Published July 22, 2014 | Version v1
Publication Open

Comparison of <i>Botrytis cinerea</i> Populations Collected from Tomato Greenhouses in Northern Algeria

Creators

  • 1. University of Béjaïa
  • 2. Laboratoire Physiologie Cellulaire & Végétale

Description

Abstract To estimate the genetic diversity and population structure for a better understanding of the spread of Botrytis cinerea , we genotyped with nine microsatellite markers 174 isolates collected from four greenhouses during three growing seasons in the region of Bejaia. Four of these isolates were detected as Botrytis pseudocinerea according to the allele size at locus Bc6. For all other isolates further studied, all loci were polymorphic, with the mean number of alleles per locus ranging from 2.77 to 5.22. Considerable genetic variability was detected in all subpopulations ( D * > 0.87; Hnb > 0.40). Based on the standardized index of association analysis, significant but low levels of clonality occurred, not excluding the possibility of recombination ( r D = 0.07, P < 0.001). A total of 109 haplotypes were characterized among the isolates, few of which were shared between subpopulations. This, together with moderate genetic differentiation among subpopulations according to the geographical origin (0.080 < F ST < 0.167), suggested a low level of inoculum exchange among greenhouses and little carry‐over of inoculum from one sampling season to the next. The importance of genetic structure of B. cinerea populations is discussed and should be taken into consideration for the management of grey mould.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

الملخص لتقدير التنوع الوراثي والبنية السكانية لفهم أفضل لانتشار البوتريتيس سينيريا ، قمنا بتنميط وراثي بتسعة علامات للأقمار الصناعية الدقيقة 174 عزلًا تم جمعها من أربعة دفيئات خلال ثلاثة مواسم نمو في منطقة بجاية. تم الكشف عن أربعة من هذه العزلات على أنها Botrytis pseudocinerea وفقًا لحجم الأليل في الموضع Bc6. بالنسبة لجميع العزلات الأخرى التي تمت دراستها بشكل أكبر، كانت جميع المواضع متعددة الأشكال، مع متوسط عدد الأليلات لكل موضع يتراوح من 2.77 إلى 5.22. تم اكتشاف تنوع جيني كبير في جميع المجموعات السكانية الفرعية ( D *> 0.87 ؛ Hnb > 0.40). بناءً على المؤشر الموحد لتحليل الارتباط، حدثت مستويات كبيرة ولكن منخفضة من الاستنساخ، دون استبعاد إمكانية إعادة التركيب ( r D = 0.07، P < 0.001). وتم تمييز ما مجموعه 109 من الأنماط الفردية بين المجموعات المعزولة، وتم تقاسم عدد قليل منها بين المجموعات السكانية الفرعية. هذا، جنبًا إلى جنب مع التمايز الجيني المعتدل بين المجموعات السكانية الفرعية وفقًا للأصل الجغرافي (0.080 < F ST < 0.167)، يشير إلى انخفاض مستوى تبادل اللقاح بين الدفيئات وقلة ترحيل اللقاح من موسم أخذ العينات إلى آخر. تتم مناقشة أهمية التركيب الجيني لمجموعات B. cinerea ويجب أخذها في الاعتبار لإدارة العفن الرمادي.

Translated Description (French)

Résumé Pour estimer la diversité génétique et la structure des populations pour une meilleure compréhension de la propagation de Botrytis cinerea , nous avons génotypé avec neuf marqueurs microsatellites 174 isolats prélevés dans quatre serres au cours de trois saisons de croissance dans la région de Bejaia. Quatre de ces isolats ont été détectés comme Botrytis pseudocinerea en fonction de la taille de l'allèle au locus Bc6. Pour tous les autres isolats étudiés plus avant, tous les locus étaient polymorphes, le nombre moyen d'allèles par locus allant de 2,77 à 5,22. Une variabilité génétique considérable a été détectée dans toutes les sous-populations ( D * > 0,87 ; Hnb > 0,40). Sur la base de l'analyse standardisée de l'indice d'association, des niveaux de clonalité significatifs mais faibles sont survenus, sans exclure la possibilité de recombinaison ( r D = 0,07, P < 0,001). Un total de 109 haplotypes ont été caractérisés parmi les isolats, dont peu étaient partagés entre les sous-populations. Ceci, associé à une différenciation génétique modérée entre les sous-populations en fonction de l'origine géographique (0,080 < F ST < 0,167), suggère un faible niveau d'échange d'inoculum entre les serres et peu dereport d'inoculum d'une saison d'échantillonnage à l'autre. L'importance de la structure génétique des populations de B. cinerea est discutée et doit être prise en compte pour la gestion de la pourriture grise.

Translated Description (Spanish)

Resumen Para estimar la diversidad genética y la estructura de la población para una mejor comprensión de la propagación de Botrytis cinerea , genotipamos con nueve marcadores de microsatélites 174 aislados recolectados de cuatro invernaderos durante tres temporadas de crecimiento en la región de Bejaia. Cuatro de estos aislados se detectaron como Botrytis pseudocinerea de acuerdo con el tamaño del alelo en el locus Bc6. Para todos los demás aislados estudiados adicionalmente, todos los loci fueron polimórficos, con el número medio de alelos por locus que varía de 2.77 a 5.22. Se detectó una variabilidad genética considerable en todas las subpoblaciones ( D * > 0,87; Hnb > 0,40). Con base en el análisis estandarizado del índice de asociación, se produjeron niveles significativos pero bajos de clonalidad, sin excluir la posibilidad de recombinación ( r D = 0.07, P < 0.001). Se caracterizaron un total de 109 haplotipos entre los aislados, pocos de los cuales se compartieron entre subpoblaciones. Esto, junto con una diferenciación genética moderada entre las subpoblaciones según el origen geográfico (0.080 < F ST < 0.167), sugirió un bajo nivel de intercambio de inóculos entre invernaderos y poco arrastrede inóculo de una temporada de muestreo a la siguiente. La importancia de la estructura genética de las poblaciones de B. cinerea se discute y debe tenerse en cuenta para el manejo del moho gris.

Files

document.pdf

Files (545.3 kB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:b963e78d7345f238d5aef9086ef96267
545.3 kB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
مقارنة بين مجموعات <i>البوتريتيس سينيريا</i> التي تم جمعها من دفيئات الطماطم في شمال الجزائر
Translated title (French)
Comparaison des populations de <i>Botrytis cinerea</i> recueillies dans les serres de tomates du nord de l'Algérie
Translated title (Spanish)
Comparación de poblaciones de <i>Botrytis cinerea</i> recolectadas de invernaderos de tomate en el norte de Argelia

Identifiers

Other
https://openalex.org/W1993524044
DOI
10.1111/jph.12289

Is supplement to
https://openalex.org/W3006821205 (Other)
https://openalex.org/W2415173768 (Other)
https://openalex.org/W2372027829 (Other)
https://openalex.org/W2217274523 (Other)
https://openalex.org/W2086980143 (Other)
https://openalex.org/W2020335956 (Other)
https://openalex.org/W1965788603 (Other)
https://openalex.org/W157246493 (Other)
https://openalex.org/W1543080742 (Other)
https://openalex.org/W100514421 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Algeria

References

  • https://openalex.org/W1498401626
  • https://openalex.org/W1501675744
  • https://openalex.org/W1608752246
  • https://openalex.org/W1968809934
  • https://openalex.org/W1983213078
  • https://openalex.org/W1989813677
  • https://openalex.org/W1992327521
  • https://openalex.org/W1998019829
  • https://openalex.org/W1998632411
  • https://openalex.org/W2002513384
  • https://openalex.org/W2003813362
  • https://openalex.org/W2010912609
  • https://openalex.org/W2014200314
  • https://openalex.org/W2014568075
  • https://openalex.org/W2033198629
  • https://openalex.org/W2045464539
  • https://openalex.org/W2057949056
  • https://openalex.org/W2060551421
  • https://openalex.org/W2070035651
  • https://openalex.org/W2078074798
  • https://openalex.org/W2079284699
  • https://openalex.org/W2082320583
  • https://openalex.org/W2092613863
  • https://openalex.org/W2097932845
  • https://openalex.org/W2098595817
  • https://openalex.org/W2099496806
  • https://openalex.org/W2120998920
  • https://openalex.org/W2132466944
  • https://openalex.org/W2135494143
  • https://openalex.org/W2146872410
  • https://openalex.org/W2156390140
  • https://openalex.org/W2170205411
  • https://openalex.org/W2171290430
  • https://openalex.org/W2171368857
  • https://openalex.org/W2174627965
  • https://openalex.org/W2175253237
  • https://openalex.org/W2185381808
  • https://openalex.org/W2313746899
  • https://openalex.org/W2573854224
  • https://openalex.org/W3047632653
  • https://openalex.org/W4244624723
  • https://openalex.org/W4247607286
  • https://openalex.org/W4297846199