Published March 11, 2016 | Version v1
Publication Open

De novo transcriptomic analysis of the female and male adults of the blood fluke Schistosoma turkestanicum

Creators

  • 1. Lanzhou Veterinary Research Institute
  • 2. Chinese Academy of Agricultural Sciences
  • 3. Heilongjiang Bayi Agricultural University
  • 4. Heilongjiang Institute of Wood Science
  • 5. Yangzhou University

Description

Schistosoma turkestanicum is a parasite of considerable veterinary importance as an agent of animal schistosomiasis in many countries, including China. The S. turkestanicum cercariae can also infect humans, causing cercarial dermatitis in many countries and regions of the world. In spite of its significance as a pathogen of animals and humans, there is little transcriptomic and genomic data in the public databases. Herein, we performed the transcriptome Illumina RNA sequencing (RNA-seq) of adult males and females of S. turkestanicum and de novo transcriptome assembly. Approximately 81.1 (female) and 80.5 (male) million high-quality clean reads were obtained and then 29,526 (female) and 41,346 (male) unigenes were assembled. A total of 34,624 unigenes were produced from S. turkestanicum females and males, with an average length of 878 nucleotides (nt) and N50 of 1480 nt. Of these unigenes, 25,158 (72.7 %) were annotated by blast searches against the NCBI non-redundant protein database. Among these, 21,995 (63.5 %), 22,189 (64.1 %) and 13,754 (39.7 %) of the unigenes had significant similarity in the NCBI non-redundant protein (NR), non-redundant nucleotide (NT) and Swiss-Prot databases, respectively. In addition, 3150 unigenes were identified to be expressed specifically in females and 1014 unigenes were identified to be expressed specifically in males. Interestingly, several pathways associated with gonadal development and sex maintenance were found, including the Wnt signaling pathway (103; 2 %) and progesterone-mediated oocyte maturation (77; 1.5 %). The present study characterized and compared the transcriptomes of adult female and male blood fluke, S. turkestanicum. These results will not only serve as valuable resources for future functional genomics studies to understand the molecular aspects of S. turkestanicum, but also will provide essential information for ongoing whole genome sequencing efforts on this pathogenic blood fluke.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

البلهارسيا التركية هي طفيلي ذو أهمية بيطرية كبيرة كعامل لداء البلهارسيا الحيواني في العديد من البلدان، بما في ذلك الصين. يمكن أن تصيب S. turkestanicum cercariae البشر أيضًا، مما يسبب التهاب الجلد الذئبي في العديد من بلدان ومناطق العالم. على الرغم من أهميتها كعامل ممرض للحيوانات والبشر، إلا أن هناك القليل من البيانات النسخية والجينية في قواعد البيانات العامة. هنا، أجرينا تسلسل الحمض النووي الريبوزي للإضاءة (تسلسل الحمض النووي الريبوزي) للذكور والإناث البالغين من S. turkestanicum و de novo transcriptome assembly. تم الحصول على ما يقرب من 81.1 (أنثى) و 80.5 (ذكر) مليون قراءة نظيفة عالية الجودة ثم تم تجميع 29،526 (أنثى) و 41،346 (ذكر) أحاديات الجين. تم إنتاج ما مجموعه 34624 من المولدات الأحادية من الإناث والذكور من السلالة التركية، بمتوسط طول 878 نيوكليوتيد (nt) و N50 من 1480 nt. من بين هذه الجينات الموحدة، تم شرح 25,158 (72.7 ٪) من خلال عمليات البحث عن الانفجار مقابل قاعدة بيانات البروتينات غير الزائدة عن الحاجة NCBI. من بين هؤلاء، كان 21,995 (63.5 ٪) و 22,189 (64.1 ٪) و 13,754 (39.7 ٪) من المولدات الموحدة متشابهة بشكل كبير في قواعد بيانات NCBI للبروتينات غير الزائدة عن الحاجة (NR) والنيوكليوتيدات غير الزائدة عن الحاجة (NT) و Swiss - Prot، على التوالي. بالإضافة إلى ذلك، تم تحديد 3150 من المولدات الأحادية ليتم التعبير عنها على وجه التحديد في الإناث وتم تحديد 1014 من المولدات الأحادية ليتم التعبير عنها على وجه التحديد في الذكور. ومن المثير للاهتمام، تم العثور على العديد من المسارات المرتبطة بتطور الغدد التناسلية والحفاظ على الجنس، بما في ذلك مسار إشارات WNT (103 ؛ 2 ٪) ونضج البويضة بوساطة البروجسترون (77 ؛ 1.5 ٪). ميزت الدراسة الحالية وقارنت النسخ من ذبابة الدم الأنثوية والذكورية البالغة، S. turkestanicum. لن تعمل هذه النتائج فقط كموارد قيمة لدراسات علم الجينوم الوظيفية المستقبلية لفهم الجوانب الجزيئية لـ S. turkestanicum، ولكنها ستوفر أيضًا معلومات أساسية لجهود تسلسل الجينوم الكاملة المستمرة حول هذه الدودة الدموية المسببة للأمراض.

Translated Description (French)

Schistosoma turkestanicum est un parasite d'une importance vétérinaire considérable en tant qu'agent de la schistosomiase animale dans de nombreux pays, y compris la Chine. Le S. turkestanicum cercariae peut également infecter l'homme, provoquant une dermatite cercarienne dans de nombreux pays et régions du monde. Malgré son importance en tant qu'agent pathogène des animaux et des humains, les bases de données publiques contiennent peu de données transcriptomiques et génomiques. Ici, nous avons effectué le séquençage de l'ARN du transcriptome Illumina (ARN-seq) de mâles et de femelles adultes de S. turkestanicum et l'assemblage du transcriptome de novo. Environ 81,1 (femmes) et 80,5 (hommes) millions de lectures nettes de haute qualité ont été obtenues, puis 29 526 (femmes) et 41 346 (hommes) unigènes ont été assemblés. Un total de 34 624 unigènes ont été produits à partir de femelles et de mâles de S. turkestanicum, avec une longueur moyenne de 878 nucléotides (nt) et N50 de 1480 nt. Parmi ces unigènes, 25 158 (72,7 %) ont été annotés par des recherches Blast par rapport à la base de données de protéines non redondantes du NCBI. Parmi ceux-ci, 21 995 (63,5 %), 22 189 (64,1 %) et 13 754 (39,7 %) des unigènes présentaient une similitude significative dans les bases de données NCBI non-redundant protein (NR), non-redundant nucleotide (NT) et Swiss-Prot, respectivement. En outre, 3150 unigènes ont été identifiés comme étant exprimés spécifiquement chez les femelles et 1014 unigènes ont été identifiés comme étant exprimés spécifiquement chez les mâles. Fait intéressant, plusieurs voies associées au développement gonadique et au maintien du sexe ont été trouvées, notamment la voie de signalisation Wnt (103 ; 2 %) et la maturation des ovocytes médiée par la progestérone (77 ; 1,5 %). La présente étude a caractérisé et comparé les transcriptomes de la douve du sang adulte femelle et mâle, S. turkestanicum. Ces résultats serviront non seulement de ressources précieuses pour les futures études de génomique fonctionnelle afin de comprendre les aspects moléculaires de S. turkestanicum, mais fourniront également des informations essentielles pour les efforts de séquençage du génome entier en cours sur cette maladie pathogène.

Translated Description (Spanish)

Schistosoma turkestanicum es un parásito de considerable importancia veterinaria como agente de la esquistosomiasis animal en muchos países, incluida China. La S. turkestanicum cercariae también puede infectar a los humanos, causando dermatitis cercarial en muchos países y regiones del mundo. A pesar de su importancia como patógeno de animales y humanos, hay pocos datos transcriptómicos y genómicos en las bases de datos públicas. Aquí, realizamos la secuenciación del ARN del transcriptoma Illumina (ARN-seq) de machos y hembras adultos de S. turkestanicum y el ensamblaje del transcriptoma de novo. Se obtuvieron aproximadamente 81,1 (mujeres) y 80,5 (hombres) millones de lecturas limpias de alta calidad y luego se ensamblaron 29.526 (mujeres) y 41.346 (hombres) unigenes. Se produjeron un total de 34.624 unigenes a partir de S. turkestanicum hembras y machos, con una longitud media de 878 nucleótidos (nt) y N50 de 1480 nt. De estos unigenes, 25,158 (72.7 %) se anotaron mediante búsquedas Blast contra la base de datos de proteínas no redundantes del NCBI. Entre estos, 21,995 (63.5 %), 22,189 (64.1 %) y 13,754 (39.7 %) de los unigenes tuvieron una similitud significativa en las bases de datos de proteínas no redundantes (NR), nucleótidos no redundantes (NT) y Swiss-Prot del NCBI, respectivamente. Además, se identificó que 3150 unigenes se expresaban específicamente en hembras y 1014 unigenes se identificaron que se expresaban específicamente en machos. Curiosamente, se encontraron varias vías asociadas con el desarrollo gonadal y el mantenimiento del sexo, incluida la vía de señalización de Wnt (103; 2 %) y la maduración de ovocitos mediada por progesterona (77; 1,5 %). El presente estudio caracterizó y comparó los transcriptomas de trematodos hemáticos masculinos y femeninos adultos, S. turkestanicum. Estos resultados no solo servirán como recursos valiosos para futuros estudios de genómica funcional para comprender los aspectos moleculares de S. turkestanicum, sino que también proporcionarán información esencial para los esfuerzos continuos de secuenciación del genoma completo en este parásito sanguíneo patógeno.

Files

s13071-016-1436-2.pdf

Files (1.9 MB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:461781eb8a8df48a8caf53d20ad60a98
1.9 MB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
تحليل نصي جديد للبالغين من الإناث والذكور من البلهارسيا التركية المثقوبة بالدم
Translated title (French)
Analyse transcriptomique de novo des adultes femelles et mâles de la douve de sang Schistosoma turkestanicum
Translated title (Spanish)
Análisis transcriptómico de novo de los adultos femeninos y masculinos del parásito de la sangre Schistosoma turkestanicum

Identifiers

Other
https://openalex.org/W2296740535
DOI
10.1186/s13071-016-1436-2

Is supplement to
https://openalex.org/W597198627 (Other)
https://openalex.org/W591455995 (Other)
https://openalex.org/W3210425187 (Other)
https://openalex.org/W3196771338 (Other)
https://openalex.org/W2578830243 (Other)
https://openalex.org/W2502021263 (Other)
https://openalex.org/W2423052876 (Other)
https://openalex.org/W2333003367 (Other)
https://openalex.org/W2231588071 (Other)
https://openalex.org/W1584944157 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
China

References

  • https://openalex.org/W1043434847
  • https://openalex.org/W1498970130
  • https://openalex.org/W1551982042
  • https://openalex.org/W1568479515
  • https://openalex.org/W1792719761
  • https://openalex.org/W1828529897
  • https://openalex.org/W1876424106
  • https://openalex.org/W1880451551
  • https://openalex.org/W1945980053
  • https://openalex.org/W1949296069
  • https://openalex.org/W1971838305
  • https://openalex.org/W1976601195
  • https://openalex.org/W1977201856
  • https://openalex.org/W1977389363
  • https://openalex.org/W1982647215
  • https://openalex.org/W1989264202
  • https://openalex.org/W1993257812
  • https://openalex.org/W1997974422
  • https://openalex.org/W2018816189
  • https://openalex.org/W2029161976
  • https://openalex.org/W2030518926
  • https://openalex.org/W2041369790
  • https://openalex.org/W2044738185
  • https://openalex.org/W2058363822
  • https://openalex.org/W2062792717
  • https://openalex.org/W2067454999
  • https://openalex.org/W2082041184
  • https://openalex.org/W2085140131
  • https://openalex.org/W2101972919
  • https://openalex.org/W2107506178
  • https://openalex.org/W2119643746
  • https://openalex.org/W2122412691
  • https://openalex.org/W2124960286
  • https://openalex.org/W2126419817
  • https://openalex.org/W2129877365
  • https://openalex.org/W2132753699
  • https://openalex.org/W2135284380
  • https://openalex.org/W2138775631
  • https://openalex.org/W2150816668
  • https://openalex.org/W2154431984
  • https://openalex.org/W2156362263
  • https://openalex.org/W2162239885
  • https://openalex.org/W2164154943
  • https://openalex.org/W2165463056
  • https://openalex.org/W2169810552
  • https://openalex.org/W2176723660
  • https://openalex.org/W2217504199
  • https://openalex.org/W2256555783