Published December 1, 2014
| Version v1
Publication
Open
New insight into HCV E1/E2 region of genotype 4a
Creators
- 1. Children Cancer Hospital
- 2. Cairo University
- 3. Nile University
Description
Hepatitis C virus (HCV) genome contains two envelope proteins (E1 and E2) responsible for the virus entry into the cell. There is a substantial lack of sequences covering the full length of E1/E2 region for genotype 4. Our study aims at providing new sequences as well as characterizing the genetic divergence of the E1/E2 region of HCV 4a using our new sequences along with all publicly available datasets.The genomic segments covering the whole E1/E2 region were isolated from Egyptian HCV patients and sequenced. The resulting 36 sequences 36 were analyzed using sequence analysis techniques to study variability within and among hosts in the same time point. Furthermore, previously published HCV E1/E2 sequence datasets for genotype 4a were retrieved and categorized according to the geographical location and date of isolation and were used for further analysis of variability among Egyptian over a period of 15 years, also compared with non-Egyptian sequences to figure out region-specific variability.Phylogenetic analysis of the new sequences has shown variability within the host and among different individuals in the same time point. Analysis of the 36 sequences along with the Egyptian sequences (254 sequences in E1 in the period from 1997 to 2010 and 8 E2 sequences in the period from 2006 to 2010) has shown temporal change over time. Analysis of the new HCV sequences with the non-Egyptian sequences (182 sequences in E1 and 155 sequences in the E2) has shown region specific variability. The molecular clock rate of E1 was estimated to be 5E-3 per site per year for Egyptian and 5.38E-3 for non-Egyptian. The clock rate of E2 was estimated to be 8.48E per site per year for Egyptian and 6.3E-3 for non-Egyptian.The results of this study support the high rate of evolution of the Egyptian HCV genotype 4a. It has also revealed significant level of genetic variability among sequences from different regions in the world.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
يحتوي جينوم فيروس التهاب الكبد الوبائي سي (HCV) على اثنين من بروتينات الغلاف (E1 و E2) المسؤولة عن دخول الفيروس إلى الخلية. هناك نقص كبير في التسلسلات التي تغطي كامل طول منطقة E1/E2 للنمط الجيني 4. تهدف دراستنا إلى توفير تسلسلات جديدة بالإضافة إلى توصيف الاختلاف الجيني لمنطقة E1/E2 من HCV 4a باستخدام تسلسلاتنا الجديدة جنبًا إلى جنب مع جميع مجموعات البيانات المتاحة للجمهور. تم عزل الأجزاء الجينية التي تغطي منطقة E1/E2 بأكملها عن مرضى HCV المصريين وتسلسلها. تم تحليل المتواليات 36 الناتجة 36 باستخدام تقنيات تحليل التسلسل لدراسة التباين داخل المضيفين وفيما بينهم في نفس النقطة الزمنية. علاوة على ذلك، تم استرجاع مجموعات بيانات تسلسل HCV E1/E2 المنشورة سابقًا للنمط الجيني 4a وتصنيفها وفقًا للموقع الجغرافي وتاريخ العزل واستخدمت لمزيد من التحليل للتباين بين المصريين على مدى 15 عامًا، مقارنة أيضًا بالتسلسلات غير المصرية لمعرفة التباين الخاص بالمنطقة. أظهر التحليل الوراثي للتسلسلات الجديدة التباين داخل المضيف وبين الأفراد المختلفين في نفس النقطة الزمنية. أظهر تحليل 36 تسلسلًا جنبًا إلى جنب مع التسلسلات المصرية (254 تسلسلًا في E1 في الفترة من 1997 إلى 2010 و 8 تسلسلات E2 في الفترة من 2006 إلى 2010) تغيرًا زمنيًا بمرور الوقت. أظهر تحليل تسلسلات HCV الجديدة مع التسلسلات غير المصرية (182 تسلسلًا في E1 و 155 تسلسلًا في E2) تقلبًا محددًا للمنطقة. تم تقدير معدل الساعة الجزيئية لـ E1 بـ 5E -3 لكل موقع سنويًا للمصريين و 5.38E -3 لغير المصريين. قُدر معدل الساعة E2 بـ 8.48E لكل موقع سنويًا للمصريين و 6.3 E -3 لغير المصريين. تدعم نتائج هذه الدراسة المعدل المرتفع لتطور النمط الجيني 4a لـ HCV المصري. كما كشفت عن مستوى كبير من التباين الجيني بين التسلسلات من مناطق مختلفة في العالم.Translated Description (French)
Le génome du virus de l'hépatite C (VHC) contient deux protéines d'enveloppe (E1 et E2) responsables de l'entrée du virus dans la cellule. Il y a un manque substantiel de séquences couvrant toute la longueur de la région E1/E2 pour le génotype 4. Notre étude vise à fournir de nouvelles séquences ainsi qu'à caractériser la divergence génétique de la région E1/E2 du VHC 4a en utilisant nos nouvelles séquences ainsi que tous les ensembles de données accessibles au public. Les segments génomiques couvrant l'ensemble de la région E1/E2 ont été isolés de patients égyptiens atteints du VHC et séquencés. Les 36 séquences résultantes 36 ont été analysées en utilisant des techniques d'analyse de séquence pour étudier la variabilité au sein et entre les hôtes dans le même temps. En outre, des ensembles de données de séquences E1/E2 du VHC précédemment publiés pour le génotype 4a ont été récupérés et catégorisés en fonction de l'emplacement géographique et de la date d'isolement et ont été utilisés pour une analyse plus approfondie de la variabilité entre Égyptiens sur une période de 15 ans, également comparés à des séquences non égyptiennes pour déterminer la variabilité spécifique à la région. L'analyse phylogénétique des nouvelles séquences a montré une variabilité au sein de l'hôte et entre différents individus au même moment. L'analyse des 36 séquences ainsi que des séquences égyptiennes (254 séquences dans E1 dans la période de 1997 à 2010 et 8 séquences E2 dans la période de 2006 à 2010) a montré une évolution temporelle dans le temps. L'analyse des nouvelles séquences du VHC avec les séquences non égyptiennes (182 séquences dans E1 et 155 séquences dans E2) a montré une variabilité spécifique à la région. La fréquence d'horloge moléculaire de E1 a été estimée à 5E-3 par site et par an pour l'égyptien et 5,38E-3 pour le non-égyptien. La fréquence d'horloge de E2 a été estimée à 8,48E par site et par an pour l'égyptien et 6,3E-3 pour le non-égyptien. Les résultats de cette étude confirment le taux élevé d'évolution du génotype 4a du VHC égyptien. Il a également révélé un niveau significatif de variabilité génétique entre les séquences de différentes régions du monde.Translated Description (Spanish)
El genoma del virus de la hepatitis C (VHC) contiene dos proteínas de la envoltura (E1 y E2) responsables de la entrada del virus en la célula. Existe una falta sustancial de secuencias que cubran toda la longitud de la región E1/E2 para el genotipo 4. Nuestro estudio tiene como objetivo proporcionar nuevas secuencias, así como caracterizar la divergencia genética de la región E1/E2 del VHC 4a utilizando nuestras nuevas secuencias junto con todos los conjuntos de datos disponibles públicamente. Los segmentos genómicos que cubren toda la región E1/E2 se aislaron de pacientes egipcios con VHC y se secuenciaron. Las 36 secuencias resultantes 36 se analizaron utilizando técnicas de análisis de secuencias para estudiar la variabilidad dentro y entre los huéspedes en el mismo punto de tiempo. Además, los conjuntos de datos de secuencias E1/E2 del VHC publicados anteriormente para el genotipo 4a se recuperaron y categorizaron de acuerdo con la ubicación geográfica y la fecha de aislamiento y se utilizaron para un análisis adicional de la variabilidad entre egipcios durante un período de 15 años, también en comparación con secuencias no egipcias para determinar la variabilidad específica de la región. El análisis filogenético de las nuevas secuencias ha mostrado variabilidad dentro del huésped y entre diferentes individuos en el mismo punto de tiempo. El análisis de las 36 secuencias junto con las secuencias egipcias (254 secuencias en E1 en el periodo de 1997 a 2010 y 8 secuencias E2 en el periodo de 2006 a 2010) ha mostrado un cambio temporal a lo largo del tiempo. El análisis de las nuevas secuencias del VHC con las secuencias no egipcias (182 secuencias en E1 y 155 secuencias en E2) ha mostrado variabilidad específica de la región. La tasa de reloj molecular de E1 se estimó en 5E-3 por sitio por año para los egipcios y 5.38E-3 para los no egipcios. La tasa de reloj de E2 se estimó en 8.48E por sitio por año para los egipcios y 6.3E-3 para los no egipcios. Los resultados de este estudio respaldan la alta tasa de evolución del genotipo 4a del VHC egipcio. También ha revelado un nivel significativo de variabilidad genética entre secuencias de diferentes regiones del mundo.Files
s12985-014-0231-y.pdf
Files
(1.5 MB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:63e02f6ffbe261089f9abb76fcd311c1
|
1.5 MB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- نظرة جديدة على منطقة فيروس التهاب الكبد C E1/E2 من النمط الجيني 4 أ
- Translated title (French)
- Nouvel aperçu de la région E1/E2 du VHC de génotype 4a
- Translated title (Spanish)
- Nuevo conocimiento sobre la región E1/E2 del VHC del genotipo 4a
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W1998505363
- DOI
- 10.1186/s12985-014-0231-y
References
- https://openalex.org/W1525734744
- https://openalex.org/W1553570513
- https://openalex.org/W1825144616
- https://openalex.org/W1845140552
- https://openalex.org/W1907806866
- https://openalex.org/W1977212784
- https://openalex.org/W1984007630
- https://openalex.org/W1990294304
- https://openalex.org/W1993907569
- https://openalex.org/W1996423252
- https://openalex.org/W2000285638
- https://openalex.org/W2007604624
- https://openalex.org/W2030371794
- https://openalex.org/W2035247436
- https://openalex.org/W2055077060
- https://openalex.org/W2063208731
- https://openalex.org/W2065917093
- https://openalex.org/W2071108653
- https://openalex.org/W2084097495
- https://openalex.org/W2106882534
- https://openalex.org/W2110835349
- https://openalex.org/W2115591844
- https://openalex.org/W2115938640
- https://openalex.org/W2118774320
- https://openalex.org/W2120611093
- https://openalex.org/W2121058076
- https://openalex.org/W2122844043
- https://openalex.org/W2132632499
- https://openalex.org/W2132926880
- https://openalex.org/W2137217621
- https://openalex.org/W2143639253
- https://openalex.org/W2144610062
- https://openalex.org/W2153795289
- https://openalex.org/W2154915093
- https://openalex.org/W2155912821
- https://openalex.org/W2159675211
- https://openalex.org/W2161087145
- https://openalex.org/W2166454287
- https://openalex.org/W2166876006
- https://openalex.org/W2186439887
- https://openalex.org/W44882424