Published January 1, 2009 | Version v1
Publication Open

Comparative analysis of complete nucleotide sequence of porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV) isolates in Thailand (US and EU genotypes)

Creators

  • 1. Chulalongkorn University

Description

Porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV) is a causative agent of Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome (PRRS). In this study, the complete nucleotide sequences of the selected two Thai PRRSV isolates, EU (01CB1) and US (01NP1) genotypes were determined since both isolates are the Thai prototypes.01CB1 and 01NP1 contain 14,943 and 15,412 nucleotides, respectively. The viruses compose 2 untranslated regions (5' UTR and 3' UTR) and 8 open reading frames (ORFs) designated as ORF1a, ORF1b and ORF2-7. Phylogenetic analysis of full length of the viruses also showed that the 01CB1 and 01NP1 were grouped into the EU and US genotype, respectively. In order to determine the genetic variation and genetic relatedness among PRRSV isolates, the complete nucleotide sequences of PRRSV isolated in Thailand, 01CB1 and 01NP1 were compared with those of 2 EU strains (Lelystad, and EuroPRRSV), 6 US strains (MLV, VR2332, PA8, 16244B, SP and HUN4). Our results showed that the 01CB1 genome shares approximately 99.2% (Lelystad) and 95.2% (EuroPRRSV) nucleotide identity with EU field strains. While, the 01NP1 genome has 99.9% nucleotide identity with a live vaccine strain (MLV) and 99.5% and 98.5% nucleotide identity with 2 other US isolates, VR2332 and 16244B, respectively. In addition, ORF5 nucleotide sequences of 9 PRRS viruses recovered in Thailand during 2002-2008 were also included in this study. Phylogenetic analysis of ORF5 showed high similarity among EU and US genotypes of the recent Thai PRRS viruses (2007-2008 viruses) with 01CB1 and 01NP1.Overall, the results suggested that the Thai EU isolate (01CB1) may evolve from the EU prototype, Lelystad virus, whereas the Thai US isolate (01NP1) may originate and evolve from the vaccine virus or its derivatives. Interestingly, the US-MLV vaccine was not available in the Thai market in 2001. The Vaccine-like virus might have persisted in the imported pigs or semen and later spread in the Thai swine industry. This report is the first report of complete nucleotide sequences of the Thai PRRS viruses both EU and US genotypes.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

فيروس المتلازمة التناسلية والتنفسية للخنازير (PRRSV) هو عامل مسبب للمتلازمة الإنجابية والتنفسية للخنازير (PRRS). في هذه الدراسة، تم تحديد متواليات النيوكليوتيدات الكاملة لعزلات PRRSV التايلاندية المختارة، والأنماط الجينية للاتحاد الأوروبي (01CB1) والولايات المتحدة (01NP1) لأن كلا العزلين هما النماذج الأولية التايلاندية. 01CB1 و 01NP1 يحتويان على 14،943 و 15،412 نيوكليوتيدات، على التوالي. تتكون الفيروسات من منطقتين غير مترجمتين (5' UTR و 3' UTR) و 8 إطارات قراءة مفتوحة (ORFs) مخصصة كـ ORF1a و ORF1b و ORF2 -7. أظهر التحليل الوراثي لكامل طول الفيروسات أيضًا أن 01CB1 و 01NP1 تم تجميعهما في النمط الجيني للاتحاد الأوروبي والولايات المتحدة، على التوالي. من أجل تحديد التباين الوراثي والعلاقة الوراثية بين عزلات PRRSV، تمت مقارنة متواليات النيوكليوتيدات الكاملة لـ PRRSV المعزولة في تايلاند، 01CB1 و 01NP1 مع سلالتين من الاتحاد الأوروبي (Lelystad، و EuroPRRSV)، و 6 سلالات أمريكية (MLV، و VR2332، و PA8، و 16244B، و SP و HUN4). أظهرت نتائجنا أن جينوم 01CB1 يشترك في حوالي 99.2 ٪ (Lelystad) و 95.2 ٪ (EuroPRRSV) من هوية النيوكليوتيدات مع سلالات الحقل في الاتحاد الأوروبي. بينما يحتوي جينوم 01NP1 على هوية نيوكليوتيد بنسبة 99.9 ٪ مع سلالة لقاح حية (MLV) وهوية نيوكليوتيد بنسبة 99.5 ٪ و 98.5 ٪ مع عزلتين أمريكيتين أخريين، VR2332 و 16244B، على التوالي. بالإضافة إلى ذلك، تم تضمين تسلسل النوكليوتيدات ORF5 لـ 9 فيروسات PRRS تم استردادها في تايلاند خلال 2002-2008 في هذه الدراسة. أظهر التحليل الوراثي لـ ORF5 تشابهًا كبيرًا بين الأنماط الجينية للاتحاد الأوروبي والولايات المتحدة لفيروسات PRRS التايلاندية الأخيرة (فيروسات 2007-2008) مع 01CB1 و 01NP1. بشكل عام، أشارت النتائج إلى أن عزل الاتحاد الأوروبي التايلاندي (01CB1) قد يتطور من النموذج الأولي للاتحاد الأوروبي، فيروس ليليستاد، في حين أن عزل الولايات المتحدة التايلاندية (01NP1) قد ينشأ ويتطور من فيروس اللقاح أو مشتقاته. ومن المثير للاهتمام أن لقاح MLV الأمريكي لم يكن متاحًا في السوق التايلاندية في عام 2001. قد يكون الفيروس الشبيه باللقاح قد استمر في الخنازير أو السائل المنوي المستورد وانتشر لاحقًا في صناعة الخنازير التايلاندية. هذا التقرير هو أول تقرير عن تسلسل النيوكليوتيدات الكاملة لفيروسات PRRS التايلاندية كل من الأنماط الجينية للاتحاد الأوروبي والولايات المتحدة.

Translated Description (French)

Le virus du syndrome reproducteur et respiratoire porcin (SRRP) est un agent causal du syndrome reproducteur et respiratoire porcin (SRRP). Dans cette étude, les séquences nucléotidiques complètes des deux isolats de PRRSV thaïlandais sélectionnés, les génotypes EU (01CB1) et US (01NP1) ont été déterminées puisque les deux isolats sont les prototypes thaïlandais.01CB1 et 01NP1 contiennent 14 943 et 15 412 nucléotides, respectivement. Les virus composent 2 régions non traduites (5' UTR et 3' UTR) et 8 cadres de lecture ouverts (ORF) désignés ORF1a, ORF1b et ORF2-7. L'analyse phylogénétique de la longueur totale des virus a également montré que le 01CB1 et le 01NP1 ont été regroupés dans les génotypes de l'UE et des États-Unis, respectivement. Afin de déterminer la variation génétique et la parenté génétique entre les isolats de PRRSV, les séquences nucléotidiques complètes de PRRSV isolées en Thaïlande, 01CB1 et 01NP1 ont été comparées à celles de 2 souches de l'UE (Lelystad et EuroPRRSV), 6 souches américaines (MLV, VR2332, PA8, 16244B, SP et HUN4). Nos résultats ont montré que le génome 01CB1 partage environ 99,2% (Lelystad) et 95,2% (EuroPRRSV) d'identité nucléotidique avec les souches de terrain de l'UE. Alors que le génome 01NP1 a 99,9% d'identité nucléotidique avec une souche de vaccin vivant (MLV) et 99,5% et 98,5% d'identité nucléotidique avec 2 autres isolats américains, VR2332 et 16244B, respectivement. En outre, des séquences nucléotidiques ORF5 de 9 virus PRRS récupérés en Thaïlande au cours de la période 2002-2008 ont également été incluses dans cette étude. L'analyse phylogénétique de l'ORF5 a montré une forte similitude entre les génotypes européens et américains des virus récents du SRRP thaïlandais (virus 2007-2008) avec 01CB1 et 01NP1. Dans l'ensemble, les résultats ont suggéré que l'isolat thaïlandais de l'UE (01CB1) pourrait évoluer à partir du prototype de l'UE, le virus Lelystad, tandis que l'isolat thaïlandais des États-Unis (01NP1) pourrait provenir et évoluer à partir du virus vaccinal ou de ses dérivés. Fait intéressant, le vaccin US-MLV n'était pas disponible sur le marché thaïlandais en 2001. Le virus semblable au vaccin aurait pu persister chez les porcs ou le sperme importés et se propager plus tard dans l'industrie porcine thaïlandaise. Ce rapport est le premier rapport de séquences nucléotidiques complètes des génotypes des virus SRRP thaïlandais de l'UE et des États-Unis.

Translated Description (Spanish)

El virus del síndrome reproductivo y respiratorio porcino (PRRSV) es un agente causante del síndrome reproductivo y respiratorio porcino (PRRS). En este estudio, se determinaron las secuencias de nucleótidos completas de los dos aislados tailandeses de PRRSV seleccionados, los genotipos EU (01CB1) y US (01NP1), ya que ambos aislados son los prototipos tailandeses. 01CB1 y 01NP1 contienen 14.943 y 15.412 nucleótidos, respectivamente. Los virus componen 2 regiones no traducidas (5' UTR y 3' UTR) y 8 marcos de lectura abiertos (ORF) designados como ORF1a, ORF1b y ORF2-7. El análisis filogenético de la longitud completa de los virus también mostró que 01CB1 y 01NP1 se agruparon en el genotipo EU y US, respectivamente. Para determinar la variación genética y la relación genética entre los aislados de PRRSV, se compararon las secuencias de nucleótidos completas de PRRSV aisladas en Tailandia, 01CB1 y 01NP1 con las de 2 cepas EU (Lelystad y EuroPRRSV), 6 cepas US (MLV, VR2332, PA8, 16244B, SP y HUN4). Nuestros resultados mostraron que el genoma 01CB1 comparte aproximadamente el 99,2% (Lelystad) y el 95,2% (EuroPRRSV) de identidad de nucleótidos con las cepas de campo de la UE. Mientras que, el genoma 01NP1 tiene una identidad de nucleótidos del 99.9% con una cepa de vacuna viva (MLV) y una identidad de nucleótidos del 99.5% y 98.5% con otros 2 aislados de EE. UU., VR2332 y 16244B, respectivamente. Además, también se incluyeron en este estudio las secuencias de nucleótidos ORF5 de 9 virus PRRS recuperados en Tailandia durante 2002-2008. El análisis filogenético de ORF5 mostró una alta similitud entre los genotipos de la UE y EE. UU. de los virus recientes del PRRS tailandés (virus 2007-2008) con 01CB1 y 01NP1. En general, los resultados sugirieron que el aislado tailandés de la UE (01CB1) puede evolucionar a partir del prototipo de la UE, el virus Lelystad, mientras que el aislado tailandés de EE. UU. (01NP1) puede originarse y evolucionar a partir del virus de la vacuna o sus derivados. Curiosamente, la vacuna US-MLV no estaba disponible en el mercado tailandés en 2001. El virus similar a la vacuna podría haber persistido en los cerdos o el semen importados y luego haberse propagado en la industria porcina tailandesa. Este informe es el primer informe de secuencias de nucleótidos completas de los virus del PRRS tailandés, tanto de los genotipos de la UE como de los EE. UU.

Files

1743-422X-6-143.pdf

Files (1.1 MB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:0fc506db46de9a7b9066b1707986629c
1.1 MB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
تحليل مقارن لتسلسل النيوكليوتيدات الكامل لعزلات فيروس المتلازمة التناسلية والتنفسية للخنازير (PRRSV) في تايلاند (الأنماط الجينية الأمريكية والأوروبية)
Translated title (French)
Analyse comparative de la séquence nucléotidique complète des isolats du virus du syndrome reproducteur et respiratoire porcin (PRRSV) en Thaïlande (génotypes américain et européen)
Translated title (Spanish)
Análisis comparativo de la secuencia completa de nucleótidos de aislados del virus del síndrome reproductivo y respiratorio porcino (PRRSV) en Tailandia (genotipos de EE. UU. y UE)

Identifiers

Other
https://openalex.org/W1999066344
DOI
10.1186/1743-422x-6-143

Is supplement to
https://openalex.org/W2417428323 (Other)
https://openalex.org/W2132929621 (Other)
https://openalex.org/W2050573380 (Other)
https://openalex.org/W2042219189 (Other)
https://openalex.org/W2037855634 (Other)
https://openalex.org/W2029933062 (Other)
https://openalex.org/W1987905608 (Other)
https://openalex.org/W1981211838 (Other)
https://openalex.org/W1968017175 (Other)
https://openalex.org/W1965923295 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Thailand

References

  • https://openalex.org/W1505653987
  • https://openalex.org/W1984573803
  • https://openalex.org/W1986916821
  • https://openalex.org/W1987297544
  • https://openalex.org/W1987382705
  • https://openalex.org/W2009313996
  • https://openalex.org/W2015384116
  • https://openalex.org/W2016851949
  • https://openalex.org/W2023550119
  • https://openalex.org/W2024100058
  • https://openalex.org/W2037855634
  • https://openalex.org/W2046274883
  • https://openalex.org/W2067700247
  • https://openalex.org/W2092093566
  • https://openalex.org/W2100160011
  • https://openalex.org/W2102816393
  • https://openalex.org/W2109272299
  • https://openalex.org/W2117365587
  • https://openalex.org/W2121820429
  • https://openalex.org/W2129663857
  • https://openalex.org/W2139230547
  • https://openalex.org/W2162945607
  • https://openalex.org/W2187170278