Published October 9, 2018
| Version v1
Publication
Open
Multiplex Biomarker Screening Assay for Urinary Extracellular Vesicles Study: A Targeted Label-Free Proteomic Approach
- 1. University of Cincinnati Medical Center
- 2. Ramathibodi Hospital
- 3. Mahidol University
Description
Abstract The recent advance in targeted label-free proteomics, SWATH-MS, can provide consistent protein detection and reproducible protein quantitation, which is a considerable advantage for biomarker study of urinary extracellular vesicles. We developed a SWATH-MS workflow with a curated spectral library of 1,145 targets. Application of the workflow across nine replicates of three sample types (exosome-like vesicles (ELVs), microvesicles (MVs) and urine proteins (UPs)) resulted in the quantitation of 888 proteins at FDR <1%. The median-coefficient of variation of the 888 proteins in the ELV sample was 7.7%, indicating excellent reproducibility. Data analysis showed common exosome markers, (i.e. CD9, CD63, ALIX, TSG101 and HSP70) were enriched in urinary ELVs as compared to MVs and UPs. The use of a multiplex biomarker screening assay focused on ELVs was investigated, and perspectives in future applications are discussed.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
يمكن أن يوفر التقدم الأخير في البروتينات الخالية من الملصقات المستهدفة، SWATH - MS، اكتشافًا متسقًا للبروتين وقياسًا كميًا للبروتين القابل للتكرار، وهو ميزة كبيرة لدراسة المؤشرات الحيوية للحويصلات البولية خارج الخلية. طورنا سير عمل SWATH - MS مع مكتبة طيفية منظمة تضم 1145 هدفًا. أدى تطبيق سير العمل عبر تسعة نسخ مكررة من ثلاثة أنواع من العينات (الحويصلات الشبيهة بالإكسوسوم (ELVs) والحويصلات الدقيقة (MVs) وبروتينات البول (UPs)) إلى تحديد كمية 888 بروتينًا في FDR <1 ٪. كان متوسط معامل تباين البروتينات 888 في عينة ELV 7.7 ٪، مما يشير إلى قابلية ممتازة للتكاثر. أظهر تحليل البيانات أن علامات الإكسوسوم الشائعة (أي CD9 و CD63 و ALIX و TSG101 و Hsp70) تم تخصيبها في ELVs البولية مقارنة بـ MVs و UPs. تم التحقيق في استخدام اختبار فحص المؤشرات الحيوية متعدد الإرسال الذي يركز على ELVs، وتمت مناقشة وجهات النظر في التطبيقات المستقبلية.Translated Description (French)
Résumé Les progrès récents de la protéomique ciblée sans marqueur, SWATH-MS, peuvent fournir une détection cohérente des protéines et une quantification reproductible des protéines, ce qui constitue un avantage considérable pour l'étude des biomarqueurs des vésicules extracellulaires urinaires. Nous avons développé un flux de travail SWATH-MS avec une bibliothèque spectrale organisée de 1 145 cibles. L'application du flux de travail à neuf répétitions de trois types d'échantillons (vésicules de type exosome (VLE), microvésicules (MV) et protéines urinaires (PU)) a entraîné la quantification de 888 protéines à FDR <1 %. Le coefficient médian de variation des 888 protéines dans l'échantillon de la VLE était de 7,7 %, ce qui indique une excellente reproductibilité. L'analyse des données a montré que les marqueurs exosomiques courants (c.-à-d. CD9, CD63, ALIX, TSG101 et HSP70) étaient enrichis en VLE urinaires par rapport aux VM et aux PU. L'utilisation d'un test de criblage de biomarqueurs multiplex axé sur les VLE a été étudiée, et les perspectives dans les applications futures sont discutées.Translated Description (Spanish)
Resumen El reciente avance en la proteómica sin etiqueta dirigida, SWATH-MS, puede proporcionar una detección de proteínas consistente y una cuantificación de proteínas reproducible, lo que es una ventaja considerable para el estudio de biomarcadores de vesículas extracelulares urinarias. Desarrollamos un flujo de trabajo SWATH-MS con una biblioteca espectral seleccionada de 1.145 objetivos. La aplicación del flujo de trabajo en nueve réplicas de tres tipos de muestras (vesículas similares a exosomas (ELV), microvesículas (MV) y proteínas urinarias (UP)) dio como resultado la cuantificación de 888 proteínas en FDR <1%. La mediana del coeficiente de variación de las 888 proteínas en la muestra de ELV fue del 7,7%, lo que indica una excelente reproducibilidad. El análisis de datos mostró que los marcadores de exosomas comunes (es decir, CD9, CD63, ALIX, TSG101 y HSP70) estaban enriquecidos en ELV urinarios en comparación con MV y UP. Se investigó el uso de un ensayo de detección de biomarcadores múltiplex centrado en los VLE, y se discuten las perspectivas en futuras aplicaciones.Files
s41598-018-33280-7.pdf.pdf
Files
(2.2 MB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:e9aae9ed6b9492b651a461a75915b44e
|
2.2 MB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- فحص المؤشرات الحيوية المتعددة لدراسة الحويصلات البولية خارج الخلية: نهج بروتيني مستهدف خالٍ من الملصقات
- Translated title (French)
- Multiplex Biomarker Screening Assay for Urinary Extracellular Vesicles Study : A Targeted Label-Free Proteomic Approach
- Translated title (Spanish)
- Ensayo múltiple de detección de biomarcadores para el estudio de vesículas extracelulares urinarias: un enfoque proteómico sin etiqueta dirigida
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W2894807973
- DOI
- 10.1038/s41598-018-33280-7
References
- https://openalex.org/W190693332
- https://openalex.org/W1963898428
- https://openalex.org/W1982185581
- https://openalex.org/W2012528990
- https://openalex.org/W2027222148
- https://openalex.org/W2034611055
- https://openalex.org/W2038509755
- https://openalex.org/W2079843936
- https://openalex.org/W2103165230
- https://openalex.org/W2129062330
- https://openalex.org/W2158217645
- https://openalex.org/W2159401023
- https://openalex.org/W2162896172
- https://openalex.org/W2182045352
- https://openalex.org/W2235604943
- https://openalex.org/W2414783216
- https://openalex.org/W2421126119
- https://openalex.org/W2488048472
- https://openalex.org/W2522821491
- https://openalex.org/W2591862756
- https://openalex.org/W2594599876
- https://openalex.org/W2621705126
- https://openalex.org/W2950557897