Published January 1, 2019
| Version v1
Publication
Open
A 20-Gene Set Predictive of Progression to Severe Dengue
Creators
- 1. Stanford University
- 2. Fundación Valle del Lili
Description
There is a need to identify biomarkers predictive of severe dengue. Single-cohort transcriptomics has not yielded generalizable results or parsimonious, predictive gene sets. We analyzed blood samples of dengue patients from seven gene expression datasets (446 samples, five countries) using an integrated multi-cohort analysis framework and identified a 20-gene set that predicts progression to severe dengue. We validated the predictive power of this 20-gene set in three retrospective dengue datasets (84 samples, three countries) and a prospective Colombia cohort (34 patients), with an area under the receiver operating characteristic curve of 0.89, 100% sensitivity, and 76% specificity. The 20-gene dengue severity scores declined during the disease course, suggesting an infection-triggered host response. This 20-gene set is strongly associated with the progression to severe dengue and represents a predictive signature, generalizable across ages, host genetic factors, and virus strains, with potential implications for the development of a host response-based dengue prognostic assay.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
هناك حاجة إلى تحديد المؤشرات الحيوية التي تنبئ بحمى الضنك الشديدة. لم يسفر علم النسخ أحادي الفصل عن نتائج قابلة للتعميم أو مجموعات جينية تنبؤية شحيحة. قمنا بتحليل عينات الدم لمرضى حمى الضنك من سبع مجموعات بيانات للتعبير الجيني (446 عينة، خمس دول) باستخدام إطار تحليل متكامل متعدد الأفرع وحددنا مجموعة من 20 جينًا تتنبأ بالتطور إلى حمى الضنك الشديدة. لقد تحققنا من القوة التنبؤية لهذا الجين المكون من 20 مجموعة في ثلاث مجموعات بيانات حمى الضنك بأثر رجعي (84 عينة، ثلاث دول) ومجموعة كولومبيا المحتملة (34 مريضًا)، مع منطقة تحت منحنى خصائص تشغيل جهاز الاستقبال تبلغ 0.89، وحساسية 100 ٪، وخصوصية 76 ٪. انخفضت درجات شدة حمى الضنك المكونة من 20 جينًا خلال دورة المرض، مما يشير إلى استجابة المضيف الناجمة عن العدوى. ترتبط هذه المجموعة المكونة من 20 جينًا ارتباطًا وثيقًا بالتطور إلى حمى الضنك الشديدة وتمثل توقيعًا تنبؤيًا، يمكن تعميمه عبر الأعمار، وعوامل وراثية مضيفة، وسلالات فيروسية، مع آثار محتملة على تطوير اختبار تنبؤي قائم على استجابة المضيف لحمى الضنك.Translated Description (French)
Il est nécessaire d'identifier les biomarqueurs prédictifs de la dengue sévère. La transcriptomique à une seule cohorte n'a pas donné de résultats généralisables ni d'ensembles de gènes prédictifs parcimonieux. Nous avons analysé des échantillons de sang de patients atteints de dengue à partir de sept ensembles de données d'expression génique (446 échantillons, cinq pays) en utilisant un cadre d'analyse multicohorte intégré et avons identifié un ensemble de 20 gènes qui prédit la progression vers la dengue sévère. Nous avons validé le pouvoir prédictif de cet ensemble de 20 gènes dans trois ensembles de données rétrospectives sur la dengue (84 échantillons, trois pays) et une cohorte prospective en Colombie (34 patients), avec une aire sous la courbe caractéristique de fonctionnement du récepteur de 0,89, une sensibilité de 100 % et une spécificité de 76 %. Les scores de gravité de la dengue à 20 gènes ont diminué au cours de l'évolution de la maladie, suggérant une réponse de l'hôte déclenchée par l'infection. Cet ensemble de 20 gènes est fortement associé à la progression vers la dengue sévère et représente une signature prédictive, généralisable à travers les âges, les facteurs génétiques de l'hôte et les souches virales, avec des implications potentielles pour le développement d'un test pronostique de la dengue basé sur la réponse de l'hôte.Translated Description (Spanish)
Existe la necesidad de identificar biomarcadores predictivos de dengue grave. La transcriptómica de una sola cohorte no ha arrojado resultados generalizables ni conjuntos de genes predictivos parsimoniosos. Analizamos muestras de sangre de pacientes con dengue de siete conjuntos de datos de expresión génica (446 muestras, cinco países) utilizando un marco de análisis integrado de múltiples cohortes e identificamos un conjunto de 20 genes que predice la progresión a dengue grave. Validamos el poder predictivo de este conjunto de 20 genes en tres conjuntos de datos retrospectivos de dengue (84 muestras, tres países) y una cohorte prospectiva de Colombia (34 pacientes), con un área bajo la curva característica operativa del receptor de 0.89, 100% de sensibilidad y 76% de especificidad. Las puntuaciones de gravedad del dengue de 20 genes disminuyeron durante el curso de la enfermedad, lo que sugiere una respuesta del huésped desencadenada por la infección. Este conjunto de 20 genes está fuertemente asociado con la progresión a dengue grave y representa una firma predictiva, generalizable a través de las edades, los factores genéticos del huésped y las cepas de virus, con posibles implicaciones para el desarrollo de un ensayo de pronóstico del dengue basado en la respuesta del huésped.Files
pdf.pdf
Files
(16.0 kB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:763e3043af7f64e8b148c461040f1d25
|
16.0 kB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- مجموعة من 20 جينًا تتنبأ بالتقدم إلى حمى الضنك الشديدة
- Translated title (French)
- Un jeu de 20 gènes prédictif de la progression vers la dengue sévère
- Translated title (Spanish)
- Un conjunto de 20 genes predictivo de progresión a dengue grave
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W2914888844
- DOI
- 10.1016/j.celrep.2019.01.033
References
- https://openalex.org/W1549304720
- https://openalex.org/W1967021397
- https://openalex.org/W1970926254
- https://openalex.org/W1975852576
- https://openalex.org/W1976913665
- https://openalex.org/W1977222616
- https://openalex.org/W1980707302
- https://openalex.org/W1983590517
- https://openalex.org/W2008597300
- https://openalex.org/W2013538155
- https://openalex.org/W2025149858
- https://openalex.org/W2038035094
- https://openalex.org/W2044446613
- https://openalex.org/W2046114032
- https://openalex.org/W2046787808
- https://openalex.org/W2053475946
- https://openalex.org/W2053673793
- https://openalex.org/W2072110323
- https://openalex.org/W2077424157
- https://openalex.org/W2083484262
- https://openalex.org/W2083720374
- https://openalex.org/W2086232654
- https://openalex.org/W2095998559
- https://openalex.org/W2104824428
- https://openalex.org/W2114325274
- https://openalex.org/W2131222241
- https://openalex.org/W2134392597
- https://openalex.org/W2139478711
- https://openalex.org/W2151215988
- https://openalex.org/W2155480356
- https://openalex.org/W2160026116
- https://openalex.org/W2165374797
- https://openalex.org/W2170619342
- https://openalex.org/W2218326748
- https://openalex.org/W2285903333
- https://openalex.org/W2342696065
- https://openalex.org/W2474277182
- https://openalex.org/W2520263151
- https://openalex.org/W2565594973
- https://openalex.org/W2581165541
- https://openalex.org/W2590932802
- https://openalex.org/W2593486131
- https://openalex.org/W2605526402
- https://openalex.org/W2608926487
- https://openalex.org/W2748536942
- https://openalex.org/W2765619750
- https://openalex.org/W2805822392
- https://openalex.org/W2883990378
- https://openalex.org/W2888101674
- https://openalex.org/W2899588238
- https://openalex.org/W2952253916
- https://openalex.org/W34945714