Published January 1, 2019
| Version v1
Publication
Open
Oomycete Gene Table: an online database for comparative genomic analyses of the oomycete microorganisms
Creators
- 1. Ramathibodi Hospital
- 2. Mahidol University
- 3. Kasetsart University
- 4. King Mongkut's University of Technology Thonburi
Description
Oomycetes form a unique group of the fungal-like, aquatic, eukaryotic microorganisms. Lifestyle and pathogenicity of the oomycetes are diverse. Many pathogenic oomycetes affect a broad range of plants and cause enormous economic loss annually. Some pathogenic oomycetes cause destructive and deadly diseases in a variety of animals, including humans. No effective antimicrobial agent against the oomycetes is available. Genomic data of many oomycetes are currently available. Comparative analyses of the oomycete genomes must be performed to better understand the oomycete biology and virulence, as well as to identify conserved and biologically important proteins that are potential diagnostic and therapeutic targets of these organisms. However, a tool that facilitates comparative genomic studies of the oomycetes is lacking. Here, we described in detail the Oomycete Gene Table, which is an online user-friendly bioinformatic tool, designed to search, analyze, compare and visualize gene contents of 20 oomycetes in a customizable table. Genomic contents of other oomycete species, when available, can be added to the existing database. Some of the applications of the Oomycete Gene Table include investigations of phylogenomic relationships, as well as identifications of biologically important and pathogenesis-related genes of oomycetes. In summary, the Oomycete Gene Table is a simple and useful tool for comparative genomic analyses of oomycetes.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
تشكل الفطريات مجموعة فريدة من الكائنات الحية الدقيقة الشبيهة بالفطريات والمائية وحقيقية النواة. نمط الحياة والإمراض للفطريات متنوعة. تؤثر العديد من الفطريات الممرضة على مجموعة واسعة من النباتات وتسبب خسائر اقتصادية هائلة سنويًا. تسبب بعض الفطريات الممرضة أمراضًا مدمرة ومميتة في مجموعة متنوعة من الحيوانات، بما في ذلك البشر. لا يوجد عامل مضاد للميكروبات فعال ضد الفطريات. البيانات الجينية للعديد من الفطريات متاحة حاليًا. يجب إجراء تحليلات مقارنة لجينوم oomycete لفهم بيولوجيا oomycete والفوعة بشكل أفضل، وكذلك لتحديد البروتينات المحفوظة والمهمة بيولوجيًا والتي تعد أهدافًا تشخيصية وعلاجية محتملة لهذه الكائنات الحية. ومع ذلك، هناك نقص في الأداة التي تسهل الدراسات الجينية المقارنة للفطريات. هنا، وصفنا بالتفصيل جدول الجينات Oomycete، وهو أداة معلوماتية حيوية سهلة الاستخدام عبر الإنترنت، مصممة للبحث عن محتويات الجينات لـ 20 فطرًا من oomycetes وتحليلها ومقارنتها وتصورها في جدول قابل للتخصيص. يمكن إضافة المحتويات الجينية لأنواع الفطريات الأخرى، عند توفرها، إلى قاعدة البيانات الحالية. تتضمن بعض تطبيقات جدول الجينات Oomycete تحقيقات في العلاقات الوراثية، بالإضافة إلى تحديد الجينات المهمة بيولوجيًا والمسببة للأمراض في oomycetes. باختصار، يعد جدول الجينات Oomycete أداة بسيطة ومفيدة للتحليلات الجينية المقارنة للفطريات.Translated Description (French)
Les oomycètes forment un groupe unique de micro-organismes aquatiques eucaryotes ressemblant à des champignons. Le mode de vie et la pathogénicité des oomycètes sont divers. De nombreux oomycètes pathogènes affectent un large éventail de plantes et causent d'énormes pertes économiques chaque année. Certains oomycètes pathogènes provoquent des maladies destructrices et mortelles chez une variété d'animaux, y compris les humains. Aucun agent antimicrobien efficace contre les oomycètes n'est disponible. Les données génomiques de nombreux oomycètes sont actuellement disponibles. Des analyses comparatives des génomes des oomycètes doivent être effectuées pour mieux comprendre la biologie et la virulence des oomycètes, ainsi que pour identifier les protéines conservées et biologiquement importantes qui sont des cibles diagnostiques et thérapeutiques potentielles de ces organismes. Cependant, un outil facilitant les études génomiques comparatives des oomycètes fait défaut. Ici, nous avons décrit en détail le tableau des gènes des oomycètes, qui est un outil bioinformatique en ligne convivial, conçu pour rechercher, analyser, comparer et visualiser le contenu génétique de 20 oomycètes dans un tableau personnalisable. Le contenu génomique d'autres espèces d'oomycètes, lorsqu'il est disponible, peut être ajouté à la base de données existante. Certaines des applications du tableau des gènes des oomycètes comprennent des enquêtes sur les relations phylogénomiques, ainsi que des identifications de gènes biologiquement importants et liés à la pathogenèse des oomycètes. En résumé, le tableau des gènes des oomycètes est un outil simple et utile pour les analyses génomiques comparatives des oomycètes.Translated Description (Spanish)
Los oomicetos forman un grupo único de microorganismos fúngicos, acuáticos y eucariotas. El estilo de vida y la patogenicidad de los oomicetos son diversos. Muchos oomicetos patógenos afectan a una amplia gama de plantas y causan enormes pérdidas económicas anualmente. Algunos oomicetos patógenos causan enfermedades destructivas y mortales en una variedad de animales, incluidos los humanos. No se dispone de un agente antimicrobiano eficaz contra los oomicetos. Actualmente se dispone de datos genómicos de muchos oomicetos. Se deben realizar análisis comparativos de los genomas de oomicetos para comprender mejor la biología y virulencia de los oomicetos, así como para identificar proteínas conservadas y biológicamente importantes que sean posibles dianas diagnósticas y terapéuticas de estos organismos. Sin embargo, falta una herramienta que facilite los estudios genómicos comparativos de los oomicetos. Aquí, describimos en detalle la Tabla de genes de oomicetos, que es una herramienta bioinformática en línea fácil de usar, diseñada para buscar, analizar, comparar y visualizar el contenido génico de 20 oomicetos en una tabla personalizable. Los contenidos genómicos de otras especies de oomicetos, cuando estén disponibles, se pueden añadir a la base de datos existente. Algunas de las aplicaciones de la Tabla de genes de oomicetos incluyen investigaciones de relaciones filogenómicas, así como identificaciones de genes biológicamente importantes y relacionados con la patogénesis de los oomicetos. En resumen, la Tabla de genes de oomicetos es una herramienta sencilla y útil para realizar análisis genómicos comparativos de oomicetos.Files
baz082.pdf.pdf
Files
(93 Bytes)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:b0d506893d4802090edf1644f5f082cd
|
93 Bytes | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- Oomycete Gene Table: قاعدة بيانات على الإنترنت للتحليلات الجينية المقارنة للكائنات الحية الدقيقة oomycete
- Translated title (French)
- Tableau des gènes des oomycètes : une base de données en ligne pour les analyses génomiques comparatives des micro-organismes oomycètes
- Translated title (Spanish)
- Tabla de genes de oomicetos: una base de datos en línea para análisis genómicos comparativos de los microorganismos oomicetos
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W2955905670
- DOI
- 10.1093/database/baz082
References
- https://openalex.org/W1972895163
- https://openalex.org/W2034911474
- https://openalex.org/W2052375196
- https://openalex.org/W2076123206
- https://openalex.org/W2088217892
- https://openalex.org/W2096672157
- https://openalex.org/W2098472248
- https://openalex.org/W2101000074
- https://openalex.org/W2108417383
- https://openalex.org/W2110645824
- https://openalex.org/W2112469422
- https://openalex.org/W2116797557
- https://openalex.org/W2118339508
- https://openalex.org/W2128718917
- https://openalex.org/W2131002525
- https://openalex.org/W2131005949
- https://openalex.org/W2132671821
- https://openalex.org/W2133185137
- https://openalex.org/W2135345128
- https://openalex.org/W2136632285
- https://openalex.org/W2146074126
- https://openalex.org/W2155606054
- https://openalex.org/W2160506991
- https://openalex.org/W2160619010
- https://openalex.org/W2160941537
- https://openalex.org/W2170074068
- https://openalex.org/W2245896861
- https://openalex.org/W2337886504
- https://openalex.org/W2606417150
- https://openalex.org/W2766095237
- https://openalex.org/W2767827791
- https://openalex.org/W2805665729
- https://openalex.org/W2807255719
- https://openalex.org/W2951548954