Published June 10, 2023 | Version v1
Publication Open

Genomic surveillance of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 in Burundi, from May 2021 to January 2022

Creators

  • 1. Université Mohammed VI des Sciences de la Santé
  • 2. Ministère de la Santé Publique
  • 3. Republic of Burundi
  • 4. Université du Burundi

Description

The emergence and rapid spread of new severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-COV-2) variants have challenged the control of the COVID-19 pandemic globally. Burundi was not spared by that pandemic, but the genetic diversity, evolution, and epidemiology of those variants in the country remained poorly understood. The present study sought to investigate the role of different SARS-COV-2 variants in the successive COVID-19 waves experienced in Burundi and the impact of their evolution on the course of that pandemic. We conducted a cross-sectional descriptive study using positive SARS-COV-2 samples for genomic sequencing. Subsequently, we performed statistical and bioinformatics analyses of the genome sequences in light of available metadata.In total, we documented 27 PANGO lineages of which BA.1, B.1.617.2, AY.46, AY.122, and BA.1.1, all VOCs, accounted for 83.15% of all the genomes isolated in Burundi from May 2021 to January 2022. Delta (B.1.617.2) and its descendants predominated the peak observed in July-October 2021. It replaced the previously predominant B.1.351 lineage. It was itself subsequently replaced by Omicron (B.1.1.529, BA.1, and BA.1.1). Furthermore, we identified amino acid mutations including E484K, D614G, and L452R known to increase infectivity and immune escape in the spike proteins of Delta and Omicron variants isolated in Burundi. The SARS-COV-2 genomes from imported and community-detected cases were genetically closely related.The global emergence of SARS-COV-2 VOCs and their subsequent introductions in Burundi was accompanied by new peaks (waves) of COVID-19. The relaxation of travel restrictions and the mutations occurring in the virus genome played an important role in the introduction and the spread of new SARS-COV-2 variants in the country. It is of utmost importance to strengthen the genomic surveillance of SARS-COV-2, enhance the protection by increasing the SARS-COV-2 vaccine coverage, and adjust the public health and social measures ahead of the emergence or introduction of new SARS-COV-2 VOCs in the country.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

أدى ظهور متغيرات فيروس كورونا 2 (SARS - CoV -2) والمتلازمة التنفسية الحادة الوخيمة الجديدة وانتشارها السريع إلى تحدي السيطرة على جائحة COVID -19 على مستوى العالم. لم تنج بوروندي من هذا الوباء، لكن التنوع الجيني والتطور وعلم الأوبئة لتلك المتغيرات في البلاد ظل غير مفهوم. سعت هذه الدراسة إلى التحقيق في دور مختلف متغيرات فيروس كورونا 2 المرتبط بمتلازمة الجهاز التنفسي الحادة الوخيمة في موجات كوفيد-19 المتعاقبة التي شهدتها بوروندي وتأثير تطورها على مسار ذلك الوباء. أجرينا دراسة وصفية مقطعية باستخدام عينات إيجابية من فيروس كورونا 2 المرتبط بمتلازمة الجهاز التنفسي الحادة الوخيمة للتسلسل الجيني. بعد ذلك، أجرينا تحليلات إحصائية ومعلوماتية حيوية لتسلسلات الجينوم في ضوء البيانات الوصفية المتاحة. في المجموع، وثقنا 27 سلالة بانغو منها BA.1 و B.1.617.2 و AY.46 و AY.122 و BA.1.1، جميع المركبات العضوية المتطايرة، شكلت 83.15 ٪ من جميع الجينومات المعزولة في بوروندي من مايو 2021 إلى يناير 2022. سيطرت دلتا (B.1.617.2) وأحفادها على الذروة التي لوحظت في يوليو/تموز وأكتوبر/تشرين الأول 2021. وقد حلت محل سلالة B.1.351 السائدة سابقًا. تم استبداله لاحقًا بأوميكرون (B.1.1.529 و BA.1 و BA.1.1). علاوة على ذلك، حددنا طفرات الأحماض الأمينية بما في ذلك E484K و D614G و L452R المعروفة بزيادة العدوى والهروب المناعي في بروتينات سبايك لمتغيرات دلتا وأوميكرون المعزولة في بوروندي. كانت جينومات فيروس كورونا 2 المرتبط بمتلازمة الجهاز التنفسي الحادة الوخيمة من الحالات المستوردة والمكتشفة من قبل المجتمع مرتبطة ارتباطًا وثيقًا وراثيًا. كان الظهور العالمي للمركبات العضوية المتطايرة لفيروس كورونا 2 المرتبط بمتلازمة الجهاز التنفسي الحادة الوخيمة وإدخالها لاحقًا في بوروندي مصحوبًا بقمم (موجات) جديدة من COVID -19. لعب تخفيف قيود السفر والطفرات التي تحدث في جينوم الفيروس دورًا مهمًا في إدخال وانتشار متغيرات سارس- كوف-2 الجديدة في البلاد. من الأهمية بمكان تعزيز المراقبة الجينية لفيروس كورونا 2 المرتبط بمتلازمة الجهاز التنفسي الحادة الوخيمة، وتعزيز الحماية من خلال زيادة تغطية لقاح فيروس كورونا 2 المرتبط بمتلازمة الجهاز التنفسي الحادة الوخيمة، وتعديل تدابير الصحة العامة والتدابير الاجتماعية قبل ظهور أو إدخال مركبات عضوية متطايرة جديدة لفيروس كورونا 2 المرتبط بمتلازمة الجهاز التنفسي الحادة الوخيمة في البلاد.

Translated Description (French)

L'émergence et la propagation rapide de nouvelles variantes du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-COV-2) ont mis au défi le contrôle de la pandémie de COVID-19 à l'échelle mondiale. Le Burundi n'a pas été épargné par cette pandémie, mais la diversité génétique, l'évolution et l'épidémiologie de ces variants dans le pays sont restées mal comprises. La présente étude visait à étudier le rôle des différentes variantes DU SARS-COV-2 dans les vagues successives de COVID-19 vécues au Burundi et l'impact de leur évolution sur le cours de cette pandémie. Nous avons mené une étude descriptive transversale en utilisant des échantillons positifs au SRAS-COV-2 pour le séquençage génomique. Par la suite, nous avons effectué des analyses statistiques et bioinformatiques des séquences du génome à la lumière des métadonnées disponibles. Au total, nous avons documenté 27 lignées PANGO dont BA.1, B.1.617.2, AY.46, AY.122 et BA.1.1, tous COV, représentaient 83,15 % de tous les génomes isolés au Burundi de mai 2021 à janvier 2022. Delta (B.1.617.2) et ses descendants dominent le pic observé en juillet-octobre 2021. Il a remplacé la lignée B.1.351 précédemment prédominante. Il a été lui-même remplacé par la suite par Omicron (B.1.1.529, BA.1 et BA.1.1). De plus, nous avons identifié des mutations d'acides aminés, notamment E484K, D614G et L452R, connues pour augmenter l'infectivité et l'échappement immunitaire dans les protéines spike des variants Delta et Omicron isolés au Burundi. Les génomes DU SRAS-COV-2 provenant de cas importés et détectés par la communauté étaient génétiquement étroitement liés. L'émergence mondiale des COV DU SRAS-COV-2 et leur introduction ultérieure au Burundi ont été accompagnées de nouveaux pics (vagues) de COVID-19. L'assouplissement des restrictions de voyage et les mutations survenant dans le génome du virus ont joué un rôle important dans l'introduction et la propagation de nouveaux variants DU SRAS-COV-2 dans le pays. Il est de la plus haute importance de renforcer la surveillance génomique du SRAS-COV-2, d'améliorer la protection en augmentant la couverture vaccinale contre le SRAS-COV-2 et d'ajuster les mesures de santé publique et sociales avant l'émergence ou l'introduction de nouveaux COV DU SRAS-COV-2 dans le pays.

Translated Description (Spanish)

La aparición y la rápida propagación de nuevas variantes del coronavirus 2 del síndrome respiratorio agudo severo (SARS-COV-2) han desafiado el control de la pandemia de COVID-19 a nivel mundial. Burundi no se salvó de esa pandemia, pero la diversidad genética, la evolución y la epidemiología de esas variantes en el país seguían siendo poco conocidas. El presente estudio buscó investigar el papel de las diferentes variantes DEL SARS-COV-2 en las sucesivas oleadas de COVID-19 experimentadas en Burundi y el impacto de su evolución en el curso de esa pandemia. Realizamos un estudio descriptivo transversal utilizando muestras positivas de SARS-COV-2 para la secuenciación genómica. Posteriormente, realizamos análisis estadísticos y bioinformáticos de las secuencias del genoma a la luz de los metadatos disponibles. En total, documentamos 27 linajes PANGO de los cuales BA.1, B.1.617.2, AY.46, AY.122 y BA.1.1, todos COV, representaron el 83,15% de todos los genomas aislados en Burundi desde mayo de 2021 hasta enero de 2022. Delta (B.1.617.2) y sus descendientes predominaron el pico observado en julio-octubre de 2021. Sustituyó al linaje anteriormente predominante B.1.351. Posteriormente fue reemplazado por Omicron (B.1.1.529, BA.1 y BA.1.1). Además, identificamos mutaciones de aminoácidos que incluyen E484K, D614G y L452R que se sabe que aumentan la infectividad y el escape inmune en las proteínas espiculares de las variantes Delta y Omicron aisladas en Burundi. Los genomas DEL SARS-COV-2 de casos importados y detectados por la comunidad estaban genéticamente estrechamente relacionados. La aparición mundial de los COV del SARS-COV-2 y sus posteriores introducciones en Burundi estuvieron acompañadas de nuevos picos (ondas) de COVID-19. La relajación de las restricciones de viaje y las mutaciones que ocurren en el genoma del virus jugaron un papel importante en la introducción y propagación de nuevas variantes DEL SARS-COV-2 en el país. Es de suma importancia fortalecer la vigilancia genómica del SARS-COV-2, mejorar la protección aumentando la cobertura de la vacuna contra el SARS-COV-2 y ajustar las medidas sociales y de salud pública antes de la aparición o introducción de nuevos COV DEL SARS-COV-2 en el país.

Files

s12864-023-09420-3.pdf

Files (2.6 MB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:47c060fef40a96ea4afb12601cf3437d
2.6 MB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
المراقبة الجينية لفيروس كورونا 2 المرتبط بالمتلازمة التنفسية الحادة الوخيمة في بوروندي، من مايو 2021 إلى يناير 2022
Translated title (French)
Surveillance génomique du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère au Burundi, de mai 2021 à janvier 2022
Translated title (Spanish)
Vigilancia genómica del coronavirus 2 del síndrome respiratorio agudo grave en Burundi, de mayo de 2021 a enero de 2022

Identifiers

Other
https://openalex.org/W4380147805
DOI
10.1186/s12864-023-09420-3

Is supplement to
https://openalex.org/W4238809353 (Other)
https://openalex.org/W2510793503 (Other)
https://openalex.org/W2330877710 (Other)
https://openalex.org/W2053780334 (Other)
https://openalex.org/W2008875895 (Other)
https://openalex.org/W1995328853 (Other)
https://openalex.org/W1983916957 (Other)
https://openalex.org/W1976788601 (Other)
https://openalex.org/W1970932468 (Other)
https://openalex.org/W1932710078 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Burundi

References

  • https://openalex.org/W2103441770
  • https://openalex.org/W2111211467
  • https://openalex.org/W2111647009
  • https://openalex.org/W2160378127
  • https://openalex.org/W2614081736
  • https://openalex.org/W2751583588
  • https://openalex.org/W2951464304
  • https://openalex.org/W3003217347
  • https://openalex.org/W3035763183
  • https://openalex.org/W3039901154
  • https://openalex.org/W3040654302
  • https://openalex.org/W3043124965
  • https://openalex.org/W3046069898
  • https://openalex.org/W3127467636
  • https://openalex.org/W3128528355
  • https://openalex.org/W3136298186
  • https://openalex.org/W3159737349
  • https://openalex.org/W3161034134
  • https://openalex.org/W3179365271
  • https://openalex.org/W3185488876
  • https://openalex.org/W3197931261
  • https://openalex.org/W3198571633
  • https://openalex.org/W3200130214
  • https://openalex.org/W3215610096
  • https://openalex.org/W4210336954
  • https://openalex.org/W4213325848
  • https://openalex.org/W4224992781
  • https://openalex.org/W4226100277
  • https://openalex.org/W4226450917
  • https://openalex.org/W4303712272
  • https://openalex.org/W4320484684