Published August 11, 2014
| Version v1
Publication
Open
Egypt's Red Sea coast: phylogenetic analysis of cultured microbial consortia in industrialized sites
- 1. American University in Cairo
Description
The Red Sea possesses a unique geography, and its shores are rich in mangrove, macro-algal and coral reef ecosystems. Various sources of pollution affect Red Sea biota, including microbial life. We assessed the effects of industrialization on microbes along the Egyptian Red Sea coast at eight coastal sites and two lakes. The bacterial communities of sediment samples were analyzed using bacterial 16S rDNA pyrosequencing of V6-V4 hypervariable regions. The taxonomic assignment of 131,402 significant reads to major bacterial taxa revealed five main bacterial phyla dominating the sampled sites: Proteobacteria (68%), Firmicutes (13%), Fusobacteria (12%), Bacteriodetes (6%), and Spirochetes (0.03%). Further analysis revealed distinct bacterial consortia that primarily included (1) marine Vibrio spp.-suggesting a "marine Vibrio phenomenon"; (2) potential human pathogens; and (3) oil-degrading bacteria. We discuss two divergent microbial consortia that were sampled from Solar Lake West near Taba/Eilat and Saline Lake in Ras Muhammad; these consortia contained the highest abundance of human pathogens and no pathogens, respectively. Our results draw attention to the effects of industrialization on the Red Sea and suggest the need for further analysis to overcome the hazardous effects observed at the impacted sites.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
يمتلك البحر الأحمر جغرافيا فريدة من نوعها، وشواطئه غنية بالنظم الإيكولوجية لغابات المانغروف والطحالب الكبيرة والشعاب المرجانية. تؤثر مصادر التلوث المختلفة على الكائنات الحية في البحر الأحمر، بما في ذلك الحياة الميكروبية. قمنا بتقييم آثار التصنيع على الميكروبات على طول ساحل البحر الأحمر المصري في ثمانية مواقع ساحلية وبحيرتين. تم تحليل المجتمعات البكتيرية لعينات الرواسب باستخدام التسلسل الحراري 16S rDNA البكتيري للمناطق شديدة التغير V6 - V4. كشف التعيين التصنيفي لـ 131,402 قراءة مهمة للأصناف البكتيرية الرئيسية عن خمس شُعب بكتيرية رئيسية تهيمن على مواقع العينات: بروتيوباكتريا (68 ٪)، فيرميكوتس (13 ٪)، فوسوباكتريا (12 ٪)، بكتريوديتس (6 ٪)، واللولبيات (0.03 ٪). وكشف المزيد من التحليل عن اتحادات بكتيرية متميزة تضمنت في المقام الأول (1) الضمة البحرية spp.- مما يشير إلى "ظاهرة الضمة البحرية "؛ (2) مسببات الأمراض البشرية المحتملة ؛ و (3) البكتيريا المتحللة للنفط. نناقش اتحادين ميكروبيين متباعدين تم أخذ عينات منهما من سولار ليك ويست بالقرب من طابا/إيلات وبحيرة سالين في رأس محمد ؛ احتوت هذه الاتحادات على أعلى وفرة من مسببات الأمراض البشرية وليس مسببات الأمراض، على التوالي. تلفت نتائجنا الانتباه إلى آثار التصنيع على البحر الأحمر وتشير إلى الحاجة إلى مزيد من التحليل للتغلب على الآثار الخطرة التي لوحظت في المواقع المتضررة.Translated Description (French)
La mer Rouge possède une géographie unique et ses rives sont riches en écosystèmes de mangroves, de macroalgues et de récifs coralliens. Diverses sources de pollution affectent le biote de la mer Rouge, y compris la vie microbienne. Nous avons évalué les effets de l'industrialisation sur les microbes le long de la côte égyptienne de la mer Rouge sur huit sites côtiers et deux lacs. Les communautés bactériennes des échantillons de sédiments ont été analysées en utilisant le pyroséquençage de l'ADNr 16S bactérien des régions hypervariables V6-V4. L'attribution taxonomique de 131 402 lectures significatives aux principaux taxons bactériens a révélé cinq principaux phylums bactériens dominant les sites échantillonnés : Protéobactéries (68 %), Firmicutes (13 %), Fusobactéries (12 %), Bactériodètes (6 %) et Spirochètes (0,03 %). Une analyse plus approfondie a révélé des consortiums bactériens distincts qui comprenaient principalement (1) des espèces marines de Vibrio, suggérant un « phénomène marin de Vibrio » ; (2) des agents pathogènes humains potentiels ; et (3) des bactéries dégradant le pétrole. Nous discutons de deux consortiums microbiens divergents qui ont été échantillonnés dans le lac Solar Ouest près de Taba/Eilat et le lac Saline à Ras Muhammad ; ces consortiums contenaient la plus grande abondance d'agents pathogènes humains et aucun agent pathogène, respectivement. Nos résultats attirent l'attention sur les effets de l'industrialisation sur la mer Rouge et suggèrent la nécessité d'une analyse plus approfondie pour surmonter les effets dangereux observés sur les sites impactés.Translated Description (Spanish)
El Mar Rojo posee una geografía única, y sus costas son ricas en ecosistemas de manglares, macroalgas y arrecifes de coral. Diversas fuentes de contaminación afectan a la biota del Mar Rojo, incluida la vida microbiana. Evaluamos los efectos de la industrialización sobre los microbios a lo largo de la costa egipcia del Mar Rojo en ocho sitios costeros y dos lagos. Las comunidades bacterianas de las muestras de sedimento se analizaron utilizando pirosecuenciación de ADNr 16S bacteriano de regiones hipervariables V6-V4. La asignación taxonómica de 131.402 lecturas significativas a los principales taxones bacterianos reveló cinco filos bacterianos principales que dominan los sitios muestreados: Proteobacteria (68%), Firmicutes (13%), Fusobacteria (12%), Bacteriodetes (6%) y Spirochetes (0.03%). Un análisis adicional reveló distintos consorcios bacterianos que incluían principalmente (1) Vibrio spp. marino, lo que sugiere un "fenómeno de Vibrio marino"; (2) posibles patógenos humanos; y (3) bacterias que degradan el petróleo. Discutimos dos consorcios microbianos divergentes que fueron muestreados de Solar Lake West cerca de Taba/Eilat y Saline Lake en Ras Muhammad; estos consorcios contenían la mayor abundancia de patógenos humanos y ningún patógeno, respectivamente. Nuestros resultados llaman la atención sobre los efectos de la industrialización en el Mar Rojo y sugieren la necesidad de un mayor análisis para superar los efectos peligrosos observados en los sitios afectados.Files
pdf.pdf
Files
(3.4 MB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:a584dd0a374a734b9bfc3b7db03e2652
|
3.4 MB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- ساحل البحر الأحمر في مصر: التحليل الوراثي لاتحادات الميكروبات المستزرعة في المواقع الصناعية
- Translated title (French)
- Côte égyptienne de la mer Rouge : analyse phylogénétique de consortiums microbiens cultivés dans des sites industrialisés
- Translated title (Spanish)
- La costa egipcia del Mar Rojo: análisis filogenético de consorcios microbianos cultivados en sitios industrializados
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W2096531596
- DOI
- 10.3389/fmicb.2014.00363
References
- https://openalex.org/W1741294545
- https://openalex.org/W1983165168
- https://openalex.org/W1985307214
- https://openalex.org/W2000038448
- https://openalex.org/W2006651908
- https://openalex.org/W2027261545
- https://openalex.org/W2033970551
- https://openalex.org/W2036857158
- https://openalex.org/W2037659091
- https://openalex.org/W2047337792
- https://openalex.org/W2049848952
- https://openalex.org/W2066175317
- https://openalex.org/W2067872314
- https://openalex.org/W2113755409
- https://openalex.org/W2118396021
- https://openalex.org/W2128777196
- https://openalex.org/W2129706989
- https://openalex.org/W2146280743
- https://openalex.org/W2149738182
- https://openalex.org/W2151955707
- https://openalex.org/W2163625004
- https://openalex.org/W2184646950
- https://openalex.org/W2325610389
- https://openalex.org/W4235278572
- https://openalex.org/W4254509937
- https://openalex.org/W82287670