Published December 1, 2015
| Version v1
Publication
Open
Single nucleotide polymorphism mining and nucleotide sequence analysis of Mx1 gene in exonic regions of Japanese quail
Creators
- 1. Indian Veterinary Research Institute
- 2. Odisha University of Agriculture and Technology
- 3. Central Avian Research Institute
- 4. Directorate of Poultry Research
Description
Aim: An attempt has been made to study the Myxovirus resistant (Mx1) gene polymorphism in Japanese quail. Materials and Methods:In the present, investigation four fragments viz.Fragment I of 185 bp (Exon 3 region), Fragment II of 148 bp (Exon 5 region), Fragment III of 161 bp (Exon 7 region), and Fragment IV of 176 bp (Exon 13 region) of Mx1 gene were amplified and screened for polymorphism by polymerase chain reaction-single-strand conformation polymorphism technique in 170 Japanese quail birds.Results: Out of the four fragments, one fragment (Fragment II) was found to be polymorphic.Remaining three fragments (Fragment I, III, and IV) were found to be monomorphic which was confirmed by custom sequencing.Overall nucleotide sequence analysis of Mx1 gene of Japanese quail showed 100% homology with common quail and more than 80% homology with reported sequence of chicken breeds. Conclusion:The Mx1 gene is mostly conserved in Japanese quail.There is an urgent need of comprehensive analysis of other regions of Mx1 gene along with its possible association with the traits of economic importance in Japanese quail.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
الهدف: جرت محاولة لدراسة تعدد أشكال الجينات المقاوم للفيروس المخاطي (Mx1) في السمان الياباني. المواد والطرق:في الوقت الحاضر، تم تضخيم وفحص أربعة شظايا وهي: الجزء الأول من 185 نقطة أساس (منطقة إكسون 3)، والجزء الثاني من 148 نقطة أساس (منطقة إكسون 5)، والجزء الثالث من 161 نقطة أساس (منطقة إكسون 7)، والجزء الرابع من 176 نقطة أساس (منطقة إكسون 13) من جين Mx1 من أجل تعدد الأشكال عن طريق تقنية تعدد الأشكال المكونة من سلسلة تفاعل البوليميراز في 170 طائر سمان ياباني. النتائج: من بين الشظايا الأربعة، تم العثور على جزء واحد (الجزء الثاني) ليكون متعدد الأشكال. تم العثور على ثلاثة شظايا (الجزء الأول والثالث والرابع) لتكون أحادية الشكل والتي تم تأكيدها من خلال التسلسل المخصص. أظهر تحليل تسلسل النيوكليوتيد الكلي لجين Mx1 من السمان الياباني تماثلًا بنسبة 100 ٪ مع السمان الشائع وأكثر من 80 ٪ من التماثل مع تسلسل سلالات الدجاج المبلغ عنها. الاستنتاج:يتم حفظ جين Mx1 في الغالب في السمان الياباني. هناك حاجة ملحة لتحليل شامل لمناطق أخرى من جين Mx1 إلى جانب ارتباطه المحتمل بسمات الأهمية الاقتصادية في السمان الياباني.Translated Description (French)
Objectif : Une tentative a été faite pour étudier le polymorphisme du gène résistant au myxovirus (Mx1) chez la caille japonaise. Matériels et méthodes :Dans la présente étude, quatre fragments, à savoir le fragment I de 185 pb (région Exon 3), le fragment II de 148 pb (région Exon 5), le fragment III de 161 pb (région Exon 7) et le fragment IV de 176 pb (région Exon 13) du gène Mx1 ont été amplifiés et criblés pour le polymorphisme par réaction en chaîne de la polymérase - technique de polymorphisme de conformation à brin unique chez 170 oiseaux de caille japonais. Résultats : Sur les quatre fragments, un fragment (Fragment II) s'est avéré polymorphe. Trois fragments restants (Fragment I, III et IV) se sont révélés monomorphes, ce qui a été confirmé par séquençage personnalisé. L'analyse de la séquence nucléotidique globale du gène Mx1 de la caille japonaise a montré une homologie de 100 % avec la caille commune et plus de 80 % avec la séquence signalée de races de poulet. Conclusion :Le gène Mx1 est principalement conservé dans la caille japonaise. Il y a un besoin urgent d'une analyse complète des autres régions du gène Mx1 ainsi que de son association possible avec les traits d'importance économique dans la caille japonaise.Translated Description (Spanish)
Objetivo: Se ha intentado estudiar el polimorfismo del gen resistente a Myxovirus (Mx1) en codornices japonesas. Materiales y métodos:En la presente, se amplificaron cuatro fragmentos de investigación, a saber, el Fragmento I de 185 pb (región del Exón 3), el Fragmento II de 148 pb (región del Exón 5), el Fragmento III de 161 pb (región del Exón 7) y el Fragmento IV de 176 pb (región del Exón 13) del gen Mx1, y se analizó el polimorfismo mediante la técnica de polimorfismo de conformación de cadena simple y reacción en cadena de la polimerasa en 170 aves de codorniz japonesas. Resultados: De los cuatro fragmentos, se encontró que un fragmento (Fragmento II) era polimórfico. Se encontró que los tres fragmentos restantes (Fragmento I, III y IV) eran monomórficos, lo que se confirmó mediante secuenciación personalizada. El análisis de la secuencia de nucleótidos general del gen Mx1 de la codorniz japonesa mostró un 100% de homología con la codorniz común y más del 80% de homología con la secuencia informada de las razas de pollos. Conclusión:El gen Mx1 se conserva principalmente en la codorniz japonesa. Existe una necesidad urgente de un análisis exhaustivo de otras regiones del gen Mx1 junto con su posible asociación con los rasgos de importancia económica de la codorniz japonesa.Files
12.pdf.pdf
Files
(226 Bytes)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:5360980bad11bf9723da89687501effc
|
226 Bytes | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- تعدين النوكليوتيدات المفردة وتحليل تسلسل النوكليوتيدات لجين Mx1 في المناطق الغريبة من السمان الياباني
- Translated title (French)
- Exploitation du polymorphisme nucléotidique unique et analyse de la séquence nucléotidique du gène Mx1 dans les régions exoniques de la caille japonaise
- Translated title (Spanish)
- Minería de polimorfismo de un solo nucleótido y análisis de secuencia de nucleótidos del gen Mx1 en regiones exónicas de codorniz japonesa
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W2338585772
- DOI
- 10.14202/vetworld.2015.1435-1443
References
- https://openalex.org/W1974670959
- https://openalex.org/W1997744353
- https://openalex.org/W2037268137
- https://openalex.org/W2067827805
- https://openalex.org/W2076810369
- https://openalex.org/W2136612675
- https://openalex.org/W2138270253
- https://openalex.org/W2152207030
- https://openalex.org/W2162098634