Published May 2, 2022 | Version v1
Publication Open

Pan-Cancer Analyses Reveal Oncogenic and Immunological Role of PLOD2

Creators

  • 1. Beijing Jishuitan Hospital
  • 2. Peking University

Description

Some previous studies have shown that PLOD2 has some value in tumorigenesis. However, the broad significance of PLOD2 has not been discussed in depth. This study was aimed at elaborated and summarized the value of PLOD2 in various tumors. First, we integrated GTEx, The Cancer Genome Atlas and Cancer Cell Line Encyclopedia databases to analyze the expression of PLOD2, and found that it was expressed differently in normal tissues and significantly highly expressed in most tumors compared with normal tissues. Second, our analysis revealed that PLOD2 expression was negatively correlated with the prognosis of several tumors. For gastric cancer, the median overall survival time was significantly higher in the PLOD2 low expression group [HR 0.616 (95%CI 0.442-0.858), p = 0.004]. Third, for tumor immunity, PLOD2 was significantly associated with tumor infiltration, including immune infiltrating cells; immune checkpoint expression; immune microenvironment scores (immune score, stromal score and estimate scores); immunotherapy-related scores (tumor mutational burden, microsatellite instability, tumor neoantigen burden); expression of DNA repair genes Mismatch Repairs and methyltransferase; and enrichment analyses identified PLOD2-associated terms and pathways. Lastly, twenty pairs of gastric cancer and adjacent immunohistochemistry showed that PLOD2 was significantly overexpressed in gastric cancer (p < 0.001). Collectively, PLOD2 played a significant role in tumorigenesis and maybe serve as a potential biomarker for diagnosis and prognosis in cancers.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

أظهرت بعض الدراسات السابقة أن PLOD2 له بعض القيمة في تكوين الورم. ومع ذلك، لم تتم مناقشة الأهمية الواسعة لـ PLOD2 بعمق. هدفت هذه الدراسة إلى تفصيل وتلخيص قيمة PLOD2 في الأورام المختلفة. أولاً، قمنا بدمج قواعد بيانات GTEx وأطلس جينوم السرطان وموسوعة خط خلايا السرطان لتحليل التعبير عن PLOD2، ووجدنا أنه تم التعبير عنه بشكل مختلف في الأنسجة الطبيعية وتم التعبير عنه بشكل كبير في معظم الأورام مقارنة بالأنسجة الطبيعية. ثانيًا، كشف تحليلنا أن تعبير PLOD2 كان مرتبطًا سلبًا بتشخيص العديد من الأورام. بالنسبة لسرطان المعدة، كان متوسط وقت البقاء الإجمالي أعلى بكثير في مجموعة التعبير المنخفض PLOD2 [HR 0.616 (95 ٪CI 0.442-0.858)، p = 0.004]. ثالثًا، بالنسبة لمناعة الورم، ارتبط PLOD2 بشكل كبير بتسلل الورم، بما في ذلك الخلايا المتسللة المناعية ؛ والتعبير المناعي عن نقطة التفتيش ؛ ودرجات البيئة المكروية المناعية (درجة المناعة، ودرجة السدى وتقدير الدرجات )؛ والدرجات المتعلقة بالعلاج المناعي (العبء الطفري للورم، وعدم استقرار الأقمار الصناعية الدقيقة، وعبء المستضد الجديد للورم )؛ والتعبير عن جينات إصلاح الحمض النووي غير المتطابقة والإصلاحات ونقل الميثيل ؛ وتحليلات الإثراء التي حددت المصطلحات والمسارات المرتبطة بـ PLOD2. أخيرًا، أظهر عشرون زوجًا من سرطان المعدة والكيمياء النسيجية المناعية المجاورة أن PLOD2 تم التعبير عنه بشكل مفرط في سرطان المعدة (P < 0.001). بشكل جماعي، لعب PLOD2 دورًا مهمًا في تكوين الأورام وربما يكون بمثابة مؤشر حيوي محتمل للتشخيص والتكهن بالسرطانات.

Translated Description (French)

Certaines études antérieures ont montré que PLOD2 a une certaine valeur dans la tumorigenèse. Cependant, la signification générale de PLOD2 n'a pas été discutée en profondeur. Cette étude visait à élaborer et à résumer la valeur de PLOD2 dans diverses tumeurs. Tout d'abord, nous avons intégré les bases de données GTEx, The Cancer Genome Atlas et Cancer Cell Line Encyclopedia pour analyser l'expression de PLOD2, et avons constaté qu'elle était exprimée différemment dans les tissus normaux et significativement exprimée dans la plupart des tumeurs par rapport aux tissus normaux. Deuxièmement, notre analyse a révélé que l'expression de PLOD2 était négativement corrélée au pronostic de plusieurs tumeurs. Pour le cancer gastrique, le temps de survie global médian était significativement plus élevé dans le groupe à faible expression PLOD2 [HR 0,616 (IC à 95 % 0,442-0,858), p = 0,004]. Troisièmement, pour l'immunité tumorale, PLOD2 était significativement associé à l'infiltration tumorale, y compris les cellules infiltrantes immunitaires ; l'expression du point de contrôle immunitaire ; les scores du microenvironnement immunitaire (score immunitaire, score stromal et scores estimés) ; les scores liés à l'immunothérapie (charge mutationnelle tumorale, instabilité microsatellite, charge néo-antigénique tumorale) ; l'expression des gènes de réparation de l'ADN Mismatch Repairs et méthyltransférase ; et les analyses d'enrichissement ont identifié les termes et les voies associés à PLOD2. Enfin, vingt paires de cancer gastrique et d'immunohistochimie adjacente ont montré que PLOD2 était significativement surexprimé dans le cancer gastrique (p < 0,001). Collectivement, PLOD2 a joué un rôle important dans la tumorigenèse et peut servir de biomarqueur potentiel pour le diagnostic et le pronostic des cancers.

Translated Description (Spanish)

Algunos estudios previos han demostrado que PLOD2 tiene algún valor en la tumorigénesis. Sin embargo, la amplia importancia de PLOD2 no se ha discutido en profundidad. Este estudio tuvo como objetivo elaborar y resumir el valor de PLOD2 en varios tumores. Primero, integramos las bases de datos GTEx, The Cancer Genome Atlas y Cancer Cell Line Encyclopedia para analizar la expresión de PLOD2, y descubrimos que se expresaba de manera diferente en tejidos normales y se expresaba significativamente en la mayoría de los tumores en comparación con los tejidos normales. En segundo lugar, nuestro análisis reveló que la expresión de PLOD2 se correlacionó negativamente con el pronóstico de varios tumores. Para el cáncer gástrico, la mediana del tiempo de supervivencia global fue significativamente mayor en el grupo de baja expresión de PLOD2 [HR 0.616 (IC 95% 0.442-0.858), p = 0.004]. En tercer lugar, para la inmunidad tumoral, PLOD2 se asoció significativamente con la infiltración tumoral, incluidas las células infiltrantes inmunitarias; expresión de puntos de control inmunitario; puntuaciones del microentorno inmunitario (puntuación inmunitaria, puntuación estromal y puntuaciones estimadas); puntuaciones relacionadas con la inmunoterapia (carga mutacional tumoral, inestabilidad de microsatélites, carga de neoantígenos tumorales); expresión de genes de reparación de ADN Reparaciones de desajuste y metiltransferasa; y los análisis de enriquecimiento identificaron términos y vías asociados a PLOD2. Por último, veinte pares de cáncer gástrico e inmunohistoquímica adyacente mostraron que PLOD2 se sobreexpresó significativamente en el cáncer gástrico (p < 0,001). En conjunto, PLOD2 desempeñó un papel importante en la tumorigénesis y tal vez sirva como un biomarcador potencial para el diagnóstico y el pronóstico de los cánceres.

Files

pdf.pdf

Files (5.4 MB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:ecb6bc5ae90f440c7c67ee4b93c421fb
5.4 MB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
تكشف التحليلات الشاملة للسرطان عن الدور السرطاني والمناعي لـ PLOD2
Translated title (French)
Les analyses pancancéreuses révèlent le rôle oncogène et immunologique de PLOD2
Translated title (Spanish)
Los análisis de pancáncer revelan el papel oncogénico e inmunológico de PLOD2

Identifiers

Other
https://openalex.org/W4225277525
DOI
10.3389/fgene.2022.864655

Is supplement to
https://openalex.org/W4322720888 (Other)
https://openalex.org/W4296613612 (Other)
https://openalex.org/W4200022043 (Other)
https://openalex.org/W3193904228 (Other)
https://openalex.org/W3118800646 (Other)
https://openalex.org/W2884525857 (Other)
https://openalex.org/W2412807156 (Other)
https://openalex.org/W2112727616 (Other)
https://openalex.org/W2083560296 (Other)
https://openalex.org/W2081783593 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
China

References

  • https://openalex.org/W1107917109
  • https://openalex.org/W2012034410
  • https://openalex.org/W2050658928
  • https://openalex.org/W2069518226
  • https://openalex.org/W2130430382
  • https://openalex.org/W2139593382
  • https://openalex.org/W2158485828
  • https://openalex.org/W2428564903
  • https://openalex.org/W2474089154
  • https://openalex.org/W2533508881
  • https://openalex.org/W2606221218
  • https://openalex.org/W2795054550
  • https://openalex.org/W2795686629
  • https://openalex.org/W2796207838
  • https://openalex.org/W2901515128
  • https://openalex.org/W2942610007
  • https://openalex.org/W2952001873
  • https://openalex.org/W2993940039
  • https://openalex.org/W3004480399
  • https://openalex.org/W3004498009
  • https://openalex.org/W3004584205
  • https://openalex.org/W3004647847
  • https://openalex.org/W3004859565
  • https://openalex.org/W3006500278
  • https://openalex.org/W3012574651
  • https://openalex.org/W3021600405
  • https://openalex.org/W3101416564
  • https://openalex.org/W3103024256
  • https://openalex.org/W3118913605
  • https://openalex.org/W3128646645
  • https://openalex.org/W3133163077
  • https://openalex.org/W3137508404
  • https://openalex.org/W3144992645
  • https://openalex.org/W3151814790
  • https://openalex.org/W3157352963
  • https://openalex.org/W3165720345
  • https://openalex.org/W3175191763
  • https://openalex.org/W3183914225
  • https://openalex.org/W3186089133
  • https://openalex.org/W4211039693
  • https://openalex.org/W4220688332
  • https://openalex.org/W4246664388