A dataset of proteins associated with Trypanosoma cruzi LYT1 mRNAs
Creators
- 1. Pontificia Universidad Javeriana
- 2. Centro de Biología Molecular Severo Ochoa
- 3. Autonomous University of Madrid
Description
Post-transcriptional gene regulation in Trypanosoma cruzi, the etiological agent of Chagas disease, plays a critical role in ensuring that the parasite successfully completes its life cycle in both of its obligate hosts: insect vector and mammals. This regulation is basically governed by RNA binding proteins (RBPs) through their interactions with cis-elements located in the UTRs of their mRNA targets. LYT1 gene, coding for a virulence factor of T. cruzi, is expressed into two isoforms: kLYT1 and mLYT1, which play different functions according to their cellular location and parasite life-cycle stages. Whereas kLYT1 exhibits a regulatory role during the epimastigote-to-metacyclic trypomastigote stage transition, mLYT1 acts as a pore-forming protein, relevant for host cell invasion and parasite intracellular survival. Considering the LYT1 biological relevance and the fact that this is a protein exclusive of T. cruzi, the protein and its mechanisms regulating the alternative gene expression products are promising targets for therapeutic intervention. In this work, an experimental approach consisting of pull-downs assays followed by proteomic analyzes was carried out to identify the proteins interacting with the different LYT1 mRNAs. The dataset presented here was obtained through three biological replicates using all the different UTRs characterized in the LYT1 mRNAs (i.e., 5´UTR kLYT1, 5´UTR mLYT1, and I and II-type 3´UTRs) as baits, and protein extracts from epimastigotes and trypomastigotes of the 058 PUJ (DTU I) strain. Bound proteins were analyzed by liquid chromatography coupled to mass spectrometry (LC/MS). As a control of non-specificity, the same protein extracts were incubated with Leishmania braziliensis rRNA and the bound proteins also identified by LC/MS. In all, 1,557 proteins were identified, 313 of them were found in at least two replicates and 18 proteins were exclusively associated with the LYT1 baits. Of these, six proteins have motifs related to RNA binding, and seven remain annotated as hypothetical proteins. Remarkably, three of these hypothetical proteins also contain nucleic acid binding motifs. This knowledge, beside expanding the known T. cruzi proteome, gains insight into putative regulatory proteins responsible for alternative LYT1 mRNAs processing. Raw mass spectrometry data are available via MassIVE proteome Xchange with identifier PXD027371.
Translated Descriptions
Translated Description (Arabic)
يلعب تنظيم الجينات بعد النسخ في المثقبية الكروزية، العامل المسبب لمرض شاغاس، دورًا حاسمًا في ضمان نجاح الطفيل في إكمال دورة حياته بنجاح في كل من مضيفيه الملتزمين: ناقلات الحشرات والثدييات. تخضع هذه اللائحة بشكل أساسي لبروتينات ربط الحمض النووي الريبوزي (RBPs) من خلال تفاعلاتها مع عناصر رابطة الدول المستقلة الموجودة في UTRs لأهداف الحمض النووي الريبوزي المرسال الخاصة بها. يتم التعبير عن جين LYT1، الترميز لعامل الفوعة من T. cruzi، في شكلين متساويين: kLYT1 و mLYT1، اللذان يلعبان وظائف مختلفة وفقًا لموقعهما الخلوي ومراحل دورة حياة الطفيلي. في حين أن kLYT1 يُظهر دورًا تنظيميًا أثناء انتقال مرحلة المثقبيات فوق الحلقية، فإن mLYT1 يعمل كبروتين مكون للمسام، ذو صلة بغزو الخلايا المضيفة وبقاء الطفيليات داخل الخلايا. بالنظر إلى الصلة البيولوجية لـ LYT1 وحقيقة أن هذا بروتين حصري لـ T. cruzi، فإن البروتين وآلياته التي تنظم منتجات التعبير الجيني البديلة هي أهداف واعدة للتدخل العلاجي. في هذا العمل، تم إجراء نهج تجريبي يتكون من فحوصات منسدلة تليها تحليلات بروتينية لتحديد البروتينات التي تتفاعل مع الحمض النووي الريبوزي المرسال LYT1 المختلفة. تم الحصول على مجموعة البيانات المقدمة هنا من خلال ثلاثة نسخ بيولوجية باستخدام جميع UTRs المختلفة المميزة في LYT1 mRNAs (أي 5'UTR kLYT1، 5'UTR mLYT1، و I و II - type 3'UTRs) كطعم، ومستخلصات البروتين من epimastigotes و trypomastigotes من سلالة 058 PUJ (DTU I). تم تحليل البروتينات المرتبطة عن طريق الاستشراب السائل المقترن بقياس الطيف الكتلي (LC/MS). كعنصر تحكم في عدم النوعية، تم تحضين نفس مستخلصات البروتين مع الحمض النووي الريبوزي الريبوزي الليشمانيا البرازيلية والبروتينات المرتبطة التي حددها أيضًا LC/MS. في المجموع، تم تحديد 1557 بروتينًا، تم العثور على 313 منها في نسختين متماثلتين على الأقل و 18 بروتينًا كانت مرتبطة حصريًا بطعم LYT1. من بين هذه البروتينات، هناك ستة بروتينات لها زخارف مرتبطة بربط الحمض النووي الريبي، وتبقى سبعة مشروحة كبروتينات افتراضية. ومن اللافت للنظر أن ثلاثة من هذه البروتينات الافتراضية تحتوي أيضًا على زخارف ربط الأحماض النووية. هذه المعرفة، إلى جانب توسيع بروتيوم T. cruzi المعروف، تكتسب نظرة ثاقبة على البروتينات التنظيمية المفترضة المسؤولة عن معالجة الحمض النووي الريبوزي المرسال LYT1 البديلة. تتوفر بيانات قياس الطيف الكتلي الخام عبر MassIVE Proteome Xchange مع المعرف PXD027371.Translated Description (French)
La régulation des gènes post-transcriptionnelle chez Trypanosoma cruzi, l'agent étiologique de la maladie de Chagas, joue un rôle essentiel en veillant à ce que le parasite termine avec succès son cycle de vie chez ses deux hôtes obligés : les insectes vecteurs et les mammifères. Cette régulation est essentiellement régie par les protéines de liaison à l'ARN (RBP) par leurs interactions avec les éléments cis situés dans les UTR de leurs cibles d'ARNm. Le gène LYT1, codant pour un facteur de virulence de T. cruzi, est exprimé en deux isoformes : kLYT1 et mLYT1, qui jouent des fonctions différentes en fonction de leur localisation cellulaire et des stades du cycle de vie du parasite. Alors que kLYT1 présente un rôle régulateur au cours de la transition du stade trypomastigote épimastigote-métacyclique, mLYT1 agit comme une protéine porogène, pertinente pour l'invasion cellulaire de l'hôte et la survie intracellulaire du parasite. Compte tenu de la pertinence biologique de LYT1 et du fait qu'il s'agit d'une protéine excluant T. cruzi, la protéine et ses mécanismes régulant les produits d'expression génique alternatifs sont des cibles prometteuses pour une intervention thérapeutique. Dans ce travail, une approche expérimentale consistant en des essais de pull-downs suivis d'analyses protéomiques a été réalisée pour identifier les protéines interagissant avec les différents ARNm de LYT1. L'ensemble de données présenté ici a été obtenu par le biais de trois réplicats biologiques utilisant tous les différents UTR caractérisés dans les ARNm LYT1 (c.-à-d. 5´UTR kLYT1, 5´UTR mLYT1 et 3´UTR de type I et II) comme appâts, et des extraits protéiques d'épimastigotes et de trypomastigotes de la souche 058 PUJ (DTU I). Les protéines liées ont été analysées par chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse (LC/MS). Comme contrôle de la non-spécificité, les mêmes extraits protéiques ont été incubés avec l'ARNr de Leishmania braziliensis et les protéines liées également identifiées par LC/MS. Au total, 1 557 protéines ont été identifiées, 313 d'entre elles ont été trouvées dans au moins deux réplicats et 18 protéines ont été exclusivement associées aux appâts LYT1. Parmi celles-ci, six protéines ont des motifs liés à la liaison à l'ARN, et sept restent annotées comme des protéines hypothétiques. Fait remarquable, trois de ces protéines hypothétiques contiennent également des motifs de liaison aux acides nucléiques. Ces connaissances, en plus d'élargir le protéome connu de T. cruzi, permettent de mieux comprendre les protéines régulatrices putatives responsables du traitement alternatif des ARNm de LYT1. Les données brutes de spectrométrie de masse sont disponibles via le protéome Xchange MassIVE avec l'identifiant PXD027371.Translated Description (Spanish)
La regulación génica postranscripcional en Trypanosoma cruzi, el agente etiológico de la enfermedad de Chagas, desempeña un papel fundamental para garantizar que el parásito complete con éxito su ciclo de vida en sus dos huéspedes obligados: insecto vector y mamíferos. Esta regulación se rige básicamente por las proteínas de unión al ARN (RBP) a través de sus interacciones con elementos cis ubicados en las UTR de sus dianas de ARNm. El gen LYT1, que codifica un factor de virulencia de T. cruzi, se expresa en dos isoformas: kLYT1 y mLYT1, que desempeñan diferentes funciones según su ubicación celular y las etapas del ciclo de vida del parásito. Mientras que kLYT1 exhibe un papel regulador durante la transición de la etapa de epimastigote a tripomastigote metacíclico, mLYT1 actúa como una proteína formadora de poros, relevante para la invasión de la célula huésped y la supervivencia intracelular del parásito. Teniendo en cuenta la relevancia biológica de LYT1 y el hecho de que esta es una proteína exclusiva de T. cruzi, la proteína y sus mecanismos que regulan los productos de expresión génica alternativos son dianas prometedoras para la intervención terapéutica. En este trabajo, se llevó a cabo un enfoque experimental que consiste en ensayos pull-downs seguidos de análisis proteómicos para identificar las proteínas que interactúan con los diferentes ARNm de LYT1. El conjunto de datos presentado aquí se obtuvo a través de tres réplicas biológicas utilizando todas las diferentes UTR caracterizadas en los ARNm de LYT1 (es decir, 5'UTR kLYT1, 5'UTR mLYT1 y 3'UTR de tipo I y II) como cebos, y extractos de proteínas de epimastigotes y tripomastigotes de la cepa 058 PUJ (DTU I). Las proteínas unidas se analizaron mediante cromatografía líquida acoplada a espectrometría de masas (LC/MS). Como control de la no especificidad, se incubaron los mismos extractos de proteínas con ARNr de Leishmania braziliensis y las proteínas unidas también se identificaron por LC/MS. En total, se identificaron 1557 proteínas, 313 de ellas se encontraron en al menos dos réplicas y 18 proteínas se asociaron exclusivamente con los cebos LYT1. De estas, seis proteínas tienen motivos relacionados con la unión al ARN y siete permanecen anotadas como proteínas hipotéticas. Sorprendentemente, tres de estas proteínas hipotéticas también contienen motivos de unión a ácido nucleico. Este conocimiento, además de expandir el proteoma conocido de T. cruzi, obtiene información sobre las supuestas proteínas reguladoras responsables del procesamiento alternativo de los ARNm de LYT1. Los datos brutos de espectrometría de masas están disponibles a través de MassIVE proteome Xchange con el identificador PXD027371.Files
9050002.pdf.pdf
Files
(740.1 kB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:036d5ca6a34c1d45721825ee797a6382
|
740.1 kB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- مجموعة بيانات من البروتينات المرتبطة بالحمض النووي الريبوزي المثقبي كروزي LYT1 mRNAs
- Translated title (French)
- Un ensemble de données sur les protéines associées aux ARNm de Trypanosoma cruzi LYT1
- Translated title (Spanish)
- Un conjunto de datos de proteínas asociadas con los ARNm de LYT1 de Trypanosoma cruzi
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W4213158702
- DOI
- 10.1016/j.dib.2022.107953
References
- https://openalex.org/W1966581791
- https://openalex.org/W1979275004
- https://openalex.org/W1981012226
- https://openalex.org/W1981593008
- https://openalex.org/W2015556811
- https://openalex.org/W2138553283
- https://openalex.org/W2152853164
- https://openalex.org/W2155159495
- https://openalex.org/W2159440462
- https://openalex.org/W2203410451
- https://openalex.org/W2768442592
- https://openalex.org/W2900008859
- https://openalex.org/W2921454621
- https://openalex.org/W4235967688