Published August 20, 2010 | Version v1
Publication Open

What happened after the initial global spread of pandemic human influenza virus A (H1N1)? A population genetics approach

Creators

  • 1. Hospital General Dr. Manuel Gea Gonzalez
  • 2. Instituto Politécnico Nacional
  • 3. Secretaria de Salud
  • 4. Universidad Nacional Autónoma de México

Description

Abstract Viral population evolution dynamics of influenza A is crucial for surveillance and control. In this paper we analyzed viral genetic features during the recent pandemic caused by the new influenza human virus A H1N1, using a conventional population genetics approach based on 4689 hemagglutinin (HA) and neuraminidase (NA) sequences available in GenBank submitted between March and December of 2009. This analysis showed several relevant aspects: a) a scarce initial genetic variability within the viral isolates from some countries that increased along 2009 when influenza was dispersed around the world; b) a worldwide virus polarized behavior identified when comparing paired countries, low differentiation and high gene flow were found in some pairs and high differentiation and moderate or scarce gene flow in others, independently of their geographical closeness, c) lack of positive selection in HA and NA due to increase of the population size of virus variants, d) HA and NA variants spread in a few months all over the world being identified in the same countries in different months along 2009, and e) containment of viral variants in Mexico at the beginning of the outbreak, probably due to the control measures applied by the government.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

تعد ديناميكيات تطور السكان الفيروسي للأنفلونزا أ أمرًا بالغ الأهمية للمراقبة والسيطرة. في هذه الورقة، قمنا بتحليل السمات الوراثية الفيروسية خلال الوباء الأخير الناجم عن فيروس الأنفلونزا البشري الجديد A H1N1، باستخدام نهج علم الوراثة السكاني التقليدي القائم على 4689 متواليات هيماجلوتينين (HA) ونورامينيداز (NA) المتاحة في بنك الجينات بين مارس وديسمبر من عام 2009. أظهر هذا التحليل العديد من الجوانب ذات الصلة: أ) تنوع جيني أولي نادر داخل العزلات الفيروسية من بعض البلدان التي زادت على طول عام 2009 عندما انتشرت الأنفلونزا في جميع أنحاء العالم ؛ ب) تم تحديد سلوك مستقطب للفيروسات في جميع أنحاء العالم عند مقارنة البلدان المزدوجة، وتم العثور على تمايز منخفض وتدفق جيني مرتفع في بعض الأزواج وتمايز عالي وتدفق جيني معتدل أو نادر في بلدان أخرى، بغض النظر عن قربها الجغرافي، ج) نقص الانتقاء الإيجابي في HA و NA بسبب زيادة حجم السكان لمتغيرات الفيروس، د) تم تحديد متغيرات HA و NA في غضون بضعة أشهر في جميع أنحاء العالم في نفس البلدان في أشهر مختلفة على طول عام 2009، و هـ) احتواء المتغيرات الفيروسية في المكسيك في بداية تفشي المرض، ربما بسبب تدابير الرقابة التي تطبقها الحكومة.

Translated Description (French)

Résumé La dynamique de l'évolution de la population virale de la grippe A est cruciale pour la surveillance et le contrôle. Dans cet article, nous avons analysé les caractéristiques génétiques virales au cours de la récente pandémie causée par le nouveau virus grippal humain A H1N1, en utilisant une approche conventionnelle de la génétique des populations basée sur 4689 séquences d'hémagglutinine (HA) et de neuraminidase (NA) disponibles dans GenBank soumises entre mars et décembre 2009. Cette analyse a montré plusieurs aspects pertinents : a) une faible variabilité génétique initiale au sein des isolats viraux de certains pays qui a augmenté le long de 2009 lorsque la grippe a été dispersée dans le monde ; b) un comportement polarisé par le virus dans le monde entier identifié lors de la comparaison des pays appariés, une faible différenciation et un flux génétique élevé ont été trouvés dans certaines paires et une différenciation élevée et un flux génétique modéré ou rare dans d'autres, indépendamment de leur proximité géographique, c) un manque de sélection positive en HA et NA en raison de l'augmentation de la taille de la population des variants du virus, d) les variants HA et NA se sont répandus en quelques mois dans le monde entier étant identifiés dans les mêmes pays en différents mois le long de 2009, et e) le confinement des variants viraux au Mexique au début de l'épidémie, probablement en raison des mesures de contrôle appliquées par le gouvernement.

Translated Description (Spanish)

Resumen La dinámica de la evolución de la población viral de la gripe A es crucial para la vigilancia y el control. En este artículo analizamos las características genéticas virales durante la reciente pandemia causada por el nuevo virus humano de la influenza A H1N1, utilizando un enfoque de genética de poblaciones convencional basado en 4689 secuencias de hemaglutinina (HA) y neuraminidasa (NA) disponibles en GenBank presentadas entre marzo y diciembre de 2009. Este análisis mostró varios aspectos relevantes: a) una escasa variabilidad genética inicial dentro de los aislados virales de algunos países que aumentó a lo largo de 2009 cuando la influenza se dispersó por todo el mundo; b) un comportamiento mundialmente polarizado de virus identificado al comparar países emparejados, se encontraron baja diferenciación y alto flujo génico en algunos pares y alta diferenciación y flujo génico moderado o escaso en otros, independientemente de su cercanía geográfica, c) falta de selección positiva en HA y NA debido al aumento del tamaño poblacional de las variantes de virus, d) variantes de HA y NA diseminadas en pocos meses por todo el mundo siendo identificadas en los mismos países en diferentes meses a lo largo de 2009, y e) contención de variantes virales en México al inicio del brote, probablemente debido a las medidas de control aplicadas por el gobierno.

Files

1743-422X-7-196.pdf

Files (5.1 MB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:e9fe50cb214d2de104c2e0688e548cb2
5.1 MB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
ماذا حدث بعد الانتشار العالمي الأولي لفيروس الأنفلونزا البشرية الوبائي A (H1N1 )؟ نهج علم الوراثة السكانية
Translated title (French)
Que s'est-il passé après la propagation mondiale initiale du virus grippal humain pandémique A (H1N1) ? Une approche génétique des populations
Translated title (Spanish)
¿Qué sucedió después de la propagación global inicial del virus de la gripe humana pandémica A (H1N1)? Un enfoque de genética de poblaciones

Identifiers

Other
https://openalex.org/W2096472647
DOI
10.1186/1743-422x-7-196

Is supplement to
https://openalex.org/W3127362961 (Other)
https://openalex.org/W3013534474 (Other)
https://openalex.org/W2528349657 (Other)
https://openalex.org/W2413764076 (Other)
https://openalex.org/W2065991003 (Other)
https://openalex.org/W2058449638 (Other)
https://openalex.org/W2039071224 (Other)
https://openalex.org/W2036315754 (Other)
https://openalex.org/W1946835238 (Other)
https://openalex.org/W1528684958 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Mexico

References

  • https://openalex.org/W1983506586
  • https://openalex.org/W2007425673
  • https://openalex.org/W2019548301
  • https://openalex.org/W2021284382
  • https://openalex.org/W2033182966
  • https://openalex.org/W2044795082
  • https://openalex.org/W2065461553
  • https://openalex.org/W2075524104
  • https://openalex.org/W2096420865
  • https://openalex.org/W2102234847
  • https://openalex.org/W2106882534
  • https://openalex.org/W2124941338
  • https://openalex.org/W2135297751
  • https://openalex.org/W2146396346
  • https://openalex.org/W2162080474
  • https://openalex.org/W2321128473
  • https://openalex.org/W4231311503