Oculocutaneous albinism type 1B associated with a functionally significant tyrosinase gene polymorphism detected with Whole Exome Sequencing
Creators
- 1. Administración Nacional de Laboratorios e Institutos de Salud
- 2. Broad Institute
- 3. Massachusetts General Hospital
- 4. University of Buenos Aires
- 5. Bernardino Rivadavia Natural Sciences Museum
- 6. Fundación Ciencias Exactas y Naturales
- 7. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
Description
Background: Oculocutaneous albinism (OCA) is a Mendelian disorder characterized by hypopigmentation of the skin, hair, and eyes, hypoplastic fovea, and low vision, known to be caused by mutations in the Tyrosinase (TYR) gene. Among the known TYR variants, some reduce but do not completely eliminate tyrosinase activity, allowing residual production of melanin and resulting in a contradictory assignment as either pathogenic or benign, preventing a precise clinical diagnostic.Materials and Methods: In the present work, we performed Whole Exome Sequencing and subsequent Sanger sequencing in a young male clinically diagnosed with OCA.Results: Whole-exome sequencing analysis revealed the identification of two variants in trans in TYR. The first, corresponds to a known pathogenic variant G47D, while the second S192Y, was considered a polymorphism due to its relatively high frequency in the European population.Conclusion: The lack of other pathogenic variants in TYR, the reported reduced enzymatic activity (ca. 40% respect to wt) for S192Y, together with the structural in-silico analysis strongly suggest that both reported variants are jointly disease-causing and that S192Y should be considered as likely pathogenic, especially when it is found in trans with a null variant.
Translated Descriptions
Translated Description (Arabic)
الخلفية: المهق العيني الجلدي (OCA) هو اضطراب مندلي يتميز بنقص تصبغ الجلد والشعر والعينين، ونقرة ناقصة التنسج، وضعف الرؤية، والمعروف أنه ناتج عن طفرات في جين التيروزيناز (TYR). من بين متغيرات TYR المعروفة، يقلل بعضها من نشاط التيروزيناز ولكنه لا يزيله تمامًا، مما يسمح بالإنتاج المتبقي للميلانين ويؤدي إلى تخصيص متناقض إما كمسبب للأمراض أو حميد، مما يمنع التشخيص السريري الدقيق. المواد والطرق: في العمل الحالي، أجرينا تسلسل إكسوم كامل وتسلسل سانجر اللاحق في ذكر شاب تم تشخيصه سريريًا بـ OCA. النتائج: كشف تحليل التسلسل الكامل عن تحديد نوعين مختلفين في Trans في TYR. الأول، يتوافق مع متغير ممرض معروف G47D، في حين أن S192Y الثاني، كان يعتبر تعدد الأشكال بسبب تردده العالي نسبيًا في السكان الأوروبيين .الخلاصة: عدم وجود متغيرات ممرضة أخرى في صور، فإن النشاط الأنزيمي المنخفض المبلغ عنه (حوالي 40 ٪ فيما يتعلق بالوزن) لـ S192Y، جنبًا إلى جنب مع التحليل الهيكلي في السيليكو يشير بقوة إلى أن كلا المتغيرين المبلغ عنهما يسببان المرض بشكل مشترك وأن S192Y يجب اعتبارهما مسببين للأمراض على الأرجح، خاصة عندما يتم العثور عليه في ترانس مع متغير فارغ.Translated Description (French)
Contexte : L'albinisme oculocutané (OCA) est un trouble mendélien caractérisé par une hypopigmentation de la peau, des cheveux et des yeux, une fovéa hypoplasique et une basse vision, connue pour être causée par des mutations du gène de la tyrosinase (TYR). Parmi les variants connus de TYR, certains réduisent mais n'éliminent pas complètement l'activité de la tyrosinase, permettant une production résiduelle de mélanine et entraînant une attribution contradictoire comme pathogène ou bénigne, empêchant un diagnostic clinique précis. Matériels et méthodes : Dans le présent travail, nous avons effectué le séquençage de l'exome entier et le séquençage subséquent de Sanger chez un jeune homme cliniquement diagnostiqué avec OCA. Résultats : L'analyse du séquençage de l'exome entier a révélé l'identification de deux variants de trans dans TYR. Le premier, correspond à un variant pathogène connu G47D, tandis que le second S192Y, a été considéré comme un polymorphisme en raison de sa fréquence relativement élevée dans la population européenne.Conclusion : L'absence d'autres variants pathogènes dans TYR, l'activité enzymatique réduite rapportée (environ 40 % par rapport au poids) pour S192Y, ainsi que l'analyse structurelle in-silico suggèrent fortement que les deux variants rapportés sont conjointement pathogènes et que S192Y doit être considéré comme probablement pathogène, en particulier lorsqu'il est trouvé dans le trans avec un variant nul.Translated Description (Spanish)
Antecedentes: El albinismo oculocutáneo (oca) es un trastorno mendeliano caracterizado por hipopigmentación de la piel, el cabello y los ojos, fóvea hipoplásica y baja visión, que se sabe que es causado por mutaciones en el gen de la tirosinasa (TYR). Entre las variantes de TYR conocidas, algunas reducen pero no eliminan por completo la actividad de la tirosinasa, lo que permite la producción residual de melanina y da como resultado una asignación contradictoria como patógena o benigna, lo que impide un diagnóstico clínico preciso.Materiales y métodos: En el presente trabajo, realizamos la secuenciación del exoma completo y la secuenciación de Sanger posterior en un varón joven diagnosticado clínicamente con OCA.Resultados: El análisis de secuenciación del exoma completo reveló la identificación de dos variantes en trans en TYR. La primera, corresponde a una variante patógena conocida G47D, mientras que la segunda S192Y, se consideró un polimorfismo debido a su frecuencia relativamente alta en la población europea.Conclusión: La falta de otras variantes patógenas en TYR, la actividad enzimática reducida reportada (ca. 40% respecto a wt) para S192Y, junto con el análisis estructural in-silico sugieren fuertemente que ambas variantes reportadas son conjuntamente causantes de enfermedad y que S192Y debe considerarse como probablemente patógena, especialmente cuando se encuentra en trans con una variante nula.Files
26530321.pdf
Files
(50.3 kB)
Name | Size | Download all |
---|---|---|
md5:f3589eb5cd9b3c3a6ebfaf40a705d7ea
|
50.3 kB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- المهق العيني الجلدي من النوع 1B المرتبط بتعدد أشكال جين التيروزيناز المهم وظيفيًا المكتشف بتسلسل إكسوم كامل
- Translated title (French)
- Albinisme oculocutané de type 1B associé à un polymorphisme du gène de la tyrosinase fonctionnellement significatif détecté avec le séquençage de l'exome entier
- Translated title (Spanish)
- Albinismo oculocutáneo tipo 1B asociado con un polimorfismo del gen de la tirosinasa funcionalmente significativo detectado con la secuenciación del exoma completo
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W3132633814
- DOI
- 10.1080/13816810.2021.1888129
References
- https://openalex.org/W1970413157
- https://openalex.org/W1979023147
- https://openalex.org/W1993093723
- https://openalex.org/W1995311311
- https://openalex.org/W2011582941
- https://openalex.org/W2051978340
- https://openalex.org/W2062318651
- https://openalex.org/W2063602861
- https://openalex.org/W2064274217
- https://openalex.org/W2079282313
- https://openalex.org/W2088012824
- https://openalex.org/W2095970568
- https://openalex.org/W2114029728
- https://openalex.org/W2130600011
- https://openalex.org/W2137886330
- https://openalex.org/W2580887223
- https://openalex.org/W2628665853
- https://openalex.org/W2724407422
- https://openalex.org/W2781957021
- https://openalex.org/W2902721849
- https://openalex.org/W3011575840
- https://openalex.org/W3029661147
- https://openalex.org/W4234714728
- https://openalex.org/W752242821