Published June 20, 2023 | Version v1
Publication Open

Emergence of novel porcine circovirus 2d strains in Thailand, 2019–2020

Creators

  • 1. Chulalongkorn University

Description

Porcine circovirus 2 (PCV2) has been recognized as a causative agent of porcine circovirus diseases (PCVDs) affecting the global swine industry. In this study, the genetic diversity of PCV2 strains circulating in Thailand between 2019 and 2020 was investigated using 742 swine clinical samples from 145 farms. The results showed PCV2-positive rates of 54.2% (402/742) and 81.4% (118/145) at the sample and farm levels, respectively. Genetic analysis of 51 Thai PCV2 genomic sequences showed that 84.3% (43/51) was PCV2d, 13.7% (7/51) was PCV2b and 1.9% (1/51) was PCV2b/2d recombinant virus. Surprisingly, the majority of the Thai PCV2d sequences from this study (69.77%, 30/43) formed a novel cluster on a phylogenetic tree and contained a unique 133HDAM136 on the ORF2 deduced amino acid sequence, which is in one of the previously identified immunoreactive domains strongly involved in virus neutralization. The PCV2b/2d recombinant virus also carried 133HDAM136. The emergence of the novel PCV2d strains predominating in Thailand was discussed. This study highlights the need for further investigations on the spreading of these PCV2d strains in other regions and the efficacy of current commercial vaccines.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

تم التعرف على فيروس سيرك الخنازير 2 (PCV2) كعامل مسبب لأمراض فيروس سيرك الخنازير (PCVDs) التي تؤثر على صناعة الخنازير العالمية. في هذه الدراسة، تم التحقيق في التنوع الجيني لسلالات PCV2 المنتشرة في تايلاند بين عامي 2019 و 2020 باستخدام 742 عينة سريرية للخنازير من 145 مزرعة. وأظهرت النتائج معدلات إيجابية للقاح PCV2 بنسبة 54.2 ٪ (402/742) و 81.4 ٪ (118/145) على مستوى العينة والمزرعة، على التوالي. أظهر التحليل الجيني للمتواليات الجينية 51 التايلاندية PCV2 أن 84.3 ٪ (43/51) كان PCV2d، و 13.7 ٪ (7/51) كان PCV2b و 1.9 ٪ (1/51) كان PCV2b/2d الفيروس المؤتلف. من المثير للدهشة أن غالبية تسلسلات PCV2d التايلاندية من هذه الدراسة (69.77 ٪، 30/43) شكلت مجموعة جديدة على شجرة تطور السلالات واحتوت على 133HDAM136 فريد من نوعه على تسلسل الأحماض الأمينية المستنتجة ORF2، والذي يقع في أحد المجالات المناعية التي تم تحديدها مسبقًا والتي تشارك بقوة في تحييد الفيروس. حمل الفيروس المؤتلف PCV2b/2d أيضًا 133HDAM136. تمت مناقشة ظهور سلالات PCV2d الجديدة السائدة في تايلاند. تسلط هذه الدراسة الضوء على الحاجة إلى مزيد من التحقيقات حول انتشار سلالات لقاح PCV2d هذه في مناطق أخرى وفعالية اللقاحات التجارية الحالية.

Translated Description (French)

Le circovirus porcin 2 (PCV2) a été reconnu comme un agent causal des maladies à circovirus porcin (PCVD) affectant l'industrie porcine mondiale. Dans cette étude, la diversité génétique des souches de PCV2 circulant en Thaïlande entre 2019 et 2020 a été étudiée à l'aide de 742 échantillons cliniques de porcs provenant de 145 fermes. Les résultats ont montré des taux de PCV2 positifs de 54,2% (402/742) et 81,4% (118/145) au niveau de l'échantillon et de la ferme, respectivement. L'analyse génétique de 51 séquences génomiques du PCV2 thaïlandais a montré que 84,3 % (43/51) étaient des PCV2d, 13,7 % (7/51) étaient des PCV2b et 1,9 % (1/51) étaient des virus recombinants PCV2b/2d. Étonnamment, la majorité des séquences de PCV2d thaïlandaises de cette étude (69,77%, 30/43) ont formé un nouveau cluster sur un arbre phylogénétique et contenaient un 133HDAM136 unique sur la séquence d'acides aminés déduite de l'ORF2, qui se trouve dans l'un des domaines immunoréactifs précédemment identifiés fortement impliqués dans la neutralisation du virus. Le virus recombinant PCV2b/2d portait également 133HDAM136. L'émergence des nouvelles souches de PCV2d prédominant en Thaïlande a été discutée. Cette étude souligne la nécessité de poursuivre les recherches sur la propagation de ces souches de PCV2d dans d'autres régions et sur l'efficacité des vaccins commerciaux actuels.

Translated Description (Spanish)

El circovirus porcino 2 (PCV2) ha sido reconocido como un agente causante de enfermedades por circovirus porcino (PCVD) que afectan a la industria porcina mundial. En este estudio, se investigó la diversidad genética de las cepas de PCV2 que circulan en Tailandia entre 2019 y 2020 utilizando 742 muestras clínicas porcinas de 145 granjas. Los resultados mostraron tasas positivas para PCV2 de 54.2% (402/742) y 81.4% (118/145) a nivel de muestra y granja, respectivamente. El análisis genético de 51 secuencias genómicas de PCV2 tailandés mostró que el 84,3% (43/51) era PCV2d, el 13,7% (7/51) era PCV2b y el 1,9% (1/51) era virus recombinante PCV2b/2d. Sorprendentemente, la mayoría de las secuencias tailandesas de PCV2d de este estudio (69.77%, 30/43) formaron un grupo novedoso en un árbol filogenético y contenían un 133HDAM136 único en la secuencia de aminoácidos deducida de ORF2, que se encuentra en uno de los dominios inmunorreactivos previamente identificados fuertemente involucrados en la neutralización del virus. El virus recombinante PCV2b/2d también portaba 133HDAM136. Se discutió la aparición de las nuevas cepas de PCV2d que predominan en Tailandia. Este estudio destaca la necesidad de realizar más investigaciones sobre la propagación de estas cepas de PCV2d en otras regiones y la eficacia de las vacunas comerciales actuales.

Files

pdf.pdf

Files (940.9 kB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:65296c86c82415b59dd29bd151bd2486
940.9 kB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
ظهور سلالات جديدة من فيروس سيركو الخنازير ثنائي الأبعاد في تايلاند، 2019–2020
Translated title (French)
Émergence de nouvelles souches de circovirus porcin 2d en Thaïlande, 2019–2020
Translated title (Spanish)
Emergencia de nuevas cepas de circovirus porcino 2d en Tailandia, 2019–2020

Identifiers

Other
https://openalex.org/W4381434644
DOI
10.3389/fvets.2023.1170499

Is supplement to
https://openalex.org/W4297611268 (Other)
https://openalex.org/W4281297952 (Other)
https://openalex.org/W3149237550 (Other)
https://openalex.org/W2996642006 (Other)
https://openalex.org/W2962777341 (Other)
https://openalex.org/W2790281079 (Other)
https://openalex.org/W2132789796 (Other)
https://openalex.org/W2095793440 (Other)
https://openalex.org/W2092374783 (Other)
https://openalex.org/W1974795989 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Thailand

References

  • https://openalex.org/W1483247593
  • https://openalex.org/W1968987300
  • https://openalex.org/W1969460746
  • https://openalex.org/W1971695091
  • https://openalex.org/W1986015099
  • https://openalex.org/W2040627816
  • https://openalex.org/W2106882534
  • https://openalex.org/W2119165547
  • https://openalex.org/W2120723243
  • https://openalex.org/W2141008678
  • https://openalex.org/W2152207030
  • https://openalex.org/W2153314219
  • https://openalex.org/W2161632393
  • https://openalex.org/W2163400707
  • https://openalex.org/W2267231513
  • https://openalex.org/W2553525536
  • https://openalex.org/W2593400169
  • https://openalex.org/W2746350879
  • https://openalex.org/W2904464741
  • https://openalex.org/W2923263822
  • https://openalex.org/W2964225609
  • https://openalex.org/W3006106982
  • https://openalex.org/W3126689485
  • https://openalex.org/W3160159213
  • https://openalex.org/W4283828087
  • https://openalex.org/W4286489344
  • https://openalex.org/W4292466545