A prognostic model based on oxidative stress related genes in patient with colon cancer
Creators
- 1. Peking University First Hospital
- 2. Peking University
Description
Abstract Purpose To establish a novel oxidative stress related prognostic model for colon cancer. Materials and Methods First, oxidative stress related genes differentially expressed in tumor and normal tissues were identified. Then, LASSO COX analysis was used to establish the optimal prognostic profile based on the TCGA-COAD dataset, and patients were divided into two subgroups based on the expression profile of oxidative stress-related DEGs. Its reliability was verified by Kaplan-Meier curve and ROC analysis. We then verify the model in the GSE39582 test group. We performed correlation analysis, protein interaction (PPI) and copy number change (CNA) analysis of tumor-infiltrating immune cells. Finally, enrichment analysis was performed in GO, KEGG and GSEA to explore the possible mechanism. Results A total of 87 OS-related DEGs were identified in the TCGA cohort. Thirteen overall survival-related DEGs were used to construct the prognostic model. Patients in the high-risk group exhibited poorer OS compared to those in the low-risk group. Combined with the other clinical and pathological features, the risk score was found to be an independent prognostic factor of CC patients. The above results are verified in the external dataset GSE39582. Gene ontology (GO) and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) analyses indicated that the varied prognostic performance between high- and low-risk groups may be related to be related to reactive oxygen species pathway and p53 signaling pathway. Conclusion We successfully constructed a novel oxidative stress-related model for the prediction of prognosis in patients with CC. The 13-gene model was associated with OS and it could provide the basis for immunotherapy and predicting prognosis and help clinicians make decisions for individualized treatment.
Translated Descriptions
Translated Description (Arabic)
الغرض من الملخص إنشاء نموذج تنبؤي جديد متعلق بالإجهاد التأكسدي لسرطان القولون. المواد والأساليب أولاً، تم تحديد الجينات المرتبطة بالإجهاد التأكسدي التي يتم التعبير عنها بشكل مختلف في الورم والأنسجة الطبيعية. بعد ذلك، تم استخدام تحليل لاسو كوكس لإنشاء الملف الشخصي الأمثل للإنذار بناءً على مجموعة بيانات TCGA - COAD، وتم تقسيم المرضى إلى مجموعتين فرعيتين بناءً على ملف تعريف التعبير عن DEGs المتعلقة بالإجهاد التأكسدي. تم التحقق من موثوقيتها من خلال منحنى كابلان- ماير وتحليل روك. ثم نتحقق من النموذج في مجموعة اختبار GSE39582. أجرينا تحليل الارتباط وتفاعل البروتين (PPI) وتحليل تغيير عدد النسخ (CNA) للخلايا المناعية المتسللة للورم. أخيرًا، تم إجراء تحليل الإثراء في GO و KEGG و GSEA لاستكشاف الآلية الممكنة. النتائج تم تحديد ما مجموعه 87 DEGs المتعلقة بنظام التشغيل في مجموعة TCGA. تم استخدام ثلاثة عشر DEGs بشكل عام المتعلقة بالبقاء على قيد الحياة لبناء النموذج النذير. أظهر المرضى في المجموعة عالية الخطورة ضعفًا في نظام التشغيل مقارنة بالمرضى في المجموعة منخفضة الخطورة. إلى جانب السمات السريرية والمرضية الأخرى، وُجد أن درجة الخطر هي عامل تنبؤ مستقل لمرضى سرطان القولون التاجي. يتم التحقق من النتائج المذكورة أعلاه في مجموعة البيانات الخارجية GSE39582. أشارت تحليلات أنطولوجيا الجينات (GO) وموسوعة كيوتو للجينات والجينوم (KEGG) إلى أن الأداء النذير المتنوع بين المجموعات عالية المخاطر ومنخفضة المخاطر قد يكون مرتبطًا بمسار أنواع الأكسجين التفاعلية ومسار إشارات p53. استنتاج لقد أنشأنا بنجاح نموذجًا جديدًا متعلقًا بالإجهاد التأكسدي للتنبؤ بالتكهن في المرضى الذين يعانون من CC. ارتبط النموذج الجيني 13 بنظام التشغيل ويمكن أن يوفر الأساس للعلاج المناعي والتنبؤ بالتكهن ويساعد الأطباء على اتخاذ قرارات للعلاج الفردي.Translated Description (French)
Résumé Objectif Établir un nouveau modèle pronostique lié au stress oxydatif pour le cancer du côlon. Matériels et méthodes Tout d'abord, les gènes liés au stress oxydatif exprimés différemment dans les tissus tumoraux et normaux ont été identifiés. Ensuite, l'analyse LASSO COX a été utilisée pour établir le profil pronostique optimal sur la base de l'ensemble de données TCGA-COAD, et les patients ont été divisés en deux sous-groupes sur la base du profil d'expression des DEG liés au stress oxydatif. Sa fiabilité a été vérifiée par la courbe de Kaplan-Meier et l'analyse roc. Nous vérifions ensuite le modèle dans le groupe de test GSE39582. Nous avons effectué une analyse de corrélation, une analyse d'interaction protéique (IPP) et une analyse de changement du nombre de copies (CNA) des cellules immunitaires infiltrant la tumeur. Enfin, une analyse d'enrichissement a été réalisée dans GO, KEGG et GSEA pour explorer le mécanisme possible. Résultats Un total de 87 DEG liés à la SG ont été identifiés dans la cohorte TCGA. Treize DEG globaux liés à la survie ont été utilisés pour construire le modèle pronostique. Les patients du groupe à haut risque présentaient une SG plus faible que ceux du groupe à faible risque. Combiné aux autres caractéristiques cliniques et pathologiques, le score de risque s'est avéré être un facteur pronostique indépendant des patients CC. Les résultats ci-dessus sont vérifiés dans l'ensemble de données externes GSE39582. Les analyses de l'ontologie des gènes (GO) et de l'Encyclopédie des gènes et des génomes de Kyoto (KEGG) ont indiqué que la performance pronostique variée entre les groupes à haut et à faible risque peut être liée à la voie des espèces réactives de l'oxygène et à la voie de signalisation p53. Conclusion Nous avons construit avec succès un nouveau modèle lié au stress oxydatif pour la prédiction du pronostic chez les patients atteints de CC. Le modèle à 13 gènes a été associé à la SG et pourrait servir de base à l'immunothérapie et à la prédiction du pronostic et aider les cliniciens à prendre des décisions pour un traitement individualisé.Translated Description (Spanish)
Resumen Propósito Establecer un nuevo modelo de pronóstico relacionado con el estrés oxidativo para el cáncer de colon. Materiales y métodos En primer lugar, se identificaron genes relacionados con el estrés oxidativo expresados diferencialmente en tejidos tumorales y normales. Luego, se utilizó el análisis de LASSO COX para establecer el perfil pronóstico óptimo basado en el conjunto de datos TCGA-COAD, y los pacientes se dividieron en dos subgrupos basados en el perfil de expresión de los DEG relacionados con el estrés oxidativo. Su fiabilidad se verificó mediante la curva de Kaplan-Meier y el análisis Roc. A continuación, verificamos el modelo en el grupo de prueba GSE39582. Realizamos análisis de correlación, interacción de proteínas (PPI) y análisis de cambio de número de copias (CNA) de células inmunes infiltrantes de tumores. Finalmente, se realizó un análisis de enriquecimiento en GO, KEGG y GSEA para explorar el posible mecanismo. Resultados Se identificaron un total de 87 DEG relacionados con la SG en la cohorte TCGA. Se utilizaron trece DEG relacionadas con la supervivencia general para construir el modelo de pronóstico. Los pacientes en el grupo de alto riesgo mostraron una SG más pobre en comparación con los del grupo de bajo riesgo. En combinación con las otras características clínicas y patológicas, se encontró que la puntuación de riesgo era un factor pronóstico independiente de los pacientes con CC. Los resultados anteriores se verifican en el conjunto de datos externo GSE39582. Los análisis de ontología génica (GO) y Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) indicaron que el rendimiento pronóstico variado entre grupos de alto y bajo riesgo puede estar relacionado con la vía de las especies reactivas de oxígeno y la vía de señalización de p53. Conclusión Construimos con éxito un nuevo modelo relacionado con el estrés oxidativo para la predicción del pronóstico en pacientes con CC. El modelo de 13 genes se asoció con la SG y podría proporcionar la base para la inmunoterapia y la predicción del pronóstico y ayudar a los médicos a tomar decisiones para el tratamiento individualizado.Files
latest.pdf.pdf
Files
(1.3 MB)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:09ca2294f7a12e6ccef80337ea7f577b
|
1.3 MB | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- نموذج تنبؤي يعتمد على الجينات المرتبطة بالإجهاد التأكسدي لدى المريض المصاب بسرطان القولون
- Translated title (French)
- Un modèle pronostique basé sur les gènes liés au stress oxydatif chez les patients atteints d'un cancer du côlon
- Translated title (Spanish)
- Un modelo de pronóstico basado en genes relacionados con el estrés oxidativo en pacientes con cáncer de colon
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W4223992190
- DOI
- 10.21203/rs.3.rs-1481709/v1