Published June 22, 2016 | Version v1
Publication Open

Genetic diversity of stay-green sorghums and their derivatives revealed by microsatellites

Creators

  • 1. University of Cape Coast
  • 2. Institute of Biological, Environmental and Rural Sciences
  • 3. Indian Institute of Millets Research
  • 4. International Crops Research Institute for the Semi-Arid Tropics

Description

The genetic variability of 28 sorghum genotypes of known senescence phenotype was investigated using 66 SSR markers well-distributed across the sorghum genome.The genotypes of a number of lines from breeding programmes for stay-green were also determined.This included lines selected phenotypically for stay-green and also RSG 03123, a marker-assisted backcross progeny of R16 (recurrent parent) and B35 (stay-green donor).A total of 419 alleles were detected with a mean of 6.2 per locus.The number of alleles ranged from one for Xtxp94 to 14 for Xtxp88.Chromosome SBI-10 had the highest mean number of alleles (8.33), while SBI-05 had the lowest (4.17).The PIC values obtained ranged from zero to 0.89 in Xtxp94 and Xtxp88, respectively, with a mean of 0.68.On a chromosome basis, mean PIC values were highest in SBI-10 (0.81) and lowest in SBI-05 (0.53).Most of the alleles from B35 in RSG 03123 were found on chromosomes SBI-01, SBI-02 and SBI-03, confirming the successful introgression of quantitative trait loci associated with stay-green from B35 into the senescent background R16.However, the alternative stay-green genetic sources were found to be distinct based on either all the SSRs employed or using only those associated with the stay-green trait in B35.Therefore, the physiological and biochemical basis of each stay-green source should be evaluated in order to enhance the understanding of the functioning of the trait in the various backgrounds.These genetic sources of stay-green could provide a valuable resource for improving this trait in sorghum breeding programmes.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

تم التحقيق في التباين الجيني لـ 28 نمطًا وراثيًا للذرة الرفيعة من النمط الظاهري المعروف للشيخوخة باستخدام 66 علامة SSR موزعة بشكل جيد عبر جينوم الذرة الرفيعة. كما تم تحديد الأنماط الجينية لعدد من الخطوط من برامج التكاثر للبقاء خضراء. وشمل ذلك خطوطًا تم اختيارها بشكل نمطي ظاهري للبقاء خضراء وأيضًا RSG 03123، وهي سلالة متقاطعة بمساعدة علامة من R16 (الوالد المتكرر) و B35 (المتبرع بالبقاء أخضر). تم اكتشاف ما مجموعه 419 أليلًا بمتوسط 6.2 لكل موضع. تراوح عدد الأليلات من واحد لـ Xtxp94 إلى 14 لـ Xtxp88. كان للكروموسوم SBI -10 أعلى متوسط عدد الأليلات (8.33)، في حين كان لدى الهيئة الفرعية للتنفيذ -05 أدنى (4.17). وتراوحت قيم الموافقة المسبقة عن علم التي تم الحصول عليها من الصفر إلى 0.89 في Xtxp94 و Xtxp88، على التوالي، بمتوسط 0.68. على أساس الكروموسوم، كان متوسط قيم الموافقة المسبقة عن علم أعلى في SBI -10 (0.81) وأدنى في SBI -05 (0.53). تم العثور على معظم الأليلات من B35 في RSG 03123 على الكروموسومات SBI -01 و SBI -02 و SBI -03، مما يؤكد الإدخال الناجح لمواقع السمات الكمية المرتبطة بالبقاء أخضرًا من B35 إلى خلفية الشيخوخة R16. ومع ذلك، فإن البديل تم العثور على مصادر وراثية خضراء متميزة على أساس إما جميع SSRs المستخدمة أو باستخدام تلك المرتبطة فقط بسمة البقاء الأخضر في B35. لذلك، يجب تقييم الأساس الفسيولوجي والكيميائي الحيوي لكل مصدر أخضر دائم من أجل تعزيز فهم عمل السمة في الخلفيات المختلفة. يمكن أن توفر هذه المصادر الوراثية للبقاء الأخضر موردًا قيمًا لتحسين هذه السمة في برامج تربية الذرة الرفيعة.

Translated Description (French)

La variabilité génétique de 28 génotypes de sorgho de phénotype de sénescence connu a été étudiée à l'aide de 66 marqueurs SSR bien répartis sur le génome du sorgho. Les génotypes d'un certain nombre de lignées issues de programmes de sélection pour le stay-green ont également été déterminés. Cela comprenait des lignées sélectionnées phénotypiquement pour le stay-green et également RSG 03123, une descendance rétrocroisée assistée par marqueur de R16 (parent récurrent) et B35 (donneur de stay-green). Un total de 419 allèles a été détecté avec une moyenne de 6,2 par locus. Le nombre d'allèles variait de un pour Xtxp94 à 14 pour Xtxp88. Le chromosome SBI-10 avait la moyenne la plus élevée nombre d'allèles (8,33), tandis que SBI-05 avait le plus bas (4,17). Les valeurs pic obtenues variaient de zéro à 0,89 dans Xtxp94 et Xtxp88, respectivement, avec une moyenne de 0,68. Sur une base chromosomique, les valeurs pic moyennes étaient les plus élevées dans SBI-10 (0,81) et les plus faibles dans SBI-05 (0,53). La plupart des allèles de B35 dans RSG 03123 ont été trouvés sur les chromosomes SBI-01, SBI-02 et SBI-03, confirmant l'introgression réussie des locus de caractères quantitatifs associés à rester vert de B35 dans le fond sénescent R16. Cependant, l'alternative Les sources génétiques de vert persistant se sont avérées distinctes en fonction de toutes les SSR utilisées ou en utilisant uniquement celles associées au caractère vert persistant dans B35. Par conséquent, la base physiologique et biochimique de chaque source de vert persistant doit être évaluée afin d'améliorer la compréhension du fonctionnement du caractère dans les différents contextes. Ces sources génétiques de vert persistant pourraient constituer une ressource précieuse pour améliorer ce caractère dans les programmes d'élevage du sorgho.

Translated Description (Spanish)

La variabilidad genética de 28 genotipos de sorgo de fenotipo de senescencia conocido se investigó utilizando 66 marcadores SSR bien distribuidos en el genoma del sorgo. También se determinaron los genotipos de varias líneas de programas de mejoramiento para el verde permanente. Esto incluyó líneas seleccionadas fenotípicamente para el verde permanente y también RSG 03123, una progenie de retrocruzamiento asistida por marcadores de R16 (progenitor recurrente) y B35 (donante verde permanente). Se detectó un total de 419 alelos con una media de 6.2 por locus. El número de alelos varió de uno para Xtxp94 a 14 para Xtxp88. El cromosoma SBI-10 tuvo la media más alta número de alelos (8,33), mientras que SBI-05 tuvo el más bajo (4,17). Los valores de PIC obtenidos oscilaron entre cero y 0,89 en Xtxp94 y Xtxp88, respectivamente, con una media de 0,68. Sobre una base cromosómica, los valores medios de PIC fueron los más altos en SBI-10 (0,81) y los más bajos en SBI-05 (0,53). La mayoría de los alelos de B35 en RSG 03123 se encontraron en los cromosomas SBI-01, SBI-02 y SBI-03, lo que confirma la introgresión exitosa de los loci de rasgos cuantitativos asociados con la permanencia en el verde desde B35 hasta el fondo senescente R16. Sin embargo, la alternativa se encontró que las fuentes genéticas de permanencia verde eran distintas en función de todas las SSR empleadas o utilizando solo las asociadas con el rasgo de permanencia verde en B35. Por lo tanto, la base fisiológica y bioquímica de cada fuente de permanencia verde debe evaluarse para mejorar la comprensión del funcionamiento del rasgo en los diversos antecedentes. Estas fuentes genéticas de permanencia verde podrían proporcionar un recurso valioso para mejorar este rasgo en los programas de cultivo de sorgo.

Files

FA5B4FA59057.pdf

Files (424.1 kB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:accae869c09726b7c827574820f679fe
424.1 kB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
التنوع الوراثي للذرة الرفيعة الخضراء ومشتقاتها التي كشفت عنها الأقمار الصناعية الدقيقة
Translated title (French)
Diversité génétique des sorghos verts et de leurs dérivés révélée par les microsatellites
Translated title (Spanish)
Diversidad genética del sorgo verde y sus derivados revelada por microsatélites

Identifiers

Other
https://openalex.org/W2472411902
DOI
10.5897/ajb2015.15074

Is supplement to
https://openalex.org/W4231488829 (Other)
https://openalex.org/W3176838726 (Other)
https://openalex.org/W3144760529 (Other)
https://openalex.org/W3143184596 (Other)
https://openalex.org/W3044818350 (Other)
https://openalex.org/W2769779270 (Other)
https://openalex.org/W229975397 (Other)
https://openalex.org/W2094281176 (Other)
https://openalex.org/W2074603133 (Other)
https://openalex.org/W1579329403 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
India

References

  • https://openalex.org/W1507792382
  • https://openalex.org/W1517659419
  • https://openalex.org/W1519199473
  • https://openalex.org/W1572171944
  • https://openalex.org/W1963581249
  • https://openalex.org/W1972625046
  • https://openalex.org/W1974636695
  • https://openalex.org/W1979395286
  • https://openalex.org/W1984390786
  • https://openalex.org/W1986900621
  • https://openalex.org/W1988182864
  • https://openalex.org/W1989965422
  • https://openalex.org/W1991705815
  • https://openalex.org/W1997312697
  • https://openalex.org/W1999390641
  • https://openalex.org/W2000839858
  • https://openalex.org/W2005057214
  • https://openalex.org/W2009529949
  • https://openalex.org/W2010210113
  • https://openalex.org/W2011708683
  • https://openalex.org/W2012802990
  • https://openalex.org/W2038306117
  • https://openalex.org/W2040213374
  • https://openalex.org/W2044563731
  • https://openalex.org/W2048123330
  • https://openalex.org/W2049377885
  • https://openalex.org/W2063972801
  • https://openalex.org/W2065016240
  • https://openalex.org/W2065709394
  • https://openalex.org/W2070569793
  • https://openalex.org/W2071206334
  • https://openalex.org/W2072416155
  • https://openalex.org/W2074233894
  • https://openalex.org/W2078313420
  • https://openalex.org/W2084832780
  • https://openalex.org/W2086563405
  • https://openalex.org/W2090128521
  • https://openalex.org/W2101591376
  • https://openalex.org/W2104043339
  • https://openalex.org/W2114257139
  • https://openalex.org/W2135823716
  • https://openalex.org/W2154579005
  • https://openalex.org/W2167299296
  • https://openalex.org/W2167552064
  • https://openalex.org/W2170328498
  • https://openalex.org/W4241315683
  • https://openalex.org/W4250833296
  • https://openalex.org/W4254424418