Published November 4, 2020 | Version v1
Publication Open

Computational strategies to combat COVID-19: useful tools to accelerate SARS-CoV-2 and coronavirus research

Creators

  • 1. Friedrich Schiller University Jena
  • 2. Wellcome Sanger Institute
  • 3. European Bioinformatics Institute
  • 4. Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier
  • 5. Technical University of Munich
  • 6. ETH Zurich
  • 7. Jena University Hospital
  • 8. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
  • 9. National University of Luján
  • 10. Robert Koch Institute
  • 11. Helmholtz Centre for Infection Research
  • 12. Philipps University of Marburg
  • 13. Freie Universität Berlin
  • 14. Biocom
  • 15. Max Planck Institute for the Science of Human History
  • 16. Albert Einstein College of Medicine
  • 17. Hasselt University
  • 18. University of Connecticut
  • 19. National Center for Biotechnology Information
  • 20. University of Copenhagen
  • 21. Biology of Infection
  • 22. Universidad de Los Andes
  • 23. MRC University of Glasgow Centre for Virus Research
  • 24. Rega Institute for Medical Research
  • 25. KU Leuven
  • 26. University of Victoria

Description

Abstract SARS-CoV-2 (severe acute respiratory syndrome coronavirus 2) is a novel virus of the family Coronaviridae. The virus causes the infectious disease COVID-19. The biology of coronaviruses has been studied for many years. However, bioinformatics tools designed explicitly for SARS-CoV-2 have only recently been developed as a rapid reaction to the need for fast detection, understanding and treatment of COVID-19. To control the ongoing COVID-19 pandemic, it is of utmost importance to get insight into the evolution and pathogenesis of the virus. In this review, we cover bioinformatics workflows and tools for the routine detection of SARS-CoV-2 infection, the reliable analysis of sequencing data, the tracking of the COVID-19 pandemic and evaluation of containment measures, the study of coronavirus evolution, the discovery of potential drug targets and development of therapeutic strategies. For each tool, we briefly describe its use case and how it advances research specifically for SARS-CoV-2. All tools are free to use and available online, either through web applications or public code repositories. Contact:evbc@unj-jena.de

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

المستخلص SARS - CoV -2 (فيروس كورونا 2 المرتبط بالمتلازمة التنفسية الحادة الوخيمة) هو فيروس جديد من عائلة الفيروسات التاجية. يسبب الفيروس المرض المعدي COVID -19. تمت دراسة بيولوجيا فيروسات كورونا لسنوات عديدة. ومع ذلك، لم يتم تطوير أدوات المعلوماتية الحيوية المصممة خصيصًا لفيروس كورونا 2 المرتبط بمتلازمة الجهاز التنفسي الحادة الوخيمة إلا مؤخرًا كرد فعل سريع للحاجة إلى الكشف السريع عن كوفيد-19 وفهمه وعلاجه. للسيطرة على جائحة كوفيد-19 المستمرة، من الأهمية بمكان الحصول على نظرة ثاقبة لتطور الفيروس وتسببه. في هذه المراجعة، نغطي سير عمل المعلوماتية الحيوية وأدوات الكشف الروتيني عن عدوى فيروس كورونا 2 المرتبط بمتلازمة الجهاز التنفسي الحادة الوخيمة، والتحليل الموثوق لبيانات التسلسل، وتتبع جائحة كوفيد-19 وتقييم تدابير الاحتواء، ودراسة تطور فيروس كورونا، واكتشاف أهداف الأدوية المحتملة وتطوير الاستراتيجيات العلاجية. بالنسبة لكل أداة، نصف بإيجاز حالة استخدامها وكيف تقدم البحث خصيصًا لفيروس كورونا 2 المرتبط بمتلازمة الجهاز التنفسي الحادة الوخيمة. جميع الأدوات مجانية الاستخدام ومتاحة عبر الإنترنت، إما من خلال تطبيقات الويب أو مستودعات الرموز العامة. للتواصل:evbc@unj-jena.de

Translated Description (French)

Résumé Le SRAS-CoV-2 (coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère) est un nouveau virus de la famille des Coronaviridae. Le virus provoque la maladie infectieuse COVID-19. La biologie des coronavirus est étudiée depuis de nombreuses années. Cependant, les outils bioinformatiques conçus explicitement pour le SRAS-CoV-2 n'ont été développés que récemment en réaction rapide à la nécessité d'une détection, d'une compréhension et d'un traitement rapides du COVID-19. Pour contrôler la pandémie de COVID-19 en cours, il est de la plus haute importance d'avoir un aperçu de l'évolution et de la pathogenèse du virus. Dans cette revue, nous couvrons les flux de travail et les outils bioinformatiques pour la détection de routine de l'infection par le SRAS-CoV-2, l'analyse fiable des données de séquençage, le suivi de la pandémie de COVID-19 et l'évaluation des mesures de confinement, l'étude de l'évolution du coronavirus, la découverte de cibles médicamenteuses potentielles et le développement de stratégies thérapeutiques. Pour chaque outil, nous décrivons brièvement son cas d'utilisation et comment il fait progresser la recherche spécifiquement pour le SRAS-CoV-2. Tous les outils sont gratuits et disponibles en ligne, que ce soit via des applications Web ou des référentiels de codes publics. Contact :evbc@unj-jena.de

Translated Description (Spanish)

El SARS-CoV-2 (coronavirus 2 del síndrome respiratorio agudo grave) es un nuevo virus de la familia Coronaviridae. El virus causa la enfermedad infecciosa COVID-19. La biología de los coronavirus se ha estudiado durante muchos años. Sin embargo, las herramientas bioinformáticas diseñadas explícitamente para el SARS-CoV-2 se han desarrollado recientemente como una reacción rápida a la necesidad de una detección, comprensión y tratamiento rápidos de la COVID-19. Para controlar la actual pandemia de COVID-19, es de suma importancia obtener información sobre la evolución y la patogénesis del virus. En esta revisión, cubrimos los flujos de trabajo bioinformáticos y las herramientas para la detección rutinaria de la infección por SARS-CoV-2, el análisis confiable de los datos de secuenciación, el seguimiento de la pandemia de COVID-19 y la evaluación de las medidas de contención, el estudio de la evolución del coronavirus, el descubrimiento de posibles dianas farmacológicas y el desarrollo de estrategias terapéuticas. Para cada herramienta, describimos brevemente su caso de uso y cómo avanza la investigación específicamente para el SARS-CoV-2. Todas las herramientas son de uso gratuito y están disponibles en línea, ya sea a través de aplicaciones web o repositorios de código público. Contacto:evbc@unj-jena.de

Files

bbaa232.pdf.pdf

Files (93 Bytes)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:b0d506893d4802090edf1644f5f082cd
93 Bytes
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
الاستراتيجيات الحسابية لمكافحة كوفيد-19: أدوات مفيدة لتسريع أبحاث فيروس كورونا 2 المرتبط بمتلازمة الجهاز التنفسي الحادة الوخيمة وفيروس كورونا
Translated title (French)
Stratégies informatiques pour lutter contre la COVID-19 : des outils utiles pour accélérer la recherche sur le SRAS-CoV-2 et le coronavirus
Translated title (Spanish)
Estrategias computacionales para combatir el COVID-19: herramientas útiles para acelerar la investigación del SARS-CoV-2 y el coronavirus

Identifiers

Other
https://openalex.org/W3028083463
DOI
10.1093/bib/bbaa232

Is supplement to
https://openalex.org/W3211812826 (Other)
https://openalex.org/W3202542776 (Other)
https://openalex.org/W3160595510 (Other)
https://openalex.org/W3124360307 (Other)
https://openalex.org/W3109411001 (Other)
https://openalex.org/W3048705100 (Other)
https://openalex.org/W3035580728 (Other)
https://openalex.org/W3021591496 (Other)
https://openalex.org/W2137606786 (Other)
https://openalex.org/W1987655599 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Colombia

References

  • https://openalex.org/W1505285086
  • https://openalex.org/W1965588691
  • https://openalex.org/W1966238900
  • https://openalex.org/W1982559408
  • https://openalex.org/W1983102293
  • https://openalex.org/W1991288592
  • https://openalex.org/W1994915168
  • https://openalex.org/W2006079378
  • https://openalex.org/W2030189857
  • https://openalex.org/W2036693329
  • https://openalex.org/W2039473152
  • https://openalex.org/W2041686943
  • https://openalex.org/W2044104194
  • https://openalex.org/W2052319450
  • https://openalex.org/W2056199592
  • https://openalex.org/W2085732173
  • https://openalex.org/W2092661488
  • https://openalex.org/W2098062910
  • https://openalex.org/W2100258314
  • https://openalex.org/W2102653059
  • https://openalex.org/W2103441770
  • https://openalex.org/W2107940314
  • https://openalex.org/W2110335151
  • https://openalex.org/W2110417468
  • https://openalex.org/W2111973517
  • https://openalex.org/W2112428961
  • https://openalex.org/W2113679889
  • https://openalex.org/W2119180969
  • https://openalex.org/W2130410032
  • https://openalex.org/W2138122982
  • https://openalex.org/W2138334294
  • https://openalex.org/W2141052558
  • https://openalex.org/W2141152740
  • https://openalex.org/W2141667381
  • https://openalex.org/W2142773663
  • https://openalex.org/W2148301044
  • https://openalex.org/W2160253520
  • https://openalex.org/W2160378127
  • https://openalex.org/W2164381580
  • https://openalex.org/W2167384912
  • https://openalex.org/W2168637722
  • https://openalex.org/W2170920361
  • https://openalex.org/W2173732482
  • https://openalex.org/W2204695023
  • https://openalex.org/W2224056471
  • https://openalex.org/W2334380117
  • https://openalex.org/W2521405574
  • https://openalex.org/W2537993442
  • https://openalex.org/W2566768616
  • https://openalex.org/W2577386084
  • https://openalex.org/W2587970647
  • https://openalex.org/W2593184757
  • https://openalex.org/W2604808360
  • https://openalex.org/W2605343262
  • https://openalex.org/W2605897695
  • https://openalex.org/W2613151323
  • https://openalex.org/W2616925143
  • https://openalex.org/W2753748510
  • https://openalex.org/W2765745983
  • https://openalex.org/W2766848373
  • https://openalex.org/W2767891136
  • https://openalex.org/W2768034447
  • https://openalex.org/W2768076146
  • https://openalex.org/W2772685483
  • https://openalex.org/W2785981673
  • https://openalex.org/W2810499544
  • https://openalex.org/W2892983244
  • https://openalex.org/W2893297753
  • https://openalex.org/W2895292271
  • https://openalex.org/W2898402099
  • https://openalex.org/W2899292521
  • https://openalex.org/W2899942534
  • https://openalex.org/W2900090807
  • https://openalex.org/W2900933159
  • https://openalex.org/W2901247228
  • https://openalex.org/W2901954177
  • https://openalex.org/W2911964244
  • https://openalex.org/W2922597671
  • https://openalex.org/W2934450419
  • https://openalex.org/W2938809416
  • https://openalex.org/W2944032254
  • https://openalex.org/W2949123151
  • https://openalex.org/W2951725148
  • https://openalex.org/W2952045272
  • https://openalex.org/W2952663165
  • https://openalex.org/W2953157285
  • https://openalex.org/W2970272500
  • https://openalex.org/W2970491619
  • https://openalex.org/W2979152543
  • https://openalex.org/W2981186273
  • https://openalex.org/W2984894304
  • https://openalex.org/W2987928072
  • https://openalex.org/W3001195213
  • https://openalex.org/W3003217347
  • https://openalex.org/W3005221612
  • https://openalex.org/W3005235420
  • https://openalex.org/W3006653136
  • https://openalex.org/W3009335299
  • https://openalex.org/W3009912996
  • https://openalex.org/W3010631891
  • https://openalex.org/W3012156253
  • https://openalex.org/W3013334176
  • https://openalex.org/W3013865766
  • https://openalex.org/W3015631339
  • https://openalex.org/W3021219695
  • https://openalex.org/W3021971574
  • https://openalex.org/W3022285953
  • https://openalex.org/W3028206028
  • https://openalex.org/W3034262705
  • https://openalex.org/W3035309240
  • https://openalex.org/W3036377341
  • https://openalex.org/W3036778916
  • https://openalex.org/W3037267713
  • https://openalex.org/W3043124965
  • https://openalex.org/W3046870534
  • https://openalex.org/W3094367033
  • https://openalex.org/W3098202346
  • https://openalex.org/W3102027041
  • https://openalex.org/W3102648521
  • https://openalex.org/W3115734648
  • https://openalex.org/W3124001654
  • https://openalex.org/W3125012412
  • https://openalex.org/W3136918052
  • https://openalex.org/W4309240793