Published October 5, 2010
| Version v1
Publication
Open
Genetic Variation of the Fc Gamma Receptor 3B Gene and Association with Rheumatoid Arthritis
Creators
- 1. Leiden University Medical Center
- 2. Assiut University
- 3. Murdoch Children's Research Institute
Description
Fc gamma receptors (FcγRs) play a crucial role in immunity by linking IgG antibody-mediated responses with cellular effector and regulatory functions. Genetic variants in these receptors have been previously identified as risk factors for several chronic inflammatory conditions. The present study aimed to investigate the presence of copy number variations (CNVs) in the FCGR3B gene and its potential association with the autoimmune disease rheumatoid arthritis (RA).CNV of the FCGR3B gene was studied using Multiplex Ligation Dependent Probe Amplification (MLPA) in 518 Dutch RA patients and 304 healthy controls. Surprisingly, three independent MLPA probes targeting the FCGR3B promoter measured different CNV frequencies, with probe#1 and #2 measuring 0 to 5 gene copies and probe#3 showing little evidence of CNV. Quantitative-PCR correlated with the copy number results from MLPA probe#2, which detected low copy number (1 copy) in 6.7% and high copy number (≥3 copies) in 9.4% of the control population. No significant difference was observed between RA patients and the healthy controls, neither in the low copy nor the high copy number groups (p-values = 0.36 and 0.71, respectively). Sequencing of the FCGR3B promoter region revealed an insertion/deletion (indel) that explained the disparate CNV results of MLPA probe#1. Finally, a non-significant trend was found between the novel -256A>TG indel and RA (40.7% in healthy controls versus 35.9% in RA patients; P = 0.08).The current study highlights the complexity and poor characterization of the FCGR3B gene sequence, indicating that the design and interpretation of genotyping assays based on specific probe sequences must be performed with caution. Nonetheless, we confirmed the presence of CNV and identified novel polymorphisms in the FCGR3B gene in the Dutch population. Although no association was found between RA and FCGR3B CNV, the possible protective effect of the -256A>TG indel polymorphism must be addressed in larger studies.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
تلعب مستقبلات جاما Fc (FcγRs) دورًا حاسمًا في المناعة من خلال ربط الاستجابات بوساطة الأجسام المضادة IgG بالمستجيب الخلوي والوظائف التنظيمية. تم تحديد المتغيرات الجينية في هذه المستقبلات سابقًا كعوامل خطر للعديد من الحالات الالتهابية المزمنة. تهدف الدراسة الحالية إلى التحقيق في وجود اختلافات في عدد النسخ (CNVs) في جين FCGR3B وارتباطه المحتمل بالتهاب المفاصل الروماتويدي لمرض المناعة الذاتية (RA). تمت دراسة CNV لجين FCGR3B باستخدام تضخيم مسبار الربط المتعدد (MLPA) في 518 مريضًا هولنديًا مصابًا بالتهاب المفاصل الروماتويدي و 304 ضوابط صحية. ومن المثير للدهشة أن ثلاثة مسابير مستقلة من مسابير MLPA تستهدف معزز FCGR3B قامت بقياس ترددات CNV مختلفة، حيث قام المسباررقم1 والمسبار رقم2 بقياس 0 إلى 5 نسخ جينية وأظهر المسباررقم3 القليل من الأدلة على وجود CNV. يرتبط تفاعل البوليميراز المتسلسل الكمي بنتائج رقم النسخ من مسبار MLPA رقم2، والذي اكتشف انخفاض رقم النسخ (نسخة واحدة) في 6.7 ٪ وارتفاع رقم النسخ (≥3 نسخ) في 9.4 ٪ من مجموعة التحكم. لم يلاحظ أي فرق كبير بين مرضى التهاب المفاصل الروماتويدي والضوابط الصحية، لا في النسخ المنخفضة ولا في مجموعات النسخ المرتفعة (قيم p = 0.36 و 0.71 على التوالي). كشف تسلسل منطقة مروج FCGR3B عن إدخال/حذف (INDEL) يفسر نتائج CNV المتباينة لمسبار MLPA رقم1. أخيرًا، تم العثور على اتجاه غير مهم بين الرواية -256A>TG indel و RA (40.7 ٪ في الضوابط الصحية مقابل 35.9 ٪ في مرضى التهاب المفاصل الروماتويدي ؛ P = 0.08). تسلط الدراسة الحالية الضوء على التعقيد وسوء توصيف التسلسل الجيني FCGR3B، مما يشير إلى أنه يجب إجراء تصميم وتفسير فحوصات التنميط الجيني بناءً على تسلسلات مسبار محددة بحذر. ومع ذلك، أكدنا وجود اللقاح المضاد للفيروسات القهقرية وحددنا تعدد الأشكال الجديد في جين FCGR3B لدى السكان الهولنديين. على الرغم من عدم العثور على ارتباط بين التهاب المفاصل الروماتويدي و FCGR3B CNV، إلا أنه يجب معالجة التأثير الوقائي المحتمل لتعدد الأشكال الإنديلي -256A >TG في دراسات أكبر.Translated Description (French)
Les récepteurs Fc gamma (FcγR) jouent un rôle crucial dans l'immunité en liant les réponses médiées par les anticorps IgG aux fonctions effectrices et régulatrices cellulaires. Des variants génétiques de ces récepteurs ont déjà été identifiés comme facteurs de risque de plusieurs affections inflammatoires chroniques. La présente étude visait à étudier la présence de variations du nombre de copies (CNV) dans le gène FCGR3B et son association potentielle avec la polyarthrite rhumatoïde (PR). Le CNV du gène FCGR3B a été étudié en utilisant l'amplification de la sonde dépendante de la ligature multiplexe (MLPA) chez 518 patients atteints de PR néerlandaise et 304 témoins sains. Étonnamment, trois sondes MLPA indépendantes ciblant le promoteur FCGR3B ont mesuré différentes fréquences CNV, les sondes#1 et #2 mesurant 0 à 5 copies de gènes et la sonde#3 montrant peu de preuves de CNV. La PCR quantitative était corrélée aux résultats du nombre de copies de la sonde MLPA n °2, qui a détecté un faible nombre de copies (1 copie) chez 6,7 % et un nombre élevé de copies (≥3 copies) chez 9,4 % de la population témoin. Aucune différence significative n'a été observée entre les patients atteints de PR et les témoins sains, ni dans les groupes à faible nombre de copies ni dans les groupes à nombre élevé de copies (valeurs p = 0,36 et 0,71, respectivement). Le séquençage de la région promotrice FCGR3B a révélé une insertion/délétion (indel) qui expliquait les résultats CNV disparates de la sonde MLPA #1. Enfin, une tendance non significative a été trouvée entre le nouveau -256A >TG indel et la PR (40,7% chez les témoins sains contre 35,9% chez les patients atteints de PR ; P = 0,08).La présente étude met en évidence la complexité et la mauvaise caractérisation de la séquence du gène FCGR3B, indiquant que la conception et l'interprétation des tests de génotypage basés sur des séquences de sondes spécifiques doivent être effectuées avec prudence. Néanmoins, nous avons confirmé la présence de CNV et identifié de nouveaux polymorphismes dans le gène FCGR3B dans la population néerlandaise. Bien qu'aucune association n'ait été trouvée entre RA et FCGR3B CNV, l'effet protecteur possible du polymorphisme indel -256A >TG doit être abordé dans des études plus larges.Translated Description (Spanish)
Los receptores Fc gamma (FcγR) desempeñan un papel crucial en la inmunidad al vincular las respuestas mediadas por anticuerpos IgG con las funciones efectoras y reguladoras celulares. Las variantes genéticas en estos receptores se han identificado previamente como factores de riesgo para varias afecciones inflamatorias crónicas. El presente estudio tuvo como objetivo investigar la presencia de variaciones en el número de copias (CNV) en el gen FCGR3B y su posible asociación con la enfermedad autoinmune artritis reumatoide (AR). El CNV del gen FCGR3B se estudió utilizando Multiplex Ligation Dependent Probe Amplification (MLPA) en 518 pacientes con AR holandeses y 304 controles sanos. Sorprendentemente, tres sondas MLPA independientes dirigidas al promotor FCGR3B midieron diferentes frecuencias de CNV, con las sondas#1 y #2 midiendo de 0 a 5 copias de genes y la sonda#3 mostrando poca evidencia de CNV. La PCR cuantitativa se correlacionó con los resultados del número de copias de la sonda MLPA #2, que detectó un bajo número de copias (1 copia) en el 6.7% y un alto número de copias (≥3 copias) en el 9.4% de la población de control. No se observaron diferencias significativas entre los pacientes con AR y los controles sanos, ni en los grupos de bajo número de copias ni en los de alto número de copias (valores de p = 0,36 y 0,71, respectivamente). La secuenciación de la región promotora FCGR3B reveló una inserción/deleción (indel) que explicaba los resultados CNV dispares de la sonda MLPA #1. Finalmente, se encontró una tendencia no significativa entre el nuevo -256A >TG indel y la AR (40.7% en controles sanos versus 35.9% en pacientes con AR; P = 0.08). El estudio actual destaca la complejidad y la mala caracterización de la secuencia del gen FCGR3B, lo que indica que el diseño e interpretación de los ensayos de genotipado basados en secuencias de sondas específicas debe realizarse con precaución. No obstante, confirmamos la presencia de CNV e identificamos nuevos polimorfismos en el gen FCGR3B en la población holandesa. Aunque no se encontró asociación entre RA y FCGR3B CNV, el posible efecto protector del polimorfismo indel -256A >TG debe abordarse en estudios más amplios.Files
journal.pone.0013173&type=printable.pdf
Files
(2.5 MB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:e0aca41ffc8934eff994bf3060ad96c4
|
2.5 MB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- التباين الجيني لجين Fc Gamma Receptor 3B وارتباطه بالتهاب المفاصل الروماتويدي
- Translated title (French)
- Variation génétique du gène 3B du récepteur gamma Fc et association avec la polyarthrite rhumatoïde
- Translated title (Spanish)
- Variación genética del gen del receptor Fc gamma 3B y asociación con la artritis reumatoide
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W2087303459
- DOI
- 10.1371/journal.pone.0013173
References
- https://openalex.org/W1768700520
- https://openalex.org/W1827246
- https://openalex.org/W1903287340
- https://openalex.org/W1966938977
- https://openalex.org/W1967113354
- https://openalex.org/W1967581879
- https://openalex.org/W1985256998
- https://openalex.org/W1985558863
- https://openalex.org/W1985847127
- https://openalex.org/W1989237539
- https://openalex.org/W1993725755
- https://openalex.org/W1998780818
- https://openalex.org/W2002079712
- https://openalex.org/W2004428333
- https://openalex.org/W2013221974
- https://openalex.org/W2014477412
- https://openalex.org/W2014606320
- https://openalex.org/W2016246097
- https://openalex.org/W2021714239
- https://openalex.org/W2021829013
- https://openalex.org/W2029904363
- https://openalex.org/W2030710966
- https://openalex.org/W2039977529
- https://openalex.org/W2040002798
- https://openalex.org/W2040648595
- https://openalex.org/W2043374435
- https://openalex.org/W2044110911
- https://openalex.org/W2050898161
- https://openalex.org/W2066874799
- https://openalex.org/W2068733429
- https://openalex.org/W2070709541
- https://openalex.org/W2085755265
- https://openalex.org/W2092076486
- https://openalex.org/W2102941013
- https://openalex.org/W2103145701
- https://openalex.org/W2106438012
- https://openalex.org/W2113926943
- https://openalex.org/W2114857255
- https://openalex.org/W2116753165
- https://openalex.org/W2124873881
- https://openalex.org/W2130542470
- https://openalex.org/W2136367522
- https://openalex.org/W2139496296
- https://openalex.org/W2140106980
- https://openalex.org/W2144229161
- https://openalex.org/W2144644150
- https://openalex.org/W2146443366
- https://openalex.org/W2150765396
- https://openalex.org/W2151751911
- https://openalex.org/W2152541525
- https://openalex.org/W2154901790
- https://openalex.org/W2155707112
- https://openalex.org/W2161544859
- https://openalex.org/W2163177727
- https://openalex.org/W2167140822
- https://openalex.org/W2167837666
- https://openalex.org/W2168713159
- https://openalex.org/W2170612945