Published July 30, 2022
| Version v1
Publication
Open
Identification of Daboia siamensis venome using integrated multi-omics data
Creators
- 1. Kasetsart University
- 2. Chulalongkorn University
- 3. Ministry of Health
- 4. National Institutes of Health
- 5. National Heart Lung and Blood Institute
- 6. Queen Saovabha Memorial Institute
- 7. Thai Red Cross Society
Description
Abstract Snakebite, classified by World Health Organization as a neglected tropical disease, causes more than 100,000 deaths and 2 million injuries per year. Currently, available antivenoms do not bind with strong specificity to target toxins, which means that severe complications can still occur despite treatment. Moreover, the cost of antivenom is expensive. Knowledge of venom compositions is fundamental for producing a specific antivenom that has high effectiveness, low side effects, and ease of manufacture. With advances in mass spectrometry techniques, venom proteomes can now be analyzed in great depth at high efficiency. However, these techniques require genomic and transcriptomic data for interpreting mass spectrometry data. This study aims to establish and incorporate genomics, transcriptomics, and proteomics data to study venomics of a venomous snake, Daboia siamensis . Multiple proteins that have not been reported as venom components of this snake such as hyaluronidase-1, phospholipase B, and waprin were discovered. Thus, multi-omics data are advantageous for venomics studies. These findings will be valuable not only for antivenom production but also for the development of novel therapeutics.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
تتسبب لدغة الأفعى المجردة، التي تصنفها منظمة الصحة العالمية على أنها مرض مداري مهمل، في أكثر من 100000 حالة وفاة ومليوني إصابة سنويًا. في الوقت الحالي، لا ترتبط مضادات السموم المتاحة بشكل خاص باستهداف السموم، مما يعني أنه لا يزال من الممكن حدوث مضاعفات خطيرة على الرغم من العلاج. علاوة على ذلك، فإن تكلفة مضادات السموم باهظة الثمن. معرفة تركيبات السم أمر أساسي لإنتاج مضاد سم معين له فعالية عالية وآثار جانبية منخفضة وسهولة في التصنيع. مع التقدم في تقنيات قياس الطيف الكتلي، يمكن الآن تحليل بروتيومات السم بعمق كبير بكفاءة عالية. ومع ذلك، تتطلب هذه التقنيات بيانات جينومية ونسخية لتفسير بيانات قياس الطيف الكتلي. تهدف هذه الدراسة إلى إنشاء ودمج بيانات علم الجينوم وعلم النسخ وعلم البروتينات لدراسة سموم الثعبان السام، Daboia siamensis . تم اكتشاف العديد من البروتينات التي لم يتم الإبلاغ عنها كمكونات سامة لهذا الثعبان مثل الهيالورونيداز -1 والفوسفوليباز ب والوابرين. وبالتالي، فإن البيانات متعددة الأوميكس مفيدة لدراسات علم السموم. ستكون هذه النتائج ذات قيمة ليس فقط لإنتاج مضادات السموم ولكن أيضًا لتطوير علاجات جديدة.Translated Description (French)
Résumé Les morsures de serpents, classées par l'Organisation mondiale de la santé comme une maladie tropicale négligée, causent plus de 100 000 décès et 2 millions de blessures par an. Actuellement, les antivenins disponibles ne se lient pas avec une forte spécificité aux toxines cibles, ce qui signifie que des complications graves peuvent encore survenir malgré le traitement. De plus, le coût de l'antivenin est élevé. La connaissance des compositions de venin est fondamentale pour produire un antivenin spécifique qui a une grande efficacité, de faibles effets secondaires et une facilité de fabrication. Avec les progrès des techniques de spectrométrie de masse, les protéomes de venin peuvent maintenant être analysés en grande profondeur avec une grande efficacité. Cependant, ces techniques nécessitent des données génomiques et transcriptomiques pour interpréter les données de spectrométrie de masse. Cette étude vise à établir et à intégrer des données génomiques, transcriptomiques et protéomiques pour étudier la venomique d'un serpent venimeux, Daboia siamensis . Plusieurs protéines qui n'ont pas été signalées comme composants du venin de ce serpent, telles que l'hyaluronidase-1, la phospholipase B et la waprine, ont été découvertes. Ainsi, les données multi-omiques sont avantageuses pour les études venomiques. Ces résultats seront précieux non seulement pour la production d'antivenin, mais également pour le développement de nouveaux traitements.Translated Description (Spanish)
Resumen La mordedura de serpiente, clasificada por la Organización Mundial de la Salud como una enfermedad tropical desatendida, causa más de 100.000 muertes y 2 millones de lesiones al año. Actualmente, los antídotos disponibles no se unen con una fuerte especificidad a las toxinas diana, lo que significa que aún pueden ocurrir complicaciones graves a pesar del tratamiento. Además, el coste del antiveneno es caro. El conocimiento de las composiciones de veneno es fundamental para producir un antiveneno específico que tenga una alta efectividad, bajos efectos secundarios y facilidad de fabricación. Con los avances en las técnicas de espectrometría de masas, los proteomas de veneno ahora se pueden analizar en gran profundidad con alta eficiencia. Sin embargo, estas técnicas requieren datos genómicos y transcriptómicos para interpretar los datos de espectrometría de masas. Este estudio tiene como objetivo establecer e incorporar datos de genómica, transcriptómica y proteómica para estudiar la venómica de una serpiente venenosa, Daboia siamensis . Se descubrieron múltiples proteínas que no se han informado como componentes de veneno de esta serpiente, como la hialuronidasa-1, la fosfolipasa B y la waprina. Por lo tanto, los datos multiómicos son ventajosos para los estudios de venómica. Estos hallazgos serán valiosos no solo para la producción de antídotos, sino también para el desarrollo de nuevas terapias.Files
s41598-022-17300-1.pdf.pdf
Files
(3.1 MB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:d1dc9b7359160a5e676d20a1c049542c
|
3.1 MB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- تحديد سم Daboia siamensis باستخدام بيانات متعددة الأوميكس المتكاملة
- Translated title (French)
- Identification du venome de Daboia siamensis à l'aide de données multiomiques intégrées
- Translated title (Spanish)
- Identificación del veneno de Daboia siamensis utilizando datos multiómicos integrados
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W4288801550
- DOI
- 10.1038/s41598-022-17300-1
References
- https://openalex.org/W1214129791
- https://openalex.org/W1544191965
- https://openalex.org/W1842209614
- https://openalex.org/W1986852650
- https://openalex.org/W1990111072
- https://openalex.org/W2008964357
- https://openalex.org/W2013913038
- https://openalex.org/W2017454882
- https://openalex.org/W2024882709
- https://openalex.org/W2030404874
- https://openalex.org/W2036897871
- https://openalex.org/W2048013243
- https://openalex.org/W2049373542
- https://openalex.org/W2059088642
- https://openalex.org/W2064584137
- https://openalex.org/W2068541760
- https://openalex.org/W2070450843
- https://openalex.org/W2085277615
- https://openalex.org/W2099753867
- https://openalex.org/W2104052851
- https://openalex.org/W2129933858
- https://openalex.org/W2130212962
- https://openalex.org/W2147151067
- https://openalex.org/W2150146437
- https://openalex.org/W2191815439
- https://openalex.org/W2242589795
- https://openalex.org/W2418162737
- https://openalex.org/W2472312029
- https://openalex.org/W2519161926
- https://openalex.org/W2558654912
- https://openalex.org/W2565247242
- https://openalex.org/W2584943228
- https://openalex.org/W2759785651
- https://openalex.org/W2770400544
- https://openalex.org/W2791135937
- https://openalex.org/W2807608058
- https://openalex.org/W2807946550
- https://openalex.org/W2883792329
- https://openalex.org/W2941072767
- https://openalex.org/W2950682063
- https://openalex.org/W2976778560
- https://openalex.org/W2979770225
- https://openalex.org/W2997454792
- https://openalex.org/W3003273615
- https://openalex.org/W3011193767
- https://openalex.org/W3041788245
- https://openalex.org/W3045103008
- https://openalex.org/W3090824700
- https://openalex.org/W3116364907
- https://openalex.org/W4200351565
- https://openalex.org/W4211091111
- https://openalex.org/W4233120011