Published January 1, 2021
| Version v1
Publication
Open
Genome wide Association Analysis
Creators
- 1. Hebei Agricultural University
- 2. Cotton Research Institute
- 3. Chinese Academy of Agricultural Sciences
- 4. Anyang Institute of Technology
Description
Plant β-galactosidases (BGALs) are the important glycosidase that hydrolyses the non-reductive terminaβ-D-galactosidase residues from glycochains, glycolipids and glycoproteins.In order to reveal the regulation mechanism of β-galactosidases in cotton development, the whole genome analysis of BGAL gene family were carried out in this study, which laid a foundation for further understanding of the function of BGAL genes in cotton pollen.A total of 153 BGAL genes were respectively identified in Gossypium hirsutum, G.barbadense, G.arboreum, G.raimondii.Phylogenetic tree analysis showed that the BGAL genes are divided into eight subgroups, with the same number of exons and genetic structure in the same subgroup.The co-evolutionary analysis showed that there were multiple gene pairs between G.hirsutum and diploid cotton.The transcriptomic data showed that some genes in G.hirsutum were specifically expressed in different tissues.For example, GhBGAL6 and GhBGAL32, are highly expressed in all tissues; GhBGAL33, GhBGAL7, GhBGAL18 and GhBGAL43 were highly expressed in stamens (anther and filament) and petals.Further qRT-PCR results showed that some genes (such as GhBGAL6, GhBGAL7 and GhBGAL17) were highly expressed in stamens, which may have a certain regulatory effect on the development of stamens.This study explored the evolution and function of the BGAL gene family in the genomes of cotton, which can provide a theoretical basis for subsequent research on BGAL genes in cotton.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
إن الإنزيمات النباتية β - galactosidases (BGALs) هي إنزيمات الجليكوزيداز المهمة التي تحلل بقايا الإنزيمات غير المختزلة Terminaβ - D - galactosidase من السلاسل السكرية والجليكوليبيدات والبروتينات السكرية. من أجل الكشف عن آلية تنظيم β - galactosidases في نمو القطن، تم إجراء تحليل الجينوم الكامل لعائلة جينات BGAL في هذه الدراسة، والتي وضعت أساسًا لمزيد من الفهم لوظيفة جينات BGAL في حبوب لقاح القطن. تم تحديد ما مجموعه 153 جينًا BGAL على التوالي في Gossypium hirsutum و G.barbadense و G.arboreum و G.raimondii. أظهر تحليل الشجرة الجينية أن جينات BGAL مقسمة إلى ثماني مجموعات فرعية، مع نفس العدد من الإكسونات والبنية الجينية في نفس المجموعة الفرعية. أظهر التحليل التطوري المشترك أن هناك أزواجًا جينية متعددة بين G.hirsutum والقطن ثنائي الصيغة الصبغية. أظهرت البيانات النصية أن بعض الجينات في G.hirsutum تم التعبير عنها تحديدًا في أنسجة مختلفة. على سبيل المثال، يتم التعبير عن GhBGAL6 و GhBGAL32 بشكل كبير في جميع الأنسجة ؛ تم التعبير عن GhBGAL33 و GhBGAL7 و GhBGAL18 و GhBGAL43 بشكل كبير في الأسدية (الأنثر والخيوط) والبتلات. كما أظهرت نتائج qRT - PCR أن بعض الجينات (مثل GhBGAL6 و GhBGAL7 و GhBGAL17) تم التعبير عنها بشكل كبير في الأسدية، والتي قد يكون لها تأثير تنظيمي معين على تطور الأسدية. استكشفت هذه الدراسة تطور ووظيفة عائلة جينات BGAL في جينومات القطن، والتي يمكن أن توفر أساسًا نظريًا للبحث اللاحق على جينات BGAL في القطن.Translated Description (French)
Les β-galactosidases végétales (BGAL) sont l'importante glycosidase qui hydrolyse les résidus terminaβ-D-galactosidase non réducteurs des glycochaines, glycolipides et glycoprotéines. Afin de révéler le mécanisme de régulation des β-galactosidases dans le développement du coton, l'ensemble de l'analyse du génome de la famille des gènes BGAL a été réalisée dans cette étude, qui a jeté les bases d'une meilleure compréhension de la fonction des gènes BGAL dans le pollen de coton. Un total de 153 gènes BGAL ont été identifiés respectivement chez Gossypium hirsutum, G.barbadense, G.arboreum, G.raimondii. L'analyse des arbres phylogénétiques a montré que les gènes BGAL sont divisés en huit sous-groupes, avec le même nombre d'exons et la même structure génétique dans le même sous-groupe. L'analyse co-évolutionnaire a montré qu'il y avait plusieurs paires de gènes entre G.hirsutum et le coton diploïde. Les données transcriptomiques ont montré que certains gènes de G.hirsutum étaient spécifiquement exprimés dans différents tissus. Par exemple, GhBGAL6 et GhBGAL32 sont fortement exprimés dans tous les tissus ; GhBGAL33, GhBGAL7, GhBGAL18 et GhBGAL43 étaient fortement exprimés dans les étamines (anthère et filament) et les pétales. En outre, les résultats qRT-PCR ont montré que certains gènes (tels que GhBGAL6, GhBGAL7 et GhBGAL17) étaient fortement exprimés dans les étamines, qui peuvent avoir un certain effet régulateur sur le développement des étamines.Cette étude a exploré l'évolution et la fonction de la famille de gènes BGAL dans les génomes du coton, ce qui peut fournir une base théorique pour des recherches ultérieures sur les gènes BGAL dans le coton.Translated Description (Spanish)
Las β-galactosidasas vegetales (BGAL) son la glucosidasa importante que hidroliza los residuos de la terminβ-D-galactosidasa no reductora de las glucocadenas, glucolípidos y glucoproteínas. Con el fin de revelar el mecanismo de regulación de las β-galactosidasas en el desarrollo del algodón, se llevó a cabo el análisis del genoma completo de la familia de genes BGAL en este estudio, que sentó las bases para una mayor comprensión de la función de los genes BGAL en el polen del algodón. Un total de 153 genes BGAL se identificaron respectivamente en Gossypium hirsutum, G.barbadense, G.arboreum, G.raimondii. El análisis del árbol filogenético mostró que los genes BGAL se dividen en ocho subgrupos. con el mismo número de exones y estructura genética en el mismo subgrupo. El análisis coevolutivo mostró que había múltiples pares de genes entre G.hirsutum y algodón diploide. Los datos transcriptómicos mostraron que algunos genes en G.hirsutum se expresaban específicamente en diferentes tejidos. Por ejemplo, GhBGAL6 y GhBGAL32, se expresan altamente en todos los tejidos; GhBGAL33, GhBGAL7, GhBGAL18 y GhBGAL43 se expresaban altamente en estambres (antera y filamento) y pétalos. Más resultados de qRT-PCR mostraron que algunos genes (como GhBGAL6, GhBGAL7 y GhBGAL17) se expresaban altamente en estambres, que pueden tener un cierto efecto regulador en el desarrollo de los estambres. Este estudio exploró la evolución y la función de la familia de genes BGAL en los genomas del algodón, lo que puede proporcionar una base teórica para investigaciones posteriores sobre los genes BGAL en el algodón.Files
2942.pdf
Files
(2.3 MB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:d12b36ac4703ced58891c7874b8d31f6
|
2.3 MB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- تحليل الارتباط على مستوى الجينوم
- Translated title (French)
- Analyse d'association à l'échelle du génome
- Translated title (Spanish)
- Análisis de asociación de todo el genoma
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W3217326059
- DOI
- 10.5376/mpb.2021.12.0027
References
- https://openalex.org/W1579936504
- https://openalex.org/W1772341111
- https://openalex.org/W1970208118
- https://openalex.org/W1972012675
- https://openalex.org/W2053646224
- https://openalex.org/W2101252547
- https://openalex.org/W2122559203
- https://openalex.org/W2123254620
- https://openalex.org/W2125969815
- https://openalex.org/W2135013982
- https://openalex.org/W2144431695
- https://openalex.org/W2766287822
- https://openalex.org/W2804825804