Published October 11, 2012 | Version v1
Publication Open

Genome of Epinotia aporema granulovirus (EpapGV), a polyorganotropic fast killing betabaculovirus with a novel thymidylate kinase gene

Creators

  • 1. Instituto de Biotecnología y Biología Molecular
  • 2. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
  • 3. Universidad Nacional de La Plata
  • 4. National University of Quilmes

Description

Epinotia aporema (Lepidoptera: Tortricidae) is an important pest of legume crops in South America. Epinotia aporema granulovirus (EpapGV) is a baculovirus that causes a polyorganotropic infection in the host larva. Its high pathogenicity and host specificity make EpapGV an excellent candidate to be used as a biological control agent.The genome of Epinotia aporema granulovirus (EpapGV) was sequenced and analyzed. Its circular double-stranded DNA genome is 119,082 bp in length and codes for 133 putative genes. It contains the 31 baculovirus core genes and a set of 19 genes that are GV exclusive. Seventeen ORFs were unique to EpapGV in comparison with other baculoviruses. Of these, 16 found no homologues in GenBank, and one encoded a thymidylate kinase. Analysis of nucleotide sequence repeats revealed the presence of 16 homologous regions (hrs) interspersed throughout the genome. Each hr was characterized by the presence of 1 to 3 clustered imperfect palindromes which are similar to previously described palindromes of tortricid-specific GVs. Also, one of the hrs (hr4) has flanking sequences suggestive of a putative non-hr ori. Interestingly, two more complex hrs were found in opposite loci, dividing the circular dsDNA genome in two halves. Gene synteny maps showed the great colinearity of sequenced GVs, being EpapGV the most dissimilar as it has a 20 kb-long gene block inversion. Phylogenetic study performed with 31 core genes of 58 baculoviral genomes suggests that EpapGV is the baculovirus isolate closest to the putative common ancestor of tortricid specific betabaculoviruses.This study, along with previous characterization of EpapGV infection, is useful for the better understanding of the pathology caused by this virus and its potential utilization as a bioinsecticide.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

Epinotia aporema (Lepidoptera: Tortricidae) هي آفة مهمة من محاصيل البقوليات في أمريكا الجنوبية. Epinotia aporema granulovirus (EpapGV) هو فيروس عصبي يسبب عدوى متعددة الأعضاء في اليرقة المضيفة. تجعل إمراضيتها العالية وخصوصية المضيف EpapGV مرشحًا ممتازًا لاستخدامه كعامل تحكم بيولوجي. تم تسلسل جينوم Epinotia aporema granulovirus (EpapGV) وتحليله. يبلغ طول جينوم الحمض النووي المزدوج الدائري 119،082 نقطة أساس ورموز لـ 133 جينًا مفترضًا. يحتوي على 31 جينًا أساسيًا للفيروس العصوي ومجموعة من 19 جينًا حصريًا للأصوات العالمية. كانت سبعة عشر ORFs فريدة من نوعها بالنسبة لـ EpapGV مقارنة بالفيروسات العصوية الأخرى. من بين هؤلاء، لم يعثر 16 على أي متجانسات في بنك الجينات، وقام أحدهم بتشفير كيناز ثيميديلات. كشف تحليل تكرار تسلسل النيوكليوتيدات عن وجود 16 منطقة متماثلة (HRS) تتخللها جميع أنحاء الجينوم. اتسمت كل ساعة بوجود 1 إلى 3 متناظرين غير كاملين متجمعين يشبهان المتناظرين الموصوفين سابقًا من الأصوات العالمية الخاصة بالتعذيب. أيضًا، تحتوي إحدى الساعات (hr4) على تسلسلات جانبية تشير إلى وجود أوري مفترض غير hr. ومن المثير للاهتمام أنه تم العثور على ساعتين أكثر تعقيدًا في مواضع متقابلة، مما يقسم جينوم dsDNA الدائري إلى نصفين. أظهرت خرائط التوليف الجيني الخط المشترك الكبير بين الأصوات العالمية المتسلسلة، حيث أن EpapGV هو الأكثر اختلافًا لأنه يحتوي على انقلاب كتلة جينية بطول 20 كيلوبايت. تشير الدراسة الوراثية التي أجريت على 31 جينًا أساسيًا من 58 جينومًا من الفيروسات العصوية إلى أن فيروس EpapGV هو الفيروس العصوي المعزول الأقرب إلى السلف المشترك المفترض لفيروسات betabaculoviruses المحددة. هذه الدراسة، جنبًا إلى جنب مع التوصيف السابق لعدوى فيروس EpapGV، مفيدة لفهم أفضل لعلم الأمراض الناجم عن هذا الفيروس واستخدامه المحتمل كمبيد حشري حيوي.

Translated Description (French)

Epinotia aporema (Lepidoptera : Tortricidae) est un ravageur important des cultures de légumineuses en Amérique du Sud. Epinotia aporema granulovirus (EpapGV) est un baculovirus qui provoque une infection polyorganotrope dans la larve hôte. Sa forte pathogénicité et sa spécificité d'hôte font d'EpapGV un excellent candidat pour être utilisé comme agent de contrôle biologique. Le génome du granulovirus Epinotia aporema (EpapGV) a été séquencé et analysé. Son génome d'ADN double brin circulaire a une longueur de 119 082 pb et code pour 133 gènes putatifs. Il contient les 31 gènes de base du baculovirus et un ensemble de 19 gènes exclusifs au GV. Dix-sept ORF étaient uniques à EpapGV par rapport à d'autres baculovirus. Parmi ceux-ci, 16 n'ont trouvé aucun homologue dans GenBank, et un a codé une thymidylate kinase. L'analyse des répétitions de séquences nucléotidiques a révélé la présence de 16 régions homologues (hrs) réparties dans tout le génome. Chaque heure a été caractérisée par la présence de 1 à 3 palindromes imparfaits groupés qui sont similaires aux palindromes précédemment décrits des GV spécifiques aux tortricides. De plus, l'un des hrs (hr4) a des séquences flanquantes suggérant un ori putatif non hr. Fait intéressant, deux hrs plus complexes ont été trouvées dans des loci opposés, divisant le génome circulaire de l'ADN double brin en deux moitiés. Les cartes de synténie génique ont montré la grande colinéarité des GV séquencés, EpapGV étant le plus dissemblable car il a une inversion de bloc génique de 20 kb de long. L'étude phylogénétique réalisée avec 31 gènes de base de 58 génomes baculoviraux suggère que EpapGV est l'isolat de baculovirus le plus proche de l'ancêtre commun putatif des bétabaculovirus spécifiques aux tortricides. Cette étude, ainsi que la caractérisation antérieure de l'infection à EpapGV, est utile pour mieux comprendre la pathologie causée par ce virus et son utilisation potentielle comme bioinsecticide.

Translated Description (Spanish)

Epinotia aporema (Lepidoptera: Tortricidae) es una plaga importante de los cultivos de leguminosas en América del Sur. Epinotia aporema granulovirus (EpapGV) es un baculovirus que causa una infección poliorganotrópica en la larva huésped. Su alta patogenicidad y especificidad de huésped hacen de EpapGV un excelente candidato para ser utilizado como agente de control biológico. Se secuenció y analizó el genoma del granulovirus Epinotia aporema (EpapGV). Su genoma de ADN bicatenario circular tiene 119.082 pb de longitud y codifica 133 genes putativos. Contiene los 31 genes centrales de baculovirus y un conjunto de 19 genes que son exclusivos de GV. Diecisiete ORF fueron únicos para EpapGV en comparación con otros baculovirus. De estos, 16 no encontraron homólogos en GenBank y uno codificó una timidilato quinasa. El análisis de las repeticiones de la secuencia de nucleótidos reveló la presencia de 16 regiones homólogas (hrs) intercaladas en todo el genoma. Cada hora se caracterizó por la presencia de 1 a 3 palíndromos imperfectos agrupados que son similares a los palíndromos descritos anteriormente de GV específicos de tortricidas. Además, una de las hrs (hr4) tiene secuencias flanqueantes que sugieren un supuesto ori no hr. Curiosamente, se encontraron dos hrs más complejas en loci opuestos, dividiendo el genoma de ADNcd circular en dos mitades. Los mapas de sintenia génica mostraron la gran colinealidad de los GV secuenciados, siendo EpapGV el más disímil ya que tiene una inversión de bloque génico de 20 kb de longitud. El estudio filogenético realizado con 31 genes centrales de 58 genomas baculovirales sugiere que EpapGV es el aislado de baculovirus más cercano al supuesto ancestro común de los betabaculovirus específicos de tortricidas. Este estudio, junto con la caracterización previa de la infección por EpapGV, es útil para comprender mejor la patología causada por este virus y su posible utilización como bioinsecticida.

Files

1471-2164-13-548.pdf

Files (5.2 MB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:caaa56c4055c1bc9cc1f34665df0f6e3
5.2 MB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
جينوم فيروس Epinotia aporema granulovirus (EpapGV)، وهو فيروس بيتاباكولوفير سريع القتل متعدد الأعضاء مع جين ثيميديلات كيناز جديد
Translated title (French)
Génome du granulovirus Epinotia aporema (EpapGV), un bêta-baculovirus polyorganotrope à destruction rapide avec un nouveau gène thymidylate kinase
Translated title (Spanish)
Genoma del granulovirus Epinotia aporema (EpapGV), un betabaculovirus de muerte rápida poliorganotrópico con un nuevo gen de timidilato quinasa

Identifiers

Other
https://openalex.org/W2040232873
DOI
10.1186/1471-2164-13-548

Is supplement to
https://openalex.org/W4243565069 (Other)
https://openalex.org/W2987420353 (Other)
https://openalex.org/W2894891931 (Other)
https://openalex.org/W2131180151 (Other)
https://openalex.org/W2119233950 (Other)
https://openalex.org/W2106726141 (Other)
https://openalex.org/W2037527629 (Other)
https://openalex.org/W2037172645 (Other)
https://openalex.org/W1998345803 (Other)
https://openalex.org/W1491897707 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Argentina

References

  • https://openalex.org/W1514914554
  • https://openalex.org/W1531385547
  • https://openalex.org/W1741545807
  • https://openalex.org/W1749035240
  • https://openalex.org/W184607450
  • https://openalex.org/W1876679020
  • https://openalex.org/W1963709037
  • https://openalex.org/W1964019524
  • https://openalex.org/W1971317583
  • https://openalex.org/W1974248843
  • https://openalex.org/W1981405152
  • https://openalex.org/W1986940219
  • https://openalex.org/W1989930636
  • https://openalex.org/W1990076951
  • https://openalex.org/W1990537991
  • https://openalex.org/W1996422023
  • https://openalex.org/W1996723805
  • https://openalex.org/W1999455949
  • https://openalex.org/W2009700746
  • https://openalex.org/W2018780974
  • https://openalex.org/W2019070848
  • https://openalex.org/W2020627176
  • https://openalex.org/W2033294342
  • https://openalex.org/W2037993016
  • https://openalex.org/W2043455095
  • https://openalex.org/W2054013721
  • https://openalex.org/W2055043387
  • https://openalex.org/W2055677228
  • https://openalex.org/W2058709278
  • https://openalex.org/W2059175408
  • https://openalex.org/W2060178110
  • https://openalex.org/W2062248671
  • https://openalex.org/W2070388580
  • https://openalex.org/W2072603644
  • https://openalex.org/W2083345579
  • https://openalex.org/W2084749819
  • https://openalex.org/W2095511195
  • https://openalex.org/W2097382368
  • https://openalex.org/W2100257825
  • https://openalex.org/W2100432133
  • https://openalex.org/W2102841983
  • https://openalex.org/W2105900351
  • https://openalex.org/W2106784857
  • https://openalex.org/W2106882534
  • https://openalex.org/W2114049512
  • https://openalex.org/W2117780437
  • https://openalex.org/W2119716854
  • https://openalex.org/W2121245385
  • https://openalex.org/W2132632499
  • https://openalex.org/W2145586170
  • https://openalex.org/W2152478016
  • https://openalex.org/W2154241726
  • https://openalex.org/W2156273926
  • https://openalex.org/W2158266834
  • https://openalex.org/W2158285388
  • https://openalex.org/W2158804330
  • https://openalex.org/W2163096293
  • https://openalex.org/W2262997221
  • https://openalex.org/W3023396257
  • https://openalex.org/W4229984597
  • https://openalex.org/W4234080837
  • https://openalex.org/W4236167773
  • https://openalex.org/W4252461177
  • https://openalex.org/W84425668
  • https://openalex.org/W89127838