Published April 11, 2018
| Version v1
Publication
Open
Operational utility of the reverse-transcription recombinase polymerase amplification for detection of dengue virus
Creators
- 1. University Malaya Medical Centre
- 2. University of Malaya
Description
A method for rapid detection of dengue virus using the reverse-transcription recombinase polymerase amplification (RT-RPA) was recently developed, evaluated and made ready for deployment. However, reliance solely on the evaluation performed by experienced researchers in a well-structured and well-equipped reference laboratory may overlook the potential intrinsic problems that may arise during deployment of the assay into new application sites, especially for users unfamiliar with the test. Appropriate assessment of this newly developed assay by users who are unfamiliar with the assay is, therefore, vital. An operational utility test to elucidate the efficiency and effectiveness of the dengue RT-RPA assay was conducted among a group of researchers new to the assay. Nineteen volunteer researchers with different research experience were recruited. The participants performed the RT-RPA assay and interpreted the test results according to the protocol provided. Deviation from the protocol was identified and tabulated by trained facilitators. Post-test questionnaires were conducted to determine the user satisfaction and acceptability of the dengue RT-RPA assay. All the participants completed the test and successfully interpreted the results according to the provided instructions, regardless of their research experience. Of the 19 participants, three (15.8%) performed the assay with no deviations and 16 (84.2%) performed the assay with only 1 to 5 deviations. The number of deviations from protocol, however, was not correlated with the user laboratory experience. The accuracy of the results was also not affected by user laboratory experience. The concordance of the assay results against that of the expected was at 89.3%. The user satisfaction towards the RT-RPA protocol and interpretation of results was 90% and 100%, respectively. The dengue RT-RPA assay can be successfully performed by simply following the provided written instructions. Deviations from the written protocols did not adversely affect the outcome of the assay. These suggest that the RT-RPA assay is indeed a simple, robust and efficient laboratory method for detection of dengue virus. Furthermore, high new user acceptance of the RT-RPA assay suggests that this assay could be successfully deployed into new laboratories where RT-RPA was not previously performed.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
تم مؤخرًا تطوير طريقة للكشف السريع عن فيروس حمى الضنك باستخدام تكبير بوليميراز إعادة كومبيناز النسخ العكسي (RT - RPA) وتقييمها وتجهيزها للنشر. ومع ذلك، فإن الاعتماد فقط على التقييم الذي يجريه باحثون ذوو خبرة في مختبر مرجعي جيد التنظيم والتجهيز قد يغفل المشاكل الجوهرية المحتملة التي قد تنشأ أثناء نشر الاختبار في مواقع التطبيق الجديدة، خاصة بالنسبة للمستخدمين غير المطلعين على الاختبار. وبالتالي، فإن التقييم المناسب لهذا الاختبار المطور حديثًا من قبل المستخدمين غير المطلعين على الاختبار أمر حيوي. تم إجراء اختبار فائدة تشغيلية لتوضيح كفاءة وفعالية اختبار حمى الضنك RT - RPA بين مجموعة من الباحثين الجدد في الاختبار. تم توظيف تسعة عشر باحثًا متطوعًا يتمتعون بخبرة بحثية مختلفة. أجرى المشاركون اختبار RT - RPA وفسروا نتائج الاختبار وفقًا للبروتوكول المقدم. تم تحديد الانحراف عن البروتوكول وجدولته من قبل ميسرين مدربين. تم إجراء استبيانات ما بعد الاختبار لتحديد رضا المستخدم ومقبولية اختبار حمى الضنك RT - RPA. أكمل جميع المشاركين الاختبار وفسروا النتائج بنجاح وفقًا للتعليمات المقدمة، بغض النظر عن خبرتهم البحثية. من بين 19 مشاركًا، أجرى ثلاثة (15.8 ٪) الاختبار دون أي انحرافات وأجرى 16 (84.2 ٪) الاختبار مع انحرافات من 1 إلى 5 فقط. ومع ذلك، لم يكن عدد الانحرافات عن البروتوكول مرتبطًا بتجربة مختبر المستخدم. كما لم تتأثر دقة النتائج بتجربة مختبر المستخدم. وبلغت نسبة تطابق نتائج الفحص مع النتائج المتوقعة 89.3 ٪. كان رضا المستخدم عن بروتوكول RT - RPA وتفسير النتائج 90 ٪ و 100 ٪ على التوالي. يمكن إجراء اختبار حمى الضنك RT - RPA بنجاح ببساطة عن طريق اتباع التعليمات المكتوبة المقدمة. لم تؤثر الانحرافات عن البروتوكولات المكتوبة سلبًا على نتيجة الفحص. تشير هذه إلى أن اختبار RT - RPA هو في الواقع طريقة مختبرية بسيطة وقوية وفعالة للكشف عن فيروس حمى الضنك. علاوة على ذلك، يشير قبول المستخدم الجديد العالي لفحص RT - RPA إلى أنه يمكن نشر هذا الفحص بنجاح في مختبرات جديدة حيث لم يتم إجراء RT - RPA سابقًا.Translated Description (French)
Une méthode de détection rapide du virus de la dengue utilisant l'amplification par polymérase recombinase à transcription inverse (RT-RPA) a été récemment développée, évaluée et préparée pour le déploiement. Cependant, le fait de se fier uniquement à l'évaluation effectuée par des chercheurs expérimentés dans un laboratoire de référence bien structuré et bien équipé peut négliger les problèmes intrinsèques potentiels qui peuvent survenir lors du déploiement du test dans de nouveaux sites d'application, en particulier pour les utilisateurs peu familiers avec le test. Une évaluation appropriée de ce test nouvellement développé par des utilisateurs qui ne sont pas familiers avec le test est donc vitale. Un test d'utilité opérationnelle pour élucider l'efficacité et l'efficience du test RT-RPA de la dengue a été mené auprès d'un groupe de chercheurs débutants dans le test. Dix-neuf chercheurs bénévoles ayant une expérience de recherche différente ont été recrutés. Les participants ont effectué le test RT-RPA et interprété les résultats du test selon le protocole fourni. Les écarts par rapport au protocole ont été identifiés et compilés par des animateurs formés. Des questionnaires post-test ont été menés pour déterminer la satisfaction des utilisateurs et l'acceptabilité du test RT-RPA de la dengue. Tous les participants ont terminé le test et ont interprété avec succès les résultats conformément aux instructions fournies, quelle que soit leur expérience de recherche. Sur les 19 participants, trois (15,8 %) ont effectué le test sans aucun écart et 16 (84,2 %) ont effectué le test avec seulement 1 à 5 écarts. Le nombre d'écarts par rapport au protocole, cependant, n'était pas corrélé avec l'expérience du laboratoire de l'utilisateur. L'exactitude des résultats n'a pas non plus été affectée par l'expérience du laboratoire de l'utilisateur. La concordance des résultats du test par rapport à ceux attendus était de 89,3 %. La satisfaction des utilisateurs à l'égard du protocole RT-RPA et de l'interprétation des résultats était de 90 % et 100 %, respectivement. Le dosage RT-RPA de la dengue peut être effectué avec succès en suivant simplement les instructions écrites fournies. Les écarts par rapport aux protocoles écrits n'ont pas affecté négativement le résultat du test. Ceux-ci suggèrent que le test RT-RPA est en effet une méthode de laboratoire simple, robuste et efficace pour la détection du virus de la dengue. De plus, l'acceptation élevée du test RT-RPA par les nouveaux utilisateurs suggère que ce test pourrait être déployé avec succès dans de nouveaux laboratoires où la RT-RPA n'était pas réalisée auparavant.Translated Description (Spanish)
Recientemente se desarrolló, evaluó y preparó para su despliegue un método para la detección rápida del virus del dengue utilizando la amplificación de la polimerasa recombinasa de transcripción inversa (RT-RPA). Sin embargo, confiar únicamente en la evaluación realizada por investigadores experimentados en un laboratorio de referencia bien estructurado y bien equipado puede pasar por alto los posibles problemas intrínsecos que pueden surgir durante el despliegue del ensayo en nuevos sitios de aplicación, especialmente para usuarios que no están familiarizados con la prueba. Por lo tanto, es vital una evaluación adecuada de este ensayo recientemente desarrollado por parte de los usuarios que no están familiarizados con el ensayo. Se realizó una prueba de utilidad operativa para dilucidar la eficiencia y efectividad del ensayo RT-RPA del dengue entre un grupo de investigadores nuevos en el ensayo. Se reclutaron diecinueve investigadores voluntarios con diferentes experiencias de investigación. Los participantes realizaron el ensayo RT-RPA e interpretaron los resultados de la prueba de acuerdo con el protocolo proporcionado. La desviación del protocolo fue identificada y tabulada por facilitadores capacitados. Se realizaron cuestionarios posteriores a la prueba para determinar la satisfacción del usuario y la aceptabilidad del ensayo RT-RPA del dengue. Todos los participantes completaron la prueba e interpretaron con éxito los resultados de acuerdo con las instrucciones proporcionadas, independientemente de su experiencia en investigación. De los 19 participantes, tres (15.8%) realizaron el ensayo sin desviaciones y 16 (84.2%) realizaron el ensayo con solo 1 a 5 desviaciones. Sin embargo, el número de desviaciones del protocolo no se correlacionó con la experiencia del laboratorio del usuario. La precisión de los resultados tampoco se vio afectada por la experiencia del laboratorio del usuario. La concordancia de los resultados del ensayo con los esperados fue del 89,3%. La satisfacción del usuario hacia el protocolo RT-RPA y la interpretación de los resultados fue del 90% y 100%, respectivamente. El ensayo RT-RPA del dengue se puede realizar con éxito simplemente siguiendo las instrucciones escritas proporcionadas. Las desviaciones de los protocolos escritos no afectaron negativamente el resultado del ensayo. Estos sugieren que el ensayo RT-RPA es de hecho un método de laboratorio simple, robusto y eficiente para la detección del virus del dengue. Además, la alta aceptación de nuevos usuarios del ensayo RT-RPA sugiere que este ensayo podría implementarse con éxito en nuevos laboratorios donde no se realizó previamente RT-RPA.Files
s12879-018-3065-1.pdf
Files
(814.4 kB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:5724a060514c4cc4850c04050d1759bd
|
814.4 kB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- المنفعة التشغيلية لتضخيم بوليميراز ريكومبيناز النسخ العكسي للكشف عن فيروس حمى الضنك
- Translated title (French)
- Utilité opérationnelle de l'amplification par polymérase recombinase à transcription inverse pour la détection du virus de la dengue
- Translated title (Spanish)
- Utilidad operativa de la amplificación de la polimerasa recombinasa de transcripción inversa para la detección del virus del dengue
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W2803576149
- DOI
- 10.1186/s12879-018-3065-1
References
- https://openalex.org/W1562219715
- https://openalex.org/W1705104706
- https://openalex.org/W1972102711
- https://openalex.org/W1985816353
- https://openalex.org/W1997997542
- https://openalex.org/W2001193282
- https://openalex.org/W2015130327
- https://openalex.org/W2028172450
- https://openalex.org/W2040627454
- https://openalex.org/W2041149170
- https://openalex.org/W2048255163
- https://openalex.org/W2058322328
- https://openalex.org/W2059874988
- https://openalex.org/W2066218616
- https://openalex.org/W2069969977
- https://openalex.org/W2083223269
- https://openalex.org/W2095864050
- https://openalex.org/W2097875868
- https://openalex.org/W2106214477
- https://openalex.org/W2114502684
- https://openalex.org/W2115409419
- https://openalex.org/W2115822399
- https://openalex.org/W2119525065
- https://openalex.org/W2128110156
- https://openalex.org/W2142027562
- https://openalex.org/W2155480356
- https://openalex.org/W2156349942
- https://openalex.org/W2162859059
- https://openalex.org/W2184171542
- https://openalex.org/W2192326515
- https://openalex.org/W2207764089
- https://openalex.org/W2208517028
- https://openalex.org/W2257499382
- https://openalex.org/W2363840467
- https://openalex.org/W2379742646
- https://openalex.org/W2397503668
- https://openalex.org/W2415956057
- https://openalex.org/W627572709