Published June 13, 2019 | Version v1
Publication Open

Exploring the "Latin American Mediterranean" family and the RDRio lineage in Mycobacterium tuberculosis isolates from Paraguay, Argentina and Venezuela

Creators

  • 1. Universidad Nacional de Asunción
  • 2. Administración Nacional de Laboratorios e Institutos de Salud
  • 3. Fundação Oswaldo Cruz
  • 4. Ministerio de Salud Pública y Bienestar Social
  • 5. Hospital Vargas

Description

The Latin American & Mediterranean (LAM) spoligotype family is one of the most successful genotype of Mycobacterium tuberculosis worldwide and particularly prevalent in South-America. Within this family, a sublineage named Region of Difference Rio (RDRio) was reported initially in Brazil and is characterized by a genomic deletion of about 26.3 kb. This lineage seems to show a specific adaptation to the Euro-Latin American population. In this context, we sought to evaluate the LAM family and the presence of the RDRio genotype in samples from three Latin American countries including Paraguay, Venezuela and Argentina. To detect LAM strains reliably we applied a typing scheme using spoligotyping, 12 loci MIRU-VNTR, the Ag85C103 SNP and the regions of difference RDRio and RD174. IS6110-RFLP results were also used when available.Genotyping of 413 M. tuberculosis isolates from three Latin-American countries detected LAM (46%) and the ill-defined T clade (16%) as the most frequent families. The highest clustering rate was detected in the sample population from the city of Caracas in Venezuela. We observed considerable differences in the presence of the RDRio lineage, with high frequency in Caracas-Venezuela (55%) and low frequency in Buenos Aires-Argentina (11%) and Paraguay (10%). The molecular markers (RD174, Ag85C103, MIRU02-MIRU40 signature) of the RDRio lineage were essentially confirmed. For the LAM family, the most polymorphic loci were MIRU40, MIRU31, MIRU10, MIRU26, MIRU16 and the least polymorphic MIRU24, MIRU20, MIRU04, MIRU23.Our results suggest a differential adaptation of LAM-sublineages in neighboring populations and that RDRio strains spread regionally with different rates of distribution. The Ag85C SNP and RDs (RD174, RDRio) tested in this study can in fact facilitate molecular epidemiological studies of LAM strains in endemic settings and low-income countries.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

تعد عائلة النمط الفقري لأمريكا اللاتينية والبحر الأبيض المتوسط (LAM) واحدة من أنجح الأنماط الجينية لمتفطرات السل في جميع أنحاء العالم وهي منتشرة بشكل خاص في أمريكا الجنوبية. ضمن هذه العائلة، تم الإبلاغ عن سلالة فرعية تسمى منطقة الاختلاف ريو (RDRio) في البداية في البرازيل وتتميز بحذف جينومي يبلغ حوالي 26.3 كيلوبايت. يبدو أن هذا النسب يظهر تكيفًا محددًا مع سكان أوروبا وأمريكا اللاتينية. في هذا السياق، سعينا إلى تقييم عائلة LAM ووجود النمط الجيني RDRio في عينات من ثلاث دول في أمريكا اللاتينية بما في ذلك باراغواي وفنزويلا والأرجنتين. للكشف عن سلالات LAM بشكل موثوق، طبقنا مخطط كتابة باستخدام spoligotyping و 12 loci MIRU - VNTR و Ag85C103 SNP ومناطق الاختلاف RDRio و RD174. تم استخدام نتائج IS6110 - RFLP أيضًا عند توفرها. اكتشفت التنميط الوراثي لـ 413 مليون سل معزول من ثلاثة بلدان في أمريكا اللاتينية أن LAM (46 ٪) و T clade غير المحدد (16 ٪) هما أكثر العائلات شيوعًا. تم اكتشاف أعلى معدل تجميع في عينة السكان من مدينة كاراكاس في فنزويلا. لاحظنا اختلافات كبيرة في وجود سلالة RDRio، مع ارتفاع التردد في كاراكاس- فنزويلا (55 ٪) وانخفاض التردد في بوينس آيرس- الأرجنتين (11 ٪) وباراغواي (10 ٪). تم تأكيد العلامات الجزيئية (RD174، Ag85C103، توقيع MIRU02 - MIRU40) لسلالة RDRio بشكل أساسي. بالنسبة لعائلة لام، كانت المواقع الأكثر تعددًا للأشكال هي MIRU40 و MIRU31 و MIRU10 و MIRU26 و MIRU16 والأقل تعددًا للأشكال MIRU24 و MIRU20 و MIRU04 و MIRU23. تشير نتائجنا إلى تكيف تفاضلي لخطوط LAM الفرعية في السكان المجاورين وأن سلالات RDRio تنتشر إقليميًا بمعدلات توزيع مختلفة. يمكن لـ Ag85C SNP و RDs (RD174، RDRio) التي تم اختبارها في هذه الدراسة أن تسهل في الواقع الدراسات الوبائية الجزيئية لسلالات LAM في البيئات الموبوءة والبلدان منخفضة الدخل.

Translated Description (French)

La famille des spoligotypes latino-américains et méditerranéens (LAM) est l'un des génotypes de Mycobacterium tuberculosis les plus réussis dans le monde et particulièrement répandu en Amérique du Sud. Au sein de cette famille, une sous-lignée nommée Region of Difference Rio (RDRio) a été rapportée initialement au Brésil et se caractérise par une délétion génomique d'environ 26,3 kb. Cette lignée semble montrer une adaptation spécifique à la population euro-latino-américaine. Dans ce contexte, nous avons cherché à évaluer la famille LAM et la présence du génotype RDRio dans des échantillons de trois pays d'Amérique latine dont le Paraguay, le Venezuela et l'Argentine. Pour détecter les souches LAM de manière fiable, nous avons appliqué un schéma de typage utilisant le spoligotypage, 12 loci MIRU-VNTR, le SNP Ag85C103 et les régions de différence RDRio et RD174. Les résultats IS6110-RFLP ont également été utilisés lorsqu'ils étaient disponibles. Le génotypage de 413 isolats de M. tuberculosis provenant de trois pays d'Amérique latine A détecté la LAM (46 %) et le T clade mal défini (16 %) comme les familles les plus fréquentes. Le taux de regroupement le plus élevé a été détecté dans la population de l'échantillon de la ville de Caracas au Venezuela. Nous avons observé des différences considérables dans la présence de la lignée RDRio, avec une fréquence élevée à Caracas-Venezuela (55%) et une fréquence faible à Buenos Aires-Argentine (11%) et au Paraguay (10%). Les marqueurs moléculaires (RD174, Ag85C103, signature MIRU02-MIRU40) de la lignée RDRio ont été essentiellement confirmés. Pour la famille LAM, les loci les plus polymorphes étaient MIRU40, MIRU31, MIRU10, MIRU26, MIRU16 et les moins polymorphes MIRU24, MIRU20, MIRU04, MIRU23. Nos résultats suggèrent une adaptation différentielle des sous-lignées LAM dans les populations voisines et que les souches RDRio se propagent régionalement avec des taux de distribution différents. Les SNP et RD Ag85C (RD174, RDRio) testés dans cette étude peuvent en effet faciliter les études épidémiologiques moléculaires des souches LAM en milieu endémique et dans les pays à faible revenu.

Translated Description (Spanish)

La familia de espoligotipos latinoamericanos y mediterráneos (LAM) es uno de los genotipos más exitosos de Mycobacterium tuberculosis en todo el mundo y particularmente prevalente en Sudamérica. Dentro de esta familia, se informó inicialmente un sublinaje llamado Región de Diferencia Río (RDRio) en Brasil y se caracteriza por una deleción genómica de aproximadamente 26,3 kb. Este linaje parece mostrar una adaptación específica a la población euro-latinoamericana. En este contexto, buscamos evaluar la familia LAM y la presencia del genotipo RDRio en muestras de tres países latinoamericanos, incluidos Paraguay, Venezuela y Argentina. Para detectar cepas LAM de forma fiable se aplicó un esquema de tipificación mediante espoligotipado, 12 loci MIRU-VNTR, el SNP Ag85C103 y las regiones de diferencia RDRio y RD174. También se utilizaron los resultados de IS6110-RFLP cuando estaban disponibles. El genotipado de 413 aislados de M. tuberculosis de tres países latinoamericanos detectó LAM (46%) y el clado T mal definido (16%) como las familias más frecuentes. La tasa de agrupamiento más alta se detectó en la población de la muestra de la ciudad de Caracas en Venezuela. Observamos diferencias considerables en la presencia del linaje RDRio, con alta frecuencia en Caracas-Venezuela (55%) y baja frecuencia en Buenos Aires-Argentina (11%) y Paraguay (10%). Los marcadores moleculares (RD174, Ag85C103, firma MIRU02-MIRU40) del linaje RDRio se confirmaron esencialmente. Para la familia LAM, los loci más polimórficos fueron MIRU40, MIRU31, MIRU10, MIRU26, MIRU16 y los menos polimórficos MIRU24, MIRU20, MIRU04, MIRU23. Nuestros resultados sugieren una adaptación diferencial de las sublíneas LAM en poblaciones vecinas y que las cepas RDRio se propagan regionalmente con diferentes tasas de distribución. El SNP y los RDs de Ag85C (RD174, RDRio) probados en este estudio pueden, de hecho, facilitar los estudios epidemiológicos moleculares de cepas de LAM en entornos endémicos y países de bajos ingresos.

Files

s12866-019-1479-6.pdf

Files (1.7 MB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:5564ed65983e850073abda10c0053dea
1.7 MB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
استكشاف عائلة "أمريكا اللاتينية المتوسطية" وسلالة RDRio في المتفطرة السلية المعزولة عن باراغواي والأرجنتين وفنزويلا
Translated title (French)
Exploration de la famille « Méditerranée latino-américaine » et de la lignée RDRio dans les isolats de Mycobacterium tuberculosis du Paraguay, de l'Argentine et du Venezuela
Translated title (Spanish)
Explorando la familia "Mediterráneo latinoamericano" y el linaje RDRio en aislados de Mycobacterium tuberculosis de Paraguay, Argentina y Venezuela

Identifiers

Other
https://openalex.org/W2952289093
DOI
10.1186/s12866-019-1479-6

Is supplement to
https://openalex.org/W4385295002 (Other)
https://openalex.org/W4308566686 (Other)
https://openalex.org/W4285093259 (Other)
https://openalex.org/W4284881927 (Other)
https://openalex.org/W2173655985 (Other)
https://openalex.org/W2112091811 (Other)
https://openalex.org/W2092391355 (Other)
https://openalex.org/W2055581395 (Other)
https://openalex.org/W2050399337 (Other)
https://openalex.org/W1989890420 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Venezuela

References

  • https://openalex.org/W1546566305
  • https://openalex.org/W1557823207
  • https://openalex.org/W1884882993
  • https://openalex.org/W1966801538
  • https://openalex.org/W1973099219
  • https://openalex.org/W1973500606
  • https://openalex.org/W1978371765
  • https://openalex.org/W1984744691
  • https://openalex.org/W1985618871
  • https://openalex.org/W1995685270
  • https://openalex.org/W2005570794
  • https://openalex.org/W2013972132
  • https://openalex.org/W2014357260
  • https://openalex.org/W2022591378
  • https://openalex.org/W2026415706
  • https://openalex.org/W2039758230
  • https://openalex.org/W2042352041
  • https://openalex.org/W2044418926
  • https://openalex.org/W2049104287
  • https://openalex.org/W2062233434
  • https://openalex.org/W2063556140
  • https://openalex.org/W2072187332
  • https://openalex.org/W2078543570
  • https://openalex.org/W2078601735
  • https://openalex.org/W2082179540
  • https://openalex.org/W2085779839
  • https://openalex.org/W2090264937
  • https://openalex.org/W2091594237
  • https://openalex.org/W2096162460
  • https://openalex.org/W2110949356
  • https://openalex.org/W2111582999
  • https://openalex.org/W2114291744
  • https://openalex.org/W2115317782
  • https://openalex.org/W2116821066
  • https://openalex.org/W2120254719
  • https://openalex.org/W2134558351
  • https://openalex.org/W2137907038
  • https://openalex.org/W2139803213
  • https://openalex.org/W2140500337
  • https://openalex.org/W2145407927
  • https://openalex.org/W2148496884
  • https://openalex.org/W2152324490
  • https://openalex.org/W2164198835
  • https://openalex.org/W2164343297
  • https://openalex.org/W2165010874
  • https://openalex.org/W2166318808
  • https://openalex.org/W2166379983
  • https://openalex.org/W2169018379
  • https://openalex.org/W2171622326
  • https://openalex.org/W2300460779
  • https://openalex.org/W2619544853
  • https://openalex.org/W2734343400
  • https://openalex.org/W2766364966
  • https://openalex.org/W2766429296
  • https://openalex.org/W2773291310
  • https://openalex.org/W2795591038
  • https://openalex.org/W3009705041
  • https://openalex.org/W4254998763
  • https://openalex.org/W71947775