Published August 6, 2020 | Version v1
Publication Open

The human PDZome 2.0: characterization of a new resource to test for PDZ interactions by Yeast Two-Hybrid

Creators

  • 1. Centre de Recherche en Cancérologie de Marseille
  • 2. Aix-Marseille Université
  • 3. KU Leuven
  • 4. Inserm
  • 5. Institute Paoli-Calmettes
  • 6. Institut de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire
  • 7. Université de Strasbourg
  • 8. Architecture et Fonction des Macromolécules Biologiques
  • 9. Centre National pour la Recherche Scientifique et Technique (CNRST)

Description

Abstract PSD95-disc large-zonula occludens (PDZ) domains are globular modules of 80-90 amino acids that co-evolved with multicellularity. They commonly bind to carboxy-terminal sequences of a plethora of membrane-associated proteins and influence their trafficking and signaling. We previously built a PDZ resource (PDZome) allowing to unveil human PDZ interactions by Yeast two-hybrid. Yet, this resource is partial according to the current knowledge on the human PDZ proteome. Here we built the PDZome 2.0 library for Yeast two-hybrid, based in a PDZ library manually curated from online resources. The PDZome2.0 contains 305 individual clones (266 PDZ domains in isolation and 39 tandems), for which all boundaries have been designed based on available PDZ structures. Using as bait the E6 oncoprotein from HPV16, a known promiscuous PDZ interactor, we show that PDZome 2.0 outperforms the previous resource.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

نطاقات PSD95 - disc ذات النطاق الكبير (PDZ) هي وحدات كروية من 80-90 من الأحماض الأمينية التي تطورت بشكل مشترك مع تعدد الخلايا. ترتبط عادة بتسلسلات طرفية كربوكسية لعدد كبير من البروتينات المرتبطة بالغشاء وتؤثر على الاتجار بها وإرسال الإشارات. لقد قمنا سابقًا ببناء مورد PDZ (PDZome) يسمح بالكشف عن تفاعلات PDZ البشرية بواسطة Yeast two - hybrid. ومع ذلك، فإن هذا المورد جزئي وفقًا للمعرفة الحالية حول بروتيوم PDZ البشري. هنا قمنا ببناء مكتبة PDZome 2.0 لـ Yeast two - hybrid، ومقرها في مكتبة PDZ تم تنظيمها يدويًا من الموارد عبر الإنترنت. يحتوي PDZome2.0 على 305 مستنسخًا فرديًا (266 نطاق PDZ في عزلة و 39 ترادفًا)، والتي تم تصميم جميع الحدود لها بناءً على هياكل PDZ المتاحة. باستخدام البروتين الورمي E6 من فيروس الورم الحليمي البشري 16، وهو متفاعل PDZ مختلط معروف، نظهر أن PDZome 2.0 يتفوق على المورد السابق.

Translated Description (French)

Résumé Les domaines PSD95-disc large-zonula occludens (PDZ) sont des modules globulaires de 80 à 90 acides aminés qui ont co-évolué avec la multicellularité. Ils se lient généralement aux séquences carboxy-terminales d'une pléthore de protéines associées à la membrane et influencent leur trafic et leur signalisation. Nous avons précédemment construit une ressource PDZ (PDZome) permettant de dévoiler les interactions PDZ humaines par Yeast two-hybrid. Pourtant, cette ressource est partielle selon les connaissances actuelles sur le protéome PDZ humain. Ici, nous avons construit la bibliothèque PDZome 2.0 pour Yeast two-hybrid, basée sur une bibliothèque PDZ manuellement organisée à partir de ressources en ligne. Le PDZome2.0 contient 305 clones individuels (266 domaines PDZ isolés et 39 tandems), pour lesquels toutes les limites ont été conçues en fonction des structures PDZ disponibles. En utilisant comme appât l'oncoprotéine E6 du VPH16, un interactif PDZ connu pour sa promiscuité, nous montrons que PDZome 2.0 surpasse la ressource précédente.

Translated Description (Spanish)

Los dominios abstractos de PSD95-disc large-zonula occludens (PDZ) son módulos globulares de 80-90 aminoácidos que coevolucionaron con la multicelularidad. Comúnmente se unen a secuencias carboxi-terminales de una plétora de proteínas asociadas a la membrana e influyen en su tráfico y señalización. Anteriormente construimos un recurso PDZ (PDZome) que permite revelar las interacciones PDZ humanas mediante dos híbridos de levadura. Sin embargo, este recurso es parcial de acuerdo con el conocimiento actual sobre el proteoma PDZ humano. Aquí construimos la biblioteca PDZome 2.0 para levadura de dos híbridos, basada en una biblioteca PDZ curada manualmente a partir de recursos en línea. El PDZome2.0 contiene 305 clones individuales (266 dominios PDZ de forma aislada y 39 tándems), para los cuales se han diseñado todos los límites en función de las estructuras PDZ disponibles. Usando como cebo la oncoproteína E6 del VPH16, un conocido interactuante promiscuo de PDZ, mostramos que PDZome 2.0 supera al recurso anterior.

Files

2020.08.06.239343.full.pdf.pdf

Files (834.9 kB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:2a4b16988dd0fbcdc33e5997f6b7c6b2
834.9 kB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
PDZome 2.0 البشري: توصيف مورد جديد لاختبار تفاعلات PDZ بواسطة Yeast Two - Hybrid
Translated title (French)
The human PDZome 2.0 : characterization of a new resource to test for PDZ interactions by Yeast Two-Hybrid
Translated title (Spanish)
El PDZome 2.0 humano: caracterización de un nuevo recurso para probar las interacciones PDZ por levadura dos híbridos

Identifiers

Other
https://openalex.org/W3047231917
DOI
10.1101/2020.08.06.239343

Is supplement to
https://openalex.org/W4250292781 (Other)
https://openalex.org/W3176411468 (Other)
https://openalex.org/W3038129150 (Other)
https://openalex.org/W2906994560 (Other)
https://openalex.org/W2342925212 (Other)
https://openalex.org/W2154538702 (Other)
https://openalex.org/W2079516617 (Other)
https://openalex.org/W1997999470 (Other)
https://openalex.org/W1897589155 (Other)
https://openalex.org/W108840934 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Morocco

References

  • https://openalex.org/W1577885672
  • https://openalex.org/W1945020502
  • https://openalex.org/W1977186059
  • https://openalex.org/W1977394169
  • https://openalex.org/W1979541437
  • https://openalex.org/W1981000354
  • https://openalex.org/W1988594478
  • https://openalex.org/W1997999470
  • https://openalex.org/W2009680241
  • https://openalex.org/W2011363727
  • https://openalex.org/W2024103356
  • https://openalex.org/W2032787509
  • https://openalex.org/W2037802250
  • https://openalex.org/W2052002049
  • https://openalex.org/W2052323707
  • https://openalex.org/W2053617100
  • https://openalex.org/W2053927999
  • https://openalex.org/W2065989745
  • https://openalex.org/W2073355679
  • https://openalex.org/W2073360590
  • https://openalex.org/W2074570440
  • https://openalex.org/W2088028188
  • https://openalex.org/W2088303433
  • https://openalex.org/W2088365719
  • https://openalex.org/W2093853889
  • https://openalex.org/W2098565607
  • https://openalex.org/W2099310850
  • https://openalex.org/W2115291348
  • https://openalex.org/W2126210405
  • https://openalex.org/W2127325055
  • https://openalex.org/W2135684190
  • https://openalex.org/W2142873050
  • https://openalex.org/W2149202604
  • https://openalex.org/W2150652736
  • https://openalex.org/W2157826046
  • https://openalex.org/W2162151490
  • https://openalex.org/W2162353145
  • https://openalex.org/W2167818972
  • https://openalex.org/W2171263596
  • https://openalex.org/W2171578933
  • https://openalex.org/W2208025102
  • https://openalex.org/W2265477132
  • https://openalex.org/W2742673512
  • https://openalex.org/W2780872817
  • https://openalex.org/W2955662457