Published February 1, 2020 | Version v1
Publication Open

Isolation and full genome sequencing of two human Astroviruses isolated from children in Cairo, Egypt

Creators

  • 1. National Research Centre
  • 2. Ain Shams University

Description

Astroviridae is a diverse family of viruses that are circulating in a wide range of hosts. Diversity of these viruses plays a major role in the emergence of zoonotic diseases. Limited studies were conducted on the prevalence and genetic proprieties of human Astroviruses in Egypt. Despite the molecular and serological evidences of the existence human astroviruses in several regions of Egypt, attempts to isolate these viruses have been largely unsuccessful. The aims of the current study were to isolate and make full genome sequencing of two human Astroviruses genotype 1 and 4, from infected children in Cairo, Egypt. Currently, we report the isolation and full-genome sequencing of two human isolates based on our novel designed overlapped primers. The original stool samples were collected from children suffering from diarrhea, residing in Abo-El-Reesh Hospital, Cairo, Egypt, and were well characterized as having astrovirus infections. The phylogenetic relationship of the obtained sequences of our isolates collected in 2016, revealed that they are related to human astrovirus genotype 1 (HAstV1) and human astrovirus genotype 4 (HAstV4) isolates recovered from Italy and Russia; respectively, during this decade.  The genetic diversity of the other HAstVs circulating in Egypt needs to be fully identified, as a first step toward the control strategy of this neglected virus.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

Astroviridae هي عائلة متنوعة من الفيروسات التي تنتشر في مجموعة واسعة من المضيفين. يلعب تنوع هذه الفيروسات دورًا رئيسيًا في ظهور الأمراض الحيوانية المنشأ. أجريت دراسات محدودة حول انتشار الفيروسات الفلكية البشرية وملكيتها الوراثية في مصر. على الرغم من الأدلة الجزيئية والمصلية على وجود فيروسات فلكية بشرية في عدة مناطق من مصر، إلا أن محاولات عزل هذه الفيروسات لم تنجح إلى حد كبير. كانت أهداف الدراسة الحالية هي عزل وعمل تسلسل جيني كامل لاثنين من النمط الجيني للفيروسات الفلكية البشرية 1 و 4، من الأطفال المصابين في القاهرة، مصر. في الوقت الحالي، نبلغ عن العزل وتسلسل الجينوم الكامل لعزلتين بشريتين بناءً على روايتنا المصممة بشكل متداخل. تم جمع عينات البراز الأصلية من الأطفال الذين يعانون من الإسهال، والمقيمين في مستشفى أبو الريش، القاهرة، مصر، وتم تمييزهم بشكل جيد بأنهم مصابون بعدوى الفيروسات الفلكية. كشفت العلاقة الوراثية للتسلسلات التي تم الحصول عليها من عزلاتنا التي تم جمعها في عام 2016، أنها مرتبطة بالنمط الجيني للفيروس الفلكي البشري 1 (HAstV1) والنمط الجيني للفيروس الفلكي البشري 4 (HAstV4) الذي تم استرداده من إيطاليا وروسيا ؛ على التوالي، خلال هذا العقد.  يجب تحديد التنوع الجيني لفيروسات الالتهاب الكبدي الوبائي الأخرى المنتشرة في مصر بشكل كامل، كخطوة أولى نحو استراتيجية مكافحة هذا الفيروس المهمل.

Translated Description (French)

Astroviridae est une famille diversifiée de virus qui circulent dans un large éventail d'hôtes. La diversité de ces virus joue un rôle majeur dans l'émergence des maladies zoonotiques. Des études limitées ont été menées sur la prévalence et les propriétés génétiques des astrovirus humains en Égypte. Malgré les preuves moléculaires et sérologiques de l'existence d'astrovirus humains dans plusieurs régions d'Égypte, les tentatives d'isoler ces virus ont été largement infructueuses. Les objectifs de la présente étude étaient d'isoler et de réaliser le séquençage complet du génome de deux Astrovirus humains de génotype 1 et 4, chez des enfants infectés au Caire, en Égypte. Actuellement, nous rapportons l'isolement et le séquençage complet du génome de deux isolats humains sur la base de nos nouvelles amorces superposées conçues. Les échantillons de selles originaux ont été prélevés chez des enfants souffrant de diarrhée, résidant à l'hôpital Abo-El-Reesh, au Caire, en Égypte, et ont été bien caractérisés comme ayant des infections à astrovirus. La relation phylogénétique des séquences obtenues de nos isolats collectés en 2016, a révélé qu'elles sont liées aux isolats d'astrovirus humains de génotype 1 (HAstV1) et d'astrovirus humains de génotype 4 (HAstV4) récupérés en Italie et en Russie ; respectivement, au cours de cette décennie.  La diversité génétique des autres HAstV circulant en Égypte doit être pleinement identifiée, comme première étape vers la stratégie de lutte contre ce virus négligé.

Translated Description (Spanish)

Astroviridae es una familia diversa de virus que circulan en una amplia gama de huéspedes. La diversidad de estos virus juega un papel importante en la aparición de enfermedades zoonóticas. Se realizaron estudios limitados sobre la prevalencia y las propiedades genéticas de los astrovirus humanos en Egipto. A pesar de las evidencias moleculares y serológicas de la existencia de astrovirus humanos en varias regiones de Egipto, los intentos de aislar estos virus han sido en gran medida infructuosos. Los objetivos del presente estudio fueron aislar y realizar la secuenciación completa del genoma de dos Astrovirus humanos genotipo 1 y 4, de niños infectados en El Cairo, Egipto. Actualmente, informamos sobre el aislamiento y la secuenciación del genoma completo de dos aislados humanos basados en nuestros nuevos cebadores solapados diseñados. Las muestras de heces originales se recolectaron de niños que padecían diarrea, que residían en el Hospital Abo-El-Reesh, El Cairo, Egipto, y estaban bien caracterizados por tener infecciones por astrovirus. La relación filogenética de las secuencias obtenidas de nuestros aislados recolectados en 2016, reveló que están relacionados con los aislados de astrovirus humano genotipo 1 (HAstV1) y astrovirus humano genotipo 4 (HAstV4) recuperados de Italia y Rusia; respectivamente, durante esta década.  Es necesario identificar completamente la diversidad genética de los otros HAstV que circulan en Egipto, como primer paso hacia la estrategia de control de este virus descuidado.

Files

article_73445_7482bf2df4e59c4772303fa94cae8569.pdf.pdf

Files (21 Bytes)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:343fe3eff483e9b8cda83bacee59de9c
21 Bytes
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
عزل وتسلسل الجينوم الكامل لفيروسين نجميين بشريين معزولين عن الأطفال في القاهرة، مصر
Translated title (French)
Isolement et séquençage complet du génome de deux astrovirus humains isolés d'enfants au Caire, en Égypte
Translated title (Spanish)
Aislamiento y secuenciación completa del genoma de dos astrovirus humanos aislados de niños en El Cairo, Egipto

Identifiers

Other
https://openalex.org/W3009738609
DOI
10.21608/nrmj.2020.73445

Is supplement to
https://openalex.org/W4297872352 (Other)
https://openalex.org/W2416215104 (Other)
https://openalex.org/W2404417938 (Other)
https://openalex.org/W2353997741 (Other)
https://openalex.org/W2313763746 (Other)
https://openalex.org/W2027675659 (Other)
https://openalex.org/W1979853113 (Other)
https://openalex.org/W1800380508 (Other)
https://openalex.org/W1739236636 (Other)
https://openalex.org/W1598173208 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Egypt

References

  • https://openalex.org/W1882494335
  • https://openalex.org/W1920378431
  • https://openalex.org/W1980783855
  • https://openalex.org/W2009013663
  • https://openalex.org/W202494363
  • https://openalex.org/W2080486903
  • https://openalex.org/W2093208505
  • https://openalex.org/W2096605667
  • https://openalex.org/W2103500846
  • https://openalex.org/W2104376042
  • https://openalex.org/W2123342137
  • https://openalex.org/W2140197300
  • https://openalex.org/W2167470545
  • https://openalex.org/W2468071545