Published March 22, 2022 | Version v1
Publication Open

Role of DTL in Hepatocellular Carcinoma and Its Impact on the Tumor Microenvironment

Creators

  • 1. Peking University People's Hospital
  • 2. Peking University
  • 3. Shanghai First People's Hospital
  • 4. Shanghai Jiao Tong University
  • 5. Huadong Hospital
  • 6. Fudan University
  • 7. Shanghai East Hospital
  • 8. Shanghai Ninth People's Hospital

Description

The crucial role of DTL has been previously implicated in genomic stability; however, its prognostic value and its relation with tumor immunity in hepatocellular carcinoma (HCC) remain to be further explored.Transcriptional and mutational datasets as well as clinical information were retrieved from the GEO, ICGC, and TCGA databases. Differentially expressed genes (DEGs) were obtained from the comparison of DTLhigh and DTLlow expression groups of the TCGA-HCC cohort. Those genes were under KEGG and gene ontology (GO) analyses to decipher the influence of the DTL gene on the biological behavior of HCC tumor cells. The survival status and mutational characteristics of patients according to DTL levels were depicted and analyzed. The DTL overexpression in HCC and its impact on prognosis were further confirmed by a cohort of 114 HCC patients (validation cohort). The TIMER, GEPIA, and TISIDB databases were adopted to investigate the potential relations between DTL levels and the status of immune cells, as well as immune cell infiltrations.The DTL gene is overexpressed in tumor tissues compared with distant non-malignant liver tissues, and DTL overexpression in HCC would enhance the HCC cells in the activities of cell cycle and division. HCC patients with high DTL expression have unfavorable clinical outcomes and harbor more somatic mutations than those with low DTL expression, and multivariate analysis also revealed that DTL overexpression could act as an independent biomarker for prognosis. Moreover, the DTL gene was positively linked to marker sets of infiltrating activated CD8+ and CD4+ T cells; however, these cells demonstrated to be functionally exhausted.Patients with a DTL overexpression phenotype in HCC have poorer prognosis than those in the DTLlow group due to the role of the DTL gene in the process of pro-cell proliferation, accompanied by the immunosuppressive microenvironment and T cell exhaustion.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

كان الدور الحاسم للـ دي تي إل متورطًا سابقًا في الاستقرار الجيني ؛ ومع ذلك، لا تزال قيمته التنبؤية وعلاقته بمناعة الورم في سرطان الخلايا الكبدية (HCC) بحاجة إلى مزيد من الاستكشاف. تم استرجاع مجموعات البيانات النصية والطفرية بالإضافة إلى المعلومات السريرية من قواعد بيانات GEO و ICGC و TCGA. تم الحصول على الجينات المعبر عنها بشكل تفاضلي (DEGs) من مقارنة مجموعات التعبير DTLhigh و DTLlow من مجموعة TCGA - HCC. كانت هذه الجينات تحت تحليل KEGG وأنطولوجيا الجينات (GO) لفك تشفير تأثير جين DTL على السلوك البيولوجي للخلايا السرطانية HCC. تم تصوير وتحليل حالة البقاء على قيد الحياة والخصائص الطفرية للمرضى وفقًا لمستويات DTL. تم تأكيد الإفراط في التعبير عن DTL في مركز رأس المال البشري وتأثيره على التشخيص من قبل مجموعة من 114 مريضًا من مركز رأس المال البشري (مجموعة التحقق من الصحة). تم اعتماد قواعد بيانات الموقت و GEPIA و TISIDB للتحقيق في العلاقات المحتملة بين مستويات DTL وحالة الخلايا المناعية، وكذلك تسلل الخلايا المناعية. يتم التعبير عن جين DTL بشكل مفرط في أنسجة الورم مقارنة بأنسجة الكبد البعيدة غير الخبيثة، ومن شأن التعبير المفرط عن DTL في مركز رأس المال البشري أن يعزز خلايا مركز رأس المال البشري في أنشطة دورة الخلية وانقسامها. يتمتع مرضى سرطان الكبد الذين يعانون من ارتفاع التعبير عن DTL بنتائج سريرية غير مواتية ويحملون طفرات جسدية أكثر من أولئك الذين يعانون من انخفاض التعبير عن DTL، وكشف التحليل متعدد المتغيرات أيضًا أن التعبير المفرط عن DTL يمكن أن يكون بمثابة مؤشر حيوي مستقل للتشخيص. علاوة على ذلك، كان جين DTL مرتبطًا بشكل إيجابي بمجموعات العلامات لخلايا CD8 + و CD4 + التائية المنشطة المتسللة ؛ ومع ذلك، أثبتت هذه الخلايا أنها مرهقة وظيفيًا. المرضى الذين يعانون من النمط الظاهري للتعبير المفرط عن DTL في مركز رأس المال البشري لديهم تشخيص أسوأ من تلك الموجودة في مجموعة DTLlow بسبب دور جين DTL في عملية تكاثر الخلايا المؤيدة، مصحوبًا بالبيئة الدقيقة المثبطة للمناعة واستنفاد الخلايا التائية.

Translated Description (French)

Le rôle crucial du DTL a déjà été impliqué dans la stabilité génomique ; cependant, sa valeur pronostique et sa relation avec l'immunité tumorale dans le carcinome hépatocellulaire (CHC) restent à explorer davantage. Des ensembles de données transcriptionnelles et mutationnelles ainsi que des informations cliniques ont été extraites des bases de données GEO, ICGC et TCGA. Les gènes exprimés différentiellement (DEG) ont été obtenus à partir de la comparaison des groupes d'expression DTLhigh et DTLlow de la cohorte TCGA-HCC. Ces gènes étaient soumis à des analyses KEGG et d'ontologie génique (GO) pour déchiffrer l'influence du gène DTL sur le comportement biologique des cellules tumorales HCC. L'état de survie et les caractéristiques mutationnelles des patients en fonction des niveaux de DTL ont été décrits et analysés. La surexpression du DTL dans le CHC et son impact sur le pronostic ont été confirmés par une cohorte de 114 patients atteints de CHC (cohorte de validation). Les bases de données TIMER, GEPIA et TISIDB ont été adoptées pour étudier les relations potentielles entre les niveaux de DTL et l'état des cellules immunitaires, ainsi que les infiltrations de cellules immunitaires. Le gène DTL est surexprimé dans les tissus tumoraux par rapport aux tissus hépatiques non malins distants, et la surexpression de DTL dans le CHC améliorerait les cellules du CHC dans les activités du cycle et de la division cellulaires. Les patients atteints de CHC avec une expression élevée de DTL ont des résultats cliniques défavorables et présentent plus de mutations somatiques que ceux avec une faible expression de DTL, et l'analyse multivariée a également révélé que la surexpression de DTL pourrait agir comme un biomarqueur indépendant pour le pronostic. De plus, le gène DTL était positivement lié à des ensembles de marqueurs de cellules T CD8+ et CD4+ activées infiltrantes ; cependant, ces cellules se sont révélées fonctionnellement épuisées. Les patients présentant un phénotype de surexpression de DTL dans le CHC ont un pronostic plus faible que ceux du groupe DTLlow en raison du rôle du gène DTL dans le processus de prolifération pro-cellulaire, accompagné du microenvironnement immunosuppresseur et de l'épuisement des cellules T.

Translated Description (Spanish)

El papel crucial de DTL se ha implicado previamente en la estabilidad genómica; sin embargo, su valor pronóstico y su relación con la inmunidad tumoral en el carcinoma hepatocelular (CHC) aún no se han explorado más a fondo. Se recuperaron conjuntos de datos transcripcionales y mutacionales, así como información clínica de las bases de datos GEO, ICGC y TCGA. Los genes expresados diferencialmente (DEG) se obtuvieron a partir de la comparación de los grupos de expresión DTLhigh y DTLlow de la cohorte TCGA-HCC. Esos genes se sometieron a análisis de KEGG y ontología génica (GO) para descifrar la influencia del gen DTL en el comportamiento biológico de las células tumorales de CHC. Se representó y analizó el estado de supervivencia y las características mutacionales de los pacientes de acuerdo con los niveles de DTL. La sobreexpresión de DTL en CHC y su impacto en el pronóstico fueron confirmados por una cohorte de 114 pacientes con CHC (cohorte de validación). Se adoptaron las bases de datos TIMER, GEPIA y TISIDB para investigar las posibles relaciones entre los niveles de DTL y el estado de las células inmunitarias, así como las infiltraciones de células inmunitarias. El gen DTL se sobreexpresa en los tejidos tumorales en comparación con los tejidos hepáticos distantes no malignos, y la sobreexpresión de DTL en el CHC mejoraría las células del CHC en las actividades del ciclo celular y la división. Los pacientes con CHC con alta expresión de DTL tienen resultados clínicos desfavorables y albergan más mutaciones somáticas que aquellos con baja expresión de DTL, y el análisis multivariante también reveló que la sobreexpresión de DTL podría actuar como un biomarcador independiente para el pronóstico. Además, el gen DTL se relacionó positivamente con conjuntos de marcadores de células T CD8+ y CD4+ activadas infiltrantes; sin embargo, estas células demostraron estar funcionalmente agotadas. Los pacientes con un fenotipo de sobreexpresión de DTL en CHC tienen un pronóstico más pobre que los del grupo DTLlow debido al papel del gen DTL en el proceso de proliferación de pro-células, acompañado por el microambiente inmunosupresor y el agotamiento de las células T.

Files

pdf.pdf

Files (9.5 MB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:575a2f7f75037821754391a18242f42f
9.5 MB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
دور دي تي إل في سرطان الخلايا الكبدية وتأثيره على البيئة الدقيقة للورم
Translated title (French)
Rôle du DTL dans le carcinome hépatocellulaire et son impact sur le microenvironnement tumoral
Translated title (Spanish)
Papel del DTL en el carcinoma hepatocelular y su impacto en el microambiente tumoral

Identifiers

Other
https://openalex.org/W4221074375
DOI
10.3389/fimmu.2022.834606

Is supplement to
https://openalex.org/W4379618494 (Other)
https://openalex.org/W4256069380 (Other)
https://openalex.org/W4249875204 (Other)
https://openalex.org/W4242620632 (Other)
https://openalex.org/W3089173564 (Other)
https://openalex.org/W2416520078 (Other)
https://openalex.org/W2344924242 (Other)
https://openalex.org/W2330145053 (Other)
https://openalex.org/W2297026197 (Other)
https://openalex.org/W2115350162 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
China

References

  • https://openalex.org/W1994792930
  • https://openalex.org/W2008412865
  • https://openalex.org/W2017388045
  • https://openalex.org/W2031189137
  • https://openalex.org/W2068784898
  • https://openalex.org/W2069926873
  • https://openalex.org/W2117115065
  • https://openalex.org/W2132942952
  • https://openalex.org/W2161618888
  • https://openalex.org/W2249602795
  • https://openalex.org/W2420376897
  • https://openalex.org/W2507880739
  • https://openalex.org/W2607129810
  • https://openalex.org/W2749328884
  • https://openalex.org/W2754396651
  • https://openalex.org/W2765224588
  • https://openalex.org/W2773621944
  • https://openalex.org/W2792376809
  • https://openalex.org/W2797605742
  • https://openalex.org/W2810919053
  • https://openalex.org/W2900256859
  • https://openalex.org/W2902488470
  • https://openalex.org/W2905375533
  • https://openalex.org/W2905562353
  • https://openalex.org/W2911335821
  • https://openalex.org/W2986027443
  • https://openalex.org/W2986360475
  • https://openalex.org/W2998910138
  • https://openalex.org/W3005290316
  • https://openalex.org/W3128646645
  • https://openalex.org/W3199351454
  • https://openalex.org/W3212903603
  • https://openalex.org/W4210774372