Published October 11, 2007 | Version v1
Publication Open

A Ligation-Independent Cloning Tobacco Rattle Virus Vector for High-Throughput Virus-Induced Gene Silencing Identifies Roles for<i>NbMADS4</i>-<i>1</i>and -<i>2</i>in Floral Development

Creators

  • 1. Peking University
  • 2. Yale University

Description

Virus-induced gene silencing (VIGS) is a widely used, powerful technique for reverse genetics. VIGS vectors derived from the Tobacco rattle virus (TRV) are among the most popular for VIGS. We have developed a TRV RNA2 vector that allows the insertion of gene silencing fragments by ligation-independent cloning (LIC). This new vector has several advantages over previous vectors, particularly for applications involving the analysis of large numbers of sequences, since TRV-LIC vectors containing the desired insert are obtained with 100% efficiency. Importantly, this vector allows the high-throughput cloning of silencing fragments without the use of costly enzymes required for recombination, as is the case with GATEWAY-based vectors. We generated a collection of silencing vectors based on 400 tomato (Solanum lycopersicum) expressed sequence tags in this TRV-LIC background. We have used this vector to identify roles for SlMADS1 and its Nicotiana benthamiana homologs, NbMADS4-1 and -2 in flowering. We find that NbMADS4-1 and -2 act nonredundantly in floral development and silencing of either gene results in loss of organ identity. This TRV-LIC vector should be a valuable resource to the plant community.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

إسكات الجينات الناجم عن الفيروسات (VIGS) هو تقنية قوية تستخدم على نطاق واسع لعلم الوراثة العكسي. تعد ناقلات VIGS المشتقة من فيروس خشخيشة التبغ (TRV) من بين الأكثر شعبية بالنسبة لـ VIGS. لقد طورنا ناقل الحمض النووي الريبي TRV2 الذي يسمح بإدخال شظايا إسكات الجينات عن طريق الاستنساخ المستقل عن الربط (LIC). يتمتع هذا المتجه الجديد بالعديد من المزايا مقارنة بالمتجهات السابقة، لا سيما بالنسبة للتطبيقات التي تنطوي على تحليل أعداد كبيرة من التسلسلات، حيث يتم الحصول على ناقلات TRV - LIC التي تحتوي على الإدخال المطلوب بكفاءة 100 ٪. الأهم من ذلك، يسمح هذا الناقل باستنساخ شظايا إسكات عالية الإنتاجية دون استخدام الإنزيمات المكلفة المطلوبة لإعادة التركيب، كما هو الحال مع النواقل القائمة على GATEWAY. أنشأنا مجموعة من نواقل الإسكات بناءً على 400 طماطم (Solanum lycopersicum) معبرًا عنها بعلامات تسلسل في خلفية TRV - LIC هذه. لقد استخدمنا هذا المتجه لتحديد أدوار SlMADS1 ومتجانسات Nicotiana benthamiana، NbMADS4 -1 و -2 في الإزهار. نجد أن NbMADS4 -1 و -2 يعملان بشكل غير متكرر في نمو الأزهار وإسكات أي من الجينين مما يؤدي إلى فقدان هوية العضو. يجب أن يكون ناقل TRV - LIC هذا موردًا قيمًا لمجتمع النبات.

Translated Description (French)

Le silençage génique induit par virus (VIGS) est une technique puissante et largement utilisée pour la génétique inverse. Les vecteurs VIGS dérivés du virus du hochet du tabac (TRV) sont parmi les plus populaires pour le VIGS. Nous avons développé un vecteur TRV RNA2 qui permet l'insertion de fragments de silençage génique par clonage indépendant de la ligation (LIC). Ce nouveau vecteur présente plusieurs avantages par rapport aux vecteurs précédents, en particulier pour les applications impliquant l'analyse de grands nombres de séquences, puisque les vecteurs TRV-LIC contenant l'insert souhaité sont obtenus avec une efficacité de 100%. Il est important de noter que ce vecteur permet le clonage à haut débit de fragments de silençage sans l'utilisation d'enzymes coûteuses nécessaires à la recombinaison, comme c'est le cas avec les vecteurs à base de GATEWAY. Nous avons généré une collection de vecteurs silencieux basés sur 400 étiquettes de séquence exprimées par la tomate (Solanum lycopersicum) dans ce fond TRV-LIC. Nous avons utilisé ce vecteur pour identifier les rôles de SlMADS1 et de ses homologues de Nicotiana benthamiana, NbMADS4-1 et -2 dans la floraison. Nous constatons que NbMADS4-1 et -2 agissent de manière non redondante dans le développement floral et que le silence de l'un ou l'autre gène entraîne une perte d'identité d'organe. Ce vecteur TRV-LIC devrait être une ressource précieuse pour la communauté végétale.

Translated Description (Spanish)

El silenciamiento génico inducido por virus (VIGS) es una técnica poderosa y ampliamente utilizada para la genética inversa. Los vectores VIGS derivados del virus del sonajero del tabaco (TRV) se encuentran entre los más populares para VIGS. Hemos desarrollado un vector TRV RNA2 que permite la inserción de fragmentos de silenciamiento génico mediante clonación independiente de ligación (LIC). Este nuevo vector tiene varias ventajas sobre los vectores anteriores, particularmente para aplicaciones que implican el análisis de un gran número de secuencias, ya que los vectores TRV-LIC que contienen el inserto deseado se obtienen con una eficiencia del 100%. Es importante destacar que este vector permite la clonación de alto rendimiento de fragmentos de silenciamiento sin el uso de enzimas costosas requeridas para la recombinación, como es el caso de los vectores basados en GATEWAY. Generamos una colección de vectores de silenciamiento basados en 400 etiquetas de secuencia expresadas en tomate (Solanum lycopersicum) en este fondo TRV-LIC. Hemos utilizado este vector para identificar los roles de SlMADS1 y sus homólogos de Nicotiana benthamiana, NbMADS4-1 y -2 en la floración. Encontramos que NbMADS4-1 y -2 actúan de manera no redundante en el desarrollo floral y el silenciamiento de cualquiera de los genes da como resultado la pérdida de la identidad del órgano. Este vector TRV-LIC debe ser un recurso valioso para la comunidad vegetal.

Files

plphys_v145_4_1161.pdf.pdf

Files (93 Bytes)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:b0d506893d4802090edf1644f5f082cd
93 Bytes
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
يحدد ناقل فيروس حشرجة التبغ الاستنساخ المستقل للربط لإسكات الجينات المستحثة بالفيروس عالي الإنتاجية أدوار<i> NbMADS4</i>-<i>1</i>و -<i>2</i>في تطوير الأزهار
Translated title (French)
Un vecteur de clonage du virus du hochet du tabac indépendant de la ligature pour le silençage génique induit par le virus à haut<i></i> débit identifie les rôles de<i> NbMADS4 - 1</i>et -<i>2</i>dans le développement floral
Translated title (Spanish)
Un vector del virus del traqueteo del tabaco de clonación independiente de la ligadura para el silenciamiento génico inducido por virus de alto<i></i> rendimiento identifica roles para<i> NbMADS4 - 1</i>y -<i>2</i>en el desarrollo floral

Identifiers

Other
https://openalex.org/W1973232632
DOI
10.1104/pp.107.107391

Is supplement to
https://openalex.org/W46256969 (Other)
https://openalex.org/W4390911125 (Other)
https://openalex.org/W3032277478 (Other)
https://openalex.org/W3005522090 (Other)
https://openalex.org/W2777878963 (Other)
https://openalex.org/W2591698280 (Other)
https://openalex.org/W2346206274 (Other)
https://openalex.org/W1925561407 (Other)
https://openalex.org/W1884419718 (Other)
https://openalex.org/W112520524 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
China

References

  • https://openalex.org/W11700218
  • https://openalex.org/W1237637177
  • https://openalex.org/W1480262691
  • https://openalex.org/W1489746883
  • https://openalex.org/W1967407162
  • https://openalex.org/W1973731551
  • https://openalex.org/W1981018598
  • https://openalex.org/W1991251008
  • https://openalex.org/W2022187444
  • https://openalex.org/W2041551965
  • https://openalex.org/W2044358452
  • https://openalex.org/W2047439748
  • https://openalex.org/W2049044087
  • https://openalex.org/W2055952401
  • https://openalex.org/W2061995013
  • https://openalex.org/W2064222253
  • https://openalex.org/W2070375092
  • https://openalex.org/W2081627680
  • https://openalex.org/W2087065997
  • https://openalex.org/W2094476648
  • https://openalex.org/W2094531949
  • https://openalex.org/W2097595476
  • https://openalex.org/W2098257518
  • https://openalex.org/W2101697489
  • https://openalex.org/W2106214237
  • https://openalex.org/W2112510525
  • https://openalex.org/W2123769370
  • https://openalex.org/W2124879678
  • https://openalex.org/W2136643521
  • https://openalex.org/W2138835651
  • https://openalex.org/W2146981414
  • https://openalex.org/W2148257122
  • https://openalex.org/W2154422221
  • https://openalex.org/W2158121967
  • https://openalex.org/W2160702064
  • https://openalex.org/W2161586272
  • https://openalex.org/W2164054146
  • https://openalex.org/W2170404760
  • https://openalex.org/W2409077841