Published September 15, 2022
| Version v1
Publication
Open
Multiple introduced lineages and the single native lineage co-driving the four waves of the COVID-19 pandemic in West Africa
Creators
- 1. National Institute for Viral Disease Control and Prevention
- 2. Chinese Center For Disease Control and Prevention
- 3. National Institute for Communicable Disease Control and Prevention
Description
Coronavirus disease 2019 (COVID-19) has become a vast burden on public health and socioeconomics in West Africa, but the epidemic situation is unclear. Therefore, we conducted a retrospective analysis of the positive rate, death rate, and diversity of SARS-CoV-2. As of March 31, 2022, a total of 894,813 cases of COVID-19 have been recorded, with 12,028 deaths, both of which were distributed in all 16 countries. There were four waves of COVID-19 during this period. Most cases were recorded in the second wave, accounting for 34.50% of total cases. These data suggest that although West Africa seems to have experienced a low and relatively slow spread of COVID-19, the epidemic was ongoing, evolving with each COVID-19 global pandemic wave. Most cases and most deaths were both recorded in Nigeria. In contrast, the fewest cases and fewest deaths were reported, respectively, in Liberia and Sierra Leone. However, high death rates were found in countries with low incidence rates. These data suggest that the pandemic in West Africa has so far been heterogeneous, which is closely related to the infrastructure of public health and socioeconomic development (e.g., extreme poverty, GDP per capita, and human development index). At least eight SARS-CoV-2 variants were found, namely, Delta, Omicron, Eta, Alpha, Beta, Kappa, Iota, and Gamma, which showed high diversity, implicating that multiple-lineages from different origins were introduced. Moreover, the Eta variant was initially identified in Nigeria and distributed widely. These data reveal that the COVID-19 pandemic in the continent was co-driven by both multiple introduced lineages and a single native lineage. We suggest enhancing the quarantine measures upon entry at the borders and implementing a genome surveillance strategy to better understand the transmission dynamics of the COVID-19 pandemic in West Africa.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
أصبح مرض فيروس كورونا 2019 (COVID -19) عبئًا هائلاً على الصحة العامة والاقتصاد الاجتماعي في غرب إفريقيا، لكن الوضع الوبائي غير واضح. لذلك، أجرينا تحليلًا بأثر رجعي للمعدل الإيجابي ومعدل الوفيات وتنوع فيروس كورونا 2 المرتبط بمتلازمة الجهاز التنفسي الحادة الوخيمة. اعتبارًا من 31 مارس 2022، تم تسجيل ما مجموعه 894,813 حالة إصابة بـ COVID -19، مع 12,028 حالة وفاة، وكلاهما تم توزيعهما في جميع البلدان الستة عشر. كانت هناك أربع موجات من كوفيد-19 خلال هذه الفترة. تم تسجيل معظم الحالات في الموجة الثانية، وهو ما يمثل 34.50 ٪ من إجمالي الحالات. تشير هذه البيانات إلى أنه على الرغم من أن غرب إفريقيا يبدو أنها شهدت انتشارًا منخفضًا وبطيئًا نسبيًا لـ COVID -19، إلا أن الوباء كان مستمرًا، ويتطور مع كل موجة جائحة عالمية لـ COVID -19. وسجلت معظم الحالات ومعظم الوفيات في نيجيريا. وعلى النقيض من ذلك، تم الإبلاغ عن أقل عدد من الحالات وأقل عدد من الوفيات، على التوالي، في ليبيريا وسيراليون. ومع ذلك، تم العثور على معدلات وفيات عالية في البلدان ذات معدلات الإصابة المنخفضة. تشير هذه البيانات إلى أن الوباء في غرب إفريقيا كان حتى الآن غير متجانس، والذي يرتبط ارتباطًا وثيقًا بالبنية التحتية للصحة العامة والتنمية الاجتماعية والاقتصادية (على سبيل المثال، الفقر المدقع، والناتج المحلي الإجمالي للفرد، ومؤشر التنمية البشرية). تم العثور على ما لا يقل عن ثمانية متغيرات لفيروس كورونا 2 المرتبط بمتلازمة الجهاز التنفسي الحادة الوخيمة، وهي دلتا وأوميكرون وإيتا وألفا وبيتا وكابا وإيوتا وغاما، والتي أظهرت تنوعًا كبيرًا، مما يعني أنه تم إدخال سلالات متعددة من أصول مختلفة. علاوة على ذلك، تم تحديد متغير إيتا في البداية في نيجيريا وتم توزيعه على نطاق واسع. تكشف هذه البيانات أن جائحة COVID -19 في القارة كانت مدفوعة بشكل مشترك من قبل كل من الأنساب المتعددة المقدمة ونسب محلي واحد. نقترح تعزيز تدابير الحجر الصحي عند الدخول على الحدود وتنفيذ استراتيجية مراقبة الجينوم لفهم ديناميكيات انتقال جائحة كوفيد-19 في غرب إفريقيا بشكل أفضل.Translated Description (French)
La maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) est devenue un fardeau considérable pour la santé publique et la socio-économie en Afrique de l'Ouest, mais la situation épidémique n'est pas claire. Par conséquent, nous avons effectué une analyse rétrospective du taux positif, du taux de mortalité et de la diversité du SRAS-CoV-2. Au 31 mars 2022, un total de 894 813 cas de COVID-19 ont été enregistrés, avec 12 028 décès, tous deux répartis dans les 16 pays. Il y a eu quatre vagues de COVID-19 au cours de cette période. La plupart des cas ont été enregistrés dans la deuxième vague, représentant 34,50 % du total des cas. Ces données suggèrent que bien que l'Afrique de l'Ouest semble avoir connu une propagation faible et relativement lente de la COVID-19, l'épidémie était en cours, évoluant avec chaque vague pandémique mondiale de COVID-19. La plupart des cas et la plupart des décès ont été enregistrés au Nigeria. En revanche, le moins de cas et le moins de décès ont été signalés, respectivement, au Libéria et en Sierra Leone. Cependant, des taux de mortalité élevés ont été constatés dans les pays à faible taux d'incidence. Ces données suggèrent que la pandémie en Afrique de l'Ouest a été jusqu'à présent hétérogène, ce qui est étroitement lié à l'infrastructure de la santé publique et du développement socio-économique (par exemple, l'extrême pauvreté, le PIB par habitant et l'indice de développement humain). Au moins huit variants du SARS-CoV-2 ont été trouvés, à savoir Delta, Omicron, Eta, Alpha, Beta, Kappa, Iota et Gamma, qui ont montré une grande diversité, ce qui implique que plusieurs lignées d'origines différentes ont été introduites. De plus, la variante Eta a été initialement identifiée au Nigeria et largement distribuée. Ces données révèlent que la pandémie de COVID-19 sur le continent était co-dirigée à la fois par de multiples lignées introduites et par une seule lignée autochtone. Nous suggérons de renforcer les mesures de quarantaine à l'entrée aux frontières et de mettre en œuvre une stratégie de surveillance du génome pour mieux comprendre la dynamique de transmission de la pandémie de COVID-19 en Afrique de l'Ouest.Translated Description (Spanish)
La enfermedad por coronavirus 2019 (COVID-19) se ha convertido en una gran carga para la salud pública y la socioeconómica en África Occidental, pero la situación epidémica no está clara. Por lo tanto, realizamos un análisis retrospectivo de la tasa positiva, la tasa de mortalidad y la diversidad del SARS-CoV-2. Al 31 de marzo de 2022, se han registrado un total de 894.813 casos de COVID-19, con 12.028 muertes, ambas distribuidas en los 16 países. Hubo cuatro oleadas de COVID-19 durante este periodo. La mayoría de los casos se registraron en la segunda ola, representando el 34,50% del total de casos. Estos datos sugieren que, aunque África Occidental parece haber experimentado una propagación baja y relativamente lenta de COVID-19, la epidemia estaba en curso y evolucionaba con cada ola de pandemia mundial de COVID-19. La mayoría de los casos y la mayoría de las muertes se registraron en Nigeria. Por el contrario, el menor número de casos y el menor número de muertes se informaron, respectivamente, en Liberia y Sierra Leona. Sin embargo, se encontraron altas tasas de mortalidad en países con bajas tasas de incidencia. Estos datos sugieren que la pandemia en África Occidental ha sido hasta ahora heterogénea, lo que está estrechamente relacionado con la infraestructura de salud pública y el desarrollo socioeconómico (por ejemplo, pobreza extrema, PIB per cápita e índice de desarrollo humano). Se encontraron al menos ocho variantes del SARS-CoV-2, a saber, Delta, Omicron, Eta, Alpha, Beta, Kappa, Iota y Gamma, que mostraron una alta diversidad, lo que implica que se introdujeron múltiples linajes de diferentes orígenes. Además, la variante Eta se identificó inicialmente en Nigeria y se distribuyó ampliamente. Estos datos revelan que la pandemia de COVID-19 en el continente fue impulsada tanto por múltiples linajes introducidos como por un solo linaje nativo. Sugerimos mejorar las medidas de cuarentena a la entrada en las fronteras e implementar una estrategia de vigilancia del genoma para comprender mejor la dinámica de transmisión de la pandemia de COVID-19 en África Occidental.Files
pdf.pdf
Files
(2.8 MB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:c5d0134905a3c4bcdb90ae9e46504242
|
2.8 MB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- قدم العديد من الأنساب والنسب الأصلي الوحيد الذي شارك في قيادة الموجات الأربع لوباء COVID -19 في غرب إفريقيا
- Translated title (French)
- Plusieurs lignées introduites et la lignée autochtone unique co-dirigeant les quatre vagues de la pandémie de COVID-19 en Afrique de l'Ouest
- Translated title (Spanish)
- Múltiples linajes introducidos y el linaje nativo único copilotan las cuatro olas de la pandemia de COVID-19 en África Occidental
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W4296100747
- DOI
- 10.3389/fpubh.2022.957277
References
- https://openalex.org/W2965305109
- https://openalex.org/W3006645647
- https://openalex.org/W3011310866
- https://openalex.org/W3013151617
- https://openalex.org/W3045511731
- https://openalex.org/W3080956330
- https://openalex.org/W3086487856
- https://openalex.org/W3092324965
- https://openalex.org/W3093018472
- https://openalex.org/W3099989333
- https://openalex.org/W3102928713
- https://openalex.org/W3111785778
- https://openalex.org/W3117940986
- https://openalex.org/W3128186941
- https://openalex.org/W3135383916
- https://openalex.org/W3135946507
- https://openalex.org/W3139149567
- https://openalex.org/W3139275111
- https://openalex.org/W3139475524
- https://openalex.org/W3154332151
- https://openalex.org/W3162136965
- https://openalex.org/W3173139672
- https://openalex.org/W3197151573
- https://openalex.org/W3198233589
- https://openalex.org/W3198373099
- https://openalex.org/W3198538277
- https://openalex.org/W3210157207
- https://openalex.org/W4200336538
- https://openalex.org/W4200398760
- https://openalex.org/W4205183254
- https://openalex.org/W4205508337
- https://openalex.org/W4206051104
- https://openalex.org/W4206723408
- https://openalex.org/W4210677197
- https://openalex.org/W4213265260
- https://openalex.org/W4214619092
- https://openalex.org/W4214807857
- https://openalex.org/W4220735448
- https://openalex.org/W4220989666
- https://openalex.org/W4221026099
- https://openalex.org/W4225785180
- https://openalex.org/W4229070314
- https://openalex.org/W4283711035
- https://openalex.org/W4283812469
- https://openalex.org/W4285993171