Published August 31, 2023
| Version v1
Publication
Open
Gene mining and functional analysis related to maize (Zea mays L.) seed size
Creators
- 1. Gansu Agricultural University
- 2. Jiangxi Agricultural University
- 3. Sindh Agriculture University
- 4. Energy Institute
- 5. University of Azad Jammu and Kashmir
- 6. BaiCheng Normal University
Description
Maize has widely been studied as a model of plant-growth promoting rhizobacteria (PGPR). Here, the genome sequences of 9P. The strains, together with 26 other sequenced Maize were comparatively studied. Phylogenetic analysis of the concatenated 244 single-copy core genes suggests that the 9P. The strains and 5 other Paenibacillus spp., isolated from diverse geographic regions and ecological niches, formed a closely related clade (here it is called Poly-clade). Analysis of single nucleotide polymorphisms (SNPs) reveals local diversification of the 14 Poly-clade genomes. SNPs were not evenly distributed throughout the 14 genomes and the regions with high SNP density contain the genes related to secondary metabolism, including genes coding for polyketide. Recombination played an important role in the genetic diversity of this clade, although the rate of recombination was clearly lower than mutation. The distinction among people and different creatures can be gotten by relative examinations. This study reveals that both maize and its closely related species have plant growth promoting traits and they have great potential uses in agriculture and horticulture as PGPR.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
تمت دراسة الذرة على نطاق واسع كنموذج لنمو النبات الذي يعزز الجراثيم (PGPR). هنا، تسلسل الجينوم 9P. تمت دراسة السلالات، جنبًا إلى جنب مع 26 ذرة متسلسلة أخرى نسبيًا. يشير التحليل الوراثي للجينات الأساسية أحادية النسخة المتسلسلة 244 إلى أن 9P. شكلت السلالات و 5 أنواع أخرى من بانيباسيلوس، معزولة عن مناطق جغرافية متنوعة ومنافذ بيئية، فرعًا وثيق الصلة (هنا يطلق عليه اسم بولي كلايد). يكشف تحليل الأشكال المتعددة للنيوكليوتيدات المفردة (SNPs) عن التنوع المحلي للجينومات الأربعة عشر متعددة الطبقات. لم يتم توزيع SNPs بالتساوي في جميع أنحاء الجينوم 14 والمناطق ذات الكثافة العالية من SNP تحتوي على الجينات المتعلقة بالاستقلاب الثانوي، بما في ذلك الجينات المشفرة للبولي كيتيد. لعبت إعادة التركيب دورًا مهمًا في التنوع الجيني لهذا الفرع، على الرغم من أن معدل إعادة التركيب كان أقل بشكل واضح من الطفرة. يمكن الحصول على التمييز بين الناس والمخلوقات المختلفة من خلال الفحوصات النسبية. تكشف هذه الدراسة أن كل من الذرة والأنواع المرتبطة بها ارتباطًا وثيقًا لها سمات تعزيز نمو النبات ولها استخدامات محتملة كبيرة في الزراعة والبستنة مثل PGPR.Translated Description (French)
Le maïs a été largement étudié comme modèle de rhizobactéries favorisant la croissance des plantes (PGPR). Ici, les séquences génomiques de 9P. Les souches, ainsi que 26 autres maïs séquencés, ont été étudiées de manière comparative. L'analyse phylogénétique des 244 gènes de base concaténés à copie unique suggère que le 9P. Les souches et 5 autres Paenibacillus spp., isolées de diverses régions géographiques et niches écologiques, formaient un clade étroitement lié (ici appelé Poly-clade). L'analyse des polymorphismes mononucléotidiques (SNP) révèle une diversification locale des génomes des 14 polyclades. Les SNP n'étaient pas répartis uniformément dans les 14 génomes et les régions à forte densité de SNP contiennent les gènes liés au métabolisme secondaire, y compris les gènes codant pour le polycétide. La recombinaison a joué un rôle important dans la diversité génétique de ce clade, bien que le taux de recombinaison ait été nettement inférieur à celui de la mutation. La distinction entre les personnes et les différentes créatures peut être obtenue par des examens relatifs. Cette étude révèle que le maïs et ses espèces étroitement apparentées ont des traits favorisant la croissance des plantes et qu'ils ont de grandes utilisations potentielles en agriculture et en horticulture en tant que PGPR.Translated Description (Spanish)
El maíz ha sido ampliamente estudiado como modelo de rizobacterias promotoras del crecimiento vegetal (PGPR). Aquí, las secuencias del genoma de 9P. Las cepas, junto con otros 26 Maíz secuenciados, se estudiaron comparativamente. El análisis filogenético de los 244 genes centrales concatenados de una sola copia sugiere que el 9P. Las cepas y otras 5 Paenibacillus spp., aisladas de diversas regiones geográficas y nichos ecológicos, formaron un clado estrechamente relacionado (aquí se llama Poly-clade). El análisis de polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) revela la diversificación local de los 14 genomas de Poly-clade. Los SNP no se distribuyeron uniformemente en los 14 genomas y las regiones con alta densidad de SNP contienen los genes relacionados con el metabolismo secundario, incluidos los genes que codifican el policétido. La recombinación jugó un papel importante en la diversidad genética de este clado, aunque la tasa de recombinación fue claramente menor que la mutación. La distinción entre personas y diferentes criaturas se puede obtener mediante exámenes relativos. Este estudio revela que tanto el maíz como sus especies estrechamente relacionadas tienen rasgos que promueven el crecimiento de las plantas y tienen grandes usos potenciales en la agricultura y la horticultura como PGPR.Files
9627.pdf
Files
(2.3 MB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:a01f02ac5dc55fec4c29c2d553f38947
|
2.3 MB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- تعدين الجينات والتحليل الوظيفي المتعلق بحجم بذور الذرة (Zea mays L.)
- Translated title (French)
- Extraction de gènes et analyse fonctionnelle liées à la taille des semences de maïs (Zea mays L.)
- Translated title (Spanish)
- Minería génica y análisis funcional relacionado con el tamaño de las semillas de maíz (Zea mays L.)
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W4387191371
- DOI
- 10.15835/nbha51312659