Published March 1, 2018 | Version v1
Publication Open

<b>Genome-wide association study using the Bayes C method for important traits in dairy yield in Colombian Holstein Cattle

Creators

  • 1. Technological University of Pereira
  • 2. Universidad Nacional de Colombia

Description

The objective of this study was to determine the genome association between markers of bovine LD BeadChip with dairy important traits. Information of breeding program of the Universidad Nacional de Colombia was used. BLUP-EBVs were used for dairy yield (DY), fat percentage (FP), protein percentage (PP) and somatic cell score (SCS). 150 animals were selected for blood or semen DNA extraction and genotyping with BovineLD BeadChip (Illumina). Autosomal information was retained and the editing information was performed using Plink v1.07 software. The effects of SNPs were determined by Bayes C with GS3 software. The minor allele frequency for most of the markers on the bead chip was high, which increases the probability of finding important loci segregating in the population. Estimations of fraction markers with an effect were close to zero in almost all cases. The most important markers were mapped by trait using ENSEMBL. A total of 6,510 autosomal SNPs were retained, out of which only a proportion with effect was taken from the mixed function of Bayes C. Important genes as ANKS1B, CLCN1, NMBR and CTSD, were found for each trait for AL, FP, PP and SCS respectively. Finally, Bayes C estimation allowed to identify specific SNPs possibly associated with QTLs.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

كان الهدف من هذه الدراسة هو تحديد ارتباط الجينوم بين علامات LD BeadChip البقري مع سمات الألبان المهمة. تم استخدام معلومات عن برنامج التربية في الجامعة الوطنية لكولومبيا. تم استخدام BLUP - EBVs لإنتاج الألبان (DY) ونسبة الدهون (FP) ونسبة البروتين (PP) ودرجة الخلايا الجسدية (SCS). تم اختيار 150 حيوانًا لاستخراج الحمض النووي للدم أو السائل المنوي والتنميط الجيني باستخدام BovineLD BeadChip (Illumina). تم الاحتفاظ بالمعلومات الجسمية وتم إجراء معلومات التحرير باستخدام برنامج Plink v1.07. تم تحديد تأثيرات SNPs بواسطة Bayes C باستخدام برنامج GS3. كان تردد الأليل الثانوي لمعظم العلامات على شريحة الخرزة مرتفعًا، مما يزيد من احتمال العثور على مواقع مهمة منفصلة في السكان. كانت تقديرات علامات الكسور ذات التأثير قريبة من الصفر في جميع الحالات تقريبًا. تم تعيين أهم العلامات بواسطة سمة باستخدام ENSEMBL. تم الاحتفاظ بما مجموعه 6،510 SNPs جسدية، منها نسبة فقط ذات تأثير مأخوذة من الوظيفة المختلطة لـ Bayes C. تم العثور على جينات مهمة مثل ANKS1B و CLCN1 و NMBR و CTSD لكل سمة لـ AL و FP و PP و SCS على التوالي. أخيرًا، سمح تقدير Bayes C بتحديد SNPs محددة ربما مرتبطة بـ QTLs.

Translated Description (French)

L'objectif de cette étude était de déterminer l'association génomique entre les marqueurs de la LD BeadChip bovine et les traits laitiers importants. Les informations du programme de sélection de l'Universidad Nacional de Colombia ont été utilisées. Les BLUP-EBV ont été utilisés pour le rendement laitier (DY), le pourcentage de graisse (FP), le pourcentage de protéines (PP) et le score de cellules somatiques (SCS). 150 animaux ont été sélectionnés pour l'extraction et le génotypage de l'ADN du sang ou du sperme avec BovineLD BeadChip (Illumina). Les informations autosomiques ont été conservées et les informations d'édition ont été effectuées à l'aide du logiciel Plink v1.07. Les effets des SNP ont été déterminés par Bayes C avec le logiciel GS3. La fréquence des allèles mineurs pour la plupart des marqueurs sur la perle était élevée, ce qui augmente la probabilité de trouver des loci importants en ségrégation dans la population. Les estimations des marqueurs de fraction ayant un effet étaient proches de zéro dans presque tous les cas. Les marqueurs les plus importants ont été cartographiés par trait à l'aide d'ENSEMBL. Un total de 6 510 SNP autosomiques ont été retenus, dont seule une proportion avec effet a été prélevée de la fonction mixte de Bayes C. Des gènes importants comme ANKS1B, CLCN1, NMBR et CTSD ont été trouvés pour chaque trait pour AL, FP, PP et SCS respectivement. Enfin, l'estimation de Bayes C a permis d'identifier des SNP spécifiques éventuellement associés aux QTL.

Translated Description (Spanish)

El objetivo de este estudio fue determinar la asociación del genoma entre los marcadores de LD BeadChip bovino con rasgos lácteos importantes. Se utilizó información del programa de mejoramiento de la Universidad Nacional de Colombia. Los BLUP-EBV se utilizaron para el rendimiento lácteo (DY), el porcentaje de grasa (FP), el porcentaje de proteínas (PP) y la puntuación de células somáticas (SCS). Se seleccionaron 150 animales para la extracción de ADN de sangre o semen y el genotipado con BovineLD BeadChip (Illumina). La información autosómica se retuvo y la información de edición se realizó utilizando el software Plink v1.07. Los efectos de los SNP fueron determinados por Bayes C con el software GS3. La frecuencia alélica menor para la mayoría de los marcadores en el chip de perlas fue alta, lo que aumenta la probabilidad de encontrar loci importantes que se segregan en la población. Las estimaciones de los marcadores de fracción con un efecto fueron cercanas a cero en casi todos los casos. Los marcadores más importantes se mapearon por rasgo utilizando ENSEMBL. Se retuvieron un total de 6.510 SNP autosómicos, de los cuales solo se tomó una proporción con efecto de la función mixta de Bayes C. Se encontraron genes importantes como ANKS1B, CLCN1, NMBR y CTSD para cada rasgo para AL, FP, PP y SCS, respectivamente. Finalmente, la estimación de Bayes C permitió identificar SNP específicos posiblemente asociados con QTL.

Files

pdf.pdf

Files (257 Bytes)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:a62061b5bf5265cf01471093c7a5a204
257 Bytes
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
<b> دراسة الارتباط على مستوى الجينوم باستخدام طريقة Bayes C للسمات المهمة في محصول الألبان في ماشية هولشتاين الكولومبية
Translated title (French)
<b>Étude d'association à l'échelle du génome utilisant la méthode Bayes C pour les traits importants dans le rendement laitier chez les bovins colombiens Holstein
Translated title (Spanish)
<b>Estudio de asociación de todo el genoma utilizando el método Bayes C para rasgos importantes en el rendimiento lácteo en ganado Holstein colombiano

Identifiers

Other
https://openalex.org/W2808434409
DOI
10.4025/actascianimsci.v40i1.39015

Is supplement to
https://openalex.org/W2794350630 (Other)
https://openalex.org/W2765794416 (Other)
https://openalex.org/W2594299395 (Other)
https://openalex.org/W2170506381 (Other)
https://openalex.org/W2111842731 (Other)
https://openalex.org/W2066467839 (Other)
https://openalex.org/W2039666944 (Other)
https://openalex.org/W1993755972 (Other)
https://openalex.org/W1992310781 (Other)
https://openalex.org/W1531630856 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Colombia