Published December 21, 2023 | Version v1
Publication Open

Genetic Characterization of Myf5 and POU1F1 Genes in Different Egyptian Local Rabbit Breeds and Their Association with Growth Traits

Creators

  • 1. National Research Centre
  • 2. Tanta University

Description

Abstract Genetic characterization and its association with quantitative traits in local breeds are important tools for the genetic improvement and sustainable management of animal genetic resources. Myogenic regulatory factor 5 ( MYf5 ) and POU class 1 homeobox 1 ( POU1F1 ) are candidate genes which play important roles in growth and development of mammals. The present study aims to detect the genetic diversity of the MYf5 and POU1F1 genes in four local Egyptian rabbit breeds and their association with growth traits, using PCR-restriction enzyme (PCR–RFLP), PCR-single-strand conformational polymorphism (PCR–SSCP), and direct sequencing techniques. The results showed that MYF5 exon 1 was observed with two genotypes in Baladi Black (BB), Gabali (GB) and New Zealand White (NZW) breeds while APRI-line (APRI) presented one genotype. The genetic diversity of Myf5 exon 2 between breeds showed two genotypes in APRI compared to three in NZW and four genotypes in BB and GB breeds. The genetic diversity of the POU1F1 gene (intron 5 and partial cds) in different rabbit breeds was two genotypes in NZW and three genotypes in BB, GB, and APRI breeds with different frequencies for each genotype. Based on the statistically significant difference between genes genotypes and growth weight, the results suggested that the genotypes of Myf5 exon 2 (1 and 2) of the BB breed, Myf5 exon 2 genotype 2 of the APRI breed, and genotype 1 of Myf5 exon 1 and genotype 1 of POU1F1 of the NZW breed compared to genotypes for each gene can be considered candidate molecular markers associated with the improvement of growth traits in these breeds.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

يعد التوصيف الوراثي المجرد وارتباطه بالسمات الكمية في السلالات المحلية أدوات مهمة للتحسين الوراثي والإدارة المستدامة للموارد الوراثية الحيوانية. العامل التنظيمي العضلي 5 ( MYf5) و POU class 1 homobox 1 (POU1F1) هي جينات مرشحة تلعب أدوارًا مهمة في نمو وتطور الثدييات. تهدف الدراسة الحالية إلى الكشف عن التنوع الجيني لجينات MYf5 و POU1F1 في أربعة سلالات أرنب مصرية محلية وارتباطها بسمات النمو، باستخدام إنزيم تقييد تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR - RFLP)، وتعدد الأشكال التوافقي أحادي السلسلة (PCR - SSCP)، وتقنيات التسلسل المباشر. وأظهرت النتائج أن MYF5 exon 1 لوحظ مع اثنين من الأنماط الجينية في سلالات Baladi Black (BB) و Gabali (GB) و New Zealand White (NZW) بينما قدم APRI - line (APRI) نمطًا وراثيًا واحدًا. أظهر التنوع الجيني لـ Myf5 exon 2 بين السلالات نمطين وراثيين في APRI مقارنة بثلاثة في NZW وأربعة أنماط وراثية في سلالات BB و GB. كان التنوع الوراثي لجين POU1F1 (الإنترون 5 والأقراص المدمجة الجزئية) في سلالات الأرانب المختلفة نوعين وراثيًا في NZW وثلاثة أنماط وراثية في سلالات BB و GB و APRI بترددات مختلفة لكل نمط وراثي. بناءً على الفرق ذي الدلالة الإحصائية بين الأنماط الجينية ووزن النمو، اقترحت النتائج أن الأنماط الجينية لـ Myf5 exon 2 (1 و 2) من سلالة BB، و Myf5 exon 2 genotype 2 من سلالة APRI، والنمط الجيني 1 من Myf5 exon 1 والنمط الجيني 1 من POU1F1 من سلالة NZW مقارنة بالأنماط الجينية لكل جين يمكن اعتبارها علامات جزيئية مرشحة مرتبطة بتحسين سمات النمو في هذه السلالات.

Translated Description (French)

Résumé La caractérisation génétique et son association avec des caractères quantitatifs chez les races locales sont des outils importants pour l'amélioration génétique et la gestion durable des ressources génétiques animales. Le facteur de régulation myogénique 5 ( MYf5 ) et l'homéobox 1 de classe POU 1 ( POU1F1 ) sont des gènes candidats qui jouent un rôle important dans la croissance et le développement des mammifères. La présente étude vise à détecter la diversité génétique des gènes MYf5 et POU1F1 chez quatre races locales de lapins égyptiens et leur association avec les traits de croissance, en utilisant l'enzyme de restriction PCR (PCR–RFLP), le polymorphisme conformationnel PCR simple brin (PCR–SSCP) et les techniques de séquençage direct. Les résultats ont montré que l'exon 1 de MYF5 a été observé avec deux génotypes chez les races Baladi Black (BB), Gabali (GB) et New Zealand White (NZW) tandis que la lignée APRI (APRI) présentait un génotype. La diversité génétique de l'exon 2 de Myf5 entre les races a montré deux génotypes dans l'APRI par rapport à trois dans la NZW et quatre génotypes dans les races BB et GB. La diversité génétique du gène POU1F1 (intron 5 et cds partiel) chez différentes races de lapins était de deux génotypes en NZW et de trois génotypes chez les races BB, GB et APRI avec des fréquences différentes pour chaque génotype. Sur la base de la différence statistiquement significative entre les génotypes des gènes et le poids de croissance, les résultats suggèrent que les génotypes de Myf5 exon 2 (1 et 2) de la race BB, Myf5 exon 2 génotype 2 de la race APRI, et le génotype 1 de Myf5 exon 1 et le génotype 1 de POU1F1 de la race NZW par rapport aux génotypes pour chaque gène peuvent être considérés comme des marqueurs moléculaires candidats associés à l'amélioration des traits de croissance chez ces races.

Translated Description (Spanish)

Resumen La caracterización genética y su asociación con rasgos cuantitativos en razas locales son herramientas importantes para la mejora genética y la gestión sostenible de los recursos zoogenéticos. El factor regulador miogénico 5 ( MYf5 ) y POU clase 1 homeobox 1 ( POU1F1 ) son genes candidatos que desempeñan papeles importantes en el crecimiento y desarrollo de los mamíferos. El presente estudio tiene como objetivo detectar la diversidad genética de los genes MYf5 y POU1F1 en cuatro razas locales de conejos egipcios y su asociación con los rasgos de crecimiento, utilizando la enzima de restricción PCR (PCR–RFLP), el polimorfismo conformacional monocatenario PCR (PCR–SSCP) y técnicas de secuenciación directa. Los resultados mostraron que el exón 1 de MYF5 se observó con dos genotipos en las razas Baladi Black (BB), Gabali (GB) y New Zealand White (NZW), mientras que la línea APRI (APRI) presentó un genotipo. La diversidad genética del exón 2 de Myf5 entre razas mostró dos genotipos en APRI en comparación con tres en NZW y cuatro genotipos en razas BB y GB. La diversidad genética del gen POU1F1 (intrón 5 y cds parcial) en diferentes razas de conejos fue de dos genotipos en NZW y tres genotipos en razas BB, GB y APRI con diferentes frecuencias para cada genotipo. Con base en la diferencia estadísticamente significativa entre los genotipos de los genes y el peso del crecimiento, los resultados sugirieron que los genotipos del exón 2 (1 y 2) de Myf5 de la raza BB, el exón 2 del genotipo 2 de Myf5 de la raza APRI y el genotipo 1 del exón 1 de Myf5 y el genotipo 1 de POU1F1 de la raza NZW en comparación con los genotipos para cada gen pueden considerarse marcadores moleculares candidatos asociados con la mejora de los rasgos de crecimiento en estas razas.

Files

s10528-023-10604-5.pdf.pdf

Files (1.2 MB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:339cbf51d1e15ee498321f5dfe4a93b2
1.2 MB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
التوصيف الوراثي لجينات Myf5 و POU1F1 في سلالات الأرانب المحلية المصرية المختلفة وارتباطها بسمات النمو
Translated title (French)
Caractérisation génétique des gènes Myf5 et POU1F1 chez différentes races locales de lapins égyptiens et leur association avec les caractères de croissance
Translated title (Spanish)
Caracterización genética de los genes Myf5 y POU1F1 en diferentes razas de conejos locales egipcios y su asociación con rasgos de crecimiento

Identifiers

Other
https://openalex.org/W4390061167
DOI
10.1007/s10528-023-10604-5

Is supplement to
https://openalex.org/W2377304080 (Other)
https://openalex.org/W2184324819 (Other)
https://openalex.org/W2171530502 (Other)
https://openalex.org/W2060381038 (Other)
https://openalex.org/W2031269165 (Other)
https://openalex.org/W2013743443 (Other)
https://openalex.org/W1991988594 (Other)
https://openalex.org/W1990506567 (Other)
https://openalex.org/W1973723008 (Other)
https://openalex.org/W1972268752 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Egypt

References

  • https://openalex.org/W1554142716
  • https://openalex.org/W1873172074
  • https://openalex.org/W1952579501
  • https://openalex.org/W1967407253
  • https://openalex.org/W1973906796
  • https://openalex.org/W1983114104
  • https://openalex.org/W2015142517
  • https://openalex.org/W2033032407
  • https://openalex.org/W2037297215
  • https://openalex.org/W2056495812
  • https://openalex.org/W2078831708
  • https://openalex.org/W2080715117
  • https://openalex.org/W2080819807
  • https://openalex.org/W2090995502
  • https://openalex.org/W2097727972
  • https://openalex.org/W2100915747
  • https://openalex.org/W2102234847
  • https://openalex.org/W2108518294
  • https://openalex.org/W2123410317
  • https://openalex.org/W2128880918
  • https://openalex.org/W2144909280
  • https://openalex.org/W2156976825
  • https://openalex.org/W2297498083
  • https://openalex.org/W2316863042
  • https://openalex.org/W2337998827
  • https://openalex.org/W2417034111
  • https://openalex.org/W2422526600
  • https://openalex.org/W2473466593
  • https://openalex.org/W2534548607
  • https://openalex.org/W2552277477
  • https://openalex.org/W2756023164
  • https://openalex.org/W2922806610
  • https://openalex.org/W2942639291
  • https://openalex.org/W2997189061
  • https://openalex.org/W3013630886
  • https://openalex.org/W3090211618
  • https://openalex.org/W3133663634
  • https://openalex.org/W4220714277
  • https://openalex.org/W4319738094
  • https://openalex.org/W4323284812
  • https://openalex.org/W69286239