétiques, et peut-être induite par des facteurs étiologiques extérieurs, en particulier les infections par le VHC et le VHB.Il est nécessaire de disposer de nouveaux outils pour analyser la grande quantité de données afin de présenter les changements génétiques pertinents qui peuvent être essentiels à la fois pour comprendre comment les cancers se développent et pour déterminer comment ils pourraient finalement être traités.Le profilage de l'expression génique peut conduire à de nouveaux biomarqueurs qui peuvent aider à développer une précision diagnostique pour détecter le carcinome hépatocellulaire.Dans ce travail, les statistiques technique (transformée en ondelettes stationnaires discrètes) pour la détection des alternances du nombre de copies afin d'analyser le réseau de polymorphisme mononucléotidique à haute densité de 30 lignées cellulaires sur des chromosomes spécifiques, qui sont fréquemment détectées dans le carcinome hépatocellulaire ont été proposées.Les résultats démontrent la faisabilité de la cartographie fine du génome entier des alternances du nombre de copies via le génotypage du polymorphisme mononucléotidique à haute densité, Les résultats ont révélé qu'une nouvelle région chromosomique altérée est découverte ; l'amplification de région (4q22.1) a été détectée dans 22 des 30 lignées cellulaires de carcinome hépatocellulaire (73%).Cette région frappe, AFF1 et DSPP, gènes suppresseurs de tumeur. Cette découverte n'a pas encore été signalée comme étant impliquée dans la carcinogenèse hépatique ; elle peut être utilisée pour découvrir un nouveau biomarqueur du CHC, qui aide à mieux comprendre le carcinome hépatocellulaire.

Translated Description (Spanish)

el cáncer representa una de las mayores causas médicas de mortalidad. La mayoría del carcinoma hepatocelular surge de la acumulación de anomalías genéticas, y posiblemente inducidas por factores etiológicos externos, especialmente infecciones por VHC y VHB. Existe la necesidad de nuevas herramientas para analizar la gran cantidad de datos para presentar cambios genéticos relevantes que pueden ser críticos tanto para comprender cómo se desarrollan los cánceres como para determinar cómo podrían tratarse en última instancia. El perfil de expresión génica puede conducir a nuevos biomarcadores que pueden ayudar a desarrollar precisión diagnóstica para detectar el carcinoma hepatocelular. En este trabajo, técnica (transformada de wavelet estacionaria discreta) para la detección de alternancias en el número de copias para el análisis de la matriz de polimorfismos de un solo nucleótido de alta densidad de 30 líneas celulares en cromosomas específicos, que se detectan con frecuencia en el carcinoma hepatocelular. Se han propuesto los resultados demuestran la viabilidad del mapeo fino del genoma completo de las alternancias en el número de copias a través del genotipado de polimorfismos de un solo nucleótido de alta densidad. Los resultados revelaron que se descubre una nueva región cromosómica alterada; la amplificación de la región (4q22.1) se ha detectado en 22 de las 30 líneas celulares de carcinoma hepatocelular (73%). Esta región ataca, AFF1 y DSPP, genes supresores de tumores. Este hallazgo no se ha informado previamente que esté involucrado en la carcinogénesis hepática; se puede utilizar para descubrir un nuevo biomarcador de CHC, que ayuda a una mejor comprensión del carcinoma hepatocelular.

Files

Paper_1-Novel_Altered_Region_for_Biomarker_Discovery_in_Hepatocellular_Carcinoma.pdf.pdf

Files (1.1 MB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:ed32ef98061744520a9652bd48c60476
1.1 MB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
منطقة جديدة متغيرة لاكتشاف العلامات الحيوية في سرطان الخلايا الكبدية (HCC) باستخدام صفيف الجينوم الكامل SNP
Translated title (French)
Nouvelle région modifiée pour la découverte de biomarqueurs dans le carcinome hépatocellulaire (CHC) à l'aide du réseau SNP du génome entier
Translated title (Spanish)
Nueva región alterada para el descubrimiento de biomarcadores en el carcinoma hepatocelular (CHC) utilizando una matriz de SNP del genoma completo

Identifiers

Other
https://openalex.org/W2345891482
DOI
10.14569/ijacsa.2016.070401

Is supplement to
https://openalex.org/W9921505 (Other)
https://openalex.org/W3095544300 (Other)
https://openalex.org/W2996064479 (Other)
https://openalex.org/W2970780691 (Other)
https://openalex.org/W2936024166 (Other)
https://openalex.org/W2613370913 (Other)
https://openalex.org/W2579378686 (Other)
https://openalex.org/W2104756498 (Other)
https://openalex.org/W2086588636 (Other)
https://openalex.org/W1508523048 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Egypt

References

  • https://openalex.org/W1497506446
  • https://openalex.org/W1968046362
  • https://openalex.org/W1985021349
  • https://openalex.org/W1997941797
  • https://openalex.org/W2002406205
  • https://openalex.org/W2022625015
  • https://openalex.org/W2060893815
  • https://openalex.org/W2069524579
  • https://openalex.org/W2087261765
  • https://openalex.org/W2100217960
  • https://openalex.org/W2101946599
  • https://openalex.org/W2102310519
  • https://openalex.org/W2103637700
  • https://openalex.org/W2129359631
  • https://openalex.org/W2130410032
  • https://openalex.org/W2131922441
  • https://openalex.org/W2136035537
  • https://openalex.org/W2143671737
  • https://openalex.org/W2144142326
  • https://openalex.org/W2149681218
  • https://openalex.org/W2153056550
  • https://openalex.org/W2159894890
  • https://openalex.org/W2312886082
  • https://openalex.org/W2316813279
  • https://openalex.org/W2325606010
  • https://openalex.org/W2416924114
  • https://openalex.org/W39179355
  • https://openalex.org/W88290793