Published February 19, 2024 | Version v1
Publication Open

Prevalence and genetic diversity of porcine circovirus type 2 in Henan Province of China during 2020-2023

Creators

  • 1. Sino Biological (China)
  • 2. Biological E (India)
  • 3. Animal Husbandry & Veterinary
  • 4. Massey University

Description

Abstract The genetic diversity and widespread of porcine circovirus type 2 (PCV2), mainly lead to porcine circovirus-associated diseases (PCVADs), seriously threatens the swine industry worldwide. In the present study, to investigate the recent prevalence and genetic diversity of PCV2 in Henan Province of China, a total of 385 tissue samples collected from pig farms of different sizes during 2020 and 2023 were analyzed by PCR. Overall, 71.17% (274/385) tissue samples of pigs were positive for PCV2, with the detection rates of PCV2 were 81.16% (112/138), 72.41% (84/116), 62.50% (55/88), 53.49% (23/43) in 2020, 2021, 2022, 2023, respectively, indicating the detection rates of PCV2 decreased progressively in Henan Province of China in recent years. Additionally, the complete genomes of 34 PCV2 strains were sequenced and analyzed, which indicated that their nucleotide identities were 93.9–100.0%, 96.70–100.0%, and 88.90–100.0% in the complete genome, ORF1, ORF2, respectively, and amino acid identities were 98.10–100.0% and 88.60–100.0% in the replicase and capsid proteins, respectively. Phylogenetic analysis based on the complete genome sequences and deduced amino acids of ORF2 showed that the PCV2 strains obtained in the present study could be classified into three sub-clades, with the most strains clustered into clade PCV2d, indicated PCV2d is the predominated subtype in Henan Province, China. Moreover, four substitution sites (V57I, I89R/L, P134T, D210E) were observed in PCV2b ORF2 that were absent in PCV2a and PCV2d, and 4 substitution sites (S68N, I89L, T/P134N, S169G/R) were observed in PCV2d ORF2 that were absent in PCV2a and PCV2b. In general, the present study revealed a high prevalence and high genetic divergence of PCV2 among Chinese swine herds, provided an insight into the ongoing emerged PCV2, and enriched our understanding of the genetic diversity and evolution of PCV2.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

إن التنوع الجيني وانتشار فيروس سيركو الخنازير من النوع 2 (PCV2)، الذي يؤدي بشكل رئيسي إلى الأمراض المرتبطة بفيروس سيركو الخنازير (PCVADs)، يهدد بشكل خطير صناعة الخنازير في جميع أنحاء العالم. في الدراسة الحالية، للتحقيق في الانتشار الأخير والتنوع الجيني للقاح PCV2 في مقاطعة خنان الصينية، تم تحليل ما مجموعه 385 عينة أنسجة تم جمعها من مزارع الخنازير بأحجام مختلفة خلال عامي 2020 و 2023 بواسطة PCR. بشكل عام، كانت 71.17 ٪ (274/385) عينة أنسجة من الخنازير إيجابية لـ PCV2، حيث بلغت معدلات الكشف عن PCV2 81.16 ٪ (112/138)، 72.41 ٪ (84/116)، 62.50 ٪ (55/88)، 53.49 ٪ (23/43) في عام 2020، 2021، 2022، 2023، على التوالي، مما يشير إلى انخفاض معدلات الكشف عن PCV2 بشكل تدريجي في مقاطعة خنان الصينية في السنوات الأخيرة. بالإضافة إلى ذلك، تم تسلسل الجينوم الكامل لسلالات 34 PCV2 وتحليلها، مما يشير إلى أن هويات النيوكليوتيدات الخاصة بها كانت 93.9-100.0 ٪، 96.70-100.0 ٪، و 88.90-100.0 ٪ في الجينوم الكامل، ORF1، ORF2، على التوالي، وهويات الأحماض الأمينية كانت 98.10-100.0 ٪ و 88.60-100.0 ٪ في البروتينات المتماثلة والكبسولة، على التوالي. أظهر التحليل الوراثي القائم على تسلسل الجينوم الكامل والأحماض الأمينية المستخلصة من ORF2 أن سلالات PCV2 التي تم الحصول عليها في هذه الدراسة يمكن تصنيفها إلى ثلاث فئات فرعية، مع تجميع معظم السلالات في فئة PCV2d، وأشار إلى أن PCV2d هو النوع الفرعي السائد في مقاطعة خنان، الصين. علاوة على ذلك، لوحظت أربعة مواقع استبدال (V57I، I89R/L، P134T، D210E) في PCV2b ORF2 التي كانت غائبة في PCV2a و PCV2d، و 4 مواقع استبدال (S68N، I89L، T/P134N، S169G/R) في PCV2d ORF2 التي كانت غائبة في PCV2a و PCV2b. بشكل عام، كشفت الدراسة الحالية عن ارتفاع معدل الانتشار والاختلاف الوراثي للقاح PCV2 بين قطعان الخنازير الصينية، وقدمت نظرة ثاقبة على اللقاح PCV2 المستمر، وأثريت فهمنا للتنوع الوراثي وتطور اللقاح PCV2.

Translated Description (French)

Résumé La diversité génétique et la propagation du circovirus porcin de type 2 (PCV2), qui entraînent principalement des maladies associées au circovirus porcin (PCVAD), menacent sérieusement l'industrie porcine dans le monde entier. Dans la présente étude, pour étudier la prévalence récente et la diversité génétique du PCV2 dans la province du Henan en Chine, un total de 385 échantillons de tissus prélevés dans des élevages de porcs de différentes tailles en 2020 et 2023 ont été analysés par PCR. Dans l'ensemble, 71,17 % (274/385) des échantillons de tissus de porcs étaient positifs pour le PCV2, les taux de détection du PCV2 étant respectivement de 81,16 % (112/138), 72,41 % (84/116), 62,50 % (55/88), 53,49 % (23/43) en 2020, 2021, 2022 et 2023, ce qui indique que les taux de détection du PCV2 ont diminué progressivement dans la province chinoise du Henan ces dernières années. De plus, les génomes complets de 34 souches de PCV2 ont été séquencés et analysés, ce qui a indiqué que leurs identités nucléotidiques étaient de 93,9-100,0 %, 96,70-100,0 % et 88,90-100,0 % dans le génome complet, ORF1, ORF2, respectivement, et les identités d'acides aminés étaient de 98,10-100,0 % et 88,60-100,0 % dans les protéines de réplicase et de capside, respectivement. L'analyse phylogénétique basée sur les séquences génomiques complètes et les acides aminés déduits de l'ORF2 a montré que les souches de PCV2 obtenues dans la présente étude pouvaient être classées en trois sous-clades, la plupart des souches étant regroupées dans le clade PCV2d, indiquant que le PCV2d est le sous-type prédominant dans la province du Henan, en Chine. De plus, quatre sites de substitution (V57I, I89R/L, P134T, D210E) ont été observés dans l'ORF2 du PCV2b qui étaient absents dans le PCV2a et le PCV2d, et 4 sites de substitution (S68N, I89L, T/P134N, S169G/R) ont été observés dans l'ORF2 du PCV2d qui étaient absents dans le PCV2a et le PCV2b. En général, la présente étude a révélé une prévalence élevée et une divergence génétique élevée du PCV2 parmi les troupeaux porcins chinois, a fourni un aperçu du PCV2 émergé en cours et a enrichi notre compréhension de la diversité génétique et de l'évolution du PCV2.

Translated Description (Spanish)

Resumen La diversidad genética y la generalización del circovirus porcino tipo 2 (PCV2), que conduce principalmente a enfermedades asociadas al circovirus porcino (PCVAD), amenaza seriamente a la industria porcina en todo el mundo. En el presente estudio, para investigar la prevalencia reciente y la diversidad genética de PCV2 en la provincia china de Henan, se analizaron por PCR un total de 385 muestras de tejido recogidas de granjas porcinas de diferentes tamaños durante 2020 y 2023. En general, el 71.17% (274/385) de las muestras de tejido de cerdos fueron positivas para PCV2, con tasas de detección de PCV2 del 81.16% (112/138), 72.41% (84/116), 62.50% (55/88), 53.49% (23/43) en 2020, 2021, 2022, 2023, respectivamente, lo que indica que las tasas de detección de PCV2 disminuyeron progresivamente en la provincia china de Henan en los últimos años. Además, se secuenciaron y analizaron los genomas completos de 34 cepas de PCV2, lo que indicó que sus identidades de nucleótidos fueron 93.9-100.0%, 96.70-100.0% y 88.90-100.0% en el genoma completo, ORF1, ORF2, respectivamente, y las identidades de aminoácidos fueron 98.10-100.0% y 88.60-100.0% en las proteínas replicasa y cápside, respectivamente. El análisis filogenético basado en las secuencias genómicas completas y los aminoácidos deducidos de ORF2 mostró que las cepas de PCV2 obtenidas en el presente estudio podrían clasificarse en tres subclados, con la mayoría de las cepas agrupadas en el clado PCV2d, lo que indica que PCV2d es el subtipo predominante en la provincia de Henan, China. Además, se observaron cuatro sitios de sustitución (V57I, I89R/L, P134T, D210E) en ORF2 de PCV2b que estaban ausentes en PCV2a y PCV2d, y se observaron 4 sitios de sustitución (S68N, I89L, T/P134N, S169G/R) en ORF2 de PCV2d que estaban ausentes en PCV2a y PCV2b. En general, el presente estudio reveló una alta prevalencia y alta divergencia genética de PCV2 entre los rebaños porcinos chinos, proporcionó una visión del PCV2 emergido en curso y enriqueció nuestra comprensión de la diversidad genética y la evolución de PCV2.

Files

latest.pdf.pdf

Files (1.0 MB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:fc1643570e8d9e8a651a6297f1d6b129
1.0 MB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
انتشار فيروس سيركو الخنازير من النوع 2 وتنوعه الوراثي في مقاطعة خنان الصينية خلال الفترة 2020-2023
Translated title (French)
Prévalence et diversité génétique du circovirus porcin de type 2 dans la province chinoise du Henan entre 2020 et 2023
Translated title (Spanish)
Prevalencia y diversidad genética del circovirus porcino tipo 2 en la provincia china de Henan durante 2020-2023

Identifiers

Other
https://openalex.org/W4391927019
DOI
10.21203/rs.3.rs-3920651/v1

Is supplement to
https://openalex.org/W4389342439 (Other)
https://openalex.org/W4297611268 (Other)
https://openalex.org/W4281297952 (Other)
https://openalex.org/W3149237550 (Other)
https://openalex.org/W2996642006 (Other)
https://openalex.org/W2962777341 (Other)
https://openalex.org/W2132789796 (Other)
https://openalex.org/W2092374783 (Other)
https://openalex.org/W1974795989 (Other)
https://openalex.org/W1486956145 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
India

References

  • https://openalex.org/W1968252095
  • https://openalex.org/W1968987300
  • https://openalex.org/W1990559162
  • https://openalex.org/W2014060778
  • https://openalex.org/W2037239097
  • https://openalex.org/W2040627816
  • https://openalex.org/W2055556815
  • https://openalex.org/W2120723243
  • https://openalex.org/W2153314219
  • https://openalex.org/W2161632393
  • https://openalex.org/W2229759080
  • https://openalex.org/W2338209007
  • https://openalex.org/W2353687584
  • https://openalex.org/W2591575933
  • https://openalex.org/W2776151317
  • https://openalex.org/W2916477464
  • https://openalex.org/W2923451869
  • https://openalex.org/W2994594089
  • https://openalex.org/W2997867944
  • https://openalex.org/W3007583155
  • https://openalex.org/W3165443946
  • https://openalex.org/W3202120300
  • https://openalex.org/W3215170134