Published June 10, 2010 | Version v1
Publication Open

Genetic polymorphisms in TNFgenes and tuberculosis in North Indians

  • 1. Institute of Genomics and Integrative Biology
  • 2. All India Institute of Medical Sciences

Description

Pulmonary tuberculosis, the most common clinical form of mycobacterial diseases, is a granulomatous disease of the lungs caused by Mycobaterium tuberculosis. A number of genes have been identified in studies of diverse origins to be important in tuberculosis. Of these, both tumor necrosis factor alpha (TNF-alpha) and lymphotoxin alpha (LT-alpha) play important immunoregulatory roles.To investigate the association of TNF polymorphisms with tuberculosis in the Asian Indians, we genotyped five potentially functional promoter polymorphisms in the TNFA gene and a LTA_NcoI polymorphism (+252 position) of the LTA gene in a clinically well-defined cohort of North-Indian patients with tuberculosis (N = 185) and their regional controls (N = 155). Serum TNF-alpha (sTNF-alpha) levels were measured and correlated with genotypes and haplotypes.The comparison of the allele frequencies for the various loci investigated revealed no significant differences between the tuberculosis patients and controls. Also, when the patients were sub-grouped into minimal, moderately advanced and far advanced disease on the basis of chest radiographs, TST and the presence/absence of cavitary lesions, none of the polymorphisms showed a significant association with any of the patient sub-groups. Although a significant difference was observed in the serum TNF-alpha levels in the patients and the controls, none of the investigated polymorphisms were found to affect the sTNF-alpha levels. Interestingly, it was observed that patients with minimal severity were associated with lower log sTNF-alpha levels when compared to the patients with moderately advanced and far advanced severity. However, none of these differences were found to be statistically significant. Furthermore, when haplotypes were analyzed, no significant difference was observed.Thus, our findings exclude the TNF genes as major risk factor for tuberculosis in the North Indians.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

السل الرئوي، الشكل السريري الأكثر شيوعًا للأمراض الفطرية، هو مرض ورمي حبيبي في الرئتين يسببه السل الفطري. تم تحديد عدد من الجينات في دراسات ذات أصول متنوعة لتكون مهمة في مرض السل. من بين هذه العوامل، يلعب كل من عامل نخر الورم ألفا (TNF - alpha) والسم اللمفاوي ألفا (LT - alpha) أدوارًا مهمة في التنظيم المناعي. للتحقيق في ارتباط تعدد أشكال TNF بالسل لدى الهنود الآسيويين، قمنا بتصنيف خمسة أشكال متعددة محتملة وظيفية في جين TNFA وتعدد أشكال LTA_NcoI (موضع +252) لجين LTA في مجموعة محددة سريريًا من مرضى شمال الهند المصابين بالسل (N = 185) وضوابطهم الإقليمية (N = 155). تم قياس مستويات TNF - alpha (sTNF - alpha) في المصل وربطها بالأنماط الجينية والأنماط الفردية. كشفت مقارنة ترددات الأليل لمختلف المواضع التي تم التحقيق فيها عن عدم وجود اختلافات كبيرة بين مرضى السل والضوابط. أيضًا، عندما تم تجميع المرضى في مجموعة فرعية في مرض ضئيل ومتقدم إلى حد ما ومتقدم إلى حد بعيد على أساس الصور الشعاعية للصدر، TST ووجود/عدم وجود آفات تجويف، لم تظهر أي من تعدد الأشكال ارتباطًا كبيرًا مع أي من المجموعات الفرعية للمريض. على الرغم من ملاحظة اختلاف كبير في مستويات TNF - alpha في المصل لدى المرضى والضوابط، إلا أنه لم يتم العثور على أي من الأشكال المتعددة التي تم التحقيق فيها للتأثير على مستويات sTNF - alpha. ومن المثير للاهتمام، لوحظ أن المرضى الذين يعانون من الحد الأدنى من الشدة ارتبطوا بمستويات منخفضة من sTNF - alpha عند مقارنتهم بالمرضى الذين يعانون من شدة معتدلة ومتقدمة للغاية. ومع ذلك، لم يتم العثور على أي من هذه الاختلافات ذات دلالة إحصائية. علاوة على ذلك، عندما تم تحليل الأنماط الفردانية، لم يلاحظ أي فرق كبير. وبالتالي، فإن النتائج التي توصلنا إليها تستبعد جينات TNF كعامل خطر رئيسي للإصابة بالسل في الهنود الشماليين.

Translated Description (French)

La tuberculose pulmonaire, la forme clinique la plus courante des maladies mycobactériennes, est une maladie granulomateuse des poumons causée par Mycobaterium tuberculosis. Un certain nombre de gènes ont été identifiés dans des études d'origines diverses comme étant importants dans la tuberculose. Parmi ceux-ci, le facteur de nécrose tumorale alpha (TNF-alpha) et la lymphotoxine alpha (LT-alpha) jouent des rôles immunorégulateurs importants. Pour étudier l'association des polymorphismes du TNF avec la tuberculose chez les Indiens d'Asie, nous avons génotypé cinq polymorphismes de promoteurs potentiellement fonctionnels dans le gène TNFA et un polymorphisme LTA_NcoI (position +252) du gène LTA dans une cohorte cliniquement bien définie de patients nord-indiens atteints de tuberculose (N = 185) et de leurs témoins régionaux (N = 155). Les taux sériques de TNF-alpha (sTNF-alpha) ont été mesurés et corrélés avec les génotypes et les haplotypes. La comparaison des fréquences des allèles pour les différents loci étudiés n'a révélé aucune différence significative entre les patients tuberculeux et les témoins. De plus, lorsque les patients ont été sous-groupés en maladie minimale, modérément avancée et très avancée sur la base des radiographies thoraciques, du TCT et de la présence/absence de lésions cavitaires, aucun des polymorphismes n'a montré d'association significative avec l'un des sous-groupes de patients. Bien qu'une différence significative ait été observée dans les taux sériques de TNF-alpha chez les patients et les témoins, aucun des polymorphismes étudiés n'a été trouvé pour affecter les taux de sTNF-alpha. Fait intéressant, il a été observé que les patients dont la sévérité était minime étaient associés à des taux logarithmiques de TNF-alpha inférieurs par rapport aux patients dont la sévérité était modérément avancée et très avancée. Cependant, aucune de ces différences n'a été jugée statistiquement significative. De plus, lorsque les haplotypes ont été analysés, aucune différence significative n'a été observée. Ainsi, nos résultats excluent les gènes TNF comme facteur de risque majeur de tuberculose chez les Indiens du Nord.

Translated Description (Spanish)

La tuberculosis pulmonar, la forma clínica más común de enfermedades micobacterianas, es una enfermedad granulomatosa de los pulmones causada por Mycobaterium tuberculosis. Se han identificado varios genes en estudios de diversos orígenes que son importantes en la tuberculosis. De estos, tanto el factor de necrosis tumoral alfa (TNF-alfa) como la linfotoxina alfa (LT-alfa) desempeñan importantes funciones inmunorreguladoras. Para investigar la asociación de los polimorfismos de TNF con la tuberculosis en los indios asiáticos, genotipamos cinco polimorfismos promotores potencialmente funcionales en el gen TNFA y un polimorfismo LTA_NcoI (posición +252) del gen LTA en una cohorte clínicamente bien definida de pacientes del norte de la India con tuberculosis (N = 185) y sus controles regionales (N = 155). Se midieron los niveles séricos de TNF-alfa (sTNF-alfa) y se correlacionaron con genotipos y haplotipos. La comparación de las frecuencias alélicas para los diversos loci investigados no reveló diferencias significativas entre los pacientes con tuberculosis y los controles. Además, cuando los pacientes se subagruparon en enfermedad mínima, moderadamente avanzada y muy avanzada sobre la base de radiografías de tórax, TST y la presencia/ausencia de lesiones cavitarias, ninguno de los polimorfismos mostró una asociación significativa con ninguno de los subgrupos de pacientes. Aunque se observó una diferencia significativa en los niveles séricos de TNF-alfa en los pacientes y los controles, no se encontró que ninguno de los polimorfismos investigados afectara los niveles de sTNF-alfa. Curiosamente, se observó que los pacientes con gravedad mínima se asociaron con niveles más bajos de log sTNF-alfa en comparación con los pacientes con gravedad moderadamente avanzada y muy avanzada. Sin embargo, no se encontró que ninguna de estas diferencias fuera estadísticamente significativa. Además, cuando se analizaron los haplotipos, no se observaron diferencias significativas. Por lo tanto, nuestros hallazgos excluyen los genes TNF como principal factor de riesgo para la tuberculosis en los indios del norte.

Files

1471-2334-10-165.pdf

Files (292.6 kB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:f8824a4dfcbe2b97cafd7f82be24353b
292.6 kB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
تعدد الأشكال الوراثية في جينات TNF والسل في الهنود الشماليين
Translated title (French)
Polymorphismes génétiques dans les TNFgènes et la tuberculose chez les Indiens du Nord
Translated title (Spanish)
Polimorfismos genéticos en TNFgenes y tuberculosis en indios del norte

Identifiers

Other
https://openalex.org/W1992301715
DOI
10.1186/1471-2334-10-165

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
India

References

  • https://openalex.org/W1526673237
  • https://openalex.org/W1977927757
  • https://openalex.org/W1981276060
  • https://openalex.org/W1995689762
  • https://openalex.org/W2000508591
  • https://openalex.org/W2013829686
  • https://openalex.org/W2021274912
  • https://openalex.org/W2029825118
  • https://openalex.org/W2031075184
  • https://openalex.org/W2031121760
  • https://openalex.org/W2039496430
  • https://openalex.org/W2043540786
  • https://openalex.org/W2061542205
  • https://openalex.org/W2065431282
  • https://openalex.org/W2073739597
  • https://openalex.org/W2080108857
  • https://openalex.org/W2080763651
  • https://openalex.org/W2082585984
  • https://openalex.org/W2085695427
  • https://openalex.org/W2085842563
  • https://openalex.org/W2094945945
  • https://openalex.org/W2096158027
  • https://openalex.org/W2097504226
  • https://openalex.org/W2101835477
  • https://openalex.org/W2104941073
  • https://openalex.org/W2110755408
  • https://openalex.org/W2112486322
  • https://openalex.org/W2127554331
  • https://openalex.org/W2138056290
  • https://openalex.org/W2141912213
  • https://openalex.org/W2147458577
  • https://openalex.org/W2148126661
  • https://openalex.org/W2151738661
  • https://openalex.org/W2156306077
  • https://openalex.org/W2506062421
  • https://openalex.org/W4312861399