Published June 24, 2022 | Version v1
Publication Open

Molecular epidemiological surveillance of viral agents of acute lower respiratory tract infections in children in Accra, Ghana

Creators

  • 1. Korle Bu Teaching Hospital
  • 2. University of Ghana
  • 3. Noguchi Memorial Institute for Medical Research
  • 4. University of Health and Allied Sciences

Description

Acute lower respiratory tract infection (ALRTI) in children under 5 years is known to be predominantly caused by respiratory syncytial virus (RSV). In recent times, however, human metapneumovirus (HMPV) has also been implicated. This study sought to investigate and genotype respiratory syncytial virus and human metapneumovirus in children presenting with ALRTIs infection at the Princess Marie Louis Children's Hospital in Accra, Ghana.Children below 5 years who were clinically diagnosed of ALRTI and on admission at the study site were recruited between September 2015 and November 2016 for this study. Demographic data information was obtained by means of a standardized questionnaire; and relevant clinical information was obtained from medical records. Nasopharyngeal swabs were collected from 176 children recruited for the study. Ribonucleic acid was extracted from swabs and cDNA syntheses were performed by RT-PCR. RSV-positive amplicons were sequenced and analyzed for genotype assignment.RSV and HMPV prevalence among the sampled subjects were 11.4 and 1.7% respectively. Of the RSV positives, 8/20 (40%) were RSV-A and 12/20 (60%) were RSV-B. The highest prevalence was observed in children less than 12 months old. Phylogenetic analysis of the second hypervariable region of the RSV G-gene revealed that all RSV group A viruses belonged to the "novel" ON1 genotype containing the 72-nucleotide duplication; and RSV group B viruses belong to the BA IX genotype.RSV is frequently detected in children aged under 5 years admitted with ALRTI in Ghana. Continued surveillance of viral aetiological agents is warranted to elucidate the prevalence and transmission patterns of viral pathogens that cause respiratory tract infections among children. This will help inform appropriate intervention approaches.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

من المعروف أن عدوى الجهاز التنفسي السفلي الحادة (ALRTI) لدى الأطفال دون سن 5 سنوات تحدث في الغالب بسبب الفيروس المخلوي التنفسي (RSV). ومع ذلك، في الآونة الأخيرة، تم تورط الفيروس الوبائي الرئوي البشري (HMPV) أيضًا. سعت هذه الدراسة إلى التحقيق والنمط الجيني للفيروس المخلوي التنفسي والفيروس الرئوي البشري لدى الأطفال المصابين بعدوى ALRTIs في مستشفى الأميرة ماري لويس للأطفال في أكرا، غانا. تم تجنيد الأطفال الذين تقل أعمارهم عن 5 سنوات والذين تم تشخيصهم سريريًا بـ ALRTI وعند القبول في موقع الدراسة بين سبتمبر 2015 ونوفمبر 2016 لهذه الدراسة. تم الحصول على معلومات البيانات الديموغرافية عن طريق استبيان موحد ؛ وتم الحصول على المعلومات السريرية ذات الصلة من السجلات الطبية. تم جمع مسحات البلعوم الأنفي من 176 طفلاً تم تجنيدهم للدراسة. تم استخراج حمض الريبونوكليك من المسحات وتم إجراء تخليق cDNA بواسطة RT - PCR. تم تسلسل الأمبيلكونات الموجبة لفيروس التهاب الفقار الروماتويدي وتحليلها لتحديد النمط الجيني. وكان معدل انتشار فيروس التهاب الفقار الروماتويدي وفيروس التهاب الفقار الروماتويدي بين الأشخاص الذين تم أخذ عينات منهم 11.4 و 1.7 ٪ على التوالي. من بين إيجابيات RSV، 8/20 (40 ٪) كانت RSV - A و 12/20 (60 ٪) كانت RSV - B. لوحظ أعلى معدل انتشار في الأطفال الذين تقل أعمارهم عن 12 شهرًا. كشف التحليل الوراثي للمنطقة الثانية شديدة المتغير من جين RSV G أن جميع فيروسات RSV من المجموعة A تنتمي إلى النمط الجيني "الجديد" on1 الذي يحتوي على تكرار 72 نيوكليوتيد ؛ وفيروسات RSV من المجموعة B تنتمي إلى النمط الجيني BA IX. يتم اكتشاف RSV بشكل متكرر في الأطفال الذين تقل أعمارهم عن 5 سنوات الذين تم قبولهم مع ALRTI في غانا. هناك ما يبرر المراقبة المستمرة للعوامل المسببة للفيروسات لتوضيح أنماط انتشار وانتقال مسببات الأمراض الفيروسية التي تسبب التهابات الجهاز التنفسي بين الأطفال. سيساعد هذا في إثراء مناهج التدخل المناسبة.

Translated Description (French)

On sait que l'infection aiguë des voies respiratoires inférieures (ALRTI) chez les enfants de moins de 5 ans est principalement causée par le virus respiratoire syncytial (VRS). Ces derniers temps, cependant, le métapneumovirus humain (HMPV) a également été impliqué. Cette étude visait à étudier et à génotyper le virus respiratoire syncytial et le métapneumovirus humain chez les enfants présentant une infection à ALRTI à l'hôpital pour enfants Princess Marie Louis à Accra, au Ghana. Les enfants de moins de 5 ans qui ont reçu un diagnostic clinique d'ALRTI et qui ont été admis sur le site de l'étude ont été recrutés entre septembre 2015 et novembre 2016 pour cette étude. Les données démographiques ont été obtenues au moyen d'un questionnaire standardisé ; et les informations cliniques pertinentes ont été obtenues à partir des dossiers médicaux. Des écouvillons nasopharyngés ont été prélevés sur 176 enfants recrutés pour l'étude. L'acide ribonucléique a été extrait des écouvillons et les synthèses d'ADNc ont été effectuées par RT-PCR. Les amplicons positifs pour le VRS ont été séquencés et analysés pour l'attribution du génotype. La prévalence du VRS et du HMPV chez les sujets échantillonnés était de 11,4 et 1,7 % respectivement. Parmi les VRS positifs, 8/20 (40 %) étaient VRS-A et 12/20 (60 %) étaient VRS-B. La prévalence la plus élevée a été observée chez les enfants de moins de 12 mois. L'analyse phylogénétique de la deuxième région hypervariable du gène G du VRS a révélé que tous les virus du groupe A du VRS appartenaient au « nouveau » génotype ON1 contenant la duplication de 72 nucléotides ; et les virus du groupe B du VRS appartiennent au génotype BA IX. Le VRS est fréquemment détecté chez les enfants âgés de moins de 5 ans admis avec ALRTI au Ghana. La surveillance continue des agents étiologiques viraux est justifiée pour élucider la prévalence et les modes de transmission des agents pathogènes viraux qui causent des infections des voies respiratoires chez les enfants. Cela aidera à éclairer les approches d'intervention appropriées.

Translated Description (Spanish)

Se sabe que la infección aguda del tracto respiratorio inferior (ALRTI) en niños menores de 5 años es causada predominantemente por el virus respiratorio sincitial (RSV). Sin embargo, en los últimos tiempos, también se ha implicado al metapneumovirus humano (HMPV). Este estudio buscó investigar y genotipar el virus sincitial respiratorio y el metapneumovirus humano en niños que presentaban infección por ALRTI en el Hospital Infantil Princess Marie Louis en Accra, Ghana. Los niños menores de 5 años que fueron diagnosticados clínicamente de ALRTI y en el momento del ingreso en el sitio del estudio fueron reclutados entre septiembre de 2015 y noviembre de 2016 para este estudio. La información de los datos demográficos se obtuvo mediante un cuestionario estandarizado; y la información clínica relevante se obtuvo de los registros médicos. Se recogieron hisopos nasofaríngeos de 176 niños reclutados para el estudio. Se extrajo ácido ribonucleico de hisopos y se realizaron síntesis de ADNc mediante RT-PCR. Los amplicones positivos para RSV se secuenciaron y analizaron para la asignación de genotipos. La prevalencia de RSV Y HMPV entre los sujetos muestreados fue de 11.4 y 1.7% respectivamente. De los RSV positivos, 8/20 (40%) fueron RSV-A y 12/20 (60%) fueron RSV-B. La prevalencia más alta se observó en niños menores de 12 meses. El análisis filogenético de la segunda región hipervariable del gen G del VRS reveló que todos los virus del grupo A del VRS pertenecían al genotipo ON1 "novedoso" que contenía la duplicación de 72 nucleótidos; y los virus del grupo B del VRS pertenecen al genotipo BA IX. El VRS se detecta con frecuencia en niños menores de 5 años ingresados con ALRTI en Ghana. Se justifica la vigilancia continua de los agentes etiológicos virales para dilucidar la prevalencia y los patrones de transmisión de los patógenos virales que causan infecciones del tracto respiratorio entre los niños. Esto ayudará a informar los enfoques de intervención apropiados.

Files

s12887-022-03419-7.pdf

Files (1.4 MB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:3815402041a491d1438ef1ef013e94a3
1.4 MB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
المراقبة الوبائية الجزيئية للعوامل الفيروسية لالتهابات الجهاز التنفسي السفلي الحادة لدى الأطفال في أكرا، غانا
Translated title (French)
Surveillance épidémiologique moléculaire des agents viraux des infections aiguës des voies respiratoires inférieures chez les enfants à Accra, au Ghana
Translated title (Spanish)
Vigilancia epidemiológica molecular de agentes virales de infecciones agudas del tracto respiratorio inferior en niños en Accra, Ghana

Identifiers

Other
https://openalex.org/W4283375947
DOI
10.1186/s12887-022-03419-7

Is supplement to
https://openalex.org/W3032082307 (Other)
https://openalex.org/W2926735519 (Other)
https://openalex.org/W2778086676 (Other)
https://openalex.org/W2441797767 (Other)
https://openalex.org/W2312891087 (Other)
https://openalex.org/W2020036395 (Other)
https://openalex.org/W2019624206 (Other)
https://openalex.org/W2014320781 (Other)
https://openalex.org/W1996827715 (Other)
https://openalex.org/W1987742635 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Ghana

References

  • https://openalex.org/W1178565004
  • https://openalex.org/W1798976562
  • https://openalex.org/W1815870006
  • https://openalex.org/W1969277969
  • https://openalex.org/W2001441707
  • https://openalex.org/W2002504925
  • https://openalex.org/W2002960936
  • https://openalex.org/W2011035782
  • https://openalex.org/W2013132191
  • https://openalex.org/W2027411534
  • https://openalex.org/W2043880677
  • https://openalex.org/W2044163202
  • https://openalex.org/W2050289763
  • https://openalex.org/W2057894611
  • https://openalex.org/W2058478089
  • https://openalex.org/W2061604480
  • https://openalex.org/W2073852143
  • https://openalex.org/W2103103974
  • https://openalex.org/W2107061522
  • https://openalex.org/W2108882084
  • https://openalex.org/W2110118380
  • https://openalex.org/W2110219231
  • https://openalex.org/W2121677860
  • https://openalex.org/W2127352922
  • https://openalex.org/W2131290103
  • https://openalex.org/W2165972882
  • https://openalex.org/W2171602693
  • https://openalex.org/W2176055779
  • https://openalex.org/W2311203695
  • https://openalex.org/W2319501711
  • https://openalex.org/W2409392110
  • https://openalex.org/W2567994486
  • https://openalex.org/W2601093417
  • https://openalex.org/W2944437597
  • https://openalex.org/W3157402684