Published March 1, 2019 | Version v1
Publication Open

Genetic and evolutionary analysis of a new Asia-4 lineage and naturally recombinant canine distemper virus strains from Thailand

Creators

  • 1. Chulalongkorn University

Description

Canine distemper virus (CDV), a pathogen causing fatal disease in a wide range of carnivores, can be classified into several geographically-related lineages. It is unclear how genetic recombination contributed to the evolution and emergence of the novel CDV strains and the evolutions of these strains are not fully yet investigated. In this study, the complete genome sequences of eight CDV viruses, isolated from domestic dogs in Thailand, were investigated. Interestingly, most of the identified CDV strains (CDV1-3, -5, -8 TH/2014) clustered as a novel Asia-4 lineage, while the CDV4, -6, -7 TH/2014 belonged to the Asia-1 lineage. Recombination analysis revealed that the CDV4 TH/2014 is a putative recombinant virus from the Asia-1 and America-2 parent viruses. In contrast, no recombination events were detected in the Asia-4 lineage, indicating that it is a distinctive lineage. Evolutionary analysis suggested that the CDV Asia-4 lineage had emerged since 1924 and shared common ancestor with the America-2 lineage. Pressure analysis revealed that CDV nucleotides were under negative selection pressure for its rapid adaptation. These findings demonstrate the evolution of CDV Asia-4 lineage and identified the Asia-1 recombination event. The information regarding genetic diversity of CDVs is essential for further CDV's research and monitoring.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

يمكن تصنيف فيروس اضطراب الكلاب (CDV)، وهو أحد مسببات الأمراض التي تسبب مرضًا مميتًا في مجموعة واسعة من الحيوانات آكلة اللحوم، إلى عدة سلالات مرتبطة جغرافيًا. من غير الواضح كيف ساهمت إعادة التركيب الجيني في تطور وظهور سلالات CDV الجديدة ولم يتم التحقيق في تطورات هذه السلالات بشكل كامل بعد. في هذه الدراسة، تم التحقيق في تسلسل الجينوم الكامل لثمانية فيروسات CDV، معزولة عن الكلاب المنزلية في تايلاند. ومن المثير للاهتمام، أن معظم سلالات CDV المحددة (CDV1 -3، -5، -8 TH/2014) تتجمع كسلالة جديدة من آسيا-4، في حين أن CDV4، -6، -7 TH/2014 تنتمي إلى سلالة آسيا-1. كشف تحليل إعادة التركيب أن CDV4 TH/2014 هو فيروس مؤتلف مفترض من فيروسات آسيا-1 وأمريكا-2 الأم. في المقابل، لم يتم الكشف عن أي أحداث إعادة تركيب في سلالة آسيا-4، مما يشير إلى أنها سلالة مميزة. اقترح التحليل التطوري أن سلالة CDV Asia -4 قد ظهرت منذ عام 1924 وتشترك في سلف مشترك مع سلالة America -2. كشف تحليل الضغط أن النيوكليوتيدات CDV كانت تحت ضغط الاختيار السلبي لتكيفها السريع. توضح هذه النتائج تطور سلالة CDV Asia -4 وحددت حدث إعادة التركيب Asia -1. المعلومات المتعلقة بالتنوع الجيني لفيروسات نقص المناعة البشرية ضرورية لمزيد من البحث والرصد لفيروسات نقص المناعة البشرية.

Translated Description (French)

Le virus de la maladie de Carré (CDV), un agent pathogène causant une maladie mortelle chez un large éventail de carnivores, peut être classé en plusieurs lignées géographiquement liées. Il n'est pas clair comment la recombinaison génétique a contribué à l'évolution et à l'émergence des nouvelles souches de CDV et les évolutions de ces souches ne sont pas encore complètement étudiées. Dans cette étude, les séquences génomiques complètes de huit virus CDV, isolés chez des chiens domestiques en Thaïlande, ont été étudiées. Fait intéressant, la plupart des souches de CDV identifiées (CDV1-3, -5, -8 TH/2014) se sont regroupées en une nouvelle lignée Asia-4, tandis que les CDV4, -6, -7 TH/2014 appartenaient à la lignée Asia-1. L'analyse de recombinaison a révélé que le CDV4 TH/2014 est un virus recombinant putatif des virus parents Asia-1 et America-2. En revanche, aucun événement de recombinaison n'a été détecté dans la lignée Asia-4, ce qui indique qu'il s'agit d'une lignée distinctive. L'analyse évolutionniste a suggéré que la lignée CDV Asia-4 avait émergé depuis 1924 et partageait un ancêtre commun avec la lignée America-2. L'analyse de la pression a révélé que les nucléotides CDV étaient soumis à une pression de sélection négative pour leur adaptation rapide. Ces résultats démontrent l'évolution de la lignée CDV Asia-4 et ont identifié l'événement de recombinaison Asia-1. Les informations concernant la diversité génétique des CDV sont essentielles pour la poursuite de la recherche et de la surveillance du CDV.

Translated Description (Spanish)

El virus del moquillo canino (CDV), un patógeno que causa enfermedades mortales en una amplia gama de carnívoros, se puede clasificar en varios linajes relacionados geográficamente. No está claro cómo la recombinación genética contribuyó a la evolución y aparición de las nuevas cepas de CDV y las evoluciones de estas cepas aún no se han investigado completamente. En este estudio, se investigaron las secuencias genómicas completas de ocho virus CDV, aislados de perros domésticos en Tailandia. Curiosamente, la mayoría de las cepas de CDV identificadas (CDV1-3, -5, -8 TH/2014) se agruparon como un nuevo linaje de Asia-4, mientras que las CDV4, -6, -7 TH/2014 pertenecían al linaje de Asia-1. El análisis de recombinación reveló que el CDV4 TH/2014 es un supuesto virus recombinante de los virus parentales Asia-1 y América-2. Por el contrario, no se detectaron eventos de recombinación en el linaje Asia-4, lo que indica que es un linaje distintivo. El análisis evolutivo sugirió que el linaje CDV Asia-4 había surgido desde 1924 y compartía un ancestro común con el linaje América-2. El análisis de presión reveló que los nucleótidos de CDV estaban bajo presión de selección negativa para su rápida adaptación. Estos hallazgos demuestran la evolución del linaje CDV Asia-4 e identificaron el evento de recombinación Asia-1. La información sobre la diversidad genética de los CDV es esencial para una mayor investigación y monitoreo de los CDV.

Files

s41598-019-39413-w.pdf.pdf

Files (2.7 MB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:d4254e02f6c78683f2d1363ee39ad94e
2.7 MB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
التحليل الوراثي والتطوري لسلالة جديدة من آسيا - 4 وسلالات فيروس اضطراب الكلاب المؤتلفة بشكل طبيعي من تايلاند
Translated title (French)
Analyse génétique et évolutive d'une nouvelle lignée Asia-4 et de souches naturellement recombinantes du virus de la maladie de Carré canine en provenance de Thaïlande
Translated title (Spanish)
Análisis genético y evolutivo de un nuevo linaje de Asia-4 y cepas del virus del moquillo canino naturalmente recombinantes de Tailandia

Identifiers

Other
https://openalex.org/W2919652058
DOI
10.1038/s41598-019-39413-w

Is supplement to
https://openalex.org/W4390401986 (Other)
https://openalex.org/W2898600003 (Other)
https://openalex.org/W2392552861 (Other)
https://openalex.org/W2390340208 (Other)
https://openalex.org/W2369942910 (Other)
https://openalex.org/W2350960978 (Other)
https://openalex.org/W2185227634 (Other)
https://openalex.org/W2087362850 (Other)
https://openalex.org/W2008426728 (Other)
https://openalex.org/W1872128164 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Thailand

References

  • https://openalex.org/W1765532673
  • https://openalex.org/W1783462044
  • https://openalex.org/W1966950189
  • https://openalex.org/W1968788796
  • https://openalex.org/W1977000484
  • https://openalex.org/W1979022904
  • https://openalex.org/W1982716576
  • https://openalex.org/W1987917786
  • https://openalex.org/W1992068478
  • https://openalex.org/W2017081871
  • https://openalex.org/W2026062398
  • https://openalex.org/W2032069769
  • https://openalex.org/W2037838837
  • https://openalex.org/W2051939877
  • https://openalex.org/W2056232059
  • https://openalex.org/W2070203109
  • https://openalex.org/W2076199607
  • https://openalex.org/W2076462632
  • https://openalex.org/W2080442972
  • https://openalex.org/W2088332047
  • https://openalex.org/W2091090964
  • https://openalex.org/W2110835349
  • https://openalex.org/W2119874688
  • https://openalex.org/W2124526878
  • https://openalex.org/W2126226517
  • https://openalex.org/W2129370603
  • https://openalex.org/W2136511801
  • https://openalex.org/W2136847298
  • https://openalex.org/W2144800288
  • https://openalex.org/W2145079901
  • https://openalex.org/W2147710356
  • https://openalex.org/W2163400707
  • https://openalex.org/W2165645673
  • https://openalex.org/W2171126517
  • https://openalex.org/W2171742026
  • https://openalex.org/W2311203695
  • https://openalex.org/W2336957180
  • https://openalex.org/W2605428395
  • https://openalex.org/W2626860105
  • https://openalex.org/W2789313975
  • https://openalex.org/W2801159594
  • https://openalex.org/W2805674543
  • https://openalex.org/W2807308836
  • https://openalex.org/W808259775