Published January 31, 2017 | Version v1
Publication Open

SNP variants associated with non-Hodgkin lymphoma (NHL) correlate with human leukocyte antigen (HLA) class II expression

Creators

  • 1. University of Malaya
  • 2. Hospital Kuala Lumpur

Description

Abstract Large consortia efforts and genome-wide association studies (GWASs) have linked a number of genetic variants within the 6p21 chromosomal region to non-Hodgkin lymphoma (NHL). Complementing these efforts, we genotyped previously reported SNPs in the human leukocyte antigen (HLA) class I (rs6457327) and class II (rs9271100, rs2647012 and rs10484561) regions in a total of 1,145 subjects (567 NHL cases and 578 healthy controls) from two major ethnic groups in Malaysia, the Malays and the Chinese. We identified a NHL-associated ( P NHL_add = 0.0008; OR NHL_add = 0.54; 95% CI = 0.37–0.77) and B-cell associated ( P Bcell_add = 0.0007; OR Bcell_add = 0.51; 95% CI = 0.35–0.76) SNP rs2647012 in the Malaysian Malays. In silico cis -eQTL analysis of rs2647012 suggests potential regulatory function of nearby HLA class II molecules. Minor allele rs2647012-T is linked to higher expression of HLA-DQB1, rendering a protective effect to NHL risk. Our findings suggest that the HLA class II region plays an important role in NHL etiology.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

ملخص ربطت جهود الاتحادات الكبيرة ودراسات الارتباط على مستوى الجينوم (GWASs) عددًا من المتغيرات الجينية داخل منطقة الكروموسومات 6p21 بسرطان الغدد الليمفاوية غير هودجكين (NHL). واستكمالًا لهذه الجهود، قمنا بتنميط مناطق SNPs التي تم الإبلاغ عنها سابقًا في مستضد الكريات البيض البشرية (HLA) من الفئة الأولى (rs6457327) والفئة الثانية (rs9271100 و rs2647012 و rs10484561) في ما مجموعه 1145 شخصًا (567 حالة NHL و 578 عنصر تحكم صحي) من مجموعتين عرقيتين رئيسيتين في ماليزيا، الماليزيين والصينيين. حددنا خلية مرتبطة بـ NHL ( P NHL_ADD = 0.0008 ؛ أو NHL_ADD = 0.54 ؛ 95 ٪ CI = 0.37-0.77) والخلايا البائية المرتبطة بها ( P Bcell_ADD = 0.0007 ؛ أو Bcell_ADD = 0.51 ؛ 95 ٪ CI = 0.35-0.76) SNP rs2647012 في ماليزيا. في السيليكو، يشير تحليل - eQTL لـ rs2647012 إلى وظيفة تنظيمية محتملة لجزيئات HLA القريبة من الفئة الثانية. يرتبط الأليل الثانوي rs2647012 - T بالتعبير العالي عن HLA - DQB1، مما يجعل له تأثير وقائي على مخاطر NHL. تشير النتائج التي توصلنا إليها إلى أن منطقة HLA من الفئة الثانية تلعب دورًا مهمًا في مسببات NHL.

Translated Description (French)

Résumé Les efforts des grands consortiums et les études d'association à l'échelle du génome (GWAS) ont lié un certain nombre de variants génétiques dans la région chromosomique 6p21 au lymphome non hodgkinien (LNH). En complément de ces efforts, nous avons génotypé des SNP précédemment signalés dans les régions de classe I (rs6457327) et de classe II (rs9271100, rs2647012 et rs10484561 de l'antigène leucocytaire humain (HLA) chez un total de 1 145 sujets (567 cas de LNH et 578 témoins sains) de deux groupes ethniques majeurs en Malaisie, les Malais et les Chinois. Nous avons identifié un LNH associé ( P NHL_ADD = 0,0008 ; OU NHL_ADD = 0,54 ; IC à 95 % = 0,37-0,77) et un lymphocyte B associé ( P Bcell_ADD = 0,0007 ; OU Bcell_ADD = 0,51 ; IC à 95 % = 0,35-0,76) SNP rs2647012 chez les Malais de Malaisie. L'analyse in silico cis -eQTL de rs2647012 suggère une fonction régulatrice potentielle des molécules HLA de classe II voisines. L'allèle mineur rs2647012-T est lié à une expression plus élevée de HLA-DQB1, ce qui confère un effet protecteur au risque de LNH. Nos résultats suggèrent que la région HLA de classe II joue un rôle important dans l'étiologie du LNH.

Translated Description (Spanish)

Resumen Los grandes esfuerzos de consorcios y los estudios de asociación de todo el genoma (GWAS) han relacionado una serie de variantes genéticas dentro de la región cromosómica 6p21 con el linfoma no Hodgkin (LNH). Complementando estos esfuerzos, genotipamos los SNP previamente informados en las regiones de antígeno leucocitario humano (HLA) clase I (rs6457327) y clase II (rs9271100, rs2647012 y rs10484561) en un total de 1.145 sujetos (567 casos de LNH y 578 controles sanos) de dos grupos étnicos principales en Malasia, los malayos y los chinos. Identificamos un SNP asociado a NHL ( P NHL_add = 0,0008; OR NHL_add = 0,54; IC del 95% = 0,37-0,77) y asociado a células B ( P Bcell_add = 0,0007; OR Bcell_add = 0,51; IC del 95% = 0,35-0,76) rs2647012 en los malayos de Malasia. El análisis in silico cis -eQTL de rs2647012 sugiere una posible función reguladora de las moléculas de HLA de clase II cercanas. El alelo menor rs2647012-T está vinculado a una mayor expresión de HLA-DQB1, lo que produce un efecto protector contra el riesgo de LNH. Nuestros hallazgos sugieren que la región HLA de clase II juega un papel importante en la etiología del LNH.

Files

srep41400.pdf.pdf

Files (900.9 kB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:3b460bb3bc54afacebf016559fb73a68
900.9 kB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
ترتبط متغيرات SNP المرتبطة بسرطان الغدد الليمفاوية غير هودجكين (NHL) بتعبير مستضد الكريات البيض البشرية (HLA) من الفئة الثانية
Translated title (French)
Les variants du SNP associés au lymphome non hodgkinien (LNH) sont en corrélation avec l'expression de l'antigène leucocytaire humain (HLA) de classe II
Translated title (Spanish)
Las variantes de SNP asociadas con el linfoma no Hodgkin (NHL) se correlacionan con la expresión del antígeno leucocitario humano (HLA) de clase II

Identifiers

Other
https://openalex.org/W2585111813
DOI
10.1038/srep41400

Is supplement to
https://openalex.org/W4281711902 (Other)
https://openalex.org/W3206555169 (Other)
https://openalex.org/W3157359833 (Other)
https://openalex.org/W3024317680 (Other)
https://openalex.org/W3016573916 (Other)
https://openalex.org/W2571299013 (Other)
https://openalex.org/W2164855536 (Other)
https://openalex.org/W2143489661 (Other)
https://openalex.org/W2070581548 (Other)
https://openalex.org/W1997352593 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Malaysia

References

  • https://openalex.org/W1533942137
  • https://openalex.org/W1757407923
  • https://openalex.org/W185262279
  • https://openalex.org/W1939503710
  • https://openalex.org/W1964210339
  • https://openalex.org/W1970006069
  • https://openalex.org/W1997542726
  • https://openalex.org/W2031580483
  • https://openalex.org/W2039694244
  • https://openalex.org/W2047053776
  • https://openalex.org/W2060228768
  • https://openalex.org/W2066763506
  • https://openalex.org/W2071181689
  • https://openalex.org/W2072043914
  • https://openalex.org/W2088000735
  • https://openalex.org/W2098577194
  • https://openalex.org/W2100697281
  • https://openalex.org/W2102587022
  • https://openalex.org/W2123164802
  • https://openalex.org/W2156969810
  • https://openalex.org/W2161633633
  • https://openalex.org/W2162091091
  • https://openalex.org/W2287194412
  • https://openalex.org/W2411280854
  • https://openalex.org/W2581810577