Published February 16, 2021
| Version v1
Publication
Open
A reproducible picture of open access health facility data in Africa and R tools to support improvement
Creators
- 1. Liverpool School of Tropical Medicine
- 2. Kenya Medical Research Institute
- 3. University of Oxford
Description
Background: Open data on the locations and services provided by health facilities have, in some countries, allowed the development of software tools contributing to COVID-19 response. The UN and WHO encourage countries to make health facility location data open, to encourage use and improvement. We provide a summary of open access health facility location data in Africa using re-useable R code. We aim to support data analysts developing software tools to address COVID-19 response in individual countries. In Africa there are currently three main sources of such open data; 1) direct from national ministries of health, 2) a database for sub-Saharan Africa collated and published by a team from KEMRI-Wellcome Trust Research Programme and now hosted by WHO, and 3) The Global Healthsites Mapping Project in collaboration with OpenStreetMap. Methods: We searched for and documented official national facility location data that were openly available. We developed re-useable open-source R code to summarise and visualise facility location data by country from the three sources. This re-useable code is used to provide a web user interface allowing data exploration through maps and plots of facility type. Results: Out of 52 African countries, seven currently provide an official open facility list that can be downloaded and analysed reproducibly. Considering all three sources, there are over 185,000 health facility locations available for Africa. However, there are differences and overlaps between sources and a lack of data on capacities and service provision. Conclusions: These summaries and software tools can be used to encourage greater use of existing health facility location data, incentivise further improvements in the provision of those data by national suppliers, and encourage collaboration within wider data communities. The tools are a part of the afrimapr project, actively developing R building blocks to facilitate the use of health data in Africa.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
معلومات أساسية: سمحت البيانات المفتوحة حول المواقع والخدمات التي تقدمها المرافق الصحية، في بعض البلدان، بتطوير أدوات برمجية تساهم في الاستجابة لـ COVID -19. تشجع الأمم المتحدة ومنظمة الصحة العالمية البلدان على جعل بيانات موقع المرافق الصحية مفتوحة، لتشجيع الاستخدام والتحسين. نقدم ملخصًا لبيانات موقع المرفق الصحي مفتوح الوصول في إفريقيا باستخدام رمز R القابل لإعادة الاستخدام. نهدف إلى دعم محللي البيانات الذين يطورون أدوات برمجية لمعالجة الاستجابة لـ COVID -19 في فرادى البلدان. يوجد في أفريقيا حاليًا ثلاثة مصادر رئيسية لهذه البيانات المفتوحة ؛ 1) مباشرة من وزارات الصحة الوطنية، 2) قاعدة بيانات لأفريقيا جنوب الصحراء الكبرى قام بتجميعها ونشرها فريق من برنامج أبحاث KEMRI - Wellcome Trust وتستضيفها الآن منظمة الصحة العالمية، و 3) مشروع رسم خرائط المواقع الصحية العالمية بالتعاون مع OpenStreetMap. الطرق: بحثنا عن بيانات موقع المرفق الوطني الرسمي ووثقناها والتي كانت متاحة بشكل علني. قمنا بتطوير شفرة R مفتوحة المصدر قابلة لإعادة الاستخدام لتلخيص وتصور بيانات موقع المنشأة حسب البلد من المصادر الثلاثة. يتم استخدام هذا الرمز القابل لإعادة الاستخدام لتوفير واجهة مستخدم ويب تسمح باستكشاف البيانات من خلال الخرائط والمخططات من نوع المنشأة. النتائج: من بين 52 دولة أفريقية، تقدم سبع دول حاليًا قائمة رسمية مفتوحة للمنشآت يمكن تنزيلها وتحليلها بشكل قابل للتكرار. بالنظر إلى المصادر الثلاثة، هناك أكثر من 185000 موقع مرفق صحي متاح لأفريقيا. ومع ذلك، هناك اختلافات وتداخلات بين المصادر ونقص في البيانات المتعلقة بالقدرات وتقديم الخدمات. الاستنتاجات: يمكن استخدام هذه الملخصات وأدوات البرمجيات لتشجيع زيادة استخدام بيانات موقع المنشأة الصحية الحالية، وتحفيز المزيد من التحسينات في توفير تلك البيانات من قبل الموردين الوطنيين، وتشجيع التعاون داخل مجتمعات البيانات الأوسع. الأدوات هي جزء من مشروع afrimapr، حيث تعمل بنشاط على تطوير لبنات بناء R لتسهيل استخدام البيانات الصحية في إفريقيا.Translated Description (French)
Contexte : Les données ouvertes sur les emplacements et les services fournis par les établissements de santé ont, dans certains pays, permis le développement d'outils logiciels contribuant à la réponse à la COVID-19. L'ONU et l'OMS encouragent LES pays à rendre ouvertes les données sur l'emplacement des établissements de santé, afin d'encourager leur utilisation et leur amélioration. Nous fournissons un résumé des données de localisation des établissements de santé en accès libre en Afrique à l'aide d'un code R réutilisable. Notre objectif est d'aider les analystes de données à développer des outils logiciels pour répondre à la réponse à la COVID-19 dans chaque pays. En Afrique, il existe actuellement trois principales sources de ces données ouvertes : 1) directement des ministères nationaux de la santé, 2) une base de données pour l'Afrique subsaharienne compilée et publiée par une équipe du programme de recherche KEMRI-Wellcome Trust et maintenant hébergée par l'OMS, et 3) le projet de cartographie des sites de santé mondiaux en collaboration avec OpenStreetMap. Méthodes : Nous avons recherché et documenté des données officielles sur l'emplacement des installations nationales qui étaient ouvertement disponibles. Nous avons développé un code R open source réutilisable pour résumer et visualiser les données de localisation des installations par pays à partir des trois sources. Ce code réutilisable est utilisé pour fournir une interface utilisateur Web permettant l'exploration de données à travers des cartes et des tracés de type d'installation. Résultats : Sur 52 pays africains, sept fournissent actuellement une liste officielle d'installations ouvertes qui peut être téléchargée et analysée de manière reproductible. Compte tenu des trois sources, plus de 185 000 sites d'établissements de santé sont disponibles pour l'Afrique. Cependant, il existe des différences et des chevauchements entre les sources et un manque de données sur les capacités et la fourniture de services. Conclusions : Ces résumés et outils logiciels peuvent être utilisés pour encourager une plus grande utilisation des données existantes sur l'emplacement des établissements de santé, encourager de nouvelles améliorations dans la fourniture de ces données par les fournisseurs nationaux et encourager la collaboration au sein de communautés de données plus larges. Les outils font partie du projet afrimapr, développant activement des blocs de construction R pour faciliter l'utilisation des données de santé en Afrique.Translated Description (Spanish)
Antecedentes: Los datos abiertos sobre las ubicaciones y los servicios prestados por los centros de salud han permitido, en algunos países, el desarrollo de herramientas de software que contribuyen a la respuesta a la COVID-19. La ONU y la OMS alientan a LOS países a abrir los datos de ubicación de los centros de salud, para fomentar su uso y mejora. Proporcionamos un resumen de los datos de ubicación de los centros de salud de acceso abierto en África utilizando un código R reutilizable. Nuestro objetivo es ayudar a los analistas de datos a desarrollar herramientas de software para abordar la respuesta al COVID-19 en países individuales. En África, actualmente hay tres fuentes principales de tales datos abiertos: 1) directamente de los ministerios nacionales de salud, 2) una base de datos para el África subsahariana recopilada y publicada por un equipo del Programa de Investigación KEMRI-Wellcome Trust y ahora organizada por la OMS, y 3) el Proyecto de Mapeo de Sitios de Salud Global en colaboración con OpenStreetMap. Métodos: Buscamos y documentamos datos oficiales de ubicación de instalaciones nacionales que estaban disponibles abiertamente. Desarrollamos un código R de código abierto reutilizable para resumir y visualizar los datos de ubicación de las instalaciones por país de las tres fuentes. Este código reutilizable se utiliza para proporcionar una interfaz de usuario web que permite la exploración de datos a través de mapas y parcelas de tipo de instalación. Resultados: De los 52 países africanos, siete proporcionan actualmente una lista oficial de instalaciones abiertas que se puede descargar y analizar de forma reproducible. Teniendo en cuenta las tres fuentes, hay más de 185.000 centros de salud disponibles para África. Sin embargo, existen diferencias y superposiciones entre las fuentes y la falta de datos sobre las capacidades y la prestación de servicios. Conclusiones: Estos resúmenes y herramientas de software se pueden utilizar para fomentar un mayor uso de los datos de ubicación de los centros de salud existentes, incentivar nuevas mejoras en el suministro de esos datos por parte de los proveedores nacionales y fomentar la colaboración dentro de comunidades de datos más amplias. Las herramientas son parte del proyecto afrimapr, que desarrolla activamente bloques de construcción de R para facilitar el uso de datos de salud en África.Files
pdf.pdf
Files
(3.7 MB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:3af15821683262237aa390435696ac84
|
3.7 MB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- صورة قابلة للتكرار لبيانات المرافق الصحية مفتوحة الوصول في أفريقيا وأدوات R لدعم التحسين
- Translated title (French)
- Une image reproductible des données des établissements de santé en libre accès en Afrique et des outils de R pour soutenir l'amélioration
- Translated title (Spanish)
- Una imagen reproducible de los datos de los centros de salud de acceso abierto en África y herramientas de investigación para apoyar la mejora
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W3133035322
- DOI
- 10.12688/wellcomeopenres.16075.2
References
- https://openalex.org/W2054402987
- https://openalex.org/W2082081769
- https://openalex.org/W2097453713
- https://openalex.org/W2238052406
- https://openalex.org/W2302501749
- https://openalex.org/W2785232091
- https://openalex.org/W2804233742
- https://openalex.org/W2808299638
- https://openalex.org/W2902469109
- https://openalex.org/W2956825289
- https://openalex.org/W2976657140
- https://openalex.org/W2997529933
- https://openalex.org/W3015201546
- https://openalex.org/W3025818509
- https://openalex.org/W3032102344
- https://openalex.org/W3089440935
- https://openalex.org/W3093569290
- https://openalex.org/W3094518082
- https://openalex.org/W3108201082
- https://openalex.org/W3208747475
- https://openalex.org/W4230096730