Published August 12, 2016 | Version v1
Publication Open

Mutation analysis of the COL1A1 and COL1A2 genes in Vietnamese patients with osteogenesis imperfecta

Creators

  • 1. Hue University
  • 2. University of Tartu
  • 3. Tartu University Hospital

Description

The genetics of osteogenesis imperfecta (OI) have not been studied in a Vietnamese population before. We performed mutational analysis of the COL1A1 and COL1A2 genes in 91 unrelated OI patients of Vietnamese origin. We then systematically characterized the mutation profiles of these two genes which are most commonly related to OI.Genomic DNA was extracted from EDTA-preserved blood according to standard high-salt extraction methods. Sequence analysis and pathogenic variant identification was performed with Mutation Surveyor DNA variant analysis software. Prediction of the pathogenicity of mutations was conducted using Alamut Visual software. The presence of variants was checked against Dalgleish's osteogenesis imperfecta mutation database.The sample consisted of 91 unrelated osteogenesis imperfecta patients. We identified 54 patients with COL1A1/2 pathogenic variants; 33 with COL1A1 and 21 with COL1A2. Two patients had multiple pathogenic variants. Seventeen novel COL1A1 and 10 novel COL1A2 variants were identified. The majority of identified COL1A1/2 pathogenic variants occurred in a glycine substitution (36/56, 64.3 %), usually serine (23/36, 63.9 %). We found two pathogenic variants of the COL1A1 gene c.2461G > A (p.Gly821Ser) in four unrelated patients and one, c.2005G > A (p.Ala669Thr), in two unrelated patients.Our data showed a lower number of collagen OI pathogenic variants in Vietnamese patients compared to reported rates for Asian populations. The OI mutational profile of the Vietnamese population is unique and related to the presence of a high number of recessive mutations in non-collagenous OI genes. Further analysis of OI patients negative for collagen mutations, is required.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

لم يتم دراسة جينات تكون العظم الناقص (OI) في السكان الفيتناميين من قبل. أجرينا تحليلاً طفريًا لجينات COL1A1 و COL1A2 في 91 مريضًا غير مرتبطين من أصل فيتنامي. ثم وصفنا بشكل منهجي ملامح الطفرات لهذين الجينين الأكثر ارتباطًا بـ OI. تم استخراج الحمض النووي الجيني من الدم المحفوظ بـ EDTA وفقًا لطرق الاستخراج القياسية عالية الملح. تم إجراء تحليل التسلسل وتحديد المتغيرات المسببة للأمراض باستخدام برنامج تحليل متغير الحمض النووي لمساح الطفرات. تم التنبؤ بالأمراض المسببة للطفرات باستخدام برنامج Alamut Visual. تم التحقق من وجود المتغيرات مقابل قاعدة بيانات طفرة تكوين العظم الناقص لدالجليش. وتألفت العينة من 91 مريضًا غير مرتبطين بتكوين العظم الناقص. حددنا 54 مريضا يعانون من المتغيرات المسببة للأمراض COL1A1/2 ؛ 33 مع COL1A1 و 21 مع COL1A2. كان لدى مريضين متغيرات مسببة للأمراض متعددة. تم تحديد سبعة عشر نوعًا جديدًا من COL1A1 و 10 أنواع جديدة من COL1A2. حدثت غالبية المتغيرات المسببة للأمراض التي تم تحديدها في COL1A1/2 في استبدال الجلايسين (36/56، 64.3 ٪)، وعادة ما يكون سيرين (23/36، 63.9 ٪). وجدنا نوعين مسببين للأمراض من جين COL1A1 c.2461G > A (p.Gly821Ser) في أربعة مرضى غير مرتبطين وواحد، c.2005G > A (p.Ala669Thr)، في اثنين من المرضى غير المرتبطين. أظهرت بياناتنا عددًا أقل من المتغيرات المسببة للأمراض OI للكولاجين في المرضى الفيتناميين مقارنة بالمعدلات المبلغ عنها للسكان الآسيويين. ملف تعريف طفرة OI للسكان الفيتناميين فريد من نوعه ويرتبط بوجود عدد كبير من الطفرات المتنحية في جينات OI غير الكولاجينية. مطلوب مزيد من التحليل لمرضى OI السلبي لطفرات الكولاجين.

Translated Description (French)

La génétique de l'ostéogenèse imparfaite (OI) n'a jamais été étudiée dans une population vietnamienne auparavant. Nous avons effectué une analyse mutationnelle des gènes COL1A1 et COL1A2 chez 91 patients OI non apparentés d'origine vietnamienne. Nous avons ensuite caractérisé systématiquement les profils de mutation de ces deux gènes qui sont le plus souvent liés à l'OI.L' ADN génomique a été extrait du sang préservé à l'EDTA selon les méthodes d'extraction standard à haute teneur en sel. L'analyse de la séquence et l'identification des variants pathogènes ont été effectuées avec le logiciel d'analyse des variants d'ADN de Mutation Surveyor. La prédiction de la pathogénicité des mutations a été réalisée à l'aide du logiciel Alamut Visual. La présence de variants a été vérifiée par rapport à la base de données de mutations de l'ostéogenèse imparfaite de Dalgleish. L'échantillon était composé de 91 patients atteints d'ostéogenèse imparfaite non apparentés. Nous avons identifié 54 patients avec des variants pathogènes COL1A1/2 ; 33 avec COL1A1 et 21 avec COL1A2. Deux patients présentaient de multiples variants pathogènes. Dix-sept nouveaux variants COL1A1 et 10 nouveaux variants COL1A2 ont été identifiés. La majorité des variants pathogènes COL1A1/2 identifiés sont survenus dans une substitution de glycine (36/56, 64,3 %), généralement de la sérine (23/36, 63,9 %). Nous avons trouvé deux variants pathogènes du gène COL1A1 c.2461G > A (p.Gly821Ser) chez quatre patients non apparentés et un, c.2005G > A (p.Ala669Thr), chez deux patients non apparentés. Nos données ont montré un nombre plus faible de variants pathogènes du collagène OI chez les patients vietnamiens par rapport aux taux rapportés pour les populations asiatiques. Le profil mutationnel OI de la population vietnamienne est unique et lié à la présence d'un nombre élevé de mutations récessives dans les gènes OI non collagènes. Une analyse plus approfondie des patients atteints d'IO négatifs pour les mutations du collagène est nécessaire.

Translated Description (Spanish)

La genética de la osteogénesis imperfecta (OI) no se ha estudiado antes en una población vietnamita. Realizamos un análisis mutacional de los genes COL1A1 y COL1A2 en 91 pacientes con OI no relacionados de origen vietnamita. A continuación, caracterizamos sistemáticamente los perfiles de mutación de estos dos genes que están más comúnmente relacionados con la OI. El ADN genómico se extrajo de la sangre conservada con EDTA de acuerdo con los métodos estándar de extracción con alto contenido de sal. El análisis de secuencias y la identificación de variantes patógenas se realizó con el software de análisis de variantes de ADN Mutation Surveyor. La predicción de la patogenicidad de las mutaciones se realizó utilizando el software Alamut Visual. La presencia de variantes se comparó con la base de datos de mutaciones de osteogénesis imperfecta de Dalgleish. La muestra consistió en 91 pacientes con osteogénesis imperfecta no relacionados. Identificamos 54 pacientes con variantes patógenas COL1A1/2; 33 con COL1A1 y 21 con COL1A2. Dos pacientes tenían múltiples variantes patógenas. Se identificaron 17 nuevas variantes de COL1A1 y 10 nuevas variantes de COL1A2. La mayoría de las variantes patógenas COL1A1/2 identificadas ocurrieron en una sustitución de glicina (36/56, 64.3 %), generalmente serina (23/36, 63.9 %). Encontramos dos variantes patógenas del gen COL1A1 c.2461G > A (p.Gly821Ser) en cuatro pacientes no relacionados y una, c.2005G > A (p.Ala669Thr), en dos pacientes no relacionados. Nuestros datos mostraron un menor número de variantes patógenas de colágeno OI en pacientes vietnamitas en comparación con las tasas informadas para las poblaciones asiáticas. El perfil mutacional de OI de la población vietnamita es único y está relacionado con la presencia de un alto número de mutaciones recesivas en genes de OI no colagenosos. Se requiere un análisis adicional de los pacientes con OI negativos para las mutaciones de colágeno.

Files

s40246-016-0083-1.pdf

Files (686.8 kB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:d321b8741fb0b569e20000d6e082a6e8
686.8 kB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
تحليل الطفرات لجينات COL1A1 و COL1A2 في المرضى الفيتناميين الذين يعانون من نقص تكوين العظام
Translated title (French)
Analyse de mutation des gènes COL1A1 et COL1A2 chez des patients vietnamiens atteints d'ostéogenèse imparfaite
Translated title (Spanish)
Análisis de mutación de los genes COL1A1 y COL1A2 en pacientes vietnamitas con osteogénesis imperfecta

Identifiers

Other
https://openalex.org/W2510163415
DOI
10.1186/s40246-016-0083-1

Is supplement to
https://openalex.org/W4238396235 (Other)
https://openalex.org/W4235997228 (Other)
https://openalex.org/W3178015878 (Other)
https://openalex.org/W2914860412 (Other)
https://openalex.org/W2913914538 (Other)
https://openalex.org/W2901286616 (Other)
https://openalex.org/W2381601252 (Other)
https://openalex.org/W2337446719 (Other)
https://openalex.org/W2110159669 (Other)
https://openalex.org/W2039629444 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Vietnam

References

  • https://openalex.org/W170750885
  • https://openalex.org/W1980740976
  • https://openalex.org/W1989885963
  • https://openalex.org/W1991630907
  • https://openalex.org/W2002100378
  • https://openalex.org/W2008096907
  • https://openalex.org/W2010786675
  • https://openalex.org/W2045236733
  • https://openalex.org/W2069566684
  • https://openalex.org/W2073557556
  • https://openalex.org/W2073788769
  • https://openalex.org/W2099431176
  • https://openalex.org/W2104632163
  • https://openalex.org/W2110069142
  • https://openalex.org/W2110495057
  • https://openalex.org/W2115020699
  • https://openalex.org/W2115507804
  • https://openalex.org/W2127725713
  • https://openalex.org/W2131894732
  • https://openalex.org/W2138270253
  • https://openalex.org/W2141489905
  • https://openalex.org/W2141871922
  • https://openalex.org/W2154974204
  • https://openalex.org/W2170976321
  • https://openalex.org/W2185966032
  • https://openalex.org/W2192616992
  • https://openalex.org/W2476542314
  • https://openalex.org/W4211062787