Published January 27, 2016 | Version v1
Publication Metadata-only

Synthesis, X-ray structure, DFT and thermodynamic studies of mono- and binuclear palladium(II) complexes involving 1,4-bis(2-hydroxyethyl)piperazine, bio-relevant ligands and 4,4′-bipiperidine

Creators

  • 1. Cairo University
  • 2. Friedrich-Alexander-Universität Erlangen-Nürnberg
  • 3. Jagiellonian University

Description

[Pd(BHEP)Cl2] (BHEp = 1,4-bis(2-hydroxyethyl)piperazine) was synthesized and characterized. The palladium center has a typical square-planar geometry with a tetrahedral distortion. The alcohol groups of the ligand do not participate in binding to Pd(II). The DFT/B3LYP method was used for geometric optimization of the ligand and the complex using the Gaussian 09 program and compared with experimental results. The stoichiometry and stability constants of the complexes formed between [Pd(BHEP)(H2O)2]2+ and some selected amino acids, peptides, and DNA constituents were investigated at 25 °C and 0.1 M ionic strength. The binuclear complex [(H2O)(BHEP)Pd(Bip)Pd(BHEP)(H2O)]4+ was detected, where Bip = 4,4′-bipiperidine. Inosine, uracil, and thymine interact with the binuclear complex via substitution of both coordinated water molecules. The potentiometric results were complimented by spectroscopic measurements. The concentration distribution diagrams of the various species formed were evaluated.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

[Pd(BHEP) Cl2] (BHEp = 1,4 - bis(2 - hydroxyethyl)piperazine) تم تخليقه وتمييزه. يحتوي مركز البلاديوم على هندسة مستوية مربعة نموذجية مع تشوه رباعي السطوح. لا تشارك مجموعات الكحول في الربيطة في الارتباط بـ Pd(II). تم استخدام طريقة DFT/B3LYP للتحسين الهندسي للربط والمركب باستخدام برنامج Gaussian 09 ومقارنته بالنتائج التجريبية. تم فحص ثوابت التكافل والاستقرار للمجمعات المتكونة بين [Pd(BHEP)(H2O)2] + وبعض الأحماض الأمينية المختارة والببتيدات ومكونات الحمض النووي عند 25 درجة مئوية و 0.1 م قوة أيونية. تم اكتشاف المركب ثنائي النواة [(H2O)(BHEP)Pd(Bip)Pd(BHEP) (H2O)]4+، حيث Bip = 4,4'-bipiperidine. يتفاعل الإينوزين واليوراسيل والثيمين مع المركب ثنائي النواة عن طريق استبدال كل من جزيئات الماء المنسقة. تم تكملة نتائج قياس الجهد بقياسات طيفية. تم تقييم مخططات توزيع التركيز للأنواع المختلفة التي تم تشكيلها.

Translated Description (French)

La [Pd(BHEP)Cl2] (BHEp = 1,4-bis(2-hydroxyéthyl)pipérazine) a été synthétisée et caractérisée. Le centre en palladium a une géométrie plane carrée typique avec une distorsion tétraédrique. Les groupes alcool du ligand ne participent pas à la liaison au Pd(II). La méthode DFT/B3LYP a été utilisée pour l'optimisation géométrique du ligand et du complexe à l'aide du programme Gaussian 09 et comparée aux résultats expérimentaux. La stœchiométrie et les constantes de stabilité des complexes formés entre le [Pd(BHEP)(H2O)2]2+ et certains acides aminés, peptides et constituants d'ADN sélectionnés ont été étudiées à 25 °C et à une force ionique de 0,1 M. Le complexe binucléaire [(H2O)(BHEP)Pd(Bip)Pd(BHEP)(H2O)]4+ a été détecté, où Bip = 4,4′-bipipéridine. L'inosine, l'uracile et la thymine interagissent avec le complexe binucléaire par substitution des deux molécules d'eau coordonnées. Les résultats potentiométriques ont été complétés par des mesures spectroscopiques. Les diagrammes de répartition des concentrations des différentes espèces formées ont été évalués.

Translated Description (Spanish)

Se sintetizó y caracterizó [Pd(BHEP)Cl2] (BHEp = 1,4-bis(2-hidroxietil)piperazina). El centro de paladio tiene una geometría cuadrada-planar típica con una distorsión tetraédrica. Los grupos alcohol del ligando no participan en la unión al Pd(II). El método DFT/B3LYP se utilizó para la optimización geométrica del ligando y el complejo utilizando el programa Gaussian 09 y se comparó con los resultados experimentales. Las constantes de estequiometría y estabilidad de los complejos formados entre [Pd(BHEP)(H2O)2]2+ y algunos aminoácidos, péptidos y constituyentes de ADN seleccionados se investigaron a 25 °C y una fuerza iónica de 0,1 M. Se detectó el complejo binuclear [(H2O)(BHEP)Pd(Bip)Pd (BHEP) (H2O)]4+, donde Bip = 4,4′-bipiperidina. La inosina, el uracilo y la timina interactúan con el complejo binuclear mediante la sustitución de ambas moléculas de agua coordinadas. Los resultados potenciométricos se complementaron con mediciones espectroscópicas. Se evaluaron los diagramas de distribución de concentración de las diversas especies formadas.

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
التركيب، بنية الأشعة السينية، DFT والدراسات الديناميكية الحرارية لمجمعات البلاديوم أحادية وثنائية النواة (II) التي تنطوي على 1،4 -bis (2 - hydroxyethyl)piperazine، ligands ذات الصلة البيولوجية و 4،4'-bipiperidine
Translated title (French)
Synthèse, structure des rayons X, DFT et études thermodynamiques de complexes de palladium(II) mono- et binucléaires impliquant la 1,4-bis(2-hydroxyéthyl)pipérazine, des ligands bio-pertinents et la 4,4′-bipipéridine
Translated title (Spanish)
Síntesis, estructura de rayos X, DFT y estudios termodinámicos de complejos de paladio(II) mono y binucleares que involucran 1,4-bis(2-hidroxietil)piperazina, ligandos bio-relevantes y 4,4'-bipiperidina

Identifiers

Other
https://openalex.org/W2338735644
DOI
10.1080/00958972.2015.1132312

Is supplement to
https://openalex.org/W4285223579 (Other)
https://openalex.org/W4254122446 (Other)
https://openalex.org/W4238783471 (Other)
https://openalex.org/W2952268264 (Other)
https://openalex.org/W2138114719 (Other)
https://openalex.org/W2089984763 (Other)
https://openalex.org/W2046361778 (Other)
https://openalex.org/W2022176180 (Other)
https://openalex.org/W2007905335 (Other)
https://openalex.org/W1996476417 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Egypt

References

  • https://openalex.org/W189482248
  • https://openalex.org/W1928793382
  • https://openalex.org/W1965957729
  • https://openalex.org/W1967298519
  • https://openalex.org/W1970355951
  • https://openalex.org/W1974107301
  • https://openalex.org/W1979739674
  • https://openalex.org/W1985487548
  • https://openalex.org/W1989614045
  • https://openalex.org/W1991310538
  • https://openalex.org/W1997792271
  • https://openalex.org/W1999447174
  • https://openalex.org/W2013712217
  • https://openalex.org/W2015613801
  • https://openalex.org/W2017063533
  • https://openalex.org/W2023271753
  • https://openalex.org/W2028128713
  • https://openalex.org/W2038933786
  • https://openalex.org/W2048168597
  • https://openalex.org/W2053264680
  • https://openalex.org/W2059855508
  • https://openalex.org/W2059884411
  • https://openalex.org/W2061811559
  • https://openalex.org/W2066681698
  • https://openalex.org/W2067344932
  • https://openalex.org/W2072375522
  • https://openalex.org/W2075790186
  • https://openalex.org/W2078613399
  • https://openalex.org/W2080225868
  • https://openalex.org/W2080944802
  • https://openalex.org/W2083143522
  • https://openalex.org/W2109151650
  • https://openalex.org/W2115423861
  • https://openalex.org/W2116071245
  • https://openalex.org/W2170701428
  • https://openalex.org/W2317598187
  • https://openalex.org/W2952304154
  • https://openalex.org/W3186546642