Published October 7, 2015
| Version v1
Publication
Open
Genome sequencing reveals a new lineage associated with lablab bean and genetic exchange between Xanthomonas axonopodis pv. phaseoli and Xanthomonas fuscans subsp. fuscans
Creators
- 1. International Institute of Tropical Agriculture
- 2. University of Exeter
- 3. Fera Science (United Kingdom)
- 4. International Center for Tropical Agriculture
Description
Common bacterial blight is a devastating seed-borne disease of common beans that also occurs on other legume species including lablab and Lima beans. We sequenced and analyzed the genomes of 26 strains of Xanthomonas axonopodis pv. phaseoli and X. fuscans subsp. fuscans, the causative agents of this disease, collected over four decades and six continents. This revealed considerable genetic variation within both taxa, encompassing both single-nucleotide variants and differences in gene content, that could be exploited for tracking pathogen spread. The bacterial strain from Lima bean fell within the previously described Genetic Lineage 1, along with the pathovar type strain (NCPPB 3035). The strains from lablab represent a new, previously unknown genetic lineage closely related to strains of X. axonopodis pv. glycines. Finally, we identified more than 100 genes that appear to have been recently acquired by Xanthomonas axonopodis pv. phaseoli from X. fuscans subsp. fuscans.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
اللفحة البكتيرية الشائعة هي مرض مدمر تنقله البذور من الفاصوليا الشائعة التي تحدث أيضًا على أنواع البقوليات الأخرى بما في ذلك لابلاب وفاصوليا ليما. قمنا بتسلسل وتحليل جينوم 26 سلالة من Xanthomonas axonopodis pv. phaseoli و X. fuscans subsp. fuscans، العوامل المسببة لهذا المرض، التي تم جمعها على مدى أربعة عقود وست قارات. وكشف هذا عن تباين وراثي كبير داخل كل من الأصناف، بما في ذلك كل من متغيرات النيوكليوتيدات المفردة والاختلافات في محتوى الجينات، والتي يمكن استغلالها لتتبع انتشار مسببات الأمراض. تقع السلالة البكتيرية من فول ليما ضمن السلالة الوراثية 1 الموصوفة سابقًا، جنبًا إلى جنب مع سلالة النوع المرضي (NCPPB 3035). تمثل السلالات من لابلاب سلالة وراثية جديدة غير معروفة سابقًا ترتبط ارتباطًا وثيقًا بسلالات X. axonopodis pv. glycines. أخيرًا، حددنا أكثر من 100 جين يبدو أنه تم الحصول عليها مؤخرًا بواسطة Xanthomonas axonopodis pv. phaseoli من X. fuscans subsp. fuscans.Translated Description (French)
La brûlure bactérienne commune est une maladie dévastatrice transmise par les graines de haricots communs qui se produit également sur d'autres espèces de légumineuses, y compris les haricots lablab et Lima. Nous avons séquencé et analysé les génomes de 26 souches de Xanthomonas axonopodis pv. phaseoli et X. fuscans subsp. fuscans, les agents responsables de cette maladie, recueillies sur quatre décennies et six continents. Cela a révélé une variation génétique considérable au sein des deux taxons, englobant à la fois les variants mononucléotidiques et les différences de contenu génétique, qui pourrait être exploitée pour suivre la propagation des agents pathogènes. La souche bactérienne du haricot de Lima appartenait à la lignée génétique 1 décrite précédemment, avec la souche de type pathovar (NCPPB 3035). Les souches de lablab représentent une nouvelle lignée génétique auparavant inconnue étroitement liée aux souches de X. axonopodis pv. glycines. Enfin, nous avons identifié plus de 100 gènes qui semblent avoir été récemment acquis par Xanthomonas axonopodis pv. phaseoli de X. fuscans subsp. fuscans.Translated Description (Spanish)
El tizón bacteriano común es una enfermedad devastadora transmitida por semillas de frijoles comunes que también ocurre en otras especies de leguminosas, incluidos el lablab y los frijoles Lima. Se secuenciaron y analizaron los genomas de 26 cepas de Xanthomonas axonopodis pv. phaseoli y X. fuscans subsp. fuscans, los agentes causantes de esta enfermedad, recogidos a lo largo de cuatro décadas y seis continentes. Esto reveló una considerable variación genética dentro de ambos taxones, que abarca tanto variantes de un solo nucleótido como diferencias en el contenido génico, que podrían explotarse para rastrear la propagación de patógenos. La cepa bacteriana del frijol Lima se encuentra dentro del Linaje Genético 1 descrito anteriormente, junto con la cepa de tipo patovar (NCPPB 3035). Las cepas de lablab representan un nuevo linaje genético previamente desconocido estrechamente relacionado con las cepas de X. axonopodis pv. glycines. Finalmente, identificamos más de 100 genes que parecen haber sido adquiridos recientemente por Xanthomonas axonopodis pv. phaseoli de X. fuscans subsp. fuscans.Files
pdf.pdf
Files
(5.0 MB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:e25e713a18c1a1219ab35a56f11dedf4
|
5.0 MB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- يكشف تسلسل الجينوم عن سلالة جديدة مرتبطة بحبوب لابلاب والتبادل الجيني بين Xanthomonas axonopodis pv. phaseoli و Xanthomonas fuscans subsp. fuscans
- Translated title (French)
- Le séquençage du génome révèle une nouvelle lignée associée au haricot lablab et à l'échange génétique entre Xanthomonas axonopodis pv. phaseoli et Xanthomonas fuscans subsp. fuscans
- Translated title (Spanish)
- La secuenciación del genoma revela un nuevo linaje asociado con el frijol lablab y el intercambio genético entre Xanthomonas axonopodis pv. phaseoli y Xanthomonas fuscans subsp. fuscans
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W1958470700
- DOI
- 10.3389/fmicb.2015.01080
References
- https://openalex.org/W1488468870
- https://openalex.org/W1500424998
- https://openalex.org/W1583269346
- https://openalex.org/W1963938545
- https://openalex.org/W1969933124
- https://openalex.org/W1991330646
- https://openalex.org/W1997767742
- https://openalex.org/W2000239127
- https://openalex.org/W2016605860
- https://openalex.org/W2017733245
- https://openalex.org/W2023895619
- https://openalex.org/W2025686663
- https://openalex.org/W2029916331
- https://openalex.org/W2031611770
- https://openalex.org/W2033095314
- https://openalex.org/W2034767233
- https://openalex.org/W2047231036
- https://openalex.org/W2055043387
- https://openalex.org/W2056643289
- https://openalex.org/W2060082601
- https://openalex.org/W2060441727
- https://openalex.org/W2061908824
- https://openalex.org/W2064100312
- https://openalex.org/W2066006239
- https://openalex.org/W2069409166
- https://openalex.org/W2070301124
- https://openalex.org/W2076359272
- https://openalex.org/W2088790569
- https://openalex.org/W2089573294
- https://openalex.org/W2091030812
- https://openalex.org/W2097429168
- https://openalex.org/W2101307358
- https://openalex.org/W2102597440
- https://openalex.org/W2102619694
- https://openalex.org/W2103441770
- https://openalex.org/W2107772251
- https://openalex.org/W2108049990
- https://openalex.org/W2108234281
- https://openalex.org/W2111829451
- https://openalex.org/W2111988183
- https://openalex.org/W2114285279
- https://openalex.org/W2117131162
- https://openalex.org/W2118442768
- https://openalex.org/W2119192377
- https://openalex.org/W2120902911
- https://openalex.org/W2121672428
- https://openalex.org/W2124351063
- https://openalex.org/W2125120726
- https://openalex.org/W2129527448
- https://openalex.org/W2132926880
- https://openalex.org/W2135554057
- https://openalex.org/W2136435757
- https://openalex.org/W2137749186
- https://openalex.org/W2141335133
- https://openalex.org/W2152207030
- https://openalex.org/W2157107905
- https://openalex.org/W2160679365
- https://openalex.org/W2163891490
- https://openalex.org/W2165157673
- https://openalex.org/W2228077028
- https://openalex.org/W2319380762
- https://openalex.org/W2601397942
- https://openalex.org/W3094616800
- https://openalex.org/W4237480201